genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  90  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28178855--28178931	32	2.4	32	78	8	93	40	22	15	22	1.91
28179030--28179086	22	2.6	22	100	0	114	29	21	26	22	1.99
28179441--28179502	27	2.3	27	86	5	81	32	19	11	37	1.87
28179484--28179692	27	7.8	27	82	6	237	33	6	18	42	1.75
28179456--28179692	81	2.9	79	82	6	264	33	7	17	41	1.77
28186440--28186476	17	2.2	17	90	4	58	18	2	10	67	1.32
28186682--28186711	15	2.1	15	93	6	53	53	6	0	40	1.27
28190636--28190686	25	2.0	26	96	3	95	37	7	7	47	1.62
28191461--28191539	36	2.2	36	86	2	104	37	27	13	20	1.91
28198555--28198826	40	6.8	40	93	1	454	23	29	21	25	1.99
28198555--28198822	122	2.2	120	93	1	455	23	29	20	25	1.99
28201643--28202053	47	8.7	47	92	2	678	27	30	8	32	1.87
28201643--28202059	96	4.4	96	91	4	684	28	30	8	32	1.87
28201643--28202059	143	2.9	143	95	0	771	28	30	8	32	1.87
28206262--28206359	27	3.5	28	91	2	144	26	12	28	32	1.92
28206287--28206373	28	3.1	27	88	5	111	29	11	24	34	1.90
28210181--28210218	15	2.5	16	83	12	53	73	5	5	15	1.19
28211190--28211259	25	2.8	25	80	0	77	27	21	20	31	1.98
28213565--28213608	22	1.9	23	81	9	54	31	2	6	59	1.36
28219114--28219158	20	2.2	20	84	7	56	64	6	2	26	1.30
28220279--28220315	19	1.9	19	88	0	56	45	21	5	27	1.73
28220373--28220412	19	2.2	19	86	4	55	45	12	5	37	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28222808--28223170	46	7.8	44	77	12	248	23	30	18	27	1.98
28222858--28223170	46	6.6	47	80	12	274	23	30	18	27	1.98
28222802--28223170	138	2.6	142	81	9	407	24	29	18	27	1.98
28222806--28223173	94	3.9	97	77	10	313	24	30	18	27	1.98
28227530--28227596	32	2.1	32	94	5	118	16	23	11	47	1.80
28231915--28232135	46	4.8	44	76	15	162	28	20	29	21	1.98
28231961--28232182	47	4.7	48	76	14	135	28	20	29	21	1.98
28234827--28234969	49	2.8	51	81	11	186	27	22	22	27	1.99
28235221--28235274	27	2.0	27	88	0	81	38	12	7	40	1.72
28238737--28238795	30	2.0	30	86	6	84	40	6	25	27	1.80
28241354--28241398	24	1.9	23	82	13	56	40	6	20	33	1.78
28241927--28241972	21	2.2	21	96	0	83	58	2	15	23	1.48
28246309--28246366	30	1.9	30	89	0	89	36	10	25	27	1.89
28249601--28249637	18	2.1	18	89	0	56	27	24	8	40	1.83
28252184--28252225	22	1.9	22	90	0	66	33	21	14	30	1.93
28256719--28257078	179	2.0	178	90	2	562	35	8	21	35	1.83
28267523--28267557	18	2.0	18	88	5	54	20	25	40	14	1.90
28276860--28276915	28	2.0	28	86	10	78	16	21	44	17	1.86
28282177--28282300	40	3.1	39	78	2	113	30	19	21	28	1.98
28282350--28282493	40	3.6	40	86	1	191	30	21	21	26	1.98
28282804--28282974	7	24.1	7	71	2	63	21	0	32	45	1.56
28282804--28282974	14	12.1	14	70	4	74	21	0	32	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28282862--28282950	21	4.2	21	76	1	70	19	0	37	43	1.51
28283361--28283407	21	2.2	21	85	7	69	21	4	27	46	1.69
28283392--28283445	21	2.6	21	81	0	63	16	0	35	48	1.47
28289500--28289644	43	3.4	42	81	5	175	26	17	27	28	1.97
28289611--28289676	32	2.1	32	88	5	98	25	16	28	28	1.97
28290900--28291070	94	1.8	92	87	7	256	29	19	26	23	1.98
28290903--28291116	46	4.6	46	75	10	179	28	19	28	23	1.98
28292968--28293104	46	3.0	45	88	4	193	26	31	8	33	1.87
28293078--28293363	47	6.0	47	86	4	394	25	29	11	33	1.92
28293108--28293368	145	1.8	141	88	3	324	26	28	11	33	1.92
28304045--28304207	85	1.9	85	81	5	195	25	19	26	27	1.99
28306107--28306481	49	7.5	49	82	3	480	25	17	26	31	1.97
28306102--28306494	100	3.9	100	98	0	741	25	17	26	31	1.97
28308545--28308603	21	2.8	21	94	0	100	30	10	33	25	1.89
28308858--28308896	19	2.1	19	100	0	78	33	0	0	66	0.92
28308857--28308894	9	4.0	10	83	10	53	34	0	0	65	0.93
28312840--28312919	33	2.5	33	94	6	139	36	12	8	42	1.74
