genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57178249--57178300	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
57185408--57185596	50	3.8	50	80	7	179	25	17	26	29	1.98
57185687--57185738	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
57185975--57186032	23	2.6	22	89	10	91	22	5	18	53	1.64
57194374--57194468	29	3.3	29	79	1	111	26	11	30	31	1.91
57195274--57195368	29	3.3	29	79	1	111	26	11	30	31	1.91
57194337--57196136	900	2.0	900	100	0	3600	27	16	25	30	1.96
57197257--57197755	249	2.0	249	97	0	935	36	5	19	39	1.73
57206371--57206542	86	2.0	84	80	12	192	33	26	15	24	1.95
57211589--57211654	20	3.3	20	93	2	116	46	15	10	27	1.78
57214741--57214809	35	2.0	35	91	5	113	44	20	20	14	1.86
57216859--57216896	20	1.9	20	100	0	76	23	52	5	18	1.65
57218814--57218855	22	1.9	22	90	0	66	35	2	11	50	1.52
57220472--57220516	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
57223066--57223110	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
57223556--57223595	21	1.9	21	90	10	64	22	10	35	32	1.87
57228462--57228497	18	2.0	18	94	0	63	66	2	8	22	1.31
57230377--57230401	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
57230692--57230718	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
57231257--57231319	32	1.9	33	87	3	92	22	6	1	69	1.19
57231251--57231328	11	7.2	11	77	8	70	23	5	2	69	1.21
57231357--57231418	30	2.1	30	93	0	106	29	0	9	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57242332--57242398	32	2.1	32	100	0	134	46	31	0	22	1.52
57246284--57246338	21	2.6	21	85	0	74	34	20	23	21	1.97
57249340--57249379	14	2.8	13	85	14	53	35	0	12	52	1.39
57250787--57251070	142	2.0	142	99	0	559	32	19	21	27	1.97
57254664--57254793	27	4.8	27	74	5	127	26	23	11	39	1.88
57254655--57254795	54	2.6	55	82	5	153	26	22	11	39	1.88
57255860--57255895	13	2.8	13	86	0	54	33	0	11	55	1.35
57258666--57258837	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57258659--57258834	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57260249--57260509	48	5.4	47	74	12	169	31	19	24	24	1.98
57260248--57260511	97	2.7	98	80	10	278	31	20	24	24	1.98
57260343--57260511	49	3.5	48	77	6	171	30	20	24	24	1.99
57261753--57261838	43	2.0	43	100	0	172	32	11	18	37	1.87
57293789--57294095	47	6.6	44	74	14	219	23	30	18	27	1.98
57293738--57294095	94	3.8	91	79	10	341	22	31	18	27	1.97
57293736--57294098	141	2.6	139	77	8	351	22	31	19	26	1.98
57301182--57301542	94	3.9	94	81	8	387	22	30	20	27	1.98
57301183--57301544	47	7.7	46	72	14	253	22	30	20	26	1.98
57308724--57308785	30	2.1	30	96	0	115	25	19	25	29	1.99
57309878--57310296	40	10.5	40	98	0	777	24	20	27	27	1.99
57312381--57312472	46	2.0	46	97	0	175	27	21	25	26	2.00
57323181--57323317	53	2.6	53	89	2	204	32	11	27	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57324495--57324560	17	3.6	17	71	26	55	43	25	0	30	1.55
57324472--57324604	8	17.0	8	65	18	57	45	21	1	30	1.61
57324560--57324630	20	3.6	20	69	17	58	46	23	2	26	1.66
57324453--57324629	39	4.5	39	88	0	246	45	22	2	29	1.64
57326407--57326467	28	2.2	28	81	0	68	37	19	21	21	1.94
57336029--57336071	20	2.1	20	86	4	59	67	0	20	11	1.22
57336028--57336085	29	2.0	28	83	9	73	70	0	20	8	1.13
57336066--57336132	12	6.2	11	73	13	50	73	0	22	4	1.01
57337746--57337911	40	4.2	40	90	2	246	27	28	21	22	1.99
57353101--57353285	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
57353102--57353285	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
57353154--57353318	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
57358900--57359170	50	5.6	50	85	5	335	27	20	29	21	1.98
57361495--57361545	18	2.6	20	78	15	61	33	9	33	23	1.88
57361483--57361542	18	3.2	18	73	17	59	31	8	33	26	1.86
