genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451234--2451303	17	4.3	17	69	20	51	54	0	1	44	1.09
2457075--2457168	35	2.7	35	86	6	129	38	18	12	30	1.88
2463933--2463966	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2464424--2464476	28	2.0	27	81	7	63	60	0	3	35	1.15
2465153--2465180	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2465562--2465628	3	22.3	3	96	0	125	65	0	0	34	0.93
2465790--2465816	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2469194--2469232	19	2.1	19	95	0	69	41	12	5	41	1.65
2470351--2470389	9	4.3	9	84	12	53	87	0	12	0	0.55
2470349--2470381	11	2.9	11	95	4	57	90	0	9	0	0.44
2470348--2470383	18	2.0	18	94	0	63	91	0	8	0	0.41
2471148--2472883	434	4.0	434	99	0	3400	43	6	17	32	1.76
2474674--2474753	41	2.0	41	92	0	133	45	8	15	31	1.76
2492305--2492348	17	2.4	19	82	17	58	68	0	15	15	1.22
2493631--2493720	24	3.8	23	76	7	83	27	14	32	25	1.95
2495183--2495214	5	6.4	5	100	0	64	0	18	0	81	0.70
2496288--2496380	28	3.3	28	95	0	159	35	26	6	31	1.82
2496486--2496575	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
2496486--2496600	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
2503089--2503128	10	4.3	10	81	12	50	0	25	0	75	0.81
2503093--2503124	5	6.4	5	92	0	55	0	21	0	78	0.76
2503931--2503960	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504209--2504301	28	3.3	28	90	3	143	36	25	6	31	1.81
2504407--2504496	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
2506995--2507059	14	4.6	14	71	17	53	24	36	12	26	1.91
2507093--2507167	29	2.7	28	74	11	73	22	38	12	26	1.89
2508994--2509261	46	5.8	46	89	3	360	41	13	24	20	1.88
2510488--2510666	43	4.2	43	91	0	295	31	34	22	11	1.90
2515333--2515476	20	7.2	20	71	12	107	39	20	9	30	1.84
2515323--2515476	40	3.9	40	84	3	197	38	20	8	31	1.83
2515649--2515713	24	2.8	23	81	9	69	33	23	18	24	1.96
2519029--2519095	17	3.7	17	77	14	80	46	23	1	28	1.61
2520196--2520232	12	3.1	12	88	0	56	70	0	5	24	1.08
2520470--2520523	18	2.8	18	86	8	63	24	1	1	72	1.05
2520491--2520542	9	5.8	9	80	13	54	21	1	1	75	1.00
2520491--2520541	17	2.9	17	85	5	57	21	1	1	74	1.02
2526581--2526612	16	2.0	16	93	0	55	34	6	15	43	1.72
2529977--2530036	19	3.2	19	97	0	111	21	30	20	28	1.98
2535751--2535834	42	2.0	42	100	0	168	19	11	23	45	1.83
2538247--2538283	15	2.4	15	90	4	56	8	5	0	86	0.70
2544789--2544821	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
2545107--2545327	92	2.4	92	89	0	334	20	24	14	40	1.90
2545107--2545334	46	5.0	46	86	1	278	21	24	14	39	1.91
2555470--2555684	48	4.6	48	74	13	171	26	21	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2555379--2555642	94	2.8	91	78	5	215	26	20	28	24	1.99
2558104--2558234	47	2.8	47	78	16	155	25	19	31	23	1.98
2558104--2558325	46	4.8	46	76	11	177	26	19	31	23	1.98
2560147--2560361	97	2.2	96	82	8	258	30	14	16	38	1.89
2560452--2560509	21	2.8	20	85	10	73	36	3	1	58	1.25
2564919--2564969	22	2.3	22	89	0	75	33	1	15	49	1.56
2568700--2568744	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
2580515--2580622	26	4.2	26	95	0	198	35	26	7	30	1.84
2581349--2581490	6	23.7	6	100	0	284	16	0	0	83	0.64
2581349--2581490	1	142.0	1	67	0	77	16	0	0	83	0.64
2582064--2582088	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2586562--2586601	20	2.0	20	85	4	55	27	10	7	55	1.60
2587410--2587586	81	2.2	81	100	0	354	41	11	11	35	1.77
2588180--2588214	11	3.0	11	91	8	52	54	0	2	42	1.15
2590233--2590272	19	2.1	19	100	0	80	20	10	10	60	1.57
2591541--2591705	36	4.5	36	80	13	174	32	24	11	31	1.91
2594936--2595061	40	3.2	40	90	1	182	25	27	22	24	2.00
