genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71809938--71810046	49	2.2	52	88	5	161	33	13	15	36	1.87
71815877--71816097	40	5.6	40	84	6	263	22	22	28	25	1.99
71824008--71824228	40	5.6	40	83	6	254	23	22	28	25	1.99
71824012--71824228	80	2.7	78	86	4	283	22	23	29	25	1.99
71827343--71827367	13	1.9	13	100	0	50	64	20	8	8	1.46
71827787--71827846	27	2.4	24	78	10	68	45	6	0	48	1.29
71828013--71828046	17	1.9	18	94	5	61	52	5	5	35	1.50
71837877--71837915	3	13.0	3	84	10	53	35	0	0	64	0.94
71841461--71841550	29	3.1	29	90	1	137	31	28	13	26	1.94
71866672--71866726	29	2.0	29	85	7	78	23	3	5	67	1.28
71866672--71866726	27	2.0	28	82	13	69	23	3	5	67	1.28
71866764--71866814	27	1.9	26	84	4	66	27	5	1	64	1.27
71880015--71880063	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
71882923--71883000	26	3.0	25	77	5	84	61	0	2	35	1.10
71882929--71883001	12	5.8	12	80	12	83	65	0	2	31	1.06
71882929--71883020	40	2.3	41	82	10	104	66	1	3	29	1.14
71882958--71883013	26	2.2	26	83	6	69	67	1	1	28	1.10
71884534--71884761	44	5.2	44	92	0	366	28	26	14	30	1.95
71889050--71889137	43	2.1	42	84	2	113	14	27	17	39	1.88
71895734--71895777	19	2.2	20	84	4	54	34	25	20	20	1.97
71901885--71901992	42	2.5	41	82	7	126	31	28	16	23	1.96
71907179--71907287	47	2.3	47	77	14	118	59	0	3	36	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71907181--71907285	26	4.0	26	78	10	108	60	0	3	36	1.15
71907178--71907287	12	9.1	12	73	15	77	60	0	3	36	1.15
71907244--71907299	26	2.2	26	80	6	60	66	1	1	30	1.12
71913315--71913446	66	2.0	66	92	0	219	30	15	28	26	1.96
71914099--71914146	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
71922292--71922340	11	4.7	11	75	14	50	34	8	18	38	1.80
71922292--71922340	20	2.4	21	89	3	73	34	8	18	38	1.80
71926987--71927047	17	3.6	17	78	8	54	72	0	6	21	1.07
71928795--71928821	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
71929224--71929408	94	2.0	94	87	0	271	19	28	25	26	1.99
71933525--71933697	46	3.7	46	78	11	192	23	19	26	31	1.98
71933522--71933693	93	1.8	93	90	2	274	23	19	26	30	1.98
71933922--71933959	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
71942619--71942678	31	1.9	31	89	0	93	26	23	13	36	1.92
71942870--71942987	23	5.0	24	89	5	170	29	22	20	27	1.98
71943039--71943103	20	3.2	20	86	0	94	33	21	13	30	1.92
71944244--71944283	12	3.2	12	82	3	53	50	0	42	7	1.30
71958768--71958879	27	4.2	26	86	7	143	36	22	24	16	1.94
71958768--71958879	54	2.1	54	88	3	163	36	22	24	16	1.94
71960595--71960650	28	2.0	28	100	0	112	17	25	25	32	1.97
71961215--71961458	39	6.3	39	89	1	357	24	24	27	24	2.00
71967026--71967270	39	6.3	39	88	0	339	24	24	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71967026--71967270	78	3.1	78	91	1	384	24	24	26	24	2.00
71969607--71969647	20	2.0	21	85	4	57	60	0	31	7	1.24
71971531--71971617	43	2.0	42	91	2	138	19	27	14	36	1.91
71976335--71976443	27	4.0	27	77	8	114	36	20	23	19	1.95
71978715--71978848	48	2.8	48	88	1	187	32	19	19	29	1.96
71982185--71982410	112	2.0	112	89	1	346	36	14	15	34	1.87
71983984--71984021	18	2.1	18	90	0	58	34	7	18	39	1.80
71996318--71996366	22	2.2	21	86	13	64	38	6	0	55	1.25
72000260--72000366	54	2.0	54	100	0	214	31	26	22	19	1.98
72007809--72007842	16	2.1	16	88	0	50	20	14	32	32	1.93
72008665--72008711	19	2.5	19	93	6	78	10	40	23	25	1.87
72035624--72035732	43	2.6	42	78	5	103	23	18	26	31	1.97
72036536--72036658	65	1.9	65	88	3	185	28	21	27	21	1.99
72038891--72039031	48	2.9	48	78	0	147	26	21	24	26	2.00
72045507--72045736	48	4.9	48	72	5	175	26	20	24	28	1.99
72045510--72045736	91	2.4	93	79	5	219	26	20	24	28	1.99
72057031--72057200	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
72057053--72057235	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
