genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  224  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74656338--74656386	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
74656574--74656620	22	2.2	21	88	11	69	68	2	2	27	1.13
74656618--74656701	40	2.1	40	88	4	125	44	16	20	19	1.87
74669750--74669850	33	3.1	33	100	0	202	39	8	0	51	1.33
74670305--74670394	43	2.1	43	87	0	126	25	28	20	25	1.99
74675161--74675200	22	1.9	20	85	10	53	65	2	17	15	1.39
74676304--74676358	25	2.2	25	83	6	67	41	1	0	56	1.10
74679799--74679840	16	2.6	16	88	0	57	38	4	4	52	1.44
74686553--74686617	30	2.1	31	83	13	82	55	9	0	35	1.32
74693839--74693871	7	4.7	7	92	0	57	63	0	12	24	1.28
74693838--74693878	19	2.0	19	86	13	55	63	0	12	24	1.28
74698410--74698672	46	5.7	46	79	9	248	29	17	29	23	1.97
74698415--74698672	140	1.8	140	83	4	342	29	17	29	23	1.97
74698410--74698676	47	5.7	47	82	7	251	29	17	29	23	1.97
74699615--74699656	22	2.0	22	85	4	59	11	40	26	21	1.88
74700850--74701016	82	2.0	82	93	2	282	32	18	20	28	1.96
74706100--74706173	36	2.1	36	97	0	139	32	9	22	35	1.87
74709295--74709351	30	1.9	30	89	7	89	40	7	22	29	1.80
74709711--74709751	20	2.1	19	90	4	64	41	12	14	29	1.82
74715172--74715396	47	4.8	47	74	7	190	28	17	30	23	1.97
74715171--74715396	94	2.4	94	84	2	283	27	17	30	23	1.97
74716342--74716382	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74718956--74719318	47	7.8	45	74	11	259	22	29	21	26	1.99
74718955--74719315	94	3.9	94	81	8	382	22	29	21	27	1.99
74718956--74719318	141	2.6	135	79	8	343	22	29	21	26	1.99
74728396--74728529	26	5.2	26	97	0	250	35	25	7	31	1.84
74729658--74730142	123	4.0	123	84	1	519	35	24	17	22	1.95
74729658--74730143	41	11.9	41	80	4	471	35	24	17	22	1.95
74731026--74731079	21	2.6	21	81	0	81	11	1	33	53	1.47
74731455--74731499	20	2.1	21	88	8	65	44	0	4	51	1.21
74731444--74731545	32	3.3	32	67	19	99	45	0	2	50	1.23
74732500--74732537	9	4.4	9	80	12	53	28	0	7	63	1.23
74733129--74733154	11	2.4	11	100	0	52	7	19	7	65	1.43
74735865--74736166	103	2.8	105	92	3	482	35	5	2	56	1.36
74736440--74736735	9	32.0	9	67	20	107	46	14	2	36	1.57
74736420--74736643	56	4.0	56	94	0	385	48	14	2	35	1.56
74736576--74736755	74	2.4	74	92	1	299	46	15	1	36	1.55
74736420--74736699	112	2.5	112	85	3	332	47	14	2	36	1.56
74736676--74736768	27	3.5	27	76	16	79	46	16	1	36	1.54
74742535--74742600	31	2.1	31	91	0	105	18	10	21	50	1.77
74742650--74742872	43	5.2	44	78	11	171	28	27	17	26	1.98
74742674--74742872	86	2.3	86	84	5	260	28	28	17	26	1.97
74742674--74742893	43	5.1	43	83	4	187	28	28	16	26	1.97
74745449--74745599	40	4.0	40	75	13	174	15	18	33	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74745498--74745601	32	3.0	32	67	20	91	17	20	31	30	1.95
74745458--74745601	72	2.0	72	98	0	279	15	19	32	31	1.94
74752691--74752791	41	2.6	38	80	13	132	12	16	34	35	1.87
74756450--74756506	11	5.2	11	74	16	55	54	1	1	42	1.21
74772807--74773463	330	2.0	330	92	0	1107	28	22	14	34	1.93
74783711--74783940	120	1.9	121	93	0	399	29	20	23	26	1.99
74783711--74783931	40	5.5	40	89	2	336	28	19	24	27	1.99
74786736--74787195	47	9.7	47	96	0	812	31	8	30	29	1.86
74787314--74787392	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
74796014--74796046	17	2.0	17	88	5	50	30	0	15	54	1.41
74796235--74796274	4	10.0	4	84	10	55	77	0	0	22	0.77
74803359--74803398	21	2.0	21	90	5	64	10	32	30	27	1.89
74807920--74807968	4	12.2	4	82	8	64	73	0	2	24	0.94
74813172--74813405	49	4.7	50	82	3	285	29	27	17	25	1.97
74813172--74813403	100	2.4	97	84	5	295	29	27	17	25	1.97
74816438--74816470	14	2.2	16	89	10	52	63	0	0	36	0.95
74838331--74838384	26	2.1	26	100	0	108	48	14	14	22	1.81
