genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18278447--18278559	59	1.9	59	94	0	199	32	12	25	29	1.92
18287188--18287243	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
18287646--18287794	3	49.7	3	100	0	298	66	0	0	33	0.92
18291265--18291344	36	2.2	36	86	0	106	30	20	18	31	1.96
18293435--18293488	25	2.2	25	82	0	63	53	14	7	24	1.66
18293443--18293492	25	2.0	25	96	0	91	48	14	4	34	1.62
18293770--18293800	15	2.1	15	100	0	62	32	6	6	54	1.51
18294615--18294826	117	1.9	117	84	5	290	52	12	4	30	1.59
18294868--18294902	18	1.9	18	94	0	61	74	5	0	20	1.02
18295275--18295330	12	5.0	11	78	10	60	64	3	0	32	1.11
18295275--18295330	21	2.8	20	80	20	71	64	3	0	32	1.11
18295280--18295345	12	5.2	13	72	22	52	68	3	0	28	1.05
18295269--18295341	33	2.2	32	90	4	110	65	4	0	30	1.11
18295288--18295346	18	3.1	18	81	13	57	67	3	0	28	1.06
18295384--18295430	9	5.2	9	81	0	58	65	2	0	31	1.04
18295367--18295430	27	2.2	28	83	8	76	64	1	1	32	1.13
18295932--18295958	12	2.2	12	100	0	54	66	0	0	33	0.92
18300354--18300426	36	2.0	36	83	0	92	32	24	16	26	1.96
18305142--18305190	10	4.9	10	87	9	64	16	16	0	67	1.24
18307740--18307915	46	3.8	45	78	10	203	20	20	29	29	1.98
18307737--18307907	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
18310356--18310543	3	62.7	3	70	21	87	32	2	4	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18310365--18310631	143	1.9	143	92	3	448	31	2	5	60	1.32
18310710--18310741	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
18310791--18310830	16	2.6	15	85	14	55	27	7	0	65	1.20
18322995--18324387	76	18.0	76	79	6	1381	31	15	18	33	1.93
18323005--18324381	156	8.9	156	92	1	1992	32	15	19	33	1.93
18325828--18325863	3	11.7	3	94	5	63	36	0	0	63	0.94
18326047--18326072	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
18326148--18326190	18	2.4	17	82	17	52	23	4	0	72	1.04
18331504--18331544	4	10.5	4	89	5	66	24	2	0	73	0.96
18334482--18334565	42	2.0	42	97	0	159	20	16	27	35	1.94
18336137--18336166	14	2.1	14	100	0	60	6	30	26	36	1.82
18346077--18346276	108	1.9	108	91	0	328	28	14	25	32	1.94
18362656--18362858	96	2.1	96	89	3	311	33	11	13	41	1.81
18362927--18362984	25	2.3	26	81	3	82	62	1	3	32	1.22
18364958--18365002	19	2.6	17	86	13	58	66	0	0	33	0.92
18365478--18365631	77	2.0	77	98	0	299	33	12	10	44	1.76
18367304--18367344	22	1.9	22	90	5	66	14	9	2	73	1.19
18370140--18370207	23	3.0	23	97	0	127	45	0	19	35	1.50
18371074--18371102	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
18374723--18374762	16	2.4	17	84	15	57	65	0	7	27	1.20
18377167--18377253	29	3.0	29	70	9	70	42	14	21	20	1.88
18382199--18382229	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18382245--18382275	8	3.9	8	95	0	53	74	0	12	12	1.08
18387336--18387437	48	2.1	51	85	5	138	16	16	9	56	1.65
18387432--18387495	29	2.2	29	81	10	78	21	15	4	57	1.56
18387507--18387581	3	25.3	3	76	8	73	32	2	4	61	1.28
18399296--18399337	19	2.2	19	100	0	84	47	21	9	21	1.79
18409348--18409549	97	2.1	97	94	0	350	22	6	38	32	1.80
18413758--18413872	53	2.2	53	82	4	135	26	25	15	32	1.96
18413778--18413893	53	2.2	55	80	12	143	23	25	14	36	1.93
18424565--18424621	26	2.3	24	74	11	60	28	10	7	54	1.60
18427709--18427754	23	2.1	21	84	8	56	36	0	8	54	1.32
18429667--18429816	21	7.1	21	66	7	81	40	18	23	18	1.91
18429662--18429821	42	3.8	42	78	8	137	40	16	25	18	1.91
18432957--18432995	19	2.1	19	100	0	78	25	20	5	48	1.70
18437284--18437337	21	2.6	21	72	0	54	40	20	25	12	1.88
18437260--18437412	42	3.7	41	74	8	123	45	17	20	16	1.86
18437339--18437388	21	2.4	21	75	18	50	48	16	12	24	1.79
