genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  261  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86334654--86334921	40	6.7	40	96	0	473	22	28	20	29	1.98
86337732--86337773	20	2.2	19	87	12	59	16	21	4	57	1.58
86337756--86337810	16	3.5	16	85	5	85	18	23	5	52	1.65
86337745--86337809	31	2.1	31	100	0	130	18	21	6	53	1.66
86341024--86341090	35	1.9	35	87	0	98	31	10	14	43	1.80
86341035--86341167	35	3.8	35	79	1	113	30	10	17	41	1.83
86341635--86341659	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
86346730--86346788	23	2.6	22	89	2	82	30	28	25	15	1.96
86347932--86347976	22	2.0	22	95	0	81	40	28	6	24	1.80
86350678--86350757	27	3.0	27	83	0	106	40	20	15	25	1.90
86360867--86361071	46	4.4	45	80	8	187	23	27	19	29	1.98
86360899--86361071	94	1.9	95	85	8	248	22	28	19	29	1.98
86368323--86368374	21	2.2	24	83	12	65	42	23	1	32	1.65
86377050--86377115	31	2.1	31	100	0	132	28	30	12	28	1.93
86377213--86377290	40	2.0	40	97	0	147	25	20	19	34	1.96
86379539--86379710	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
86379532--86379710	46	3.8	49	79	14	216	29	29	20	20	1.98
86387367--86387555	48	3.9	47	75	5	173	26	19	30	23	1.98
86387376--86387551	96	1.8	96	88	0	271	27	19	29	22	1.98
86390526--86390622	42	2.3	42	89	3	142	30	24	14	29	1.95
86395264--86395559	53	5.5	54	81	6	325	21	23	19	35	1.96
86395267--86395660	108	3.7	108	86	5	502	22	23	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86395546--86395721	47	3.6	47	70	10	136	25	22	14	37	1.92
86395256--86395721	108	4.5	99	84	6	400	22	23	16	36	1.94
86395725--86395890	45	3.6	45	86	3	181	21	25	19	33	1.97
86395775--86395890	45	2.6	45	97	0	214	19	25	19	34	1.96
86396529--86396586	30	1.9	30	82	3	71	31	18	12	37	1.88
86407214--86407427	106	2.0	106	93	0	365	33	28	15	22	1.95
86409867--86410051	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
86409848--86410051	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
86417759--86417943	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
86417759--86417943	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
86419595--86419996	45	9.2	45	85	7	515	30	28	17	24	1.97
86419766--86419829	33	1.9	33	96	0	119	31	32	10	25	1.90
86419722--86419964	78	2.9	80	84	10	303	30	27	16	24	1.97
86419644--86419964	168	1.9	168	90	1	509	30	27	17	24	1.97
86419595--86419996	213	1.9	213	89	1	626	30	28	17	24	1.97
86436280--86436314	17	2.1	17	94	0	61	14	20	5	60	1.54
86448629--86449537	457	2.0	457	95	0	1649	34	16	15	34	1.90
86455363--86456273	457	2.0	457	95	0	1642	34	16	15	34	1.90
86459432--86459602	46	3.7	46	76	13	188	22	21	27	28	1.99
86476684--86476827	39	3.7	40	81	11	156	24	27	22	25	2.00
86487277--86487352	38	2.0	38	94	0	134	32	11	25	30	1.91
86489113--86489172	23	2.6	23	94	0	111	15	33	31	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86494898--86494995	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
86500818--86500903	45	1.9	45	81	9	104	56	2	2	38	1.25
86503581--86503638	20	2.9	21	82	10	77	34	3	1	60	1.24
86523763--86523838	38	2.0	38	97	0	143	30	14	23	31	1.94
86525027--86525171	40	3.6	40	84	4	184	24	24	26	23	2.00
86528136--86528292	43	3.7	42	72	13	133	27	17	25	29	1.97
86545859--86545923	28	2.3	28	92	5	105	35	29	6	29	1.82
86549079--86549194	55	2.1	55	80	6	128	26	28	21	23	1.99
86557390--86557465	37	2.1	37	83	14	95	25	7	23	43	1.80
86559793--86560057	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
86559760--86560057	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
86559989--86560066	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
86567783--86567952	40	4.3	40	86	0	207	27	27	20	24	1.99
86567781--86568005	40	5.7	40	82	5	206	26	27	20	25	1.99
