genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  202  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67047937--67048202	79	3.4	79	86	4	315	25	22	25	26	2.00
67047942--67048196	119	2.2	118	84	5	327	25	22	26	25	2.00
67053977--67054022	23	2.0	23	86	0	65	23	30	8	36	1.85
67061534--67061614	38	2.1	38	90	0	126	20	19	24	34	1.96
67061612--67061919	45	6.9	45	87	2	390	23	22	27	26	1.99
67067885--67067924	17	2.3	18	82	4	55	17	35	27	20	1.95
67071714--67072490	49	16.1	49	91	5	1210	32	7	29	30	1.85
67072608--67072686	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
67079427--67079544	27	4.4	26	73	11	87	38	17	17	26	1.92
67097373--67097542	48	3.5	47	83	7	207	27	21	26	24	1.99
67102606--67102732	48	2.6	48	86	1	173	29	21	25	23	1.99
67113397--67113589	103	1.9	103	96	0	359	29	9	22	38	1.86
67133546--67133605	29	2.1	29	83	0	75	20	30	16	33	1.94
67144130--67144258	29	4.4	29	73	6	118	37	9	27	26	1.87
67144185--67144320	60	2.3	59	83	8	168	41	11	24	22	1.86
67144185--67144319	30	4.5	30	77	5	139	41	11	24	22	1.86
67144188--67144351	91	1.8	89	82	2	211	41	10	23	24	1.85
67145636--67145760	43	2.9	43	84	5	164	23	18	26	32	1.97
67153949--67154009	31	2.0	31	100	0	122	34	13	22	29	1.92
67155456--67155603	27	5.5	27	84	0	161	36	18	20	23	1.95
67155972--67156051	33	2.4	33	83	8	92	22	21	26	30	1.99
67176047--67176087	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67176024--67176081	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
67176047--67176088	20	2.1	20	90	0	66	80	2	0	16	0.81
67176107--67176183	9	8.6	9	80	11	77	29	9	18	42	1.81
67176107--67176184	27	2.9	27	79	7	95	29	8	17	43	1.80
67176444--67176566	42	2.9	42	80	7	122	24	18	26	30	1.98
67177316--67177366	9	5.7	9	75	9	50	33	21	11	33	1.90
67177309--67177369	18	3.4	18	93	0	104	31	22	11	34	1.90
67181713--67181930	40	5.5	38	79	11	199	23	22	27	25	2.00
67181709--67181904	80	2.5	80	86	1	268	23	22	27	26	2.00
67181709--67181930	80	2.8	79	81	7	254	24	22	27	25	2.00
67188709--67188886	80	2.2	80	82	4	209	23	23	27	25	2.00
67188709--67188860	40	3.8	40	88	1	207	22	22	28	26	1.99
67198898--67198984	43	2.0	43	90	0	138	21	19	28	29	1.98
67203509--67203639	40	3.3	40	80	1	138	29	27	20	22	1.99
67203722--67204095	80	4.7	80	97	0	694	26	28	21	23	1.99
67203722--67204098	40	9.4	40	80	4	438	26	28	21	23	1.99
67212063--67212553	120	4.1	120	94	0	833	27	28	20	23	1.99
67212082--67212553	40	11.8	41	83	4	545	27	28	20	23	1.99
67221696--67221873	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67221697--67221852	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67221693--67221873	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67224177--67224279	43	2.4	43	77	3	109	33	18	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67228051--67228089	14	2.5	16	88	12	55	30	0	5	64	1.15
67231052--67231078	10	2.7	10	100	0	54	29	7	29	33	1.85
67231482--67231571	45	2.0	44	89	6	137	27	13	22	36	1.91
67240086--67240135	24	2.1	24	85	3	66	34	4	10	52	1.54
67240829--67240874	19	2.4	19	81	3	56	43	6	26	23	1.78
67242342--67242366	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
67243361--67243409	24	2.0	24	92	0	80	40	2	16	40	1.60
67251300--67251340	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
67253539--67253950	205	2.0	205	97	0	770	23	29	21	25	1.99
67262606--67262630	13	1.9	13	100	0	50	64	8	4	24	1.38
67264954--67265176	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
67265108--67265185	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
67271132--67271220	45	2.0	45	97	0	169	28	2	37	32	1.70
67273235--67273377	72	2.0	72	92	0	241	42	11	20	25	1.85
67274358--67274528	46	3.7	46	78	4	182	30	20	26	21	1.98