18441211--18441247	18	2.1	18	89	0	56	29	8	0	62	1.24
18454354--18454410	30	1.9	30	85	7	80	50	5	7	36	1.52
18454342--18454417	30	2.6	28	76	12	71	48	5	10	35	1.60
18456541--18456614	33	2.2	33	83	4	87	27	22	14	35	1.94
18458829--18458871	20	2.2	20	82	0	50	51	0	4	44	1.22
18458983--18459034	25	2.1	25	100	0	104	57	0	15	26	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18464113--18464467	189	1.9	178	90	6	557	38	21	10	29	1.87
18466217--18466280	28	2.3	27	79	12	67	20	1	12	65	1.33
18468329--18468404	22	3.3	23	80	9	84	17	27	17	38	1.91
18499997--18500040	9	5.3	9	82	17	60	47	0	0	52	1.00
18499994--18500040	24	2.0	24	91	8	78	48	0	0	51	1.00
18503589--18503622	17	1.9	18	94	5	61	11	0	2	85	0.71
18503786--18503824	17	2.3	17	86	0	51	38	5	2	53	1.37
18505083--18505529	126	3.5	126	86	4	562	26	17	18	37	1.93
18512645--18512672	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
18517985--18518050	32	2.1	32	94	5	116	56	16	6	21	1.62
18519294--18519324	13	2.5	13	94	5	55	48	0	0	51	1.00
18521557--18521589	17	1.9	17	88	11	50	60	6	6	27	1.44
18523037--18523069	16	2.0	17	88	5	50	15	12	0	72	1.12
18523782--18524091	149	2.1	150	81	4	358	23	10	24	41	1.85
18523778--18524091	75	4.2	75	77	4	310	24	9	24	41	1.85
18531797--18531840	18	2.4	18	84	0	61	50	0	0	50	1.00
18532372--18532409	20	1.9	20	89	10	60	28	0	7	63	1.23
18532987--18533416	110	4.0	106	79	7	458	26	16	22	33	1.96
18532987--18533463	105	4.4	106	77	9	457	27	17	21	34	1.95
18539032--18539069	6	6.7	6	90	3	53	18	23	0	57	1.40
18539161--18539296	47	2.8	50	87	6	165	33	16	0	50	1.45
18539207--18539296	28	3.4	28	71	14	91	32	15	0	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18539274--18539308	17	2.1	16	89	5	52	28	11	0	60	1.32
18539681--18539768	5	16.6	5	83	6	104	18	18	2	61	1.45
18539681--18539768	32	2.8	32	92	1	142	18	18	2	61	1.45
18539755--18540151	48	8.7	47	81	10	450	24	11	0	63	1.30
18539755--18540167	26	16.8	26	66	23	168	24	11	0	63	1.30
18539755--18540164	141	3.0	136	81	13	502	24	11	0	63	1.30
18539970--18540138	85	2.0	85	91	3	279	24	11	0	63	1.27
18547161--18547198	16	2.4	16	95	0	67	36	0	26	36	1.57
18548266--18548316	26	2.0	26	88	3	77	45	0	3	50	1.20
18565285--18565332	5	9.4	5	81	4	60	20	4	2	72	1.11
18565280--18565321	21	2.0	21	90	4	68	21	2	0	76	0.90
18570237--18570285	20	2.4	21	86	10	75	71	2	8	18	1.21
18570237--18570285	10	4.9	10	81	18	66	71	2	8	18	1.21
18570914--18570949	16	2.3	15	90	4	54	0	11	5	83	0.80
18571642--18571711	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
18572047--18572121	6	12.8	6	82	14	95	80	0	0	20	0.72
18595071--18595149	6	13.5	6	76	10	74	16	3	1	78	0.96
18595071--18595149	11	6.8	12	75	11	58	16	3	1	78	0.96
18597989--18598030	16	2.7	15	85	7	57	2	11	2	83	0.84
18598067--18598248	99	1.8	99	90	2	294	33	28	13	24	1.93
18609844--18610807	482	2.0	482	99	0	1903	28	17	22	31	1.96
18611288--18611359	5	13.4	5	75	18	65	76	0	2	20	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18611288--18611358	21	3.3	22	82	7	92	76	0	2	21	0.92
18617599--18617658	20	3.1	19	81	9	77	70	1	10	18	1.24
18617600--18617657	10	5.9	10	77	18	68	68	1	10	18	1.26
18625410--18625456	21	2.3	21	82	7	62	44	0	0	55	0.99
18626035--18626072	20	1.9	20	88	0	58	55	2	0	42	1.14
18626075--18626129	9	5.8	9	82	16	67	72	1	1	23	1.04
18626075--18626123	21	2.5	20	84	15	66	71	2	2	24	1.07
18633055--18633134	24	3.3	24	70	13	83	41	20	6	32	1.77
18633054--18633152	48	2.1	48	100	0	198	38	19	8	34	1.81
18634570--18634632	31	2.0	31	100	0	126	19	17	9	53	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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