genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  246  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81467285--81467341	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
81467724--81467756	13	2.5	13	95	0	57	30	9	12	48	1.71
81478287--81478417	47	2.8	46	83	7	174	21	28	22	28	1.99
81478536--81478568	17	1.9	17	93	0	57	42	15	9	33	1.78
81481652--81481825	46	3.7	46	75	11	183	29	29	20	20	1.97
81487703--81487771	35	2.0	34	94	2	120	23	27	23	24	1.99
81489239--81489413	46	3.8	46	71	17	137	31	28	19	20	1.97
81491336--81491449	43	2.7	42	80	8	140	28	16	23	30	1.96
81492826--81493034	53	3.9	53	76	3	211	37	17	23	20	1.94
81498116--81498148	18	1.9	17	88	11	50	21	24	39	15	1.91
81502674--81502714	21	2.0	21	85	9	57	24	26	24	24	2.00
81510652--81510752	28	3.6	28	87	1	141	31	29	13	24	1.94
81510679--81510774	28	3.4	28	82	4	95	32	30	12	25	1.92
81518189--81518283	48	2.0	48	91	0	154	37	16	25	20	1.93
81518810--81518960	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
81527025--81527092	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
81526914--81527241	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
81527194--81527272	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
81528700--81528870	47	3.6	47	89	0	252	26	28	11	33	1.91
81528770--81528841	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
81539800--81539971	27	6.4	26	83	10	159	28	25	7	38	1.83
81539800--81539971	54	3.2	54	91	1	265	28	25	7	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81539800--81539971	81	2.1	81	86	2	247	28	25	7	38	1.83
81539974--81540128	54	2.9	53	78	3	166	41	20	10	28	1.85
81539974--81540141	27	6.2	27	78	4	142	42	19	9	29	1.82
81539983--81540152	54	3.1	54	75	4	164	41	20	10	28	1.84
81540118--81540210	27	3.4	27	77	14	91	44	18	5	32	1.72
81540130--81540215	27	3.1	27	80	14	104	40	15	8	36	1.77
81540269--81540333	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
81541144--81541213	25	2.8	25	87	6	97	22	25	25	25	2.00
81541145--81541240	25	3.9	23	83	8	75	26	22	23	27	2.00
81541361--81541452	42	2.2	42	96	0	166	32	15	19	32	1.93
81542671--81542744	27	2.8	27	83	2	87	35	21	25	17	1.95
81568698--81568795	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
81568726--81568808	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
81568698--81568809	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
81572890--81573074	40	4.6	41	89	3	252	28	27	21	23	1.99
81583491--81583584	43	2.2	43	86	0	125	40	21	9	28	1.84
81586583--81586807	40	5.6	39	80	9	190	25	21	27	25	2.00
81586583--81586807	80	2.8	79	81	7	242	25	21	27	25	2.00
81594231--81594324	43	2.2	43	84	0	116	39	22	11	26	1.88
81598670--81598924	126	2.0	126	90	0	402	29	18	16	36	1.92
81599486--81599516	16	1.9	16	100	0	62	38	22	0	38	1.54
81599618--81599664	22	2.2	22	92	3	78	48	36	0	14	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81601230--81601279	26	1.9	26	91	0	82	24	8	24	44	1.80
81601908--81601984	28	2.8	28	79	0	91	38	12	22	25	1.90
81607646--81607725	34	2.4	35	77	12	87	27	22	18	31	1.97
81608041--81608093	26	2.0	26	82	7	63	22	16	22	37	1.94
81609287--81609392	24	4.4	24	86	1	140	18	36	5	38	1.75
81612355--81612523	40	4.2	40	90	2	241	28	24	22	23	1.99
81619217--81619269	26	2.0	26	82	7	63	18	18	22	39	1.92
81620533--81620593	24	2.5	24	86	0	86	22	32	3	40	1.70
81623084--81623181	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
81623112--81623194	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
81623084--81623195	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
81623340--81623445	52	2.0	52	96	0	194	33	11	24	31	1.91
81632703--81632804	50	2.0	50	98	0	195	18	18	31	31	1.95
81633000--81633115	58	2.0	58	100	0	232	36	20	18	24	1.95
81638740--81638964	40	5.7	40	85	5	237	25	20	25	27	1.99
