genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  232  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76824948--76824999	26	2.0	26	96	0	95	44	19	21	15	1.87
76829338--76829388	20	2.6	19	72	22	52	5	35	0	58	1.22
76829345--76829388	21	2.2	20	83	4	52	4	34	0	61	1.16
76831108--76831138	7	4.4	7	100	0	62	51	0	0	48	1.00
76846636--76846716	41	2.0	41	85	4	110	48	12	4	34	1.62
76847882--76847962	41	2.0	41	85	4	110	48	12	4	34	1.62
76849495--76849542	19	2.5	20	86	6	71	54	2	10	33	1.46
76849507--76849543	19	1.9	19	100	0	74	54	5	5	35	1.47
76851064--76851171	26	4.2	25	90	7	171	33	7	23	36	1.83
76851064--76851171	52	2.1	52	94	0	189	33	7	23	36	1.83
76857690--76857797	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
76863132--76863195	24	2.5	27	73	19	66	56	1	0	42	1.09
76863133--76863192	28	2.2	26	82	11	68	56	1	0	41	1.09
76867385--76867417	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
76879058--76879091	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
76884187--76884231	15	2.9	15	83	3	54	0	31	0	68	0.89
76885628--76885670	23	1.9	22	86	13	61	41	0	0	58	0.98
76891780--76891810	15	2.1	15	100	0	62	67	6	25	0	1.14
76892865--76892903	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
76900868--76900910	21	2.0	21	100	0	86	48	4	23	23	1.69
76901386--76901432	11	4.2	11	78	10	51	53	2	0	44	1.12
76902218--76902260	20	2.2	19	83	4	50	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76912279--76912682	39	10.4	39	94	0	682	19	22	29	29	1.98
76916098--76916128	15	2.1	15	100	0	62	41	12	12	32	1.81
76916462--76916531	35	2.0	35	100	0	140	37	14	17	31	1.89
76919460--76919619	32	5.0	32	89	0	257	44	10	12	33	1.76
76919460--76919619	64	2.5	64	94	2	286	44	10	12	33	1.76
76921211--76921272	23	2.4	27	79	12	78	58	1	3	37	1.24
76924173--76924237	25	2.6	25	100	0	130	52	7	27	12	1.66
76925477--76925506	15	2.0	15	100	0	60	20	6	33	40	1.78
76927837--76927958	60	2.0	60	100	0	244	27	18	21	33	1.96
76940308--76940361	23	2.4	22	81	12	56	42	3	1	51	1.30
76940350--76940380	14	2.2	14	100	0	62	35	0	0	64	0.94
76940367--76940406	20	2.1	19	86	13	55	35	2	0	62	1.09
76940367--76940406	19	2.0	20	86	13	57	35	2	0	62	1.09
76940795--76940855	22	2.9	21	81	11	72	57	0	0	42	0.98
76942928--76942965	19	2.0	19	94	0	67	34	15	10	39	1.82
76946295--76946448	52	2.9	52	83	0	200	25	16	26	31	1.96
76947145--76947209	28	2.3	28	91	0	103	18	26	36	18	1.94
76952141--76952184	21	2.1	21	83	8	54	56	2	4	36	1.32
76952768--76952811	9	4.6	10	85	2	56	22	43	2	31	1.66
76959146--76959185	18	2.2	18	86	8	55	65	2	0	32	1.06
76959180--76959227	24	2.0	25	87	4	71	70	4	10	14	1.29
76964148--76964209	30	2.1	30	93	0	106	59	11	1	27	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76974727--76974825	31	3.2	32	74	5	96	50	5	9	35	1.56
76974720--76974800	32	2.5	31	78	9	83	53	3	8	34	1.50
76976837--76976889	26	2.1	25	82	10	63	39	0	1	58	1.09
76980212--76980254	18	2.5	17	75	17	52	53	9	0	37	1.33
76981789--76981828	16	2.4	17	87	12	64	47	0	12	40	1.41
76982651--76982707	29	1.9	30	82	10	73	47	8	3	40	1.52
76984000--76984092	9	10.1	9	73	6	53	59	5	3	32	1.36
76984017--76984084	3	22.7	3	75	11	59	60	2	1	35	1.21
76990851--76990907	17	3.5	17	76	11	57	63	0	1	35	1.05
76991183--76991249	23	3.0	22	80	4	80	56	0	4	38	1.19
76991935--76992305	186	2.0	187	98	0	726	24	28	21	25	1.99
76993379--76993410	16	2.0	16	93	0	55	28	18	34	18	1.95
76998898--76998996	49	2.0	49	100	0	198	25	24	20	30	1.99
77005636--77005712	17	4.7	17	71	19	65	58	1	1	38	1.15
77005979--77006045	23	3.0	22	80	4	80	56	0	4	38	1.19
77007975--77008021	18	2.6	18	90	10	69	72	0	4	23	1.02
