Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  39  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12304934--12304972
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18
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0
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0
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2.0
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0
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1.85
12314181--12314225
20
2.3
20
84
3
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28
26
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28
1.96
12317729--12318065
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2.6
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1
507
35
20
17
26
1.94
12320830--12321089
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2.0
133
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1
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17
27
1.97
12340582--12340720
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3.1
44
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17
133
25
22
20
32
1.98
12340573--12340879
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3.4
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3
406
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24
18
31
1.98
12340830--12341038
88
2.4
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2
294
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22
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1.97
12352676--12353196
262
2.0
263
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3
647
35
19
18
27
1.95
12352676--12353196
132
4.0
132
89
2
640
35
19
18
27
1.95
12357181--12357205
12
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12
100
0
50
40
12
24
24
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15
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0
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10
13
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1.01
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19
2.1
19
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2
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1.02
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15
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0
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2
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2.0
31
96
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27
31
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
31
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0
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6
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29
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12386910--12386966
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3.4
16
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51
19
21
19
40
1.92
12386907--12386974
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2.0
34
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19
22
16
42
1.89
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26
28
1.97
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2.0
320
100
0
1280
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15
33
1.89
12391275--12391313
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2.1
19
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0
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2
30
0
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1.05
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20
2.3
20
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17
60
26
15
28
30
1.96
12392492--12392630
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2.3
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10
145
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1.98
12393870--12393934
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3.6
18
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2.1
21
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1.11
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0
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0
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3.9
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18
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1.90
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2.0
109
94
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374
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11
10
38
1.76
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19
2.7
19
82
8
61
59
1
0
38
1.08
12404257--12404317
27
2.3
26
82
2
68
54
1
0
44
1.10
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2.0
19
89
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5
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0
0
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17
93
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57
34
0
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62
1.11
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10
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2.0
19
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0
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0
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1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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27
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2.0
25
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30
26
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38
1.74
12419161--12419201
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2.0
21
100
0
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0
43
1.36
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31
2.1
29
82
5
74
39
3
9
48
1.51
12429918--12429976
29
2.0
30
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3
84
33
3
10
52
1.52
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1.9
21
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7
0
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1.30
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14.9
13
75
19
158
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0
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1.47
12446863--12447014
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4.3
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236
35
51
0
12
1.45
12446837--12447014
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7.5
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35
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0
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100
0
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12
1.48
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1.17
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1
65
1.16
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18
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18
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31
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1
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1.17
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0
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0
0.70
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15
11
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17
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132
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0
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17
24
26
1.97
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13
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0
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1.50
12460990--12461128
35
3.9
35
77
12
138
38
44
0
17
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12460990--12461113
26
5.1
26
79
13
131
39
43
0
16
1.49
12461512--12461594
3
27.3
3
73
18
66
31
2
1
65
1.13
12463445--12463469
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1.9
13
100
0
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16
16
1.90
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15
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11
60
21
2
0
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32
0
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1.34
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17
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33
0
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1.35
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2.0
405
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0
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10
19
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1.85
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15
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15
56
42
0
13
44
1.44
12469925--12470001
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2.2
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97
0
145
33
0
10
55
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0
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1.9
23
85
4
61
58
4
0
37
1.19
12477644--12477799
43
3.6
43
94
0
267
28
17
25
28
1.97
12486791--12486829
18
2.2
18
90
0
60
38
2
7
51
1.44
12490796--12490966
46
3.7
48
80
13
173
28
18
29
23
1.98
12495032--12495093
30
2.1
30
93
0
106
19
12
17
50
1.78
12495084--12495123
14
2.8
15
85
14
50
20
12
22
45
1.84
12497898--12498047
75
2.0
75
97
0
282
32
19
23
25
1.98
12502763--12502791
13
2.3
13
94
5
51
65
0
10
24
1.23
12505868--12505913
14
3.4
14
84
6
67
67
21
2
8
1.29
12505867--12505921
27
2.0
27
92
0
92
63
20
1
14
1.39
12506392--12506483
42
2.2
42
90
0
139
22
32
22
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12511424--12511462
7
5.6
7
100
0
78
56
0
0
43
0.99
12512161--12512234
31
2.3
32
81
9
87
27
5
1
66
1.22
12517967--12518096
65
2.0
65
98
0
251
33
16
11
38
1.85
12519502--12519526
13
1.9
13
100
0
50
8
12
8
72
1.29
12520238--12520310
31
2.4
31
90
0
110
24
16
10
47
1.78
12521048--12521090
22
1.9
23
85
4
61
62
4
2
30
1.28
12524978--12525025
10
4.7
10
76
5
51
4
20
2
72
1.11
12524977--12525018
15
2.6
16
81
11
50
2
21
2
73
1.06
12525066--12525098
5
6.6
5
86
13
50
39
0
0
60
0.97
12534246--12534465
40
5.5
40
94
2
363
20
21
27
30
1.98
12541109--12541184
40
1.9
40
97
0
143
21
22
27
28
1.99
12541109--12541214
40
2.7
40
86
5
126
20
23
26
29
1.99
12544485--12544535
26
2.0
26
88
0
75
58
1
5
33
1.33
12547381--12547430
10
4.7
10
79
20
57
86
2
6
6
0.79
12547379--12547415
18
2.0
19
85
15
51
86
2
8
2
0.76
12547381--12547444
34
1.9
35
84
15
91
82
4
7
4
0.93
12547381--12547434
22
2.4
23
78
9
67
85
1
7
5
0.81
12548530--12548734
44
4.6
44
76
3
187
31
20
20
27
1.98
12548521--12548687
89
1.9
89
86
2
237
32
20
19
26
1.97
12548568--12548769
88
2.3
89
79
4
203
30
20
21
27
1.98
12548521--12549384
45
18.7
45
70
11
433
33
17
20
29
1.95
12548985--12549287
96
3.2
96
77
6
282
33
16
18
31
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12548696--12549401
230
3.0
231
77
8
701
34
16
19
29
1.94
12549478--12549591
44
2.6
44
81
0
120
33
14
25
26
1.95
12551137--12551174
12
3.2
12
88
0
58
36
2
0
60
1.11
12551694--12551736
22
1.9
23
85
4
61
62
4
2
30
1.28
12563109--12563139
16
1.9
16
93
0
53
25
9
22
41
1.84
12572022--12572229
106
2.0
106
88
2
312
40
12
12
34
1.81
12572735--12572764
13
2.3
13
100
0
60
23
13
40
23
1.90
12574822--12574874
22
2.4
21
90
6
79
24
1
24
49
1.61
12574813--12574862
22
2.6
18
77
22
64
26
0
26
48
1.52
12575446--12575564
42
2.9
41
81
9
125
24
15
26
33
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276