genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  260  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85926858--85927083	116	1.9	116	98	1	436	42	15	18	23	1.89
85929491--85929531	19	2.1	20	95	4	75	65	0	14	19	1.26
85930064--85930146	35	2.3	35	91	2	130	20	14	20	44	1.86
85934851--85934889	14	2.8	14	85	11	53	10	2	17	69	1.28
85939976--85940280	150	2.0	150	100	0	610	26	14	28	30	1.95
85940595--85940984	194	2.0	194	98	0	762	34	11	17	36	1.86
85946729--85946762	12	2.8	12	86	0	50	29	5	2	61	1.34
85947913--85948133	46	4.8	46	90	2	293	21	22	14	41	1.90
85953167--85953197	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
85954330--85954584	125	2.0	128	82	3	311	39	16	11	33	1.84
85954828--85954890	25	2.4	26	78	10	74	60	4	7	26	1.45
85954899--85954954	15	3.5	16	71	14	53	67	1	8	21	1.27
85955227--85955278	24	2.1	24	82	3	59	13	23	7	55	1.63
85955378--85955427	24	2.1	24	96	0	91	22	4	50	24	1.66
85957439--85957474	13	2.8	13	82	0	54	33	8	25	33	1.86
85969532--85969569	20	1.9	20	94	0	67	68	5	2	23	1.23
85969551--85969579	13	2.2	13	100	0	58	72	6	0	20	1.07
85971571--85971675	43	2.4	43	80	3	113	29	27	15	27	1.96
85971791--85971860	32	2.1	31	82	10	77	42	10	7	40	1.66
85972549--85972575	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
85979087--85979232	73	2.0	73	98	0	283	43	19	6	29	1.77
85984034--85984276	122	2.0	122	92	0	405	26	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85986403--85986796	197	2.0	197	97	0	743	28	20	16	34	1.94
85987009--85987409	200	2.0	200	99	0	784	30	22	9	36	1.87
85988217--85988367	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
85992604--85992832	48	4.9	48	72	9	193	27	19	24	29	1.98
85999504--85999537	11	3.3	11	88	12	54	0	20	0	79	0.73
86009061--86009358	55	5.5	53	80	5	319	23	25	17	34	1.96
86009061--86009360	54	5.5	54	78	5	302	23	25	17	34	1.95
86009061--86009358	109	2.7	109	95	1	519	23	25	17	34	1.96
86009345--86009466	47	2.6	47	90	0	190	26	22	14	36	1.93
86035146--86035179	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
86038347--86038449	37	2.8	37	92	0	170	24	32	20	23	1.98
86038606--86039403	48	16.6	48	100	0	1596	29	27	8	35	1.86
86039359--86039440	37	2.2	37	97	0	155	30	25	8	35	1.86
86042966--86043098	29	4.7	29	76	6	128	33	30	15	21	1.94
86043106--86043220	40	2.9	40	88	3	171	25	27	23	23	2.00
86044498--86044600	37	2.8	37	94	2	172	25	32	20	22	1.98
86044773--86045033	48	5.6	48	87	10	400	30	27	8	34	1.85
86044806--86044886	37	2.2	37	95	0	144	30	27	8	33	1.87
86044773--86045032	85	2.9	85	85	12	376	30	27	8	34	1.86
86050834--86051127	28	10.5	28	98	0	554	34	28	11	25	1.90
86059167--86059236	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
86059167--86059264	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86059715--86059744	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
86073265--86073312	10	4.8	10	82	10	53	64	2	8	25	1.32
86075352--86075454	10	11.8	8	74	22	75	70	1	4	22	1.16
86075352--86075454	18	5.9	16	74	22	75	70	1	4	22	1.16
86075351--86075423	28	2.6	28	100	0	146	69	2	2	24	1.14
86082640--86082875	101	2.4	100	85	2	305	25	18	25	30	1.98
86082640--86082875	50	4.7	50	82	3	296	25	18	25	30	1.98
86082640--86082921	151	1.9	150	84	3	379	25	18	26	29	1.98
86093019--86093321	40	7.6	40	89	2	396	27	27	20	24	1.99
86095624--86095764	70	2.0	69	95	1	255	44	10	21	22	1.82
86104641--86104665	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
86112223--86112332	42	2.6	42	76	9	107	30	26	20	23	1.98
86112215--86112327	43	2.7	43	77	12	108	30	28	19	22	1.98
86112672--86112721	24	2.1	24	100	0	100	36	24	0	40	1.55
86115598--86115653	24	2.4	23	76	5	58	39	21	17	21	1.93
86126160--86126290	65	2.0	65	93	0	226	25	13	16	44	1.85
