genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7099803--7100060	64	4.0	64	98	0	498	46	18	7	26	1.76
7102893--7103017	54	2.4	52	83	11	141	25	27	26	20	1.99
7112874--7112925	25	2.1	24	85	3	68	42	21	23	13	1.88
7114876--7114918	17	2.6	16	82	10	50	23	30	27	18	1.98
7120021--7120204	40	4.7	40	79	11	177	26	21	26	25	2.00
7120073--7120237	79	2.1	79	80	8	176	27	20	26	25	1.99
7122773--7122804	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
7126332--7126365	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
7126704--7126769	33	2.0	34	88	8	100	30	9	13	46	1.74
7129576--7129620	23	2.0	23	100	0	90	57	8	20	13	1.62
7130773--7130826	28	1.9	27	85	14	74	27	16	14	40	1.88
7132218--7132259	21	2.0	21	86	13	59	40	2	4	52	1.35
7132257--7132294	12	2.9	14	76	15	53	55	0	0	44	0.99
7134445--7134706	47	5.7	46	77	7	223	29	18	26	26	1.98
7142162--7142286	47	2.7	47	88	0	178	28	18	27	26	1.98
7150407--7150444	17	2.2	17	100	0	76	39	0	10	50	1.37
7153637--7153823	50	3.8	49	83	7	207	25	19	27	27	1.99
7160638--7160674	7	5.4	7	93	6	67	43	40	0	16	1.48
7166822--7166873	26	2.0	26	92	0	86	48	5	13	32	1.66
7168210--7168236	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
7185555--7185606	8	6.6	8	84	2	70	51	23	21	3	1.63
7185555--7185606	24	2.2	23	93	3	86	51	23	21	3	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7185816--7185902	29	3.0	28	80	8	95	28	13	27	29	1.94
7194135--7194201	8	8.4	8	77	6	64	50	19	20	8	1.74
7194135--7194197	24	2.6	24	87	0	90	49	20	20	9	1.77
7194412--7194483	29	2.5	28	82	8	90	30	12	25	31	1.92
7196178--7196346	86	2.0	86	93	0	293	59	15	15	9	1.61
7199264--7199506	120	2.0	119	82	8	298	28	19	25	26	1.99
7199208--7199473	40	6.7	40	89	3	317	27	21	25	26	1.99
7201128--7201344	26	8.3	26	86	5	269	27	26	11	34	1.91
7204033--7204076	22	2.0	22	100	0	88	22	18	22	36	1.95
7206888--7206944	28	2.0	28	100	0	114	35	10	19	35	1.86
7209955--7210065	54	2.1	54	98	0	213	26	21	14	37	1.92
7210786--7210908	57	2.2	56	83	1	156	29	28	17	24	1.98
7217539--7217630	28	3.2	28	72	9	78	26	23	17	32	1.97
7217509--7217638	57	2.3	57	77	4	138	26	23	16	33	1.96
7223396--7223434	19	2.1	19	95	0	69	51	10	5	33	1.58
7224278--7224327	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
7228409--7228631	26	8.5	26	80	3	232	29	25	9	35	1.88
7228382--7228631	52	4.8	52	81	3	250	28	24	10	36	1.88
7231403--7231486	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
7232080--7232313	26	9.0	26	81	3	256	27	25	11	34	1.91
7232087--7232313	77	2.9	78	81	7	262	28	25	12	33	1.92
7238587--7238670	42	2.0	42	97	0	159	17	28	13	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7240453--7241237	40	19.6	40	93	0	1261	25	22	26	25	2.00
7249377--7249560	40	4.6	40	85	4	237	25	23	26	24	2.00
7249377--7249560	80	2.3	80	88	1	262	25	23	26	24	2.00
7249914--7250085	86	2.0	86	95	0	308	17	20	21	40	1.91
7253120--7253185	22	3.0	23	67	13	66	30	10	33	25	1.90
7256952--7257127	40	4.4	39	85	6	212	25	21	27	25	1.99
7256952--7257129	80	2.2	80	86	6	238	25	21	27	25	1.99
7258777--7259001	40	5.6	40	83	6	276	25	28	23	22	1.99
7258777--7259001	83	2.8	80	87	4	317	25	28	23	22	1.99
7261129--7261183	27	2.0	27	85	0	74	21	20	21	36	1.95
7261476--7261513	19	2.0	19	85	10	51	21	44	18	15	1.86
7263399--7263564	43	3.9	43	78	5	158	27	14	25	32	1.95
7268196--7268375	41	4.4	41	97	0	324	33	19	22	24	1.97
7268218--7268400	82	2.2	82	90	0	260	31	21	21	24	1.98
7268379--7268699	41	7.9	40	83	3	345	24	21	23	30	1.99
7268379--7268699	82	4.0	81	83	3	385	24	21	23	30	1.99
