Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  206  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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54
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1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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408
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25
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
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22
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2.6
25
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6
18
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70
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
68770493--68770531
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1.26
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1.9
62
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25
25
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5
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0
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33
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6
1
57
1.33
68812403--68812450
19
2.5
19
79
3
51
33
6
2
58
1.35
68812403--68812598
10
20.0
10
69
15
72
32
4
3
60
1.31
68812706--68812739
15
2.3
14
90
10
50
44
0
0
55
0.99
68812706--68812744
7
5.0
8
90
9
55
41
0
0
58
0.98
68812642--68812744
31
3.3
31
68
16
79
38
2
0
58
1.13
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32
2.0
32
100
0
128
46
9
3
40
1.52
68813034--68813102
32
2.2
32
91
0
111
50
10
2
36
1.51
68813656--68813703
11
4.3
11
78
5
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37
2
0
60
1.09
68813817--68813869
6
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6
80
15
61
79
0
20
0
0.74
68813819--68813870
7
7.7
7
79
12
56
80
0
19
0
0.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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16
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66
0
33
0
0.92
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14
2.6
14
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0
65
24
10
13
51
1.73
68817846--68817922
33
2.3
33
80
4
84
32
9
41
16
1.80
68817878--68818096
66
3.3
66
77
9
205
29
10
43
17
1.81
68817929--68818096
33
5.1
33
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1
230
27
10
44
17
1.82
68817878--68818096
99
2.2
99
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3
262
29
10
43
17
1.81
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115
2.0
115
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0
395
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20
24
1.98
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13
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0
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0
0
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2
24
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21
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1.89
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15
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11
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10
0
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3.0
28
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32
1
3
63
1.18
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28
3.1
27
70
20
75
31
3
2
62
1.25
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2.0
84
97
0
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20
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22
22
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1.85
68852709--68852741
17
2.0
17
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33
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92
2.8
92
91
0
401
19
23
15
41
1.89
68853027--68853299
46
5.9
46
88
1
352
20
23
14
41
1.89
68862705--68863243
204
2.6
204
91
0
835
30
17
22
28
1.97
68864665--68864698
16
2.1
16
89
10
52
32
0
0
67
0.91
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28
3.0
27
77
12
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33
0
1
65
1.01
68864671--68864747
26
2.9
25
78
14
73
35
0
1
63
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
68864694--68864777
22
4.1
19
68
18
53
32
2
3
61
1.25
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4
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4
100
0
72
50
0
0
50
1.00
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5
6.8
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0
59
55
0
20
23
1.43
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104
2.2
104
93
1
378
17
19
31
31
1.95
68888149--68888300
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2.1
72
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1
252
23
17
29
30
1.97
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104
2.2
104
93
1
378
17
19
31
31
1.95
68895707--68895858
71
2.1
72
92
1
252
23
17
29
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1.97
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24
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0
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3.0
202
97
0
1129
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11
15
37
1.84
68907220--68907259
18
2.2
18
100
0
80
25
22
27
25
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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