genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  235  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77804380--77804424	19	2.4	19	100	0	90	20	15	17	46	1.84
77805170--77805384	113	1.9	113	84	3	292	47	12	6	34	1.65
77806491--77806550	27	2.3	26	85	2	75	38	20	20	21	1.94
77806900--77806930	8	3.9	8	91	0	53	6	38	29	25	1.81
77806897--77806933	16	2.3	16	100	0	74	5	37	29	27	1.79
77807253--77807306	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
77807307--77807452	27	5.4	27	84	0	175	26	19	17	35	1.95
77813554--77813612	27	2.2	27	81	6	66	32	20	27	20	1.97
77813591--77813709	27	4.4	27	82	2	132	24	19	18	37	1.94
77817184--77817291	26	4.2	26	89	0	171	37	22	7	33	1.82
77818686--77818732	24	2.0	24	84	8	62	55	4	6	34	1.45
77818844--77818882	18	2.2	18	100	0	78	58	5	10	25	1.51
77819293--77819330	18	2.1	18	95	0	67	39	15	15	28	1.89
77820457--77820499	23	1.9	22	81	13	52	30	2	0	67	1.03
77843393--77844156	45	17.1	45	67	14	401	32	15	26	25	1.96
77843390--77844180	90	8.9	90	93	1	1279	31	15	26	26	1.96
77843390--77844395	178	5.8	179	88	5	1388	31	15	26	26	1.96
77843390--77844395	268	3.8	268	89	5	1431	31	15	26	26	1.96
77844106--77844323	78	2.8	78	97	0	409	27	16	28	28	1.97
77844263--77844395	45	3.0	44	73	10	117	32	16	25	25	1.96
77845872--77845915	20	2.1	21	84	12	56	36	0	0	63	0.95
77845987--77846041	10	5.4	10	76	18	51	30	0	3	65	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77845997--77846033	12	3.1	12	92	0	56	35	0	2	62	1.10
77846808--77847014	71	3.1	71	66	17	215	45	3	1	49	1.27
77846765--77846970	65	3.2	65	66	9	195	41	3	1	53	1.26
77846763--77847019	129	2.0	128	99	0	505	43	3	1	51	1.26
77846829--77847035	58	3.2	63	61	23	133	45	2	1	50	1.23
77847118--77847174	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
77847616--77847644	14	2.1	14	93	6	51	41	17	0	41	1.49
77851888--77851942	21	2.8	20	81	8	67	50	23	16	9	1.73
77861330--77861380	26	2.0	26	88	0	75	17	15	25	41	1.89
77869328--77869392	33	2.0	33	90	0	103	23	21	27	27	1.99
77871706--77871736	14	2.1	15	94	5	55	19	9	6	64	1.45
77874826--77874889	24	2.7	24	85	0	83	20	23	9	46	1.79
77881501--77881702	111	1.8	111	86	4	291	51	11	4	31	1.59
77884000--77884058	25	2.4	24	78	10	66	42	0	0	57	0.98
77884483--77884539	3	18.7	3	89	10	89	66	0	33	0	0.92
77885597--77885624	11	2.5	11	100	0	56	35	0	7	57	1.26
77887909--77888105	21	9.0	21	69	18	93	57	4	1	36	1.29
77887978--77888072	25	4.0	25	77	13	101	58	4	1	35	1.24
77887820--77888170	46	7.9	45	72	22	271	57	4	1	35	1.30
77887821--77888048	87	2.6	87	88	5	327	57	4	2	35	1.32
77887900--77888170	134	2.0	134	94	1	481	57	4	1	36	1.30
77888112--77888173	25	2.4	25	84	12	74	59	3	0	37	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77890636--77890677	5	8.8	5	87	7	61	40	0	2	57	1.12
77896834--77896860	13	2.1	13	100	0	54	25	14	14	44	1.84
77897620--77897665	24	1.9	24	83	16	60	21	0	19	58	1.39
77897132--77898446	171	7.7	171	93	3	2108	34	1	18	45	1.59
77897791--77897836	24	1.9	24	83	16	60	21	0	19	58	1.39
77897962--77898007	24	1.9	24	83	16	60	21	0	19	58	1.39
77898133--77898178	24	1.9	24	83	16	60	21	0	19	58	1.39
77898304--77898349	24	1.9	24	83	16	60	21	0	19	58	1.39
77898467--77898774	125	2.5	126	88	4	469	39	16	16	26	1.90
77905953--77906000	22	2.2	22	96	0	87	25	10	10	54	1.66
77906238--77906271	14	2.5	14	85	4	52	58	0	0	41	0.98
77907199--77907246	25	1.9	25	100	0	96	41	14	16	27	1.87
77907554--77907595	22	1.9	22	85	9	59	42	21	7	28	1.79
77908728--77908805	41	1.9	41	91	0	129	35	29	19	15	1.92
77908906--77909005	28	3.6	28	71	2	94	45	21	22	12	1.84
77908898--77909030	55	2.4	55	84	1	169	45	20	19	14	1.84
77911860--77911957	34	2.9	34	81	0	115	36	10	10	42	1.73
