genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  205  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68057503--68057559	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
68057503--68057559	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
68057503--68057559	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
68057628--68057652	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
68057622--68057677	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
68057628--68057709	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
68068299--68068356	30	1.9	30	86	6	82	18	27	31	22	1.97
68074862--68075164	129	2.3	132	88	2	450	31	18	24	26	1.98
68076799--68077199	3	134.3	3	66	13	116	26	6	2	64	1.31
68076833--68076882	22	2.3	21	86	6	73	22	8	2	68	1.26
68077084--68077138	16	3.5	15	80	7	65	29	7	0	63	1.21
68079873--68079918	19	2.4	19	96	0	83	10	32	23	32	1.90
68083597--68083655	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
68083743--68083825	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
68097719--68097745	13	2.1	13	100	0	54	40	0	22	37	1.54
68101652--68101804	43	3.6	43	74	11	154	26	18	27	27	1.98
68101976--68102014	20	1.9	21	89	5	62	48	0	15	35	1.45
68106367--68106544	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
68106388--68106543	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
68107084--68107245	1	162.0	1	100	0	324	0	0	0	100	0.00
68109631--68109659	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
68113205--68113280	26	2.9	26	80	3	82	39	19	18	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68116813--68116849	10	3.7	10	96	0	65	10	16	29	43	1.82
68116806--68116849	20	2.2	20	87	0	61	13	20	27	38	1.90
68119328--68119397	6	11.5	6	75	3	59	70	1	22	5	1.17
68119328--68119393	24	2.7	25	79	6	73	69	1	22	6	1.19
68119311--68119399	18	4.7	20	81	12	82	68	2	23	5	1.22
68119378--68119441	24	2.7	24	71	7	60	59	1	31	7	1.35
68123677--68123725	24	2.0	24	92	0	80	26	36	4	32	1.75
68128430--68128484	24	2.2	25	87	6	76	12	41	3	41	1.60
68129701--68129798	27	3.6	26	75	8	88	36	24	10	28	1.88
68129779--68130086	27	11.7	27	83	5	335	34	18	21	25	1.96
68129871--68129970	46	2.2	46	88	0	146	34	18	23	25	1.96
68129902--68129938	19	1.9	19	100	0	74	29	16	27	27	1.97
68129792--68130046	127	2.0	127	88	1	377	34	19	21	24	1.97
68129817--68130086	100	2.6	100	81	6	299	34	18	21	25	1.96
68131733--68131830	27	3.6	27	75	5	90	36	24	10	28	1.88
68131811--68132143	27	12.3	27	88	0	450	33	19	21	24	1.97
68131811--68132143	108	3.1	108	90	1	508	33	19	21	24	1.97
68133583--68134077	27	18.3	27	92	0	774	31	20	23	24	1.98
68143184--68143305	27	4.5	27	91	0	199	35	19	21	23	1.96
68144583--68144644	10	5.9	10	74	10	52	33	30	3	32	1.74
68144604--68144644	21	2.0	21	95	0	73	31	29	2	36	1.71
68145630--68145688	30	2.0	30	82	0	73	40	5	27	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68147609--68147654	24	1.9	24	83	16	60	41	15	19	23	1.89
68147843--68148171	164	2.0	164	100	0	658	24	10	22	41	1.85
68161883--68162061	40	4.5	40	90	2	256	24	22	28	24	2.00
68168964--68169138	40	4.4	40	90	2	257	22	22	29	25	1.99
68177731--68177803	27	2.7	27	86	0	101	27	16	19	36	1.93
68178152--68178206	18	3.1	18	89	0	83	20	18	14	47	1.83
68182128--68182253	44	3.0	42	78	11	132	34	28	15	22	1.94
68182136--68182247	44	2.6	44	84	6	133	34	27	15	22	1.94
68185073--68185190	31	3.8	31	85	4	157	29	19	27	22	1.98
68185208--68185422	47	4.7	46	81	8	161	28	14	26	29	1.95
68185213--68185465	42	5.6	48	82	10	209	29	13	26	30	1.94
68188431--68188468	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
68188698--68188868	93	1.8	93	92	0	288	28	28	20	22	1.98
68188693--68188865	46	3.7	46	79	10	199	29	27	20	22	1.98
68193036--68193223	40	4.7	40	96	0	340	22	28	20	29	1.98
