Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  11  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3309348--3309466
36
3.2
36
79
12
125
31
4
1
63
1.23
3309377--3309480
10
10.8
10
71
12
58
31
2
0
64
1.15
3309369--3309479
36
3.0
36
76
14
111
31
2
0
64
1.13
3309376--3309478
18
5.5
19
69
14
54
31
2
0
65
1.14
3309415--3309478
18
3.4
18
77
12
67
29
1
0
68
0.99
3309479--3309655
87
2.0
87
87
7
254
35
7
21
36
1.81
3311401--3311459
26
2.2
27
88
8
86
61
0
1
37
1.07
3312538--3312606
34
2.0
34
88
5
104
53
17
4
24
1.62
3313166--3313203
16
2.4
16
95
0
67
36
2
34
26
1.71
3313437--3313603
18
8.6
18
69
21
90
53
2
0
43
1.18
3313417--3313776
120
3.0
120
97
1
670
52
3
0
43
1.25
3313529--3313687
26
6.5
26
67
23
87
54
2
0
42
1.18
3313516--3313683
38
4.2
40
67
19
125
54
2
0
42
1.20
3313948--3313975
9
3.1
9
100
0
56
42
14
10
32
1.80
3315178--3315281
49
2.1
49
92
0
172
50
9
7
31
1.63
3317628--3317657
14
2.1
14
100
0
60
73
0
0
26
0.84
3317910--3317983
36
2.1
36
84
5
96
45
17
5
31
1.71
3319933--3319966
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
3322767--3322810
21
2.1
21
91
0
70
29
20
29
20
1.98
3323426--3323459
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
3325670--3325833
70
2.3
69
83
10
199
29
18
21
29
1.97
3329105--3329140
17
2.1
17
94
0
63
77
5
2
13
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3330239--3330281
14
3.1
14
86
3
52
74
4
18
2
1.10
3330244--3330282
14
2.9
14
88
3
53
74
2
23
0
0.94
3330508--3330532
12
2.1
12
100
0
50
56
0
8
36
1.29
3332213--3332252
21
1.9
21
84
0
53
17
5
25
52
1.64
3338468--3338509
21
2.0
21
100
0
84
19
33
4
42
1.72
3339043--3339068
13
2.0
13
100
0
52
46
0
30
23
1.53
3341466--3341492
12
2.2
12
100
0
54
33
7
11
48
1.67
3344108--3344375
134
2.0
135
99
0
529
25
16
29
28
1.97
3349667--3349703
18
2.1
18
94
0
65
54
13
5
27
1.61
3355647--3355696
11
4.4
12
80
19
63
24
34
0
42
1.55
3355646--3355696
23
2.3
22
81
18
61
23
33
0
43
1.54
3355662--3355759
51
1.9
51
83
4
126
26
25
2
45
1.64
3357869--3357917
21
2.3
21
75
0
53
32
30
28
8
1.86
3360074--3360371
149
2.0
149
100
0
596
27
18
18
36
1.94
3361416--3361838
125
3.4
125
84
4
600
30
21
18
30
1.97
3362444--3362510
20
3.2
21
83
8
84
59
5
2
31
1.36
3362444--3362510
21
3.2
21
79
8
75
59
5
2
31
1.36
3362474--3362528
21
2.7
21
83
8
60
63
3
0
32
1.12
3366926--3367051
62
2.0
62
87
0
180
26
15
13
44
1.84
3367763--3367826
30
2.1
31
91
2
103
34
0
0
65
0.93
3369868--3369923
24
2.3
24
84
0
76
42
30
25
1
1.65
3370129--3370189
29
2.1
29
84
3
79
47
24
0
27
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3370416--3370471
24
2.3
24
84
0
76
42
30
25
1
1.65
3369643--3370737
548
2.0
548
99
0
2163
32
23
19
24
1.97
3370677--3371253
57
10.1
57
92
1
824
49
22
0
27
1.53
3370677--3371253
142
4.1
143
89
2
826
49
22
0
27
1.53
3370703--3371198
9
52.3
10
62
30
109
50
22
0
26
1.53
3370684--3371250
28
20.0
26
85
7
308
49
22
0
27
1.53
3371265--3371289
10
2.5
10
100
0
50
44
8
0
48
1.32
3376430--3376625
51
3.8
51
91
1
259
20
29
29
20
1.98
3381404--3381460
30
1.9
30
82
13
73
47
3
0
49
1.18
3382074--3382113
8
5.2
8
87
6
57
40
0
0
60
0.97
3382042--3382098
28
2.0
29
89
3
89
42
0
1
56
1.10
3382074--3382113
15
2.7
15
84
11
55
40
0
0
60
0.97
3382055--3382119
22
3.0
22
77
2
78
43
0
0
56
0.99
3382681--3382719
19
2.0
20
85
5
53
58
2
0
38
1.12
3382808--3382867
26
2.4
25
81
10
68
5
56
6
31
1.47
3382857--3382908
22
2.4
22
83
9
70