77007992--77008067	8	8.6	8	70	18	53	67	2	3	26	1.22
77007975--77008068	8	10.3	9	68	18	52	67	2	4	26	1.21
77007975--77008077	27	3.7	27	73	11	84	66	1	3	27	1.19
77009333--77009562	57	4.0	57	100	0	460	39	10	12	38	1.77
77016579--77016618	21	1.9	21	90	10	64	32	0	2	65	1.06
77022805--77022849	23	2.0	23	86	8	65	68	0	28	2	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77023990--77024027	19	2.0	20	89	5	60	39	0	7	52	1.31
77025780--77025827	23	2.1	23	100	0	96	35	8	12	43	1.73
77026300--77026330	16	1.9	16	93	0	53	9	6	6	77	1.12
77027941--77028029	17	5.4	17	67	24	64	40	2	3	53	1.30
77027941--77028035	29	3.0	29	68	21	73	38	2	4	54	1.32
77028043--77028090	24	2.0	24	100	0	96	45	4	4	45	1.41
77047483--77047517	18	2.0	18	88	5	54	42	0	0	57	0.99
77048314--77048348	15	2.2	16	95	5	63	80	5	2	11	1.00
77051120--77051324	62	3.3	62	83	0	239	20	26	28	23	1.99
77056215--77056355	62	2.3	63	82	3	178	21	26	27	24	1.99
77058626--77058704	11	7.2	11	70	16	56	26	5	1	67	1.19
77058723--77058757	18	1.9	18	88	0	52	22	0	20	57	1.41
77065127--77065181	27	2.0	27	100	0	110	47	23	7	21	1.76
77066669--77066708	18	2.2	19	86	13	57	70	0	10	20	1.16
77067591--77067638	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
77067582--77067652	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
77069635--77069707	38	1.9	38	100	0	146	46	12	10	30	1.76
77072251--77072304	23	2.5	22	80	19	60	50	5	0	44	1.25
77079644--77079684	15	2.9	15	78	10	50	31	2	4	60	1.30
77082161--77082223	30	2.1	31	85	8	85	57	1	1	39	1.18
77084105--77084144	21	1.9	21	84	0	53	42	12	2	42	1.56
77085338--77085362	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77089121--77089286	27	6.1	27	85	4	201	18	24	22	34	1.96
77094670--77094784	27	4.3	27	87	2	160	19	23	23	33	1.97
77094670--77094806	54	2.6	54	85	3	170	18	23	21	36	1.95
77094670--77094803	27	5.0	27	85	7	148	19	23	21	35	1.96
77097501--77098004	126	4.0	126	89	1	726	27	17	17	38	1.92
77098057--77098138	28	2.8	29	78	7	87	36	18	1	43	1.58
77098081--77098163	34	2.4	34	84	10	96	40	16	1	40	1.56
77098172--77098222	22	2.4	21	80	9	59	39	15	3	41	1.66
77098282--77098334	22	2.4	22	93	0	88	45	16	0	37	1.48
77098313--77098381	34	2.0	34	86	5	95	42	18	2	36	1.66
77098398--77098440	22	2.0	22	90	0	68	39	13	0	46	1.44
77098097--77098491	110	3.6	114	84	9	521	43	18	2	36	1.62
77098607--77098673	35	1.9	35	90	0	107	43	25	2	28	1.69
77103749--77103803	12	4.2	13	76	13	51	50	0	10	38	1.37
77104195--77104492	42	7.3	42	82	4	367	36	21	18	23	1.95
77104195--77104489	84	3.6	83	84	6	404	36	22	17	23	1.95
77104196--77104492	161	1.8	164	90	2	483	36	21	18	23	1.95
77112651--77112677	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
77117695--77117781	39	2.2	39	91	0	138	24	21	27	26	1.99
77117695--77117808	39	2.9	39	86	2	131	22	23	28	24	1.99
77119666--77119756	45	2.0	45	97	0	173	34	21	17	26	1.96
77120641--77120928	149	1.9	149	90	2	456	44	9	4	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77121294--77121320	11	2.5	11	100	0	54	85	0	7	7	0.75
77121673--77121729	26	2.1	27	84	9	73	68	3	8	19	1.31
77125382--77125432	24	2.1	25	85	3	68	62	13	0	23	1.31
77125483--77125575	18	5.4	18	71	5	59	27	45	24	2	1.65
77125473--77125631	30	5.5	30	64	19	79	27	46	23	1	1.63
77125473--77125516	4	11.5	4	80	9	56	27	45	25	2	1.65
77125529--77125681	6	25.5	6	86	5	157	29	49	20	1	1.57
77125683--77125737	28	2.0	28	88	0	83	45	14	7	32	1.72
77125725--77125975	75	3.2	75	80	8	263	46	24	8	21	1.78
77127555--77127596	21	2.0	21	95	0	75	26	33	9	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276