74843635--74843663	13	2.2	13	100	0	58	6	6	20	65	1.40
74845803--74846023	92	2.4	90	84	8	268	38	19	11	31	1.87
74845870--74846101	92	2.6	91	82	5	272	35	17	13	32	1.89
74846259--74846341	39	2.1	39	82	4	96	62	1	2	33	1.16
74846246--74846359	58	2.0	58	82	6	142	60	0	3	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74846286--74846437	69	2.2	67	79	10	148	63	0	5	30	1.21
74846623--74846652	14	2.1	14	93	0	51	23	0	3	73	0.98
74846657--74846700	19	2.3	19	88	7	63	36	0	2	61	1.09
74846851--74847064	89	2.4	89	80	9	231	35	9	18	36	1.84
74846909--74847079	91	1.9	91	80	7	204	36	8	18	36	1.82
74847358--74847387	12	2.5	12	88	0	51	56	16	16	10	1.66
74854855--74854964	26	4.2	26	95	0	193	38	24	4	32	1.76
74857421--74857484	32	2.0	32	96	0	119	40	17	6	35	1.75
74860492--74860937	224	2.0	224	93	0	768	26	26	16	30	1.97
74864288--74864331	18	2.4	19	81	14	56	38	9	18	34	1.82
74864547--74864585	15	2.6	15	91	0	60	35	35	12	15	1.86
74867422--74867519	42	2.3	42	91	3	162	31	19	14	34	1.92
74868696--74868874	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
74870279--74870375	47	2.1	47	84	0	122	32	10	29	26	1.90
74870349--74870439	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
74870584--74870674	37	2.5	37	98	0	173	23	20	31	24	1.98
74873835--74873867	15	2.2	15	100	0	66	39	24	12	24	1.89
74877028--74877108	42	1.9	42	94	0	144	30	23	16	29	1.96
74890079--74890211	22	6.0	22	79	0	140	28	15	21	35	1.93
74890081--74890218	66	2.1	66	86	0	186	28	14	21	35	1.93
74890217--74890257	15	2.7	15	96	0	73	39	31	17	12	1.86
74892107--74892152	19	2.4	19	100	0	92	41	8	4	45	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74894286--74894324	17	2.3	17	90	0	60	66	2	2	28	1.18
74894358--74894415	26	2.3	25	76	11	64	55	0	3	41	1.17
74894375--74894423	14	3.8	13	76	15	57	53	0	2	44	1.12
74894791--74894845	7	8.1	7	74	22	55	56	0	3	40	1.17
74894750--74894840	33	2.7	33	77	14	89	56	1	7	35	1.35
74894790--74894843	9	5.4	10	72	24	51	57	0	3	38	1.17
74894765--74894848	22	3.5	22	76	15	62	57	0	7	35	1.26
74901065--74901113	14	3.8	13	76	15	57	53	0	2	44	1.12
74901057--74901110	26	2.1	24	83	13	63	53	0	3	42	1.18
74901456--74901516	7	9.1	7	75	20	51	54	0	4	40	1.22
74901459--74901516	15	3.8	15	74	19	57	53	0	5	41	1.23
74907206--74907393	40	4.7	40	88	3	272	24	21	28	26	1.99
74912418--74912642	40	5.6	40	90	4	339	22	23	27	27	1.99
74912418--74912674	80	3.2	80	87	4	344	24	22	26	26	2.00
74912418--74912674	120	2.2	120	85	6	335	24	22	26	26	2.00
74912900--74912943	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
74919211--74919247	9	4.0	9	96	3	65	54	2	21	21	1.58
74922840--74922918	39	2.0	39	95	0	140	37	11	16	34	1.85
74935792--74935822	13	2.4	13	94	0	53	29	32	25	12	1.93
74937979--74938044	33	2.0	33	91	5	107	18	22	12	46	1.81
74941072--74941297	40	5.6	41	86	7	270	25	26	21	25	2.00
74941072--74941297	79	2.8	80	81	9	255	25	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74945634--74945718	26	3.2	25	71	18	66	75	2	17	4	1.08
74945645--74945720	5	14.8	5	74	15	50	76	2	18	2	1.02
74945646--74945728	26	3.1	25	74	19	78	74	2	20	2	1.04
74948229--74948400	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
74956174--74956345	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
74956330--74956435	50	2.3	43	82	17	119	24	24	22	28	2.00
74956349--74956448	50	2.0	50	100	0	200	24	24	24	28	2.00
74960148--74960210	6	10.5	6	79	6	56	74	3	4	17	1.12
74960153--74960201	17	2.8	17	81	3	53	75	4	4	16	1.11
74960148--74960210	29	2.1	31	82	11	78	74	3	4	17	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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