genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11924257--11924337	23	3.4	24	86	5	110	14	22	22	40	1.90
11931813--11931950	54	2.6	54	100	0	276	27	18	24	29	1.98
11931988--11932352	46	8.0	46	84	1	392	40	14	24	20	1.90
11931988--11932352	137	2.7	138	83	3	432	40	14	24	20	1.90
11931999--11932347	183	1.9	184	83	0	448	41	14	24	19	1.89
11933050--11933473	212	2.0	212	92	0	704	27	27	18	26	1.98
11935973--11936006	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
11943970--11944136	46	3.6	45	74	15	153	28	27	20	23	1.99
11946540--11946595	15	3.7	15	83	9	78	60	7	16	16	1.56
11949567--11949737	93	1.8	93	92	2	290	29	26	20	22	1.98
11949562--11949739	46	3.8	46	76	10	193	29	26	20	23	1.99
11952146--11952235	42	2.1	42	85	0	117	27	13	16	42	1.86
11955237--11955348	46	2.4	46	87	0	152	17	22	16	43	1.87
11956643--11957501	46	18.7	46	99	0	1675	21	20	28	30	1.98
11959884--11960196	46	6.6	47	74	13	211	22	28	20	28	1.98
11959884--11960196	94	3.3	94	76	10	286	22	28	20	28	1.98
11962680--11962793	42	2.7	43	82	5	144	31	25	14	28	1.95
11970142--11970179	7	5.6	7	87	6	60	57	2	26	13	1.49
11970147--11970171	13	1.9	13	100	0	50	56	4	24	16	1.57
11987314--11987403	44	2.0	44	93	0	153	27	23	15	33	1.95
11987314--11987427	44	2.6	44	84	2	140	26	25	14	34	1.94
11989136--11989175	20	2.0	20	100	0	80	20	5	30	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11990704--11990760	29	2.0	29	100	0	114	40	14	10	35	1.80
11998143--11998189	22	2.1	22	92	0	76	29	10	36	23	1.89
12005156--12005381	48	4.8	48	75	10	207	28	25	17	27	1.98
12008328--12008353	6	4.3	6	100	0	52	19	15	15	50	1.79
12011398--12011524	42	3.0	42	86	6	170	29	26	14	29	1.95
12011483--12011602	47	2.6	47	81	1	134	30	27	15	27	1.96
12011632--12011779	31	4.8	31	88	3	208	25	27	19	27	1.99
12011761--12011883	50	2.4	51	89	5	187	26	22	15	35	1.94
12015353--12015388	13	2.8	13	100	0	72	22	41	22	13	1.89
12020779--12020813	13	2.7	13	90	0	61	25	8	25	40	1.84
12023200--12023225	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
12024654--12024765	9	12.0	9	70	15	50	30	0	7	61	1.29
12024738--12024834	39	2.4	40	78	11	101	39	1	4	55	1.26
12027644--12027673	8	3.8	8	90	0	51	53	3	0	43	1.17
12028981--12029026	13	3.6	13	82	5	67	43	2	0	54	1.12
12028982--12029030	25	2.0	25	100	0	98	44	2	0	53	1.12
12041675--12041781	40	2.7	40	84	8	130	22	26	25	26	2.00
12053430--12053466	18	2.1	18	89	0	56	35	2	21	40	1.68
12074621--12074670	20	2.5	20	76	0	55	62	0	6	32	1.20
12077059--12077093	13	2.8	12	86	4	52	2	34	0	62	1.10
12078068--12078208	34	4.1	34	78	3	140	30	11	12	45	1.78
12078048--12078208	68	2.4	68	75	4	162	29	13	12	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12082711--12082997	142	2.0	142	95	0	511	34	13	22	28	1.93
12086330--12086395	25	2.6	25	79	9	71	22	15	28	33	1.94
12092548--12092574	12	2.2	12	100	0	54	22	22	40	14	1.90
12099137--12099176	21	1.9	21	84	0	53	42	5	20	32	1.73
12101034--12101206	48	3.6	48	88	0	240	30	32	15	21	1.95
12101190--12101258	35	2.0	35	97	0	129	26	27	17	28	1.97
12111266--12111308	14	3.0	15	80	10	54	72	2	0	25	0.97
12111467--12111499	17	1.9	17	88	11	50	24	30	0	45	1.53
12128751--12128783	14	2.3	15	89	5	50	18	0	78	3	0.87
12131457--12131515	24	2.5	23	76	13	57	45	0	3	50	1.18
12131544--12131606	30	2.1	28	83	13	74	49	0	1	49	1.10
12131570--12131663	31	3.1	29	71	18	77	43	0	4	52	1.21
12134610--12134781	47	3.7	47	79	6	170	24	22	18	34	1.96
12134604--12134781	93	1.9	94	80	5	209	25	22	18	33	1.97
12137097--12137175	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
12137081--12137468	49	8.1	49	94	2	621	32	7	29	30	1.85
