genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664--737	29	2.6	29	86	4	96	25	16	31	27	1.96
769--965	80	2.5	80	85	2	252	26	21	27	23	1.99
760--945	40	4.7	40	85	2	221	26	20	28	23	1.99
773--1038	40	6.7	40	80	7	141	25	21	28	23	1.99
772--1040	120	2.2	120	78	7	260	26	21	28	24	1.99
812--1050	40	6.0	40	77	7	157	24	21	29	24	1.99
3539--3563	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
5219--6164	49	19.5	49	95	1	1555	31	8	29	30	1.87
6116--6204	40	2.3	40	82	3	101	31	10	31	26	1.89
6350--6425	37	2.1	37	92	0	125	21	18	34	26	1.96
6691--6830	71	2.0	71	97	0	262	41	10	24	24	1.85
8338--8425	43	2.0	43	97	0	167	22	17	34	26	1.96
8407--8480	29	2.6	29	86	4	96	25	16	31	27	1.96
8503--8740	40	5.9	40	91	2	370	28	21	28	22	1.99
8512--8788	80	3.5	80	89	2	369	27	20	27	24	1.99
8513--8768	120	2.1	120	87	1	361	27	20	28	23	1.99
8516--8861	40	8.6	40	84	5	152	26	20	28	23	1.99
8513--8828	120	2.6	120	84	4	352	27	20	28	24	1.99
8635--8873	40	6.0	40	77	7	157	24	21	29	24	1.99
25279--25502	40	5.7	40	85	7	264	25	21	27	25	1.99
25279--25502	79	2.8	81	84	8	273	25	21	27	25	1.99
25279--25527	79	3.2	79	77	10	192	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26327--26386	28	2.1	28	100	0	120	53	16	15	15	1.74
27253--27367	40	2.8	42	83	6	121	32	21	16	29	1.95
27846--27885	21	2.0	20	85	5	53	50	22	0	27	1.50
30773--30834	27	2.3	27	94	0	106	24	16	20	38	1.92
33997--34084	44	2.0	44	95	0	158	61	2	6	29	1.34
35026--35126	47	2.1	47	80	3	114	23	19	23	32	1.98
55888--55913	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
60117--60149	16	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
60121--60169	23	2.3	22	86	10	66	46	2	0	51	1.12
61464--61514	25	2.0	25	96	0	93	25	27	17	29	1.98
62354--62378	12	2.1	12	100	0	50	60	32	8	0	1.26
69740--69782	16	2.6	17	82	10	54	81	2	4	11	0.93
77321--77355	18	1.9	18	100	0	70	31	22	17	28	1.96
77599--77774	49	3.6	49	81	7	173	23	27	18	30	1.98
77599--77818	98	2.3	96	85	5	282	23	27	19	29	1.98
77600--77818	49	4.5	47	75	14	171	23	27	19	29	1.98
101056--101113	29	2.0	30	89	3	91	46	15	12	25	1.80
117437--117472	19	1.9	18	88	5	54	55	0	0	44	0.99
122533--122601	24	2.8	25	82	4	77	30	18	21	28	1.97
122557--122614	24	2.6	22	81	8	73	36	17	18	27	1.94
123998--124049	17	3.1	17	80	8	61	46	15	7	30	1.74
124896--124989	27	3.2	28	80	11	100	46	18	4	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127169--127276	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
129963--130003	20	2.0	20	95	0	73	34	7	29	29	1.84
134097--134167	25	2.6	26	82	10	81	63	15	8	12	1.51
134110--134167	29	1.9	31	86	10	84	65	13	10	10	1.47
143672--143781	56	2.0	56	85	0	148	30	12	12	44	1.80
146800--146838	19	2.1	19	95	0	69	43	0	10	46	1.37
147821--147896	38	2.0	38	100	0	152	42	5	15	36	1.70
149680--149704	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
163678--163879	102	2.0	102	100	0	404	41	10	20	26	1.85
164366--164559	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
164395--164466	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
164440--164515	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
164530--164713	98	1.9	96	91	4	298	36	7	25	30	1.83
164529--164713	48	3.8	48	88	5	291	36	7	25	31	1.83
164862--164973	37	3.0	37	93	0	188	22	16	32	28	1.96
166236--166547	40	7.8	40	88	1	401	25	20	27	25	1.99
173668--173743	23	3.3	23	81	5	82	22	21	18	38	1.94
