genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369599--27369671	35	2.1	35	100	0	146	43	16	5	34	1.71
27376525--27376568	18	2.4	19	85	11	65	45	0	29	25	1.54
27378074--27378113	22	1.9	20	90	10	62	45	2	0	52	1.14
27379429--27379484	28	2.0	28	100	0	112	21	21	25	32	1.98
27380253--27380309	12	4.9	12	70	8	55	66	15	7	10	1.42
27380248--27380309	23	2.7	23	80	7	72	66	16	6	11	1.43
27380242--27380311	11	6.2	11	73	6	59	64	15	7	12	1.48
27383233--27383310	27	2.9	27	86	0	111	37	11	20	30	1.88
27389563--27389621	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
27389852--27389892	11	3.5	12	81	15	50	60	0	0	39	0.96
27389854--27389942	28	3.0	28	81	17	76	59	2	5	32	1.33
27389883--27389942	32	1.9	31	83	16	79	58	3	8	30	1.44
27389964--27390081	12	9.7	12	70	20	75	65	0	2	31	1.12
27389955--27390088	23	5.3	26	73	17	106	64	0	2	32	1.11
27389955--27390088	26	5.3	26	71	19	54	64	0	2	32	1.11
27389955--27390017	7	9.0	7	80	13	67	61	0	0	38	0.96
27393804--27393911	41	2.7	39	81	14	123	26	15	0	56	1.46
27393815--27393912	39	2.5	39	84	14	130	28	13	1	57	1.43
27397652--27397689	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
27399344--27399422	19	4.2	19	87	9	117	35	15	10	39	1.81
27399344--27399416	36	2.0	38	91	5	123	35	13	10	39	1.80
27399345--27399432	36	2.4	35	83	14	108	35	14	10	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27400453--27400531	19	4.2	19	87	9	117	37	11	16	34	1.85
27400443--27400530	36	2.4	36	78	17	110	38	11	15	34	1.84
27402841--27402883	23	1.9	23	85	4	61	39	2	18	39	1.64
27408802--27409035	49	4.7	49	89	1	351	30	17	20	31	1.95
27413858--27413921	27	2.4	27	87	10	87	21	23	17	37	1.94
27421263--27421292	4	7.5	4	100	0	60	73	0	26	0	0.84
27430769--27430820	24	2.1	26	82	7	63	40	3	5	50	1.45
27431424--27431481	24	2.2	27	82	11	68	32	1	5	60	1.29
27431490--27431536	22	2.0	22	84	8	58	59	0	4	36	1.17
27439681--27439706	9	2.9	9	100	0	52	57	0	11	30	1.34
27447732--27447780	24	2.0	24	96	0	89	24	22	16	36	1.94
27447742--27447790	24	2.0	24	88	0	71	28	20	12	38	1.89
27450332--27450759	213	2.0	202	92	5	678	35	16	6	41	1.75
27461228--27461309	41	2.0	41	92	0	137	28	35	7	29	1.84
27465417--27465456	21	2.0	21	90	5	64	35	32	2	30	1.71
27466081--27466222	30	4.7	30	85	3	196	37	17	14	30	1.90
27469832--27469913	33	2.4	34	72	13	78	30	17	25	26	1.97
27472548--27472596	20	2.5	20	82	0	62	36	26	8	28	1.85
27473833--27473883	17	3.1	17	78	13	61	23	5	0	70	1.09
27473851--27473875	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
27474205--27474246	6	6.8	6	81	13	50	19	2	0	78	0.86
27474215--27474253	12	3.5	11	86	10	53	15	5	0	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27488661--27488715	23	2.4	23	84	0	74	25	29	14	30	1.95
27490557--27490596	2	20.5	2	94	5	73	0	50	0	50	1.00
27493642--27493678	15	2.5	15	95	0	65	21	5	35	37	1.77
27504962--27504996	16	2.2	16	100	0	70	60	17	5	17	1.55
27507398--27507437	14	2.7	15	85	14	57	2	20	0	77	0.88
27515657--27515852	98	2.0	98	91	0	320	29	17	21	32	1.96
27518536--27518590	16	3.4	16	69	16	51	63	0	1	34	1.05
27524036--27524075	20	1.9	21	85	10	55	40	7	0	52	1.30
27524064--27524118	23	2.3	23	81	9	58	40	5	3	50	1.43
27527069--27527107	18	2.2	18	100	0	78	58	0	10	30	1.31
27537262--27537301	19	2.1	19	86	9	55	57	5	0	37	1.21
27537764--27537893	58	2.1	63	83	10	164	41	3	4	50	1.38
27537710--27537914	56	3.6	57	73	12	170	40	2	6	50	1.43
27540098--27540191	47	2.0	47	97	0	179	23	5	27	43	1.75
27540858--27540900	19	2.3	19	80	8	52	34	0	0	65	0.93
27546310--27546452	72	2.0	71	97	1	268	32	13	11	41	1.82
27546722--27546796	2	37.5	2	100	0	150	0	0	49	50	1.00