5
53
5
34
1.49
3385483--3385525
15
2.6
17
82
10
54
62
6
30
0
1.21
3389599--3389623
7
3.6
7
100
0
50
28
0
12
60
1.32
3390742--3390789
25
1.9
25
100
0
96
50
0
10
39
1.37
3390808--3390855
25
1.9
25
95
0
87
43
0
14
41
1.45
3391097--3391133
9
4.2
9
96
3
67
29
0
10
59
1.31
3391164--3392276
23
49.7
23
81
7
1147
47
24
0
27
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3391164--3392235
45
23.9
44
82
9
1002
48
25
0
26
1.53
3391164--3392256
112
9.8
111
84
6
1152
47
25
0
26
1.53
3391164--3392276
291
3.8
288
83
7
1303
47
24
0
27
1.53
3392343--3392639
54
5.2
54
65
15
179
41
8
5
44
1.59
3392282--3392587
54
5.2
60
65
16
194
39
8
7
44
1.63
3392282--3392639
115
3.1
115
95
1
637
40
8
6
44
1.62
3401130--3401190
9
6.8
9
96
0
95
39
27
9
22
1.86
3402191--3402295
54
1.9
54
84
0
138
21
27
23
26
1.99
3414333--3414382
18
3.0
17
85
8
59
42
0
2
56
1.11
3414339--3414387
18
3.1
16
85
11
57
44
0
0
55
0.99
3414320--3414942
90
6.8
90
92
3
919
47
2
2
47
1.32
3414423--3414472
18
3.0
17
85
8
59
42
0
2
56
1.11
3414429--3414477
18
3.1
16
85
11
57
44
0
0
55
0.99
3414513--3414562
18
3.0
17
85
8
59
42
0
2
56
1.11
3414519--3414567
18
3.1
16
85
11
57
44
0
0
55
0.99
3414299--3414942
181
3.5
181
89
4
963
47
2
2
47
1.32
3414603--3414652
18
3.0
17
85
8
59
42
0
2
56
1.11
3414609--3414657
18
3.1
16
85
11
57
44
0
0
55
0.99
3414699--3414739
18
2.4
18
88
8
59
48
7
0
43
1.30
3414299--3414865
181
3.1
180
94
1
967
47
2
3
46
1.33
3415002--3415041
18
2.3
18
87
8
57
42
0
0
57
0.98
3415002--3415039
16
2.3
16
86
13
51
42
0
0
57
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3417422--3417487
33
2.0
33
100
0
132
12
27
18
42
1.85
3419000--3419059
18
3.4
18
64
13
52
43
6
10
40
1.64
3419408--3419590
59
3.1
57
68
11
170
43
3
6
47
1.44
3419430--3419617
61
3.1
61
68
11
179
44
2
5
47
1.39
3419387--3419649
120
2.2
120
98
0
508
44
2
5
48
1.38
3419598--3419632
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
3419868--3419936
16
4.2
16
92
3
120
36
37
1
24
1.65
3419868--3419936
33
2.1
32
94
2
120
36
37
1
24
1.65
3422795--3422913
23
5.2
23
81
0
157
31
21
21
25
1.98
3422802--3422913
46
2.4
46
90
0
179
32
23
20
24
1.98
3429748--3429798
18
2.6
19
75
9
50
47
0
3
49
1.20
3436737--3436860
42
3.0
42
86
4
135
29
26
16
27
1.97
3439208--3439261
24
2.2
24
83
0
63
18
20
40
20
1.91
3441592--3441654
33
1.9
33
83
6
83
28
20
1
49
1.58
3442737--3442773
18
2.1
18
89
0
56
56
0
0
43
0.99
3444305--3444347
16
2.5
17
85
14
54
60
9
4
25
1.47
3445323--3445426
21
5.0
21
82
6
117
13
23
19
44
1.86
3464686--3464740
20
2.8
20
78
13
60
67
1
3
27
1.17
3465568--3465695
31
4.2
31
72
9
104
34
13
10
41
1.79
3466762--3466818
17
3.0
18
76
20
62
61
5
22
10
1.48
3468066--3468395
165
2.0
165
98
0
633
31
19
11
37
1.87
3470367--3470404
20
2.0
20
89
5
60
47
10
10
31
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3470506--3470548
22
2.0
22
90
9
70
18
25
23
32
1.97
3471073--3471129
28
2.0
28
100
0
114
47
3
3
45
1.37
3472080--3472112
11
3.0
11
87
12
50
72
0
0
27
0.85
3475472--3475554
26
3.2
26
81
10
80
78
2
1
18
0.93
3475502--3475553
19
2.7
19
74
14
61
82
3
0
13
0.80
3475472--3475524
8
6.4
8
87
8
70
81
0
1
16
0.79
3475496--3475554
6
10.0
6
75
14
52
81
3
0
15
0.82
3475802--3475847
17
2.7
18
83
16
62
65
2
0
32
1.05
3476553--3476624
36
2.0
36
83
5
92
31
1
0
66
1.00
3476571--3476641
30
2.4
29
74
4
72
38
2
0
59
1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276