72060485--72060555	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
72060485--72060578	48	1.9	48	81	10	111	34	5	37	23	1.78
72067147--72067388	130	1.9	130	97	0	457	37	28	14	20	1.91
72067277--72067501	113	2.0	113	97	0	423	36	28	13	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72071233--72071344	54	2.1	53	86	1	152	16	25	20	37	1.93
72071233--72071344	27	4.2	26	86	5	134	16	25	20	37	1.93
72073455--72073644	43	4.4	43	81	9	219	30	28	15	24	1.96
72078083--72078121	19	2.1	19	100	0	78	30	20	5	43	1.73
72078086--72078127	19	2.2	19	91	0	66	33	23	4	38	1.76
72078375--72078408	17	2.0	17	88	11	52	0	17	5	76	0.98
72080522--72081071	275	2.0	275	94	0	965	35	10	28	26	1.89
72080846--72081305	230	2.0	230	94	0	812	35	10	27	25	1.90
72081278--72081328	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
72081367--72081677	154	2.0	154	96	0	568	16	24	18	41	1.90
72081807--72081917	56	2.0	56	96	0	204	20	30	8	40	1.82
72081941--72082235	150	2.0	150	95	0	536	29	22	18	30	1.97
72082305--72082562	129	2.0	128	94	0	453	27	11	29	31	1.91
72082762--72083094	167	2.0	167	90	1	524	28	14	26	30	1.95
72083400--72083493	27	3.5	26	81	7	107	15	24	23	36	1.94
72083623--72083734	27	4.2	26	80	7	125	16	24	22	37	1.93
72083623--72083734	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
72089326--72089437	27	4.2	26	80	7	125	16	22	24	37	1.93
72089326--72089437	54	2.1	54	86	3	154	16	22	24	37	1.93
72099875--72099917	20	2.2	20	100	0	86	25	20	13	39	1.90
72103256--72103286	16	1.9	16	100	0	62	38	3	25	32	1.72
72106878--72106914	6	6.3	6	82	17	51	13	54	0	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72111777--72112133	46	7.6	47	71	17	176	24	29	17	28	1.97
72111763--72111988	48	4.8	48	76	12	166	26	29	16	27	1.97
72117594--72117661	34	2.0	34	97	0	127	22	20	17	39	1.92
72118121--72118174	26	2.1	26	92	0	90	27	12	20	38	1.89
72118860--72118967	26	4.2	26	93	0	189	37	25	6	30	1.81
72135466--72136385	47	19.6	47	98	0	1759	27	30	8	33	1.86
72135516--72135594	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
72139550--72139762	27	7.9	27	79	12	224	34	21	24	19	1.96
72139568--72139765	54	3.7	54	95	1	335	34	22	24	18	1.96
72141330--72141749	26	16.2	26	93	0	723	36	25	5	32	1.80
72141330--72141749	52	8.1	52	98	0	813	36	25	5	32	1.80
72144922--72144998	40	1.9	40	86	5	111	27	14	25	32	1.94
72144920--72145012	40	2.3	40	79	3	107	25	13	27	32	1.94
72146712--72146867	43	3.7	42	77	9	147	26	15	25	32	1.95
72149265--72149318	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
72152418--72152517	43	2.4	42	80	9	121	24	16	24	36	1.94
72153989--72154053	30	2.2	30	97	0	121	18	27	35	18	1.94
72155414--72155490	32	2.4	32	82	4	102	29	18	6	45	1.74
72155870--72155911	21	1.9	23	85	9	61	14	4	16	64	1.45
72157011--72157152	25	5.7	25	81	5	99	36	26	12	24	1.91
72156942--72157154	50	4.2	50	71	7	148	32	24	15	26	1.95
72156940--72157150	75	2.8	75	72	7	185	32	25	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72157046--72157154	25	4.4	25	84	2	121	34	28	14	22	1.93
72157755--72157816	4	15.8	4	93	3	108	48	25	0	25	1.52
72158418--72158459	22	1.9	22	85	9	59	54	0	4	40	1.21
72163891--72163945	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
72164083--72164177	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
72164158--72164209	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
72165530--72165568	3	13.0	3	94	0	69	64	0	35	0	0.94
72168910--72168952	21	2.0	22	81	4	52	60	2	2	34	1.22
72169573--72169628	29	1.9	29	82	13	71	60	1	0	37	1.07
72169827--72169970	9	15.0	9	72	15	58	30	3	0	65	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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