genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  243  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80317495--80317595	43	2.4	42	80	12	100	36	23	13	25	1.92
80323001--80323091	24	3.8	24	79	7	94	18	28	20	31	1.97
80323048--80323151	24	4.2	25	77	8	88	22	27	16	33	1.95
80323946--80323985	16	2.4	17	87	4	55	80	0	15	5	0.88
80323952--80323989	10	3.7	10	89	6	58	81	0	15	2	0.80
80324014--80324052	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
80325202--80325324	51	2.4	51	90	1	185	38	11	21	28	1.88
80340130--80340281	11	13.8	11	78	5	119	60	25	7	5	1.47
80340130--80340281	22	6.9	22	74	11	132	60	25	7	5	1.47
80340172--80340311	11	12.4	12	71	19	54	62	24	6	7	1.45
80340130--80340276	66	2.2	66	89	2	224	61	25	7	5	1.45
80340127--80340312	56	3.4	56	78	10	152	60	25	6	6	1.46
80340213--80340310	34	2.9	34	83	10	121	61	25	7	6	1.45
80340130--80340310	67	2.7	67	85	5	217	60	25	7	6	1.46
80340247--80340304	23	2.5	24	83	8	68	58	29	6	5	1.46
80340130--80340309	44	4.1	42	76	11	148	60	26	7	6	1.46
80340454--80340486	9	3.7	9	91	0	57	21	42	3	33	1.68
80347697--80347749	21	2.4	22	78	6	54	62	5	11	20	1.49
80361111--80361148	6	6.7	6	88	11	62	13	0	0	86	0.56
80361084--80361125	17	2.5	17	76	7	50	9	11	2	76	1.12
80361084--80361148	28	2.3	28	81	5	69	10	7	1	80	0.98
80365734--80365815	25	3.3	25	80	8	87	32	23	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80380830--80381097	54	5.0	54	76	0	205	29	24	18	27	1.98
80380831--80381099	27	10.0	27	71	2	146	29	24	18	27	1.98
80386912--80386949	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
80392579--80392616	18	2.1	19	85	14	53	47	7	23	21	1.77
80395717--80395901	91	2.0	91	100	0	370	52	11	10	24	1.70
80403405--80403445	20	2.1	20	86	4	57	48	2	0	48	1.14
80404911--80404967	21	2.7	20	81	10	60	42	3	0	54	1.17
80406892--80406917	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
80407753--80407818	12	5.5	12	80	5	80	4	24	6	65	1.35
80407753--80407827	24	3.1	24	88	3	98	4	25	5	65	1.31
80414636--80414705	35	2.0	35	100	0	140	17	20	17	45	1.85
80414743--80414845	51	2.0	51	96	0	188	28	15	15	40	1.88
80420550--80420593	20	2.2	20	84	8	54	54	2	6	36	1.40
80421170--80421245	38	2.0	38	94	2	136	34	1	17	47	1.56
80421308--80421354	24	2.0	24	82	0	58	4	29	2	63	1.25
80421701--80421757	28	2.0	28	100	0	114	54	14	14	17	1.71
80429543--80429604	6	9.8	6	76	10	61	62	1	3	32	1.20
80429543--80429604	13	4.9	12	76	9	61	62	1	3	32	1.20
80429541--80429578	18	2.1	19	95	5	69	65	5	0	28	1.14
80431636--80431810	87	2.0	87	97	0	332	37	9	21	31	1.85
80434319--80434378	30	2.0	30	100	0	120	66	3	3	26	1.23
80434501--80434529	13	2.2	13	100	0	58	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80434527--80434576	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
80434547--80434605	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
80440242--80440363	61	2.0	61	91	1	201	18	22	18	40	1.91
80445019--80445128	54	2.0	54	98	1	211	30	14	38	17	1.89
80452326--80452363	14	2.4	16	83	16	53	60	2	7	28	1.38
80452437--80452486	19	2.6	19	83	3	64	54	6	4	36	1.44
80455977--80456051	27	2.7	27	74	13	73	60	0	0	40	0.97
80455974--80456051	28	2.8	29	81	13	92	60	0	0	39	0.97
80463386--80463425	21	2.0	20	85	14	55	15	15	0	70	1.18
80465277--80465307	11	2.7	11	95	5	53	41	19	0	38	1.51
80465783--80465835	16	3.3	16	76	10	63	35	24	5	33	1.79
80466024--80466130	40	2.7	40	92	0	187	34	23	16	25	1.95
80473368--80473394	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
80473419--80473449	6	5.2	6	92	0	53	16	19	16	48	1.81
80473484--80473514	6	5.2	6	100	0	62	16	16	16	51	1.77
80482518--80482567	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
80486225--80486250	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