7269335--7269416	29	2.9	28	81	3	74	50	25	3	20	1.65
7269912--7269967	7	7.6	7	86	6	67	67	7	0	25	1.15
7269912--7269973	22	2.7	23	78	9	74	64	6	0	29	1.18
7270001--7270046	23	2.0	24	82	4	58	63	6	2	28	1.31
7273275--7273387	41	2.8	40	81	5	127	33	19	23	23	1.97
7273402--7273436	18	1.9	18	88	0	52	60	22	0	17	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7274051--7274078	8	3.5	8	100	0	56	78	0	0	21	0.75
7274040--7274088	16	3.3	15	83	8	55	69	4	0	26	1.06
7275357--7275855	63	7.9	63	100	0	998	23	17	20	38	1.93
7285569--7285850	94	3.0	94	95	1	494	29	10	20	39	1.87
7285879--7285942	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
7288141--7288221	34	2.4	33	81	2	90	23	24	23	28	2.00
7290464--7290586	22	5.3	22	62	21	63	26	30	11	31	1.91
7290436--7290748	47	6.6	47	90	4	484	28	29	8	33	1.86
7290436--7290748	96	3.3	96	91	2	506	28	29	8	33	1.86
7290436--7290748	143	2.2	141	89	4	484	28	29	8	33	1.86
7292016--7292194	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
7296891--7296985	34	2.8	34	83	3	111	21	27	23	28	1.99
7299276--7299406	67	2.0	67	96	0	244	49	9	12	28	1.72
7320920--7321067	43	3.4	43	77	7	131	29	16	19	34	1.94
7336459--7336542	36	2.3	36	97	2	159	26	3	4	65	1.29
7340442--7340473	15	2.1	15	100	0	64	28	6	31	34	1.82
7341304--7341416	60	1.9	59	88	5	165	28	26	19	25	1.99
7341304--7341455	60	2.5	59	77	15	152	29	24	19	26	1.98
7342391--7342493	37	2.8	37	92	0	170	24	32	20	23	1.98
7342634--7342854	48	4.6	48	94	0	379	29	28	5	36	1.81
7346295--7346349	25	2.3	22	76	14	56	65	0	30	3	1.10
7355170--7355230	30	2.0	30	87	6	88	37	8	24	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7355884--7356071	49	3.8	49	85	2	268	26	18	26	29	1.98
7355879--7356071	100	1.9	100	96	0	359	25	19	25	29	1.98
7358107--7358157	26	2.0	26	85	11	70	56	0	1	41	1.10
7363753--7364101	40	8.8	40	93	0	583	27	28	22	21	1.99
7367757--7367898	48	3.0	48	92	0	230	34	5	29	30	1.81
7368118--7368860	40	18.6	40	93	0	1153	21	21	29	27	1.98
7369975--7370120	37	3.9	37	85	3	204	26	30	18	24	1.98
7369980--7370131	74	2.1	74	92	0	250	26	29	17	26	1.98
7370274--7370732	46	9.8	46	93	3	724	31	28	6	32	1.83
7372257--7372378	61	2.0	61	95	0	217	36	36	5	21	1.77
7372926--7373020	48	2.0	48	95	0	172	20	21	27	31	1.97
7373221--7373650	215	2.0	215	100	0	860	34	17	12	35	1.88
7378510--7378558	22	2.2	20	77	19	53	55	26	0	18	1.43
7379336--7379418	43	1.9	43	85	0	112	32	26	16	24	1.96
7379347--7379460	43	2.7	43	79	5	106	31	24	17	26	1.97
7382949--7383030	34	2.4	34	83	4	94	26	26	23	23	2.00
7390497--7390560	31	2.1	31	85	8	87	57	10	6	25	1.56
7396939--7396970	12	2.4	14	90	10	50	31	0	6	62	1.20
7400612--7400732	42	2.8	42	78	11	138	28	28	19	23	1.98
7404940--7405070	40	3.3	40	86	3	149	25	29	20	25	1.99
7404940--7405124	79	2.3	81	82	7	209	24	28	22	24	1.99
7406444--7406529	42	2.0	42	100	0	172	20	30	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7410772--7410850	39	2.0	39	100	0	158	25	27	22	24	2.00
7412943--7413160	79	2.7	79	81	8	230	24	26	22	26	2.00
7412957--7413160	40	5.1	40	80	8	220	24	26	22	25	2.00
7416846--7416875	14	2.1	15	93	6	53	26	6	6	60	1.47
7418935--7418967	16	2.1	16	94	0	57	48	24	6	21	1.72
7420459--7420570	29	3.9	29	80	5	129	26	16	32	24	1.96
7431849--7431882	12	2.7	12	90	9	50	82	5	5	5	0.95
7433282--7433466	79	2.3	81	83	7	227	25	28	22	23	2.00
7433282--7433466	40	4.7	40	82	7	225	25	28	22	23	2.00
7434808--7434845	11	3.2	12	92	7	60	76	7	2	13	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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