86578201--86578301	50	2.0	50	96	0	184	30	22	6	39	1.81
86583624--86583681	25	2.3	26	85	11	77	22	12	1	63	1.37
86587415--86587725	46	6.5	45	70	13	178	29	20	27	22	1.98
86587415--86587725	48	6.5	46	74	12	211	29	20	27	22	1.98
86587415--86587725	94	3.3	94	77	6	261	29	20	27	22	1.98
86589633--86589804	46	3.7	46	76	13	181	29	27	20	22	1.99
86589638--86589808	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
86590228--86590287	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86597162--86597281	63	1.9	63	92	0	204	40	18	13	27	1.88
86599492--86599620	39	3.3	38	92	2	195	24	27	18	28	1.98
86600285--86600310	11	2.4	11	100	0	52	53	0	0	46	1.00
86604433--86604471	19	2.1	19	100	0	78	20	25	15	38	1.92
86607361--86607492	39	3.4	39	92	0	210	22	28	19	29	1.98
86608632--86608673	20	2.1	20	86	0	57	42	4	2	50	1.36
86611106--86611157	27	1.9	27	84	0	68	28	19	25	26	1.98
86632787--86632863	27	2.9	27	84	3	102	29	27	12	29	1.94
86635314--86635368	28	2.0	27	82	10	67	36	30	21	10	1.88
86638907--86638934	12	2.3	12	100	0	56	75	7	0	17	1.03
86645424--86645465	22	1.9	22	90	9	68	21	16	28	33	1.95
86655902--86656024	61	2.0	61	96	0	228	29	26	7	37	1.83
86657197--86657256	10	6.0	10	81	11	70	66	3	8	21	1.33
86664379--86664489	30	3.8	30	76	14	97	61	5	10	22	1.49
86664372--86664490	59	2.0	60	88	1	177	57	7	10	23	1.58
86665248--86665307	10	6.0	10	83	11	61	66	3	8	21	1.33
86672849--86673572	93	7.8	93	99	0	1430	28	12	22	35	1.91
86683049--86683115	33	2.0	33	94	0	116	20	20	23	34	1.97
86686929--86687037	19	5.5	19	66	22	55	21	31	12	34	1.91
86686928--86687056	21	6.4	20	68	12	68	22	31	13	33	1.92
86686928--86687070	40	3.6	40	83	4	182	22	30	13	33	1.92
86690034--86690429	201	2.0	201	91	0	648	34	17	16	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86694309--86694465	78	2.0	78	98	0	305	37	17	21	23	1.94
86719610--86719646	14	2.6	14	95	0	65	37	5	13	43	1.67
86720491--86720623	34	3.9	34	86	7	182	43	1	14	40	1.54
86720491--86720620	69	1.9	69	88	3	199	43	1	14	40	1.55
86720721--86721227	125	4.1	126	85	2	657	39	16	16	28	1.90
86723731--86723907	40	4.4	40	81	4	198	27	25	22	24	2.00
86728255--86728297	18	2.4	18	88	0	59	39	9	30	20	1.84
86728884--86728926	7	6.0	7	91	2	68	55	13	4	25	1.58
86729834--86729890	24	2.4	24	80	11	64	68	1	1	28	1.09
86744143--86744221	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
86744391--86744786	47	8.4	47	98	0	747	30	29	8	32	1.86
86750721--86750755	6	5.8	6	93	0	61	14	48	17	20	1.81
86756619--86756655	17	2.3	17	86	9	51	45	2	5	45	1.40
86762083--86762447	39	9.2	39	94	4	640	32	6	31	29	1.82
86762356--86762489	47	2.9	47	89	0	205	30	8	33	26	1.87
86762656--86762751	37	2.6	37	91	0	156	27	31	18	22	1.97
86776389--86776431	21	2.1	20	83	12	52	34	16	4	44	1.68
86778087--86778330	49	5.0	48	87	4	328	28	20	20	30	1.97
86778087--86778330	24	10.0	24	87	3	328	28	20	20	30	1.97
86778379--86778434	19	2.9	18	92	7	85	32	17	12	37	1.88
86778379--86778444	20	3.3	20	87	2	98	31	19	12	36	1.89
86778481--86778528	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86779625--86779682	27	2.1	27	93	0	98	20	27	18	32	1.97
86779625--86779703	27	2.9	27	86	3	88	21	24	20	34	1.97
86779748--86779799	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
86779835--86780178	27	12.8	27	83	6	421	30	8	19	41	1.80
86779838--86780178	54	6.3	54	87	5	467	30	8	19	41	1.80
86779838--86780192	81	4.4	81	96	1	615	30	8	20	40	1.81
86780171--86780381	27	7.8	27	89	0	251	39	8	23	27	1.84
86780387--86780476	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
86780370--86780476	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
86780387--86780491	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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