57361992--57362025	17	2.0	17	88	0	50	11	14	14	58	1.63
57365468--57365522	28	1.9	29	81	3	67	20	40	21	18	1.92
57372620--57372693	27	2.7	28	82	4	96	25	32	14	27	1.95
57381985--57382014	16	1.9	15	93	6	51	26	13	13	46	1.80
57383357--57383407	21	2.6	19	77	17	59	31	3	7	56	1.46
57383810--57383851	21	2.0	21	85	0	57	30	21	0	47	1.51
57389043--57389092	26	2.0	24	84	7	64	32	26	8	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57389191--57389299	56	1.9	56	90	0	173	33	22	14	29	1.94
57399531--57399686	85	1.8	84	87	1	231	27	23	18	30	1.98
57401776--57401819	20	2.2	20	87	0	61	20	25	0	54	1.45
57415071--57415550	27	17.6	27	97	1	474	30	29	14	25	1.95
57415071--57415550	54	8.8	54	96	1	852	30	29	14	25	1.95
57415071--57415550	82	5.9	82	97	1	874	30	29	14	25	1.95
57421333--57421377	23	2.0	22	86	4	63	31	2	17	48	1.59
57421619--57421691	26	2.8	27	75	6	80	17	21	23	36	1.94
57421790--57421863	25	3.0	25	75	0	67	20	25	21	32	1.97
57421799--57421871	25	2.9	25	79	0	83	21	26	20	31	1.98
57423523--57423565	20	2.2	19	83	4	50	27	46	18	6	1.75
57426758--57426805	24	2.0	24	95	0	87	56	16	10	16	1.67
57427084--57427270	42	4.4	42	74	12	168	26	20	25	27	1.99
57427039--57427270	85	2.7	85	87	2	315	26	20	25	28	1.99
57427041--57427188	43	3.5	42	76	12	158	27	20	24	27	1.99
57427082--57427279	43	4.7	42	75	8	168	25	20	25	28	1.99
57430534--57430580	19	2.5	19	100	0	94	23	21	6	48	1.72
57431721--57431763	22	2.0	21	82	13	52	39	20	4	34	1.74
57434852--57434892	22	2.0	21	85	9	57	51	0	7	41	1.30
57435332--57435358	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
57454181--57454219	21	1.9	19	85	10	51	41	10	2	46	1.51
57456583--57456632	25	2.0	25	88	0	73	40	24	20	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57458511--57458663	42	3.6	43	76	9	152	26	16	26	30	1.97
57461760--57461874	43	2.7	44	78	10	130	33	23	14	27	1.94
57464980--57465140	43	3.8	43	73	9	141	25	18	26	29	1.98
57475897--57475930	17	1.9	18	88	5	52	38	0	17	44	1.49
57483281--57483357	26	3.1	26	62	24	65	24	14	28	32	1.94
57483281--57483467	49	3.8	49	80	12	238	27	16	26	29	1.97
57483276--57483461	99	1.9	100	95	1	338	26	17	26	30	1.97
57484261--57484326	24	2.8	24	72	9	80	39	4	10	45	1.59
57487809--57487883	27	2.8	26	86	9	98	36	16	25	22	1.94
57494897--57494946	20	2.5	21	69	21	52	34	18	14	34	1.90
57501830--57501862	16	2.1	16	94	0	57	21	12	39	27	1.88
57506124--57506206	38	2.2	38	95	2	150	45	4	16	32	1.69
57508974--57509072	42	2.3	42	84	5	128	32	24	18	25	1.97
57508955--57509076	43	2.8	44	80	9	137	31	25	18	24	1.97
57511950--57512028	25	3.3	25	62	22	60	31	10	27	30	1.90
57511924--57512049	47	2.7	47	92	0	207	34	11	27	26	1.91
57511972--57512162	48	4.0	48	85	6	210	31	8	29	29	1.88
57512304--57512412	37	2.9	37	95	0	191	22	18	31	27	1.97
57513586--57513617	8	3.9	8	92	8	55	25	12	9	53	1.68
57513589--57513617	9	3.3	9	90	9	51	20	10	10	58	1.60
57517913--57517971	25	2.4	25	83	13	77	57	1	1	38	1.19
57518628--57518669	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57523025--57523052	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
57523884--57523939	27	2.1	27	96	0	103	35	10	25	28	1.89
57524090--57524228	39	3.5	38	85	8	145	19	20	28	31	1.97
57530276--57530450	46	3.8	45	76	15	169	22	20	28	29	1.98
57530273--57530443	93	1.8	93	89	2	272	22	20	28	29	1.98
57531868--57531901	2	17.0	2	93	0	59	0	0	47	52	1.00
57532912--57533029	40	3.0	39	88	3	166	16	22	29	31	1.96
57542905--57542955	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
57545416--57545447	13	2.4	13	94	5	55	28	9	21	40	1.84
57560287--57560402	27	4.3	27	84	2	126	27	14	19	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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