77911871--77911990	34	3.5	34	79	3	116	35	12	11	40	1.80
77914545--77914604	16	3.7	17	73	8	63	51	1	0	46	1.10
77924534--77924576	21	2.1	20	83	12	52	34	4	2	58	1.32
77938516--77938624	53	2.0	54	96	1	202	36	11	15	36	1.83
77942096--77942128	16	2.0	17	88	5	50	30	3	9	57	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77956706--77956784	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
77961276--77961315	16	2.5	16	100	0	80	70	10	7	12	1.35
77965238--77965400	63	2.6	63	87	1	238	25	22	27	25	2.00
77966045--77966077	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
77966205--77966267	30	2.1	30	90	0	99	58	14	1	25	1.45
77966296--77966343	11	4.4	11	78	0	51	58	8	12	20	1.60
77968201--77968445	133	1.8	136	79	7	286	35	19	17	27	1.94
77969400--77969443	19	2.2	21	88	8	65	65	0	4	29	1.12
77969728--77969774	19	2.5	19	86	3	60	53	2	10	34	1.48
77971227--77971768	131	4.1	131	90	1	818	28	25	17	27	1.98
77973695--77973879	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
77973696--77973879	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
77973748--77973912	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
77976134--77976183	12	4.3	12	85	5	68	2	22	0	76	0.89
77976136--77976180	3	15.7	3	84	9	58	2	24	0	73	0.95
77977412--77977497	43	2.0	42	84	2	109	41	5	19	32	1.75
77978750--77978777	14	2.0	14	100	0	56	42	14	21	21	1.88
77981895--77981941	19	2.5	19	86	3	60	53	2	10	34	1.48
77983217--77983269	19	3.0	18	73	10	56	47	3	0	49	1.19
77985017--77985058	20	2.1	20	82	8	50	57	9	0	33	1.31
77994752--77994887	68	2.0	68	100	0	272	27	23	8	39	1.84
77995256--77995322	31	2.2	31	83	0	80	56	17	7	17	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77995581--77995635	21	2.6	21	82	0	74	0	47	20	32	1.50
77998978--77999154	90	2.0	90	98	0	345	30	18	15	35	1.93
77999408--77999467	31	1.9	31	96	0	111	50	21	6	21	1.72
78001020--78001184	9	19.0	9	70	17	82	35	3	15	46	1.61
78001024--78001133	16	6.9	16	77	8	107	33	2	16	47	1.61
78001168--78001234	30	2.2	30	89	0	98	38	5	11	43	1.66
78001233--78001367	9	14.8	9	64	22	59	36	4	14	45	1.65
78001113--78001288	81	2.2	81	79	12	209	36	3	13	46	1.61
78001200--78001345	46	3.3	46	87	3	201	36	4	13	45	1.65
78001392--78001425	17	2.0	17	94	0	59	38	2	5	52	1.41
78002047--78002079	16	2.0	17	88	5	50	42	9	3	45	1.51
78002573--78002941	183	2.0	183	97	0	702	42	14	15	27	1.86
78003012--78003041	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
78004798--78004894	28	3.5	28	84	7	117	43	35	1	20	1.59
78004831--78005247	202	2.1	203	91	1	687	42	27	3	26	1.71
78004916--78005257	100	3.4	99	66	15	268	42	27	2	26	1.69
78005288--78005368	7	11.4	7	77	12	67	41	40	1	16	1.56
78005289--78005370	29	2.9	28	83	8	103	42	41	1	14	1.53
78005272--78005399	14	8.9	14	74	11	82	42	39	0	17	1.55
78005289--78005399	7	15.5	8	73	19	52	43	39	0	16	1.54
78006568--78006607	15	2.7	14	84	7	53	35	0	5	60	1.19
78010845--78010870	7	3.7	7	100	0	52	42	42	0	15	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78010149--78011540	711	1.9	714	90	1	2184	41	10	17	30	1.83
78022868--78022892	11	2.3	11	100	0	50	76	16	0	8	1.02
78024139--78024575	135	3.2	137	82	9	528	27	6	2	62	1.35
78024139--78024560	73	6.0	69	84	6	483	27	6	3	63	1.34
78024336--78024384	15	3.2	15	80	11	55	26	8	0	65	1.20
78025154--78025216	26	2.4	26	89	0	90	11	11	42	34	1.76
78036987--78037064	34	2.3	35	93	2	131	24	19	25	30	1.98
78037913--78037946	17	2.1	17	88	5	52	52	11	8	26	1.67
78041667--78041707	19	2.3	19	87	8	59	68	0	2	29	1.03
78043607--78043664	21	2.8	20	80	14	82	32	12	8	46	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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