28328786--28329815	343	3.0	343	96	0	1882	31	13	22	32	1.93
28335230--28335351	43	2.9	42	82	9	167	27	18	24	29	1.98
28335434--28335480	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
28341364--28341489	28	4.5	28	94	1	209	32	28	12	26	1.93
28344372--28344504	24	5.5	25	75	12	109	39	19	25	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28347705--28347731	9	3.0	9	100	0	54	44	0	22	33	1.53
28348582--28348631	25	2.0	25	100	0	100	20	8	20	52	1.71
28352138--28352200	30	2.1	30	100	0	126	36	6	19	38	1.77
28353122--28353325	48	4.2	48	89	2	318	36	6	25	31	1.81
28353124--28353317	98	2.0	98	94	0	343	36	6	25	30	1.82
28353458--28353566	37	3.0	37	91	1	184	22	19	32	25	1.97
28360455--28360484	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
28361022--28361092	28	2.6	26	80	12	65	32	5	4	57	1.41
28361046--28361107	27	2.3	27	83	8	81	29	3	6	61	1.37
28362451--28362495	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
28369693--28370102	3	136.0	3	97	1	768	33	0	0	66	0.98
28370588--28370871	142	2.0	142	97	0	532	30	16	20	32	1.95
28371033--28371706	337	2.0	337	98	0	1294	29	17	17	35	1.93
28375177--28375208	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
28381666--28381769	51	2.0	51	100	0	208	34	16	24	25	1.95
28383348--28383458	43	2.5	44	79	2	125	27	24	25	23	2.00
28390707--28390736	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
28397800--28397854	23	2.4	23	87	3	76	38	1	10	49	1.49
28400512--28400586	34	2.2	34	80	4	89	37	18	4	40	1.70
28408063--28408268	103	2.0	103	99	0	403	36	22	0	39	1.61
28419024--28419116	41	2.3	41	94	0	159	20	24	21	33	1.97
28419793--28419822	6	4.8	6	95	4	51	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28428025--28428221	55	3.6	54	82	6	229	22	23	17	36	1.95
28430650--28430734	44	1.9	44	85	4	118	24	24	14	36	1.93
28431677--28431791	58	2.0	58	96	0	212	26	24	18	30	1.98
28436975--28437169	55	3.6	54	77	7	182	23	25	14	36	1.93
28437359--28437445	44	2.0	44	86	4	122	24	26	13	35	1.93
28442843--28443008	55	3.0	55	98	0	314	20	4	33	41	1.72
28464354--28464391	12	3.3	12	85	10	53	63	0	7	28	1.23
28464624--28464673	20	2.5	20	78	12	57	28	2	22	48	1.62
28469220--28469279	28	2.3	26	84	15	88	20	5	23	51	1.66
28475231--28475269	14	2.8	14	96	0	69	53	12	7	25	1.65
28477470--28477627	43	3.7	43	72	12	137	24	17	25	31	1.97
28479134--28479171	12	3.3	12	85	10	53	63	0	7	28	1.23
28486229--28486501	40	6.8	40	86	2	350	25	28	21	24	1.99
28486263--28486503	122	2.0	120	89	1	365	26	28	20	24	1.99
28489051--28489089	18	2.0	21	85	14	57	35	2	25	35	1.70
28498846--28498877	16	2.0	16	93	0	55	31	31	28	9	1.88
28498923--28498998	5	14.6	5	72	22	59	22	1	1	75	0.96
28500705--28500959	55	4.8	55	81	8	262	22	25	17	34	1.96
28500750--28500952	108	1.9	110	89	4	322	24	25	18	32	1.97
28504292--28504455	47	3.5	47	73	17	160	31	28	18	21	1.97
28504338--28504509	46	3.7	45	70	13	143	32	27	18	22	1.97
28504246--28504511	93	2.9	93	85	1	354	30	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28512065--28512242	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
28512066--28512221	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
28512062--28512242	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
28513837--28513874	16	2.4	16	95	0	67	28	18	18	34	1.95
28515230--28515300	29	2.5	29	86	4	92	50	16	11	21	1.76
28519381--28519525	37	3.9	37	79	1	166	37	34	10	17	1.84
28520382--28520451	36	1.9	36	94	0	122	50	4	24	21	1.67
28525939--28526022	29	2.9	29	89	0	123	19	22	34	23	1.96
28525931--28526038	29	3.7	29	81	2	90	22	25	33	19	1.97
28526910--28527045	65	2.1	65	97	1	256	33	11	19	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276