genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  105  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33234742--33235031	144	2.0	144	97	0	544	32	19	23	25	1.98
33237878--33237934	15	3.7	15	68	9	51	24	3	17	54	1.59
33244642--33244710	31	2.3	30	89	2	102	20	33	23	23	1.97
33249526--33249641	59	2.0	59	91	0	187	37	9	13	38	1.78
33252909--33253012	47	2.2	47	89	0	163	34	8	30	25	1.86
33265306--33265330	13	1.9	13	100	0	50	60	0	32	8	1.26
33267412--33267436	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
33270734--33270926	41	4.7	41	80	3	174	34	21	19	24	1.96
33270761--33270918	82	1.9	81	82	6	194	35	20	18	25	1.95
33271235--33271322	21	4.2	21	83	0	86	50	26	0	23	1.50
33271219--33271281	28	2.2	28	88	8	92	47	25	0	26	1.52
33271640--33271696	22	2.6	21	84	13	71	24	3	31	40	1.72
33273847--33273913	27	2.5	29	76	13	72	59	1	4	34	1.26
33273833--33273872	20	2.0	20	95	4	73	52	5	5	37	1.45
33275730--33275830	40	2.5	40	82	3	114	38	17	16	26	1.92
33278758--33278832	25	3.0	25	90	0	114	10	44	17	28	1.82
33279151--33279271	6	20.5	6	79	3	102	41	0	57	1	1.09
33279151--33279271	8	15.4	8	81	3	102	41	0	57	1	1.09
33279415--33279460	23	2.0	23	91	0	74	41	4	13	41	1.63
33279958--33279999	16	2.6	17	81	11	52	35	0	2	61	1.09
33280187--33280429	9	27.4	9	79	7	203	47	16	0	35	1.52
33280196--33280305	44	2.5	44	98	0	211	48	15	1	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33280187--33280415	70	3.2	73	84	7	285	47	15	0	35	1.52
33284271--33284337	24	2.5	28	72	22	72	32	8	4	53	1.52
33285531--33285562	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
33286184--33286340	74	2.1	74	97	1	296	19	12	15	52	1.73
33288937--33289013	40	1.9	40	91	0	127	18	14	29	37	1.90
33291590--33291734	40	3.6	40	82	4	166	22	24	24	27	2.00
33297921--33298086	83	2.0	83	91	0	269	25	21	21	31	1.98
33299696--33299765	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
33299696--33299793	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
33307232--33307292	13	4.7	13	77	0	59	31	1	27	39	1.66
33310294--33310909	23	26.9	23	75	8	416	33	5	22	38	1.78
33310406--33310912	183	2.8	185	85	6	644	33	6	22	38	1.79
33312319--33312357	20	2.0	20	100	0	78	28	20	20	30	1.98
33314885--33314960	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
33324915--33325056	40	3.6	40	89	2	216	23	23	26	26	2.00
33332374--33332438	33	2.0	33	96	0	121	33	9	21	35	1.85
33333509--33333649	40	3.6	40	86	3	198	24	22	26	26	2.00
33337247--33337291	20	2.2	20	84	7	56	35	15	31	17	1.92
33339916--33340058	61	2.3	60	81	8	146	27	26	18	27	1.98
33340079--33340134	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
33349245--33349270	12	2.2	12	100	0	52	7	7	26	57	1.54
33356897--33356960	30	2.2	29	85	2	83	26	20	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33357030--33357103	33	2.2	33	80	0	94	10	52	4	32	1.55
33362274--33362351	41	1.9	41	89	0	120	48	11	15	24	1.78
33366544--33366643	44	2.2	44	96	3	182	13	18	4	65	1.42
33369973--33370195	46	4.8	45	77	11	186	22	27	19	29	1.98
33377944--33378007	24	2.7	23	76	9	67	75	1	12	10	1.13
33381346--33381773	39	11.0	39	92	0	694	23	28	25	22	1.99
33384476--33384545	28	2.5	28	84	9	90	27	15	27	30	1.96
33390847--33390892	23	2.0	22	87	4	65	28	0	0	71	0.86
33395639--33395682	21	2.1	21	100	0	88	22	27	11	38	1.88
33397672--33397764	43	2.2	43	84	0	114	35	19	21	23	1.96
33399987--33400094	43	2.5	42	88	7	155	25	12	25	36	1.91
33403782--33403890	43	2.5	43	89	0	164	25	12	25	35	1.92
33403782--33403909	43	3.0	43	82	2	132	25	13	25	35	1.93
33407323--33408189	46	18.8	46	98	0	1637	39	14	25	19	1.90
33408475--33408507	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
33426632--33426803	49	3.6	49	77	11	180	26	18	31	23	1.97