86130278--86130408	65	2.0	65	92	0	217	25	12	16	44	1.84
86144600--86144637	20	1.9	20	100	0	76	60	7	5	26	1.46
86149467--86149567	38	2.6	38	88	3	139	23	22	25	27	2.00
86149483--86149585	38	2.7	38	90	0	152	22	21	25	31	1.98
86149583--86149823	43	5.6	43	92	0	401	10	24	34	31	1.89
86152213--86152266	21	2.6	21	81	0	63	25	33	27	12	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86153468--86153593	47	2.7	47	74	14	125	26	29	16	27	1.97
86159689--86159750	30	2.1	30	85	11	83	67	1	4	25	1.19
86169000--86169032	15	2.2	15	89	10	50	27	6	15	51	1.66
86171227--86171322	26	3.8	26	91	2	135	26	25	22	26	2.00
86171226--86171335	26	4.4	25	87	6	111	28	23	22	25	2.00
86171542--86171655	31	3.7	31	94	1	185	35	17	22	23	1.95
86179529--86180436	81	11.2	81	98	0	1735	42	17	8	31	1.79
86179526--86180492	27	35.8	27	79	4	430	41	18	8	31	1.80
86180537--86180600	27	2.4	27	97	0	119	37	20	21	20	1.94
86180553--86180611	27	2.2	27	90	0	91	37	18	25	18	1.94
86181269--86181320	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
86186960--86187169	27	7.8	27	87	0	285	42	19	6	31	1.77
86186957--86187194	54	4.4	54	88	0	341	41	18	7	31	1.80
86186960--86187194	81	2.9	80	88	1	335	41	19	7	31	1.79
86186957--86187255	27	11.1	27	80	6	268	39	20	8	31	1.83
86186957--86187255	81	3.7	80	83	4	323	39	20	8	31	1.83
86186960--86187303	27	12.7	27	77	6	225	39	20	8	31	1.83
86187285--86187355	27	2.6	27	90	0	115	42	18	16	22	1.89
86189569--86189664	26	3.8	26	90	2	135	28	26	20	25	1.99
86189579--86189677	26	3.9	26	83	11	109	28	25	20	26	1.99
86189884--86189997	31	3.7	31	92	1	194	35	17	23	23	1.95
86193015--86193112	50	2.0	50	95	0	178	28	9	13	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86201637--86201695	21	2.9	21	84	2	75	25	25	32	16	1.97
86202780--86202951	94	1.8	92	86	9	251	23	29	20	27	1.99
86202775--86202953	46	3.8	46	76	11	186	22	29	20	27	1.99
86206882--86207080	51	3.9	51	94	0	344	29	24	13	32	1.93
86207117--86207186	24	3.0	23	87	2	95	21	21	17	40	1.92
86207118--86207186	23	2.9	24	86	2	95	21	21	17	39	1.93
86208278--86208312	13	2.7	13	90	0	52	40	14	11	34	1.82
86212037--86212124	43	2.1	42	85	6	115	21	15	29	32	1.95
86214084--86214139	22	2.5	22	85	0	85	12	30	32	25	1.92
86214084--86214147	22	2.8	23	83	4	78	12	31	31	25	1.92
86215921--86215966	15	3.1	15	93	0	74	15	13	13	58	1.63
86219018--86219128	43	2.6	42	79	1	123	20	16	31	31	1.95
86229394--86229511	53	2.2	54	86	1	166	19	0	33	47	1.50
86229522--86229771	41	6.1	41	81	5	265	20	20	24	35	1.96
86229759--86229815	21	2.5	23	78	16	57	15	17	14	52	1.75
86233874--86234051	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
86233875--86234030	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
86233871--86234051	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
86233956--86234062	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
86241939--86242116	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
86241940--86242095	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
86241936--86242116	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86247484--86247535	23	2.3	23	82	0	68	38	13	23	25	1.91
86277391--86277555	89	1.9	89	97	0	312	26	24	27	21	1.99
86287683--86287727	17	2.6	17	85	0	63	26	28	15	28	1.96
86291704--86291881	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86291725--86291880	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86302168--86302295	34	3.8	34	86	0	184	42	23	5	28	1.76
86307357--86307618	40	6.6	40	95	1	456	28	25	22	22	1.99
86317127--86317174	22	2.2	21	85	3	60	39	2	2	56	1.23
86317848--86317898	17	2.8	18	82	11	59	45	3	3	47	1.40
86325265--86325527	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276