67275829--67275867	21	1.9	21	89	5	62	12	25	28	33	1.93
67277657--67277841	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
67277624--67277841	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
67293584--67293946	47	7.7	48	68	17	167	28	20	28	22	1.98
67302468--67302550	42	2.0	42	90	0	130	48	15	6	30	1.69
67302583--67302620	19	2.1	18	90	5	58	47	15	2	34	1.60
67303158--67303189	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67304277--67304310	16	2.1	16	88	0	50	47	20	17	14	1.83
67304525--67304638	29	4.0	28	82	3	113	28	15	27	28	1.96
67308907--67309021	29	4.0	29	79	2	108	27	13	29	28	1.95
67308920--67309030	58	1.9	58	87	1	161	27	14	30	27	1.95
67318124--67318161	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
67318390--67318511	46	2.7	46	93	0	199	29	27	21	21	1.98
67318388--67318530	46	3.1	45	84	6	137	29	27	20	21	1.98
67318934--67318993	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
67332018--67332077	29	2.1	28	84	3	75	45	25	11	18	1.83
67333112--67333269	78	2.0	78	88	0	235	28	20	13	37	1.90
67349348--67349408	30	2.0	30	83	0	77	31	22	6	39	1.80
67349923--67350002	40	2.0	40	95	0	142	32	15	15	37	1.88
67356279--67356445	46	3.6	46	74	13	171	29	28	20	21	1.98
67362690--67362733	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
67366823--67366982	27	5.9	27	87	0	212	26	21	18	32	1.97
67366824--67366990	54	3.1	54	87	0	237	28	21	17	32	1.96
67366986--67367315	27	12.3	27	76	8	172	29	8	22	39	1.83
67367057--67367374	54	5.9	54	82	4	322	31	9	20	38	1.84
67367028--67367374	27	12.9	27	78	8	289	30	9	21	38	1.84
67367022--67367376	81	4.4	82	80	6	366	30	9	20	38	1.84
67367877--67367910	17	2.0	17	100	0	68	35	11	29	23	1.90
67373205--67373505	47	6.4	47	94	3	516	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67373456--67373660	103	2.0	103	99	0	401	27	19	29	23	1.98
67373700--67373778	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
67375907--67376227	40	8.1	40	90	0	482	24	22	28	24	2.00
67383610--67383800	30	6.4	30	80	7	165	24	25	13	36	1.92
67383624--67383809	60	3.1	61	79	5	193	24	24	14	36	1.93
67390499--67390725	30	7.6	30	75	6	176	24	25	11	38	1.89
67390499--67390725	60	3.8	60	73	8	203	24	25	11	38	1.89
67390711--67390778	29	2.3	29	80	9	77	22	27	14	35	1.93
67405408--67405456	23	2.1	23	85	11	64	65	6	10	18	1.43
67406621--67406996	50	7.5	49	70	3	248	23	19	21	35	1.96
67406617--67407030	100	4.1	100	89	0	594	24	19	21	34	1.97
67406682--67407027	50	6.9	50	72	1	280	23	20	21	34	1.97
67407186--67407851	132	5.0	133	89	0	955	28	23	18	30	1.97
67407559--67407764	44	4.7	44	68	13	147	27	23	18	30	1.98
67407803--67407930	44	3.2	44	62	26	118	27	26	17	28	1.98
67407774--67407928	77	2.0	77	100	0	310	25	28	15	30	1.96
67407855--67408849	131	7.6	131	92	0	1564	25	25	20	29	1.99
67408102--67408285	44	4.2	44	64	16	112	26	24	20	29	1.99
67408391--67408571	44	4.1	44	66	17	115	25	23	19	30	1.98
67408780--67409068	44	6.6	43	71	11	153	26	24	19	29	1.99
67408652--67409185	175	3.1	176	87	2	763	25	24	20	30	1.98
67408431--67409196	306	2.5	303	75	9	782	25	24	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67409234--67409351	59	2.0	59	91	3	193	28	19	19	32	1.96
67411446--67411557	29	3.9	29	75	17	99	10	6	5	77	1.10
67411473--67411534	19	3.2	20	80	15	76	8	8	1	82	0.91
67411436--67411544	56	1.9	57	85	9	152	8	8	3	79	1.03
67420984--67421077	46	2.0	46	97	0	179	34	22	20	23	1.97
67421030--67422201	459	2.6	459	98	0	2247	37	17	16	27	1.92
67422649--67422756	54	2.0	54	98	0	207	60	14	2	22	1.47
67426228--67426303	39	1.9	39	86	0	107	50	0	3	46	1.20
67427487--67427532	24	1.9	24	82	8	58	10	17	45	26	1.81
67428663--67428705	20	2.2	19	87	4	59	6	11	13	67	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276