genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16522089--16522126	12	3.2	12	85	7	51	28	0	0	71	0.87
16522352--16522398	22	2.2	22	88	3	69	76	4	8	10	1.13
16529881--16529908	5	5.6	5	100	0	56	0	17	17	64	1.30
16532449--16532670	111	2.0	111	99	0	435	32	9	23	34	1.87
16535483--16535525	7	6.0	7	79	15	52	39	0	0	60	0.97
16543036--16543101	31	2.1	31	91	0	105	27	4	18	50	1.66
16549953--16549991	19	2.0	20	90	5	62	23	23	12	41	1.88
16550149--16550316	83	2.0	83	94	0	291	48	16	20	14	1.81
16553026--16553056	10	3.1	10	90	0	53	87	12	0	0	0.55
16553558--16553608	20	2.6	20	85	11	70	82	5	11	0	0.83
16553559--16553609	10	5.2	10	76	4	59	84	3	11	0	0.75
16553977--16554026	25	2.0	25	100	0	100	20	12	8	60	1.57
16554461--16554638	46	3.8	46	84	2	214	32	16	25	25	1.97
16555054--16555350	45	6.4	45	71	14	183	31	17	22	27	1.97
16554991--16555212	89	2.5	88	86	5	286	31	19	22	26	1.98
16554997--16555451	44	9.8	45	68	15	176	30	18	22	27	1.97
16555081--16555445	143	2.6	143	86	2	518	30	17	22	28	1.97
16555432--16555712	89	3.2	87	70	10	246	32	21	17	29	1.96
16555373--16555805	178	2.4	178	87	0	607	31	21	18	28	1.97
16555527--16555802	90	3.1	89	69	7	236	32	21	18	26	1.97
16558242--16558976	361	2.0	360	95	0	1326	39	9	18	32	1.83
16559412--16559576	51	3.2	51	97	0	303	32	13	23	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16562093--16562177	42	2.0	42	97	0	161	25	20	23	30	1.98
16566855--16567155	150	2.0	150	99	0	593	40	9	21	28	1.84
16572525--16572888	182	2.0	182	100	0	728	32	15	18	33	1.92
16574434--16574483	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
16577228--16577280	21	2.3	24	75	12	58	47	13	11	28	1.77
16578473--16578525	21	2.3	24	75	12	58	47	13	11	28	1.77
16582177--16582244	17	3.9	17	77	14	59	26	2	1	69	1.12
16583149--16583182	15	2.2	16	90	10	54	26	0	0	73	0.83
16585544--16585679	65	2.1	65	94	0	236	30	5	40	23	1.76
16586417--16586478	19	3.3	19	63	4	54	50	3	3	43	1.34
16588605--16588663	18	3.2	18	71	4	55	18	22	13	45	1.84
16592637--16592704	20	3.5	20	76	13	61	51	0	1	47	1.09
16594266--16594333	34	2.0	34	85	5	93	44	1	0	54	1.09
16595854--16595879	8	3.2	8	100	0	52	65	0	11	23	1.25
16599368--16600593	627	2.0	627	89	0	1864	30	13	20	35	1.91
16600003--16605357	973	5.6	920	77	13	3933	30	16	18	35	1.93
16601663--16603433	895	2.0	895	92	1	2933	29	16	17	35	1.92
16605928--16605953	5	5.2	5	100	0	52	19	42	19	19	1.90
16608523--16608581	29	2.0	29	100	0	118	44	23	6	25	1.78
16609525--16609582	30	1.9	30	85	0	80	60	1	1	36	1.17
16609513--16609555	20	2.2	20	83	8	52	55	0	0	44	0.99
16631902--16631951	11	4.6	10	80	14	55	26	34	0	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16631937--16631983	21	2.2	21	82	14	53	27	17	6	48	1.71
16633092--16633124	7	4.7	7	92	0	57	27	0	12	60	1.32
16633621--16633688	30	2.3	30	76	0	73	26	45	19	8	1.79
16634191--16634557	128	2.9	126	84	8	491	34	4	5	55	1.44
16637608--16637916	125	2.5	126	86	3	435	28	17	14	39	1.89
16638027--16638076	24	2.1	24	85	7	66	56	20	0	24	1.43
16642843--16642899	29	2.0	29	96	0	105	19	29	19	31	1.96
16647797--16647837	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
16649743--16649776	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
16654295--16654322	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
16657269--16657334	27	2.5	26	82	9	71	65	1	0	33	1.02
16657925--16657955	10	3.1	10	100	0	62	61	9	0	29	1.28
16664009--16664078	34	2.1	34	83	0	86	28	22	12	35	1.91
16666148--16666190	22	2.0	23	86	9	63	34	13	18	32	1.90
16686020--16686082	32	2.0	32	100	0	126	44	19	22	14	1.86
16687569--16687603	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
