Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  64  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19824691--19824724
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3
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19841357--19841398
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2.4
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19855489--19855566
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2
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0
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24
1
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1
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0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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5.5
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3
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2
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18
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2
0
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1.15
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174
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24
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19960360--19960388
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15
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0
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0
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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4
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68
16
0
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19
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1.48
19969772--19969858
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19
0
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1.48
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1.29
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0
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3
69
8
69
26
4
2
65
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19989016--19989082
23
2.9
23
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17
75
22
4
1
71
1.12
19989171--19989212
16
2.7
15
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26
4
4
64
1.33
19989136--19989212
3
25.3
3
69
12
50
28
6
2
62
1.33
19989443--19989480
15
2.5
15
86
0
58
34
5
0
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1.19
19990680--19990746
25
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12
68
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7
4
55
1.48
19990760--19990801
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1.9
22
90
0
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28
2
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61
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22.0
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16
21
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10.8
147
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3
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16
21
32
1.95
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28
15
16
38
1.90
20002605--20003020
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2.3
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29
15
16
38
1.90
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5.0
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28
15
16
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1.90
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12
3.0
12
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0
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16
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27
1.68
20003946--20003999
17
3.2
16
89
7
81
16
0
20
62
1.32
20012162--20012202
21
1.9
22
90
5
66
58
12
12
17
1.63
20016964--20016993
12
2.5
12
94
0
51
46
0
6
46
1.29
20017072--20017118
16
2.7
17
80
9
51
63
4
0
31
1.13
20017075--20017123
17
2.7
19
78
15
59
61
8
0
30
1.25
20017567--20017718
40
3.8
40
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3
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26
20
21
30
1.98
20017551--20017719
82
2.0
83
89
1
259
26
18
21
33
1.96
20017881--20018338
46
10.2
46
64
14
175
29
23
21
26
1.99
20017881--20018453
134
4.3
134
95
0
984
29
23
21
26
1.99
20018391--20019499
132
8.4
132
97
0
2020
29
25
18
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20031760--20031806
16
2.7
17
80
9
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63
4
0
31
1.13
20031763--20031811
17
2.7
19
78
15
59
61
8
0
30
1.25
20032025--20032110
3
29.3
3
73
19
60
66
1
3
29
1.16
20032030--20032110
18
4.4
18
77
13
76
66
1
3
28
1.16
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23
3.0
23
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2
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59
28
1
10
1.39
20034580--20034613
16
2.2
16
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5
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52
2
14
29
1.56
20041253--20041691
220
2.0
219
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0
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17
16
33
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6
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15
11
4
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1.34
20053369--20053406
14
2.8
13
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7
58
15
13
5
65
1.43
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100
3.7
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25
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19
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73
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5
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31
16
19
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1.94
20053583--20054193
148
4.1
147
86
2
730
30
15
18
34
1.93
20053603--20054193
221
2.7
222
89
2
879
31
16
19
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2.4
14
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1.48
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16
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1.8
178
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6
433
29
17
17
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20054366--20054558
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1.8
104
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27
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1.88
20054496--20054723
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87
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20055339--20055466
30
4.3
30
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1
213
25
49
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18
1.71
20055742--20055779
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2.2
17
100
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1.36
20055957--20055988
15
2.1
15
94
0
55
28
0
0
71
0.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20055962--20056097
23
5.7
25
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11
90
35
5
2
56
1.36
20056056--20056164
28
4.0
28
72
13
95
30
5
4
59
1.40
20056100--20056175
25
3.2
23
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14
73
28
6
6
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1.49
20056041--20056215
79
2.2
78
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194
31
6
4
58
1.42
20056239--20056294
25
2.3
24
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14
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3
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20059042--20059075
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2.0
17
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0
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0
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20.0
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0
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1.21
20063092--20063141
25
2.0
26
84
11
68
48
4
8
40
1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          273   274   275   276