genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  212  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70443742--70444022	118	2.4	119	88	5	442	27	27	21	23	1.99
70450542--70450825	40	7.1	40	89	1	367	26	27	22	24	2.00
70453205--70453424	110	2.0	110	95	0	395	39	16	10	33	1.83
70453822--70453942	60	2.0	60	96	0	224	42	19	9	28	1.82
70457872--70457966	20	4.8	20	87	5	124	36	9	20	33	1.85
70457891--70457949	11	5.7	11	69	15	54	38	10	18	32	1.84
70457880--70457966	40	2.2	40	91	4	140	36	10	20	32	1.87
70458015--70458087	26	2.9	25	89	4	110	27	26	21	24	2.00
70466284--70466452	48	3.6	48	82	3	225	29	19	27	23	1.98
70466284--70466550	94	2.9	93	84	6	301	26	19	28	25	1.99
70466335--70466604	49	5.7	48	76	11	184	26	18	29	25	1.98
70466334--70466599	141	1.9	139	85	7	369	26	18	28	25	1.98
70467549--70467608	30	2.0	30	96	0	111	43	18	20	18	1.88
70470112--70470262	28	5.4	28	89	1	205	33	29	11	25	1.92
70493108--70493181	29	2.6	29	84	4	87	28	14	31	25	1.95
70498653--70498699	22	2.1	23	92	4	78	51	2	23	23	1.59
70499744--70499860	29	4.0	29	81	4	119	29	16	28	26	1.97
70514679--70514757	40	2.0	39	100	0	149	20	25	25	27	1.98
70517430--70517463	4	8.5	4	86	0	50	44	0	32	23	1.54
70517900--70517931	15	2.2	14	94	5	55	0	28	12	59	1.34
70525643--70525686	19	2.3	19	92	0	70	38	15	29	15	1.89
70527678--70527751	29	2.6	28	87	8	96	27	31	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70534050--70534093	21	2.1	21	100	0	88	40	0	27	31	1.56
70535119--70535200	29	2.9	29	88	1	121	18	20	25	35	1.95
70542236--70542468	27	8.6	27	86	0	313	39	20	9	30	1.85
70542453--70542647	27	7.2	27	85	4	250	33	16	22	27	1.96
70542426--70542649	54	4.1	54	82	6	267	33	17	20	27	1.96
70542236--70542495	81	3.2	81	84	4	319	38	19	10	30	1.86
70544217--70544608	48	8.0	48	93	3	613	35	6	26	30	1.83
70544217--70544599	98	3.9	98	95	0	642	36	7	25	31	1.83
70544753--70544851	37	2.7	37	95	0	171	24	20	32	23	1.98
70545831--70545889	22	2.7	22	78	5	57	22	27	20	30	1.98
70546047--70546111	27	2.4	27	82	5	78	20	23	23	33	1.97
70546278--70546361	6	13.7	6	72	14	64	19	17	15	47	1.83
70546262--70546361	31	3.2	31	88	0	119	18	17	14	51	1.77
70549809--70549906	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
70549837--70549919	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
70549809--70549920	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
70550530--70550630	50	2.0	50	98	0	193	26	11	25	35	1.91
70552305--70552376	36	2.0	36	97	0	135	37	5	15	41	1.70
70554831--70554855	11	2.3	11	100	0	50	8	16	0	76	1.02
70561096--70561563	47	9.6	49	87	8	629	29	28	8	33	1.86
70561096--70561563	96	4.8	96	88	6	649	29	28	8	33	1.86
70561433--70561551	58	2.1	58	96	0	220	31	26	7	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70561453--70561547	31	3.2	31	66	22	94	30	28	8	32	1.87
70565885--70566000	29	4.0	29	78	1	117	28	29	14	27	1.95
70571209--70571276	30	2.3	30	92	0	109	27	27	29	14	1.95
70572554--70572598	20	2.2	20	92	0	72	55	0	22	22	1.44
70574222--70574264	21	2.1	21	82	4	52	4	27	0	67	1.10
70577435--70577481	22	2.1	23	84	4	60	44	0	10	44	1.38
70577316--70577621	152	2.0	151	84	4	402	44	5	9	40	1.60
70581608--70581844	48	4.9	48	77	6	228	24	27	19	27	1.99
70581608--70581845	96	2.5	95	85	4	298	25	27	19	27	1.99
70582227--70582371	70	2.1	70	92	0	236	39	15	13	31	1.86
70583350--70583374	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
70586827--70586988	43	3.8	43	77	9	145	24	17	24	33	1.97
70586875--70586970	42	2.3	43	83	8	126	26	15	23	34	1.95
70586830--70586970	44	3.3	42	79	10	128	26	17	23	33	1.96
70589095--70589228	6	21.8	6	70	15	87	46	14	18	20	1.84
70589104--70589238	31	4.2	31	85	8	135	46	13	19	20	1.83
70589097--70589196	37	2.7	38	90	6	161	46	14	19	21	1.84