12137587--12137665	37	2.1	37	95	0	149	25	18	32	22	1.97
12139633--12139696	31	2.1	31	96	0	119	31	26	15	26	1.96
12141407--12141566	79	2.0	79	97	0	302	36	5	15	42	1.71
12147950--12147983	15	2.2	16	89	5	52	35	5	26	32	1.81
12148192--12148253	5	12.2	5	85	10	72	35	16	25	22	1.94
12150029--12150079	21	2.4	21	100	0	102	23	3	19	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12150821--12150870	21	2.3	22	86	3	66	20	40	20	20	1.92
12152855--12152995	28	5.0	28	78	1	122	31	21	17	30	1.96
12152855--12152975	14	8.6	14	71	0	71	31	19	17	31	1.95
12158806--12158840	18	1.9	18	88	0	52	40	0	34	25	1.56
12160007--12160089	41	2.0	41	92	0	139	56	7	16	19	1.63
12160177--12160231	15	3.5	16	87	12	87	78	1	0	20	0.85
12160186--12160231	5	9.2	5	90	9	76	80	0	0	19	0.71
12163016--12163139	62	2.0	62	100	0	248	27	12	19	40	1.88
12165780--12165804	12	2.1	12	100	0	50	16	16	24	44	1.86
12168492--12168522	16	1.9	16	93	0	53	0	3	67	29	1.06
12169721--12169759	19	2.1	19	100	0	78	46	10	10	33	1.72
12173140--12173165	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
12174777--12174845	3	23.7	3	74	11	54	71	2	2	23	1.14
12174777--12174846	11	5.8	11	73	18	59	71	2	2	22	1.13
12174783--12174847	27	2.4	27	78	16	73	70	3	3	23	1.15
12174920--12174944	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
12176391--12176934	44	11.9	44	67	12	177	30	20	17	32	1.95
12198904--12199348	239	1.9	240	97	1	849	37	17	16	28	1.92
12214698--12214737	20	2.0	20	85	9	55	25	0	15	60	1.35
12220417--12220511	46	2.1	46	92	4	156	38	5	20	35	1.75
12220585--12220634	26	2.0	26	88	4	75	42	0	4	54	1.19
12220698--12220764	12	5.9	11	72	19	50	49	2	0	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12220698--12220785	36	2.4	36	83	12	101	48	3	1	46	1.26
12226627--12226665	19	2.1	19	100	0	78	53	10	15	20	1.70
12227998--12228106	33	3.3	33	84	0	128	28	22	17	31	1.97
12229343--12229375	17	2.0	17	88	5	50	30	21	0	48	1.50
12231762--12231897	51	3.0	44	74	18	141	22	16	29	31	1.96
12240943--12240989	19	2.5	19	80	12	62	72	6	0	21	1.07
12244808--12244918	40	2.8	40	79	10	111	31	15	24	28	1.95
12251660--12251704	21	2.3	19	85	11	63	77	2	0	20	0.87
12261505--12261642	72	2.0	72	85	5	194	41	5	5	48	1.47
12266925--12266968	10	4.1	10	83	13	52	13	9	2	75	1.14
12267755--12267820	27	2.5	26	80	12	80	31	6	3	59	1.37
12267769--12267822	25	2.1	26	86	10	76	33	7	1	57	1.37
12268436--12268686	128	2.0	128	90	0	396	25	14	22	37	1.92
12279782--12280796	177	5.7	177	85	1	1314	29	18	22	29	1.97
12279784--12280766	354	2.8	354	90	0	1534	29	18	21	29	1.97
12282286--12282353	29	2.5	27	80	7	84	32	5	2	58	1.37
12282286--12282355	27	2.5	28	80	15	83	32	5	2	58	1.36
12282973--12283212	128	1.9	128	92	0	401	25	15	23	36	1.93
12288782--12289028	118	2.1	118	96	0	458	42	12	8	37	1.72
12293660--12293737	3	25.7	3	70	7	50	53	6	0	39	1.26
12293643--12293742	33	3.0	33	91	2	157	52	8	0	40	1.31
12293661--12293742	11	7.4	11	69	12	51	54	7	0	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12295625--12295664	21	1.9	21	89	0	62	62	5	2	30	1.29
12295841--12295879	19	2.0	18	85	14	51	58	0	5	35	1.20
12297171--12297207	12	3.2	12	81	18	51	8	0	13	78	0.96
12297415--12297741	178	1.8	179	89	0	512	30	17	20	31	1.95
12297637--12297869	44	5.2	45	73	4	166	28	22	18	29	1.98
12297715--12297911	44	4.5	43	75	10	145	29	24	18	27	1.98
12298854--12298978	65	1.9	65	86	0	178	48	8	20	22	1.76
12299255--12299290	16	2.3	16	90	4	56	0	16	2	80	0.83
12302740--12302784	19	2.3	20	85	7	58	40	13	24	22	1.90
12304741--12304800	28	2.1	28	81	3	66	65	1	6	26	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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