genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27718612--27718699	32	2.8	31	75	10	97	28	3	17	51	1.61
27719915--27719956	17	2.4	18	92	4	68	52	0	2	45	1.13
27719910--27719951	17	2.5	17	84	3	50	52	0	0	47	1.00
27720799--27720840	21	2.0	21	100	0	84	23	9	14	52	1.71
27721299--27721338	18	2.2	18	86	0	53	70	2	0	27	1.01
27722015--27722061	23	2.0	23	91	0	76	55	8	4	31	1.49
27723708--27723732	7	3.6	7	100	0	50	64	12	0	24	1.27
27723708--27723765	23	2.5	22	81	10	55	65	8	3	22	1.36
27724597--27724754	83	1.9	84	81	6	196	37	15	14	32	1.87
27728905--27728960	27	2.1	27	100	0	112	21	17	26	33	1.96
27733061--27733103	19	2.3	19	95	0	77	46	2	13	37	1.57
27735155--27735202	21	2.3	21	85	7	62	54	10	4	31	1.53
27736608--27736637	14	2.1	15	93	6	53	46	6	3	43	1.46
27737817--27737860	17	2.6	17	81	0	52	70	2	6	20	1.21
27745346--27745383	18	2.1	18	85	9	51	57	5	0	36	1.21
27757815--27758863	48	21.9	48	98	0	1938	38	6	24	30	1.80
27759004--27759101	37	2.6	37	96	0	178	24	21	30	23	1.99
27761456--27761543	42	2.1	42	91	0	140	25	36	20	18	1.95
27762728--27762887	41	3.9	42	86	2	200	28	28	17	25	1.98
27773526--27773671	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
27775384--27775467	37	2.3	37	97	0	159	28	15	15	40	1.88
27779519--27779591	23	3.1	23	74	16	69	30	21	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27779537--27779630	24	3.9	24	81	5	109	36	18	22	23	1.95
27779537--27779603	23	2.8	23	88	4	98	37	17	23	20	1.94
27779523--27779615	47	2.0	48	84	2	125	33	21	23	21	1.97
27788186--27788246	32	1.9	32	96	0	113	32	26	8	32	1.86
27792549--27792591	18	2.5	17	75	10	52	27	27	16	27	1.97
27798397--27798698	39	7.7	39	92	0	478	30	29	21	19	1.97
27802273--27802371	27	3.7	26	84	6	126	43	21	8	27	1.80
27802351--27802414	27	2.4	27	83	0	83	35	15	20	28	1.93
27803343--27803402	25	2.4	25	88	0	84	25	23	8	43	1.81
27803355--27803409	25	2.2	25	96	0	101	21	21	10	45	1.82
27805510--27805634	27	4.6	27	82	7	155	40	24	8	28	1.83
27805510--27805635	54	2.3	54	86	2	173	40	23	7	27	1.82
27806303--27806354	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
27806627--27806701	6	12.3	6	72	18	57	18	18	14	48	1.82
27806599--27806680	37	2.2	37	91	0	128	20	19	10	48	1.79
27812612--27812641	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
27813150--27813201	20	2.7	20	74	14	63	13	19	17	50	1.78
27816647--27816755	55	2.0	54	100	0	209	56	5	22	14	1.58
27819794--27819883	45	2.0	45	89	4	137	20	18	28	32	1.96
27821209--27821235	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
27828633--27828746	43	2.7	43	78	5	131	28	14	26	29	1.95
27838096--27838156	27	2.3	27	85	2	79	50	1	11	36	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27838172--27838722	271	2.0	272	99	0	1086	48	10	8	32	1.68
27838942--27838975	18	1.9	17	94	5	59	64	5	0	29	1.17
27847079--27847304	48	4.7	48	77	8	224	26	18	30	23	1.97
27847067--27847304	98	2.5	95	77	8	239	28	18	30	23	1.97
27847079--27847303	49	4.6	50	77	7	178	27	18	31	23	1.97
27857954--27857991	18	2.2	18	86	13	53	10	15	0	73	1.09
27861258--27861428	48	3.6	46	76	19	156	22	30	19	28	1.98
27864447--27864513	28	2.4	28	85	5	82	32	25	11	29	1.92
27871264--27871381	59	2.0	59	98	0	227	55	21	5	17	1.60
27872079--27872145	28	2.4	28	85	5	82	32	25	11	29	1.92
27879652--27879718	28	2.4	28	85	5	82	32	25	11	29	1.92
27894813--27894853	22	1.9	21	85	5	55	19	43	19	17	1.88
27899131--27899160	15	1.9	16	93	6	53	63	3	0	33	1.11
27902602--27902636	17	2.1	17	100	0	70	28	17	11	42	1.83
27908454--27908577	47	2.8	45	80	6	153	24	17	28	29	1.97
27913305--27913512	48	4.4	48	79	8	239	26	20	24	28	1.99
27913305--27913512	91	2.2	93	84	7	262	26	20	24	28	1.99