16688109--16688153	21	2.0	23	84	16	60	68	4	0	26	1.08
16688186--16688277	44	2.1	44	93	0	157	40	20	13	26	1.89
16694236--16694637	46	8.5	47	74	9	232	27	17	28	26	1.98
16694229--16694455	94	2.4	94	89	2	366	27	19	28	25	1.99
16694526--16694637	50	2.2	50	100	0	224	25	17	30	26	1.97
16696141--16696180	19	2.0	20	95	4	73	37	5	10	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16698375--16698459	41	2.1	41	81	0	98	37	30	16	15	1.90
16704026--16704063	18	2.2	18	86	13	53	31	10	7	50	1.66
16708032--16708065	7	4.7	7	88	3	50	82	0	14	2	0.79
16713749--16713804	5	11.0	5	74	11	51	39	0	0	60	0.97
16716309--16716355	21	2.1	22	84	7	60	48	0	4	46	1.21
16718441--16718491	23	2.2	24	82	3	59	13	31	21	33	1.92
16718927--16719055	46	2.8	46	89	2	188	41	10	24	24	1.86
16719417--16719487	20	3.3	20	67	21	54	32	7	12	47	1.68
16719437--16719509	25	3.1	25	65	23	68	34	5	10	49	1.61
16719415--16719509	45	2.1	45	98	0	181	33	6	11	48	1.65
16726216--16726372	43	3.7	42	75	12	115	25	16	25	32	1.96
16735852--16735885	16	2.1	17	94	5	61	85	0	0	14	0.60
16736684--16736896	43	5.0	42	87	4	268	28	27	18	25	1.98
16740726--16740803	40	2.0	40	84	0	102	21	14	30	33	1.93
16762262--16762506	43	5.7	43	89	2	320	29	27	16	26	1.97
16762262--16762506	129	1.9	129	88	3	368	29	27	16	26	1.97
16764869--16764961	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
16769544--16769591	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
16769605--16769697	43	2.2	43	88	3	134	30	6	12	50	1.66
16771137--16771172	13	2.8	13	100	0	72	52	13	0	33	1.41
16777012--16777044	13	2.5	13	86	13	50	30	3	0	66	1.06
16777012--16777043	14	2.3	14	94	0	55	31	3	0	65	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16779533--16779610	23	3.4	23	69	27	67	57	0	2	39	1.12
16779538--16779638	41	2.4	40	81	12	114	59	0	1	37	1.15
16779538--16779656	50	2.6	43	79	15	121	59	0	2	36	1.17
16779567--16779628	10	6.2	9	74	18	52	56	0	3	40	1.15
16783825--16784024	100	2.0	100	98	0	382	26	15	18	41	1.89
16785403--16785427	7	3.6	7	100	0	50	16	16	40	28	1.89
16785945--16786016	20	3.7	19	72	23	62	58	4	1	36	1.26
16791598--16791718	23	5.3	23	77	4	127	28	14	12	45	1.80
16791610--16791718	46	2.4	46	88	0	164	27	13	12	45	1.80
16796124--16796164	20	2.2	18	91	8	64	0	29	0	70	0.87
16798117--16798161	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
16798372--16798411	20	2.0	20	100	0	80	45	5	0	50	1.23
16800287--16800341	20	2.7	21	81	10	69	38	0	0	61	0.96
16800292--16800359	29	2.4	28	76	11	66	39	1	1	57	1.17
16800507--16800608	44	2.4	40	75	21	100	36	25	4	33	1.77
16800520--16800612	44	2.1	46	90	8	147	36	25	5	32	1.79
16800594--16800628	16	2.2	16	90	10	54	25	25	5	42	1.77
16801391--16801485	49	2.0	49	83	4	122	33	8	22	35	1.84
16804610--16804634	12	2.1	12	100	0	50	32	20	8	40	1.81
16807170--16807213	22	2.0	22	86	0	61	54	0	2	43	1.12
16808158--16808318	87	1.8	87	82	5	207	42	16	6	35	1.73
16808597--16808632	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16808814--16808869	28	2.0	29	82	10	71	62	5	1	30	1.28
16809547--16809600	18	3.0	18	75	15	58	46	7	1	44	1.42
16812450--16812542	18	5.2	18	93	0	159	29	25	15	30	1.95
16815352--16815382	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
16815875--16815905	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
16819488--16819647	24	6.6	24	75	11	139	33	30	13	21	1.92
16822131--16822310	9	18.9	9	68	18	57	61	2	2	34	1.21
16822169--16822274	20	4.9	20	67	28	58	58	1	0	38	1.15
16822169--16822299	29	4.6	28	76	13	110	61	2	0	35	1.14
16822176--16822227	26	2.0	26	81	11	61	57	1	0	40	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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