2596364--2596497	39	3.4	39	81	0	160	41	8	12	37	1.75
2597233--2597300	21	3.0	21	66	22	57	54	20	8	16	1.68
2597209--2597300	46	2.0	46	95	0	166	52	22	8	16	1.71
2597209--2597292	25	3.5	25	69	21	72	52	21	8	17	1.71
2602228--2602502	136	2.0	136	88	0	406	35	20	10	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623697--2623722	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2629314--2629360	17	2.8	16	84	12	58	31	27	21	19	1.97
2629724--2629783	30	2.0	30	87	6	86	30	6	11	51	1.64
2643586--2643773	47	4.0	45	78	13	175	54	4	6	34	1.45
2643607--2643650	21	2.1	21	95	4	81	54	4	6	34	1.47
2643586--2643778	26	7.9	26	74	19	159	54	4	6	34	1.44
2643590--2643778	97	1.9	98	85	7	260	55	4	6	33	1.45
2643585--2643804	51	4.5	50	77	13	185	53	4	6	35	1.47
2645833--2645880	24	2.0	24	100	0	96	33	16	16	33	1.92
2650898--2650948	24	2.1	24	82	13	61	13	7	1	76	1.09
2651112--2651158	25	1.9	24	87	12	69	70	4	10	14	1.31
2651402--2651446	15	3.1	14	81	12	56	53	0	0	46	1.00
2652248--2652284	5	7.4	5	100	0	74	18	0	0	81	0.70
2661760--2661824	31	2.1	31	82	5	78	50	9	4	35	1.55
2666646--2666706	21	2.8	22	71	16	56	54	0	3	42	1.17
2670704--2670736	5	6.4	5	96	3	57	39	57	0	3	1.14
2673026--2673085	30	2.0	30	96	0	111	20	18	46	15	1.84
2682083--2682142	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
2682097--2682168	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
2687048--2687108	30	2.0	30	96	0	113	31	14	19	34	1.92
2687427--2687451	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2693751--2693782	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693819--2693860	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
2693823--2693859	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
2693892--2693948	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
2694400--2694438	14	2.8	14	92	0	60	33	17	7	41	1.79
2694849--2694909	13	4.7	13	87	0	95	24	8	29	37	1.84
2695130--2695154	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
2695689--2695723	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
2696079--2696117	18	2.2	18	90	4	62	15	0	25	58	1.37
2696081--2696139	25	2.4	25	85	5	75	15	0	28	55	1.40
2698327--2698464	57	2.4	56	82	2	168	35	19	15	29	1.92
2699854--2700101	75	3.3	75	85	2	311	31	22	19	25	1.98
2699941--2700066	40	3.3	40	68	15	120	30	19	22	27	1.97
2699925--2700037	35	3.1	35	70	16	102	30	21	21	26	1.98
2701453--2701486	16	2.1	16	88	0	50	23	20	2	52	1.60
2705602--2705769	35	4.4	40	70	16	126	32	20	20	26	1.97
2705560--2705769	75	2.8	75	84	5	280	32	22	19	26	1.97
2705701--2705790	35	2.6	35	81	8	112	30	22	22	25	1.99
2707523--2707570	21	2.3	21	78	7	53	39	12	4	43	1.62
2713056--2713090	18	1.9	18	94	0	61	28	11	20	40	1.87
2713229--2713291	30	2.0	30	81	6	72	22	46	0	31	1.52
2716051--2716260	75	2.8	74	80	5	251	36	22	20	20	1.95
2716659--2716719	32	1.9	32	86	0	86	27	16	19	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2719489--2719568	37	2.2	37	88	0	115	12	10	30	47	1.74
2720541--2720605	30	2.2	30	88	0	94	27	18	27	26	1.98
2728490--2728527	18	2.1	18	90	0	58	31	10	15	42	1.81
2729846--2729972	47	2.7	47	85	1	164	22	16	29	32	1.96
2730657--2730688	14	2.3	14	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2734655--2734797	51	2.8	51	86	2	180	18	29	27	24	1.98
2737169--2737294	62	2.0	62	87	3	182	46	11	15	26	1.80
2742273--2742301	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
2743300--2743348	15	3.5	15	75	8	50	0	20	22	57	1.41
2745402--2745446	20	2.2	21	88	4	65	28	8	4	57	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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