genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  270  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89433962--89434049	29	3.1	29	81	3	106	27	34	13	25	1.93
89434122--89434158	19	2.0	19	89	5	58	13	40	18	27	1.88
89434265--89434299	16	2.2	16	94	0	61	5	20	22	51	1.68
89437751--89438018	40	6.7	40	86	0	340	19	20	27	32	1.96
89441697--89441836	29	4.9	28	82	7	158	25	33	15	26	1.95
89441697--89441843	57	2.6	57	84	7	167	25	31	14	27	1.95
89447334--89447424	40	2.3	40	92	0	146	21	15	29	32	1.94
89447411--89447510	28	3.6	28	86	0	146	28	12	31	29	1.92
89449269--89449409	27	5.2	27	85	0	192	24	17	19	39	1.92
89449245--89449406	54	3.0	54	82	0	191	24	19	19	37	1.94
89453783--89453958	48	3.7	48	86	4	239	27	18	27	27	1.98
89453789--89453999	96	2.2	96	79	5	221	27	18	27	27	1.98
89457714--89457885	43	4.0	44	74	8	149	31	25	16	26	1.97
89457735--89457858	42	2.9	40	77	12	106	33	25	16	25	1.96
89460675--89460733	28	2.1	28	93	0	100	37	6	20	35	1.79
89462832--89462931	24	4.0	24	88	10	155	38	16	22	24	1.93
89462828--89462943	52	2.2	52	95	0	205	35	14	25	25	1.94
89462828--89462943	24	4.4	27	82	15	154	35	14	25	25	1.94
89462967--89463114	51	2.9	51	90	4	228	32	14	25	27	1.95
89485454--89485574	46	2.6	46	93	2	190	29	29	21	19	1.97
89490188--89490541	45	7.7	45	84	8	348	24	29	20	25	1.99
89490183--89490541	92	3.9	91	84	7	399	24	30	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89490188--89490541	137	2.6	134	85	10	432	24	29	20	25	1.99
89490188--89490591	92	4.4	86	78	15	341	25	29	20	25	1.99
89490188--89490592	137	2.9	134	81	12	369	25	29	20	25	1.99
89496391--89496697	46	6.6	46	80	7	284	26	30	17	25	1.97
89496439--89496748	138	2.2	141	82	8	377	27	29	17	25	1.97
89496439--89496748	46	6.7	46	79	10	265	27	29	17	25	1.97
89498983--89499008	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
89501407--89501451	22	2.0	22	95	0	81	35	15	22	26	1.94
89502551--89502813	67	3.9	67	99	0	517	36	19	19	24	1.95
89505003--89505047	22	2.0	22	83	8	56	31	22	31	15	1.95
89514712--89514790	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
89514909--89515167	47	5.5	47	89	1	383	28	29	8	33	1.87
89530222--89530387	56	3.0	55	86	2	242	33	23	15	27	1.94
89533265--89533361	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
89535075--89535130	11	5.1	11	78	8	60	75	5	12	7	1.18
89535073--89535113	21	2.0	21	90	0	64	78	7	7	7	1.11
89536044--89536114	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
89536054--89536103	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
89536164--89536194	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
89538375--89538471	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
89541198--89541233	10	3.6	10	84	0	54	13	25	27	33	1.94
89541196--89541253	20	2.8	21	89	2	82	17	25	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89543640--89543682	11	3.9	11	85	14	54	81	0	13	4	0.84
89543640--89543728	22	4.2	21	72	13	67	76	3	14	5	1.10
89546678--89546735	21	2.8	20	86	2	71	15	25	22	36	1.94
89547985--89548047	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
89550982--89551044	22	2.9	22	79	9	74	31	22	26	19	1.97
89551187--89551302	41	2.8	41	90	0	178	26	27	22	23	1.99
89551564--89551959	27	14.7	27	82	4	314	31	9	19	40	1.83
89551564--89551967	81	5.0	81	79	3	348	31	9	19	40	1.82
89551951--89552019	27	2.6	26	86	4	102	27	13	20	39	1.89
89555958--89555991	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
89555941--89556000	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
89570362--89570424	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
89570422--89570558	21	6.7	21	72	14	51	8	18	2	70	1.26
89570421--89570477	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
89570442--89570571	12	10.8	12	72	12	61	9	19	2	69	1.27
89570439--89570577	18	7.7	18	73	8	95	8	20	2	69	1.26