27553354--27553489	69	1.9	71	86	2	195	50	4	4	41	1.42
27568520--27568620	29	3.5	29	72	0	85	22	23	13	39	1.90
27575099--27575143	19	2.4	19	84	0	63	26	6	28	37	1.82
27581476--27581663	98	1.9	98	84	4	254	39	10	17	32	1.83
27585720--27585752	5	6.8	5	93	3	50	12	63	24	0	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27585908--27585967	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
27596613--27596718	51	2.1	51	91	3	169	33	12	7	46	1.70
27602900--27602928	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
27618669--27618716	20	2.4	20	89	6	71	12	22	25	39	1.89
27624421--27624454	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
27625187--27625383	45	4.4	44	72	15	145	30	7	11	50	1.66
27625221--27625300	22	3.7	21	71	15	56	31	5	11	52	1.58
27625406--27625497	44	2.1	44	83	4	114	39	8	8	43	1.66
27625500--27625573	20	3.5	20	75	22	80	31	8	8	52	1.60
27625430--27625578	43	3.4	43	84	8	187	33	10	8	47	1.68
27625474--27625562	23	4.0	24	74	24	88	32	7	10	49	1.65
27625577--27625618	22	1.9	23	85	9	61	38	2	0	59	1.10
27627136--27627224	38	2.4	38	84	1	108	33	20	15	30	1.94
27629735--27629767	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
27632660--27632760	6	19.0	5	77	17	82	75	0	4	18	1.04
27634788--27634830	22	1.9	23	90	4	70	9	39	16	34	1.80
27638968--27638993	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
27647269--27647305	18	2.1	18	89	0	56	21	0	24	54	1.45
27648677--27648786	26	4.2	26	95	0	175	32	5	25	36	1.79
27650380--27650519	27	5.2	27	86	2	174	17	23	22	35	1.95
27650380--27650519	54	2.6	55	88	2	194	17	23	22	35	1.95
27650581--27650620	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27655148--27655193	19	2.4	19	85	0	65	28	2	41	28	1.68
27655146--27655193	9	5.1	9	77	7	51	29	2	41	27	1.67
27663233--27663277	21	2.1	21	88	8	65	48	28	4	17	1.66
27665511--27665884	87	4.4	84	83	7	447	22	21	23	32	1.98
27665566--27665707	43	3.3	42	70	9	124	21	19	23	35	1.96
27665517--27665749	43	5.4	44	67	14	121	19	22	24	33	1.97
27665498--27665885	166	2.3	166	82	7	478	22	21	23	31	1.98
27666814--27666916	24	4.3	23	80	16	111	0	18	0	81	0.69
27666814--27666905	17	5.8	16	80	17	95	0	18	0	81	0.69
27666814--27666914	19	5.6	17	78	18	98	0	17	0	82	0.68
27666820--27666914	10	9.3	10	75	14	79	0	17	0	82	0.68
27666814--27666916	16	6.5	15	80	16	102	0	18	0	81	0.69
27672389--27672632	35	6.9	35	99	0	470	37	13	11	37	1.82
27672763--27672814	21	2.5	21	83	0	59	44	38	1	15	1.58
27672869--27672900	14	2.3	14	94	0	55	53	21	0	25	1.46
27672980--27673205	40	5.4	40	74	13	175	22	22	20	34	1.96
27672962--27673212	131	1.9	132	86	2	362	22	22	20	34	1.97
27673115--27673217	40	2.5	40	92	4	163	25	26	20	28	1.99
27691083--27691118	18	2.1	18	89	5	56	69	0	0	30	0.89
27693395--27693428	13	2.6	13	100	0	68	0	26	44	29	1.55
27694730--27694776	15	3.4	15	72	22	57	55	8	6	29	1.55
27694724--27694777	26	2.1	26	100	0	108	53	7	7	31	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27695640--27695712	36	2.0	36	97	0	137	38	6	21	32	1.80
27696511--27696543	8	4.1	8	100	0	66	39	0	0	60	0.97
27696513--27696552	16	2.5	16	91	0	62	37	0	2	60	1.11
27698424--27698486	21	2.9	22	78	7	74	50	3	4	41	1.39
27703131--27703176	22	2.0	23	91	4	76	45	0	4	50	1.21
27704988--27705037	17	2.9	17	79	8	57	64	2	0	34	1.05
27705051--27705113	32	2.0	32	84	3	83	30	12	15	41	1.85
27707449--27707474	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
27710592--27710636	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27711308--27711433	42	3.0	41	80	6	137	42	19	15	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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