33445314--33445362	25	2.0	24	92	4	80	18	2	14	65	1.37
33448240--33448324	40	2.2	40	95	2	154	34	22	16	27	1.95
33450422--33450463	19	2.3	19	88	12	61	69	0	21	9	1.17
33473849--33473932	22	3.8	22	82	0	105	34	22	27	15	1.94
33482694--33482924	109	2.1	109	90	0	354	22	22	31	23	1.98
33484331--33484662	70	4.7	70	81	1	360	31	20	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33484909--33484960	19	2.7	19	75	16	54	25	11	15	48	1.78
33489000--33489111	43	2.6	40	80	10	100	28	18	23	29	1.98
33490881--33490923	20	2.2	20	91	0	68	32	13	30	23	1.93
33493526--33493576	10	4.9	10	81	9	57	80	1	11	5	0.97
33497274--33497415	57	2.5	57	86	2	187	39	10	19	30	1.85
33497435--33497766	69	4.8	68	80	4	247	20	20	23	35	1.96
33497434--33497766	138	2.4	138	77	3	355	21	20	23	35	1.96
33501599--33501824	113	2.0	113	94	0	398	28	24	17	29	1.97
33502336--33502427	46	2.0	46	93	0	157	46	19	4	29	1.69
33502348--33502420	22	3.2	22	68	21	60	49	17	2	30	1.61
33503709--33503929	40	5.5	40	98	0	424	23	27	21	28	1.99
33507259--33507434	46	3.8	45	78	10	185	21	19	28	29	1.98
33507255--33507426	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
33509433--33509462	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
33513359--33513383	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
33531035--33531902	38	22.8	38	100	0	1736	31	20	10	36	1.87
33535378--33535450	36	2.0	36	100	0	146	36	10	10	41	1.76
33538358--33538420	32	2.0	32	100	0	126	30	22	25	22	1.99
33557289--33557351	28	2.2	28	85	0	81	31	30	6	31	1.83
33557845--33557930	44	2.0	43	86	8	122	45	24	8	22	1.79
33561219--33561300	26	3.2	26	91	0	128	32	6	23	37	1.79
33562913--33563078	27	6.2	26	81	7	179	18	22	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33562913--33563078	54	3.1	54	89	1	244	18	22	22	36	1.95
33565494--33565580	40	2.1	41	85	2	113	65	9	2	22	1.33
33567359--33567392	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
33567516--33567577	30	2.1	29	93	3	106	58	14	3	24	1.51
33567747--33567780	17	2.0	17	94	0	59	23	32	11	32	1.91
33568424--33568491	34	2.0	34	94	0	118	33	25	10	30	1.89
33571824--33571929	21	5.0	21	74	4	79	18	21	16	43	1.88
33580079--33580120	21	2.0	21	90	4	66	0	28	0	71	0.86
33580091--33580127	16	2.2	17	90	4	58	0	24	0	75	0.80
33581885--33581918	4	8.5	4	86	0	50	20	2	2	73	1.09
33584061--33584496	78	5.6	76	91	1	557	29	26	22	22	1.99
33584061--33584496	116	3.8	114	88	3	557	29	26	22	22	1.99
33584060--33584496	194	2.3	194	94	0	757	29	26	22	21	1.99
33585599--33585656	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
33585600--33585657	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
33585602--33585657	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
33586978--33587012	16	2.1	17	89	5	54	40	0	11	48	1.39
33597836--33597944	37	3.0	37	95	2	195	24	20	16	38	1.92
33597908--33598274	46	7.6	46	87	7	446	28	22	14	34	1.93
33597951--33598268	52	6.3	52	86	7	426	28	22	13	34	1.93
33597908--33598260	196	1.8	196	92	0	607	28	22	14	34	1.93
33597908--33598274	98	3.7	97	85	9	501	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33601589--33601619	15	2.1	15	93	0	53	22	22	41	12	1.88
33602301--33602336	17	2.1	17	90	10	56	0	27	2	69	1.02
33604381--33604407	12	2.2	12	100	0	54	22	18	22	37	1.95
33606539--33606569	15	2.1	15	93	0	53	54	0	3	41	1.16
33608459--33608500	6	7.0	6	94	0	57	4	42	16	35	1.69
33611354--33611458	8	12.6	8	69	21	56	69	2	2	24	1.16
33611336--33611434	9	11.2	9	70	11	53	68	2	3	26	1.15
33611355--33611434	18	4.6	18	68	13	60	71	2	3	22	1.14
33611354--33611428	27	2.9	26	69	13	64	70	2	4	22	1.16
33611333--33611420	36	2.4	36	78	10	99	67	2	3	27	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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