185995--186062	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
185884--186211	174	1.9	174	96	0	611	30	24	14	30	1.95
186164--186242	29	2.7	30	80	13	101	29	29	16	25	1.97
187922--187997	22	3.4	22	85	5	82	32	17	23	26	1.96
187956--188006	23	2.3	22	80	6	57	35	17	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195315--195413	23	4.4	22	83	7	128	32	19	21	27	1.97
195315--195413	45	2.2	45	89	3	146	32	19	21	27	1.97
202066--202092	12	2.2	12	100	0	54	44	7	11	37	1.68
208011--208050	19	2.0	21	90	9	66	17	5	0	77	0.94
211319--211386	16	4.2	16	94	0	109	27	0	35	36	1.58
211367--211457	45	2.0	44	85	2	119	31	5	27	35	1.80
211598--211652	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
211920--211970	25	2.0	26	88	3	77	43	0	0	56	0.99
211920--211969	26	1.9	26	84	8	66	42	0	0	58	0.98
216592--216686	48	2.0	48	95	0	172	31	13	18	35	1.90
221157--221196	13	3.1	13	92	0	71	15	32	35	17	1.91
223654--223718	33	2.0	33	93	0	112	18	30	16	33	1.94
237072--237109	19	2.1	18	85	14	51	28	2	26	42	1.69
246847--246970	29	4.3	29	83	2	162	29	29	15	25	1.96
255311--255528	40	5.5	40	85	4	255	24	23	27	25	2.00
260717--260754	19	2.0	19	100	0	76	21	15	5	57	1.57
263335--263506	40	4.3	40	87	2	213	25	28	21	24	1.99
263335--263559	80	2.8	79	80	7	231	25	28	21	24	1.99
263491--263568	40	1.9	41	81	5	95	25	28	21	24	1.99
263758--263903	73	2.0	73	97	0	274	19	28	9	42	1.82
266850--267056	53	3.8	53	73	4	173	38	17	24	19	1.93
276087--276185	22	4.5	22	75	6	94	36	17	25	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279971--280094	47	2.6	47	84	5	162	33	7	30	28	1.84
279971--280114	47	3.1	47	79	7	150	34	8	29	27	1.86
280088--280224	46	3.0	46	91	0	229	35	8	29	25	1.86
282816--282846	14	2.1	15	94	5	55	64	6	6	22	1.40
286961--287245	71	4.0	71	99	0	552	37	7	12	42	1.71
287652--287697	17	2.8	17	83	9	51	56	0	4	39	1.19
291099--291986	59	15.0	59	99	0	1722	40	14	0	44	1.46
295753--295835	43	1.9	43	82	0	103	25	30	27	16	1.97
296910--296994	35	2.4	35	74	2	89	42	30	14	12	1.83
299355--299421	17	3.7	18	79	16	75	73	5	11	8	1.25
299376--299420	19	2.3	19	92	3	72	77	4	8	8	1.10
299585--299621	16	2.3	15	86	13	56	67	0	32	0	0.91
301147--301239	29	3.2	29	83	1	107	34	12	24	27	1.92
308499--308534	17	2.1	18	89	5	56	25	22	33	19	1.97
308593--308653	29	2.1	29	84	3	79	31	9	26	32	1.89
308634--308710	28	2.7	28	82	9	86	27	12	31	28	1.93
310381--310433	15	3.5	15	74	5	61	71	5	0	22	1.06
310372--310437	16	4.1	16	76	5	71	71	4	1	22	1.13
310618--310679	30	2.3	26	77	22	65	66	3	4	25	1.27
310766--310803	14	2.8	14	88	4	60	76	2	0	21	0.91
310766--310799	13	2.5	13	90	4	50	79	2	0	17	0.86
310471--311151	148	4.6	150	87	4	924	58	8	6	27	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311010--311044	11	3.3	11	88	8	54	60	8	0	31	1.27
313657--313714	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
314058--314273	46	4.6	46	79	9	197	29	20	28	21	1.98
319891--319961	35	2.0	35	100	0	142	30	16	5	46	1.70
321419--321459	19	2.2	19	91	4	66	29	0	0	70	0.87
321687--321732	23	2.0	24	91	4	76	39	0	4	56	1.19
321690--321746	23	2.5	24	75	11	66	36	1	5	56	1.32
327827--327852	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
330817--330869	26	2.0	26	85	7	72	60	0	11	28	1.31
332110--332158	16	3.0	17	80	19	59	79	4	4	12	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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