80487677--80487721	14	3.1	14	83	3	54	57	0	15	26	1.38
80488679--80488800	61	2.0	61	98	0	235	35	4	15	44	1.68
80489041--80489257	108	2.0	108	99	0	425	26	16	12	44	1.84
80489967--80490132	53	3.1	54	87	7	216	25	15	28	30	1.95
80497435--80497600	53	3.1	54	87	7	216	25	15	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80505544--80505654	47	2.4	47	81	6	136	25	16	22	36	1.94
80508374--80508491	7	16.9	7	100	0	236	42	0	0	57	0.98
80512074--80512221	75	2.0	75	94	2	262	25	17	18	37	1.93
80537007--80537031	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
80539556--80539594	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
80539767--80539805	16	2.6	15	88	11	62	53	0	0	46	1.00
80544597--80544722	64	2.0	63	96	1	234	33	9	24	32	1.88
80544826--80544874	24	2.0	24	96	0	89	32	16	14	36	1.89
80545738--80546384	323	2.0	323	98	0	1242	26	21	18	32	1.97
80548349--80548397	26	1.9	25	83	4	62	36	4	12	46	1.60
80554173--80554371	100	2.0	100	95	0	362	27	20	14	37	1.91
80557769--80557874	43	2.5	41	81	15	121	47	15	22	15	1.82
80558736--80559030	86	3.4	86	82	7	350	30	18	18	32	1.95
80559988--80560059	37	2.0	36	83	8	92	36	48	1	13	1.52
80560570--80560776	86	2.4	86	91	0	335	30	13	23	32	1.92
80560566--80560825	86	3.1	82	83	8	310	31	13	21	32	1.93
80584910--80584935	13	2.0	13	100	0	52	53	15	30	0	1.42
80589485--80589542	26	2.3	26	90	3	91	18	24	1	55	1.52
80600667--80600697	15	2.1	15	93	0	53	22	22	25	29	1.99
80606897--80606945	24	2.0	24	84	0	62	28	40	14	16	1.87
80608561--80608596	18	2.0	18	94	0	63	41	27	16	13	1.87
80620813--80620837	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80628478--80628511	18	1.9	17	88	5	50	8	20	17	52	1.71
80672742--80672844	51	2.0	51	94	0	179	17	15	21	45	1.85
80673460--80673792	166	2.0	166	94	2	589	26	15	24	33	1.95
80673712--80674671	39	24.5	39	97	1	1768	25	23	27	23	2.00
80679911--80679962	23	2.3	23	89	0	77	50	9	1	38	1.46
80679921--80679968	23	2.1	23	100	0	96	43	12	0	43	1.42
80684796--80684829	15	2.3	15	89	0	50	35	2	23	38	1.70
80695221--80695343	63	2.0	62	95	4	223	53	4	20	21	1.62
80696547--80696651	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
80696507--80696651	40	3.7	40	81	12	165	24	23	27	24	2.00
80696508--80696670	40	4.1	39	79	10	100	25	23	28	23	2.00
80696507--80696657	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
80718299--80718476	27	6.6	27	79	3	160	30	27	15	26	1.96
80718320--80718472	82	1.9	81	86	4	218	30	27	15	26	1.96
80718299--80718476	54	3.3	54	82	3	214	30	27	15	26	1.96
80719034--80719058	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
80719815--80719857	20	2.1	21	86	4	61	13	20	0	65	1.27
80721313--80721370	29	2.0	29	89	0	89	37	6	20	34	1.80
80724324--80724361	12	3.3	12	89	7	53	21	5	5	68	1.29
80724327--80724369	10	4.1	10	80	11	50	16	4	9	69	1.31
80724486--80724518	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
80727242--80727309	28	2.7	23	76	20	73	17	4	32	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80727215--80727298	28	3.0	27	87	8	114	19	4	30	45	1.71
80730706--80730756	23	2.2	23	92	0	84	41	11	3	43	1.60
80735225--80735259	17	2.1	17	100	0	70	5	17	28	48	1.69
80745138--80745197	30	2.0	30	100	0	120	26	20	23	30	1.98
80745612--80745718	43	2.5	43	80	4	119	28	26	19	25	1.99
80751300--80751509	28	7.5	28	91	1	323	33	26	11	27	1.92
80755162--80755253	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
80755143--80755306	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
80764440--80764604	55	3.0	55	99	0	321	29	15	18	36	1.92
80767703--80767734	12	2.7	12	95	0	55	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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