27921668--27921697	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
27921912--27922089	49	3.5	50	83	6	207	31	26	15	25	1.96
27948432--27948518	45	1.9	45	85	0	120	37	25	10	26	1.88
27959303--27959330	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
27961089--27961170	29	2.9	29	85	5	105	34	19	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27961286--27961353	28	2.4	28	92	4	111	32	8	26	32	1.87
27965108--27965213	52	2.0	52	100	0	212	23	18	28	29	1.98
27976685--27976732	22	2.2	22	85	7	62	31	18	22	27	1.97
27981746--27981841	49	2.0	49	93	0	165	23	4	18	53	1.62
27983939--27984093	43	3.7	43	82	6	190	25	18	27	29	1.98
27992994--27993024	15	2.1	15	93	0	53	16	0	25	58	1.38
28002241--28002395	43	3.7	43	75	6	154	27	17	25	29	1.97
28003236--28003274	8	4.6	8	81	12	51	41	2	0	56	1.13
28013008--28013032	11	2.3	11	100	0	50	44	24	24	8	1.80
28016861--28016910	11	4.8	11	76	11	52	32	20	12	36	1.89
28016861--28016898	20	1.9	20	94	0	67	31	21	10	36	1.87
28024304--28024376	25	3.0	24	79	4	65	24	24	23	27	2.00
28024421--28024470	11	4.8	11	80	11	61	34	18	12	36	1.87
28024421--28024458	20	1.9	20	100	0	76	34	18	10	36	1.85
28026700--28026744	21	2.1	21	91	0	72	35	22	4	37	1.74
28029462--28029780	48	6.6	48	86	0	395	23	18	30	26	1.98
28029512--28029822	48	6.5	46	83	6	236	23	18	29	28	1.98
28029462--28029822	96	3.8	94	81	4	332	24	18	29	27	1.98
28029462--28029822	144	2.5	144	80	5	406	24	18	29	27	1.98
28032648--28032684	16	2.1	19	85	14	53	27	21	2	48	1.63
28032889--28033083	51	3.9	49	78	7	196	28	28	17	25	1.98
28032900--28033087	102	1.9	100	85	4	261	28	28	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28037284--28037394	44	2.6	42	79	14	113	23	18	24	33	1.97
28037336--28037430	42	2.2	43	81	5	113	26	18	24	30	1.98
28045171--28045210	19	2.1	19	90	0	62	35	7	12	45	1.70
28052731--28052879	37	4.0	37	87	0	199	25	32	20	21	1.98
28053047--28053512	47	9.9	47	88	0	691	27	28	11	32	1.92
28053085--28053156	23	3.0	25	63	17	62	23	30	13	31	1.94
28056657--28056694	19	2.0	19	89	0	58	73	0	10	15	1.09
28061766--28061810	19	2.4	19	84	0	54	64	6	2	26	1.30
28061783--28061828	19	2.6	18	83	10	51	63	4	2	30	1.26
28062071--28062131	33	1.9	31	83	6	77	39	1	3	55	1.26
28064278--28064321	23	2.0	23	81	4	54	47	11	18	22	1.80
28076883--28076922	14	2.9	14	92	3	64	17	5	0	77	0.94
28076931--28076965	11	3.2	11	87	0	52	17	2	0	80	0.84
28076930--28076961	16	1.9	17	93	6	57	15	6	0	78	0.95
28081188--28081262	28	2.7	28	89	0	123	24	12	36	28	1.91
28089993--28090085	40	2.3	40	92	3	152	26	27	21	23	1.99
28092541--28092657	35	3.3	35	85	1	162	44	29	11	13	1.80
28095018--28095078	27	2.2	30	80	11	76	31	3	21	44	1.68
28097756--28097780	13	1.9	13	100	0	50	80	0	16	4	0.87
28099814--28099949	46	3.0	46	85	2	175	40	15	24	19	1.90
28107295--28107330	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
28107461--28107583	39	3.1	39	82	4	167	30	26	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28107474--28107601	39	3.3	37	79	10	123	30	28	21	20	1.98
28116338--28116415	40	2.0	39	92	0	120	24	30	10	33	1.88
28130540--28130630	43	2.1	43	87	2	130	34	10	10	43	1.75
28131333--28131487	43	3.6	43	75	1	123	30	14	23	30	1.95
28132199--28132242	21	2.1	21	95	0	79	34	27	9	29	1.87
28139288--28139341	21	2.7	20	82	5	65	37	12	7	42	1.72
28139429--28139458	15	2.0	15	100	0	60	33	13	0	53	1.40
28139468--28139502	17	2.0	18	88	5	54	45	20	2	31	1.65
28141544--28141594	20	2.5	20	80	0	57	29	9	13	47	1.75
28162662--28162773	42	2.7	43	83	5	149	21	33	24	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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