68199285--68199384	52	1.9	52	95	0	182	36	16	18	30	1.92
68200003--68200055	26	2.0	26	82	7	63	37	20	16	24	1.93
68205336--68205388	26	2.0	26	85	7	72	37	26	11	24	1.89
68207983--68208016	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
68208460--68208493	15	2.3	15	94	0	59	32	35	5	26	1.81
68212601--68212734	43	2.9	44	76	13	135	23	17	29	28	1.97
68217235--68217417	79	2.3	80	85	7	239	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68217233--68217417	40	4.7	40	84	7	243	25	28	22	23	1.99
68231442--68231626	40	4.6	39	78	10	171	25	21	27	26	1.99
68231498--68231659	79	2.1	79	81	6	186	27	17	26	28	1.97
68235264--68235339	29	2.6	29	95	0	134	28	14	26	30	1.95
68237324--68237401	24	3.3	24	76	15	81	28	23	15	33	1.95
68245000--68245142	24	6.0	23	70	11	92	24	21	18	34	1.96
68245249--68245299	20	2.5	20	87	0	75	31	5	19	43	1.75
68249687--68249738	27	1.9	27	84	0	68	28	21	21	28	1.98
68251056--68251105	25	2.0	25	96	0	91	56	6	22	16	1.62
68262502--68262546	15	3.1	15	90	9	76	86	0	0	13	0.57
68262502--68262546	7	6.4	7	90	10	74	86	0	0	13	0.57
68268295--68268338	21	2.1	21	100	0	88	63	9	9	18	1.49
68272843--68272896	28	1.9	28	84	0	72	35	12	29	22	1.91
68273841--68273892	26	2.0	26	96	0	95	36	30	21	11	1.89
68276195--68276276	40	2.0	40	97	0	155	21	13	19	45	1.85
68283076--68283337	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
68294397--68294506	55	2.0	55	98	0	211	33	12	22	30	1.92
68294963--68295050	44	2.0	44	100	0	176	31	11	13	43	1.80
68295160--68295332	46	3.7	46	77	10	190	22	19	27	30	1.98
68295157--68295327	93	1.8	93	91	0	279	22	19	28	29	1.98
68295557--68295594	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68315681--68315787	23	4.6	23	70	3	70	23	21	15	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68315685--68315787	47	2.2	47	82	3	118	24	20	15	39	1.91
68323072--68323176	27	3.9	26	83	8	104	36	21	23	18	1.95
68324784--68324893	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
68325723--68325841	38	3.1	38	85	9	152	23	22	24	29	1.99
68327328--68327507	60	3.0	60	99	0	351	43	5	19	31	1.72
68327578--68327699	43	2.8	43	92	0	199	11	22	33	31	1.90
68327841--68328030	58	3.4	58	91	3	291	23	19	28	27	1.98
68327868--68328026	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
68327897--68328051	29	5.4	27	70	11	78	22	18	30	27	1.97
68331637--68331773	38	3.6	38	80	3	157	18	17	27	36	1.93
68331894--68332040	38	3.8	38	76	11	138	19	17	27	36	1.93
68331613--68332146	267	2.0	267	100	0	1068	25	16	24	33	1.95
68336371--68336482	43	2.6	44	81	5	113	26	18	23	31	1.98
68337505--68337668	40	4.1	40	89	0	247	32	25	18	23	1.97
68339053--68339225	46	3.7	46	77	11	183	23	20	26	30	1.98
68339050--68339220	93	1.8	93	89	2	272	22	20	27	29	1.99
68339450--68339487	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68346429--68346599	47	3.7	47	77	4	211	21	23	28	26	1.99
68346479--68346646	46	3.6	46	75	10	189	20	23	29	26	1.98
68346432--68346645	93	2.3	93	97	0	401	20	22	29	27	1.99
68346875--68346912	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68352257--68352345	45	2.0	45	97	0	169	35	24	12	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68353767--68353891	65	1.9	64	90	1	196	31	10	27	31	1.90
68354387--68355351	40	24.1	40	95	2	1653	23	20	27	29	1.99
68363468--68363589	40	3.0	40	93	2	201	22	22	27	27	1.99
68363576--68363604	15	1.9	15	100	0	58	13	34	34	17	1.89
68363536--68363644	55	2.0	55	89	3	166	21	24	28	25	1.99
68363468--68363724	135	1.9	135	92	0	433	22	21	27	28	1.99
68363496--68363681	95	2.0	95	93	0	318	22	22	27	27	1.99
68363591--68363774	80	2.3	80	86	1	253	23	21	28	27	1.99
68363592--68363807	40	5.4	40	84	6	226	24	19	28	27	1.99
68363733--68364388	328	2.0	328	96	0	1215	27	12	23	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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