70589106--70589228	37	3.5	35	81	13	137	46	13	18	21	1.84
70590022--70590217	27	7.3	27	88	0	266	24	19	20	34	1.96
70590021--70590244	54	4.2	52	80	7	225	25	18	20	35	1.95
70590022--70590244	81	2.8	81	83	2	261	25	18	21	35	1.95
70590229--70591089	108	8.0	108	99	0	1659	32	10	18	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70590229--70591082	54	15.8	54	88	0	1285	32	10	18	39	1.85
70592997--70593066	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
70592997--70593094	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
70596542--70596625	6	13.7	6	72	14	64	47	15	17	19	1.83
70596542--70596636	31	3.1	31	89	0	127	48	14	17	18	1.81
70596792--70596856	27	2.4	27	82	5	78	33	23	23	20	1.97
70598052--70598150	37	2.7	37	95	0	171	23	32	20	24	1.98
70598295--70599651	48	28.0	48	96	1	2296	31	26	6	35	1.81
70601221--70601415	27	7.2	27	83	6	234	27	22	16	33	1.96
70601220--70601415	54	3.6	54	84	5	270	27	22	17	33	1.96
70601220--70601415	81	2.4	81	86	1	277	27	22	17	33	1.96
70601397--70601578	27	6.7	27	83	2	215	32	10	17	39	1.85
70601219--70601442	54	4.1	54	82	6	267	27	20	17	33	1.96
70601373--70601560	81	2.3	80	83	7	227	32	12	17	37	1.87
70601409--70601560	81	1.9	81	91	0	250	34	11	16	37	1.85
70608614--70608695	29	2.9	29	88	1	121	35	25	20	18	1.95
70609721--70609764	21	2.1	21	100	0	88	31	27	0	40	1.56
70616063--70616143	29	2.8	29	81	12	103	24	14	32	28	1.95
70618128--70618171	19	2.3	19	92	0	70	15	29	15	38	1.89
70625883--70625914	15	2.2	14	94	5	55	59	12	28	0	1.34
70626351--70626384	4	8.5	4	86	0	50	23	32	0	44	1.54
70629029--70629096	34	2.0	34	97	0	127	36	23	22	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70634515--70634569	28	2.0	28	86	10	78	27	32	12	27	1.93
70643948--70644027	29	2.8	28	86	3	106	23	28	17	30	1.97
70644011--70644071	29	2.1	29	87	3	88	29	26	14	29	1.95
70645109--70645155	22	2.1	23	92	4	78	23	23	2	51	1.59
70647004--70647191	40	4.7	40	91	0	295	22	27	19	30	1.98
70661332--70661379	22	2.2	22	85	7	62	81	4	10	4	0.97
70661785--70661959	42	4.2	42	88	2	262	18	16	27	37	1.92
70665387--70666104	47	15.3	47	92	0	1141	28	28	8	34	1.86
70665838--70665960	22	5.3	22	62	11	66	29	25	9	35	1.88
70668555--70668670	27	4.3	27	84	4	153	24	20	18	36	1.95
70668698--70668749	27	1.9	27	84	0	68	25	5	28	40	1.78
70677016--70677116	50	2.0	50	100	0	202	21	15	27	34	1.94
70677959--70678183	40	5.7	40	84	5	278	24	22	27	26	2.00
70677959--70678216	80	3.2	80	81	8	244	24	21	27	25	1.99
70692038--70692135	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
70692066--70692149	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
70695471--70695510	20	2.0	21	85	9	57	35	15	5	45	1.68
70699679--70699750	36	2.0	36	97	0	135	20	25	26	27	1.99
70701703--70701742	21	1.9	21	85	10	55	55	20	5	20	1.62
70704599--70704645	20	2.4	20	79	13	53	44	2	0	53	1.12
70711757--70711786	12	2.5	12	94	0	51	23	26	43	6	1.78
70712896--70712932	19	1.9	19	88	0	56	16	5	27	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70715231--70715275	21	2.1	21	100	0	90	31	20	4	44	1.71
70719914--70720011	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
70719942--70720024	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
70719914--70720025	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
70723395--70723440	24	2.0	24	86	4	67	69	0	0	30	0.89
70725576--70725626	25	2.0	25	96	0	93	31	15	13	39	1.87
70731000--70731117	43	2.8	42	80	5	130	33	14	21	31	1.93
70734188--70734294	41	2.7	40	80	8	121	30	25	17	26	1.97
70734186--70734294	37	2.8	41	79	9	118	31	24	18	25	1.98
70737968--70738045	32	2.4	34	78	10	90	19	28	15	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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