81643196--81643258	27	2.4	26	86	5	90	34	19	20	25	1.96
81643279--81643507	27	8.5	27	83	0	269	26	18	17	37	1.93
81643262--81643507	81	3.0	82	86	2	336	26	19	17	35	1.94
81645279--81645436	85	1.8	85	81	9	196	24	18	25	31	1.97
81645264--81645441	43	4.2	43	73	13	161	24	17	25	32	1.97
81675073--81675223	28	5.4	28	92	1	232	33	26	11	27	1.92
81687550--81687757	31	6.7	31	89	0	310	28	26	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81687965--81688048	25	3.4	25	85	8	102	26	22	23	27	2.00
81717743--81717984	87	2.8	88	87	2	337	22	25	13	38	1.91
81717724--81717980	29	8.8	29	77	2	210	22	25	14	37	1.92
81734686--81734842	43	3.7	43	78	10	169	25	19	22	31	1.98
81742482--81742608	46	2.8	46	93	0	209	23	32	9	34	1.87
81742635--81742757	23	5.3	22	65	24	65	26	29	10	33	1.90
81742632--81743154	47	11.1	47	94	0	884	26	27	12	33	1.92
81742827--81742945	22	5.1	22	63	25	66	24	28	13	33	1.93
81746519--81746572	26	2.1	26	85	0	72	27	14	37	20	1.92
81747877--81748004	42	3.0	42	81	13	163	22	18	25	33	1.97
81750100--81750299	54	3.7	54	82	1	240	29	21	8	42	1.81
81750100--81750299	81	2.5	81	85	1	249	29	21	8	42	1.81
81750100--81750299	27	7.4	27	83	2	213	29	21	8	42	1.81
81750303--81750457	27	5.7	27	85	4	134	41	21	8	28	1.82
81750298--81750481	54	3.4	53	81	3	197	42	19	8	29	1.80
81750331--81750482	27	5.7	26	87	5	178	43	20	6	29	1.77
81750331--81750480	81	1.9	81	84	2	203	44	20	6	29	1.77
81750493--81750544	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
81750602--81750675	27	2.8	28	80	12	84	35	18	21	24	1.96
81751473--81751542	25	2.8	25	82	8	88	25	25	21	27	1.99
81751690--81751780	42	2.2	42	93	0	155	34	13	19	32	1.90
81754537--81754576	19	2.0	20	95	4	73	15	0	17	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81754630--81754690	30	2.0	30	96	0	113	24	6	18	50	1.70
81762625--81762672	17	2.9	15	85	14	60	60	0	4	35	1.16
81768514--81770253	869	2.0	869	97	0	3282	33	15	19	32	1.92
81773399--81773439	20	2.0	20	100	0	82	21	24	9	43	1.83
81778389--81778445	29	1.9	29	86	10	80	40	22	7	29	1.80
81778372--81778479	30	3.7	29	74	10	94	38	25	12	24	1.89
81785012--81785052	19	2.2	19	100	0	82	26	19	14	39	1.90
81789915--81789984	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
81789915--81790012	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
81796971--81797018	25	1.9	25	86	0	69	35	22	12	29	1.91
81798682--81798866	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
81798683--81798866	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
81798735--81798889	79	2.0	79	83	7	199	26	21	27	25	1.99
81806348--81806397	20	2.5	20	93	0	82	38	14	16	32	1.88
81806446--81806565	24	5.0	24	85	7	163	30	20	20	28	1.98
81806446--81806575	49	2.6	48	83	9	165	32	19	20	27	1.97
81806760--81806822	31	2.0	31	90	0	99	36	17	23	22	1.95
81808095--81808165	25	2.8	25	93	2	115	25	25	22	26	2.00
81808386--81808463	30	2.6	30	85	6	95	34	23	24	17	1.96
81816272--81816315	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
81823991--81824126	40	3.4	40	88	3	204	22	22	30	25	1.99
81825612--81825682	25	2.8	25	89	2	97	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81825626--81825695	25	2.8	25	79	14	74	30	24	20	25	1.99
81825903--81825985	30	2.7	31	88	3	125	31	19	26	22	1.98
81831316--81831574	46	5.6	46	88	1	331	20	23	15	40	1.91
81834769--81834799	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
81834766--81834805	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
81835007--81835222	55	4.0	54	75	12	183	22	24	16	37	1.94
81839342--81839548	53	3.8	54	80	1	236	37	18	23	20	1.94
81843904--81844016	29	4.0	29	85	6	142	28	30	15	26	1.96
81843893--81844003	58	1.9	57	87	1	159	27	30	15	26	1.96
81845358--81845391	16	2.1	16	94	0	59	14	5	32	47	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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