89570439--89570546	6	17.7	6	70	5	74	7	18	2	71	1.22
89571563--89571602	11	3.8	10	90	9	62	2	10	2	85	0.80
89571557--89571622	22	3.0	21	84	8	80	4	13	3	78	1.02
89574848--89575022	86	2.0	86	100	0	350	42	14	24	18	1.88
89575126--89575229	6	16.8	6	73	4	73	8	18	2	70	1.26
89575109--89575164	21	2.7	21	72	5	51	10	17	1	69	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89575126--89575229	18	5.6	18	75	5	91	8	18	2	70	1.26
89575114--89575231	12	9.4	12	73	15	62	7	18	3	70	1.26
89575381--89575427	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
89580500--89580577	39	2.0	38	95	2	138	20	28	20	29	1.97
89582028--89582112	42	2.0	42	97	0	161	28	16	17	37	1.92
89586631--89586703	13	5.5	13	78	15	69	75	4	6	13	1.15
89586683--89586755	28	2.6	28	77	12	78	69	6	13	9	1.34
89587624--89587658	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
89589730--89589787	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
89589730--89589790	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
89591229--89591272	22	2.0	22	90	0	70	25	34	4	36	1.76
89593802--89593865	19	3.3	19	82	8	67	75	4	14	6	1.17
89598141--89598184	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
89607768--89607815	20	2.4	20	71	0	60	33	16	27	22	1.96
89609457--89609488	12	2.7	12	95	0	55	18	21	0	59	1.38
89609492--89609605	6	18.7	6	72	8	88	6	17	2	73	1.15
89609470--89609538	33	2.1	33	84	10	88	8	18	1	71	1.20
89609493--89609536	14	3.3	13	82	14	54	6	15	0	77	0.97
89620454--89620612	56	2.9	54	83	7	187	19	18	33	27	1.96
89628763--89628827	31	2.0	31	82	14	78	33	16	24	24	1.96
89631888--89631960	29	2.5	29	95	0	128	31	9	13	45	1.76
89637398--89637461	19	3.3	19	82	8	67	75	4	14	6	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89646729--89646759	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
89646825--89646875	21	2.4	21	81	15	61	3	17	3	74	1.12
89646807--89646863	16	3.7	14	77	15	51	3	17	3	75	1.09
89654853--89655039	94	2.0	94	96	0	347	23	19	22	33	1.97
89657221--89657574	179	2.0	179	89	2	550	29	23	25	22	1.99
89657971--89658067	30	3.2	30	77	2	106	27	26	16	28	1.97
89660824--89660873	20	2.4	21	80	3	66	18	20	22	40	1.92
89661100--89661134	13	2.7	13	91	8	54	31	2	5	60	1.35
89661948--89662007	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
89661957--89661990	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
89663344--89663396	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
89667232--89667258	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
89679612--89679727	57	2.0	57	93	0	196	26	18	18	36	1.94
89686739--89686771	16	2.0	17	88	5	50	42	3	12	42	1.57
89693033--89693148	30	3.9	30	84	0	151	38	18	21	21	1.93
89693033--89693147	60	1.9	60	89	0	176	39	18	20	21	1.93
89693043--89693173	30	4.4	30	84	0	118	38	16	22	22	1.92
89693153--89693252	29	3.4	30	79	5	123	44	15	22	19	1.87
89695665--89696543	63	14.0	63	100	0	1758	30	4	12	52	1.59
89698038--89698070	16	2.0	17	88	5	50	42	3	12	42	1.57
89702244--89702416	46	3.7	46	76	10	181	23	21	27	28	1.99
89702241--89702411	93	1.8	93	91	2	281	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89705844--89706108	40	6.6	40	86	3	334	24	23	25	26	2.00
89705844--89706108	83	3.3	81	85	5	331	24	23	25	26	2.00
89705850--89706108	123	2.1	121	87	3	360	24	23	26	26	2.00
89712410--89712551	40	3.6	40	92	2	207	28	22	26	23	1.99
89715165--89715294	64	2.0	64	98	0	251	38	10	23	27	1.87
89715631--89715803	46	3.7	46	77	13	201	22	20	27	30	1.98
89715628--89715798	93	1.8	93	94	0	306	22	20	28	29	1.98
89732696--89732873	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
89732697--89732852	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
89732693--89732873	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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