genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25054682--25055134	250	1.8	248	87	3	683	25	22	21	30	1.99
25054903--25055126	43	5.3	43	67	18	173	26	21	20	30	1.98
25056085--25056143	21	2.9	21	82	12	77	1	13	0	84	0.69
25056093--25056143	13	3.9	13	82	5	59	1	13	0	84	0.71
25061749--25061795	21	2.2	22	81	11	53	38	21	6	34	1.79
25061789--25061839	14	3.4	14	85	15	75	35	15	11	37	1.84
25063557--25063662	43	2.5	42	80	3	122	29	18	22	29	1.98
25069324--25069363	21	2.0	20	90	5	62	62	5	5	27	1.37
25069656--25069717	29	2.2	28	88	5	90	38	0	22	38	1.54
25073874--25074044	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
25073869--25074041	46	3.7	46	77	13	192	30	27	20	21	1.98
25080098--25080160	33	1.9	33	100	0	126	44	17	9	28	1.80
25080148--25080219	20	3.7	19	75	5	63	47	18	4	30	1.67
25082368--25082612	128	1.9	128	90	1	393	30	22	19	27	1.98
25082314--25082612	43	7.0	43	88	3	338	30	23	20	25	1.98
25083492--25083529	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
25089960--25089999	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
25090578--25090617	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
25095502--25095552	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
25095541--25095572	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
25096430--25096469	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
25096631--25096845	40	5.3	41	91	3	330	17	24	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25096631--25096845	81	2.7	81	90	4	328	17	24	24	33	1.97
25099664--25099721	24	2.5	24	80	2	73	27	12	17	43	1.84
25100867--25100945	28	2.9	27	72	9	63	26	5	25	43	1.75
25101224--25101435	89	2.4	89	88	4	320	25	7	12	55	1.62
25101251--25101456	89	2.3	89	83	9	274	24	5	11	58	1.54
25101240--25101471	89	2.6	88	85	8	258	25	6	11	56	1.57
25102978--25103003	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
25104589--25104738	79	1.9	79	83	2	194	41	17	12	29	1.85
25106103--25106132	10	3.0	10	90	0	51	36	20	23	20	1.95
25106206--25106273	30	2.3	30	82	10	77	23	14	32	29	1.94
25106648--25106686	17	2.4	17	95	4	71	28	12	5	53	1.60
25106808--25106856	6	8.5	6	80	8	57	30	14	2	53	1.52
25106808--25106856	23	2.1	23	88	0	71	30	14	2	53	1.52
25106808--25106856	11	4.2	12	82	7	57	30	14	2	53	1.52
25106866--25106930	25	2.6	25	78	9	60	40	3	7	49	1.47
25113027--25113209	40	4.6	40	93	0	303	21	28	22	26	1.99
25116103--25116146	19	2.3	19	76	0	52	56	2	36	4	1.32
25124605--25124837	50	4.7	50	80	3	240	23	26	18	31	1.97
25124808--25124980	46	3.7	47	78	10	160	23	30	19	26	1.98
25127939--25128017	40	2.0	40	94	0	140	35	30	16	17	1.92
25128086--25128547	231	2.0	231	99	0	906	31	32	15	20	1.94
25128992--25129018	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25130065--25130091	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
25128735--25130849	540	3.9	540	97	1	4050	31	24	14	28	1.95
25130605--25130631	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
25131811--25131918	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
25135839--25135946	52	2.1	52	92	0	180	25	46	12	15	1.82
25136489--25136523	8	4.4	8	100	0	70	0	22	22	54	1.45
25137702--25137809	26	4.2	26	92	4	191	36	26	5	31	1.80
25142253--25142299	23	2.0	23	100	0	94	42	0	0	57	0.98
25142234--25142293	18	3.3	19	71	19	56	40	3	0	56	1.16
25147611--25147672	26	2.3	26	81	8	72	33	25	11	29	1.91
25147980--25148019	20	2.0	20	90	0	62	25	20	27	27	1.99
25148009--25148149	60	2.4	59	82	7	169	26	19	25	27	1.99
25148107--25148159	28	1.9	28	84	3	72	30	18	24	26	1.98
25157288--25157359	36	2.0	36	94	0	126	38	20	20	19	1.93
25168175--25168453	141	2.0	141	92	0	468	36	15	18	29	1.92
25168417--25168709	147	2.0	147	94	1	516	40	16	13	29	1.87
25168800--25168945	73	2.0	73	97	0	274	46	13	10	30	1.76
25169049--25169081	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
25169049--25169082	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
25169080--25169322	120	2.0	120	96	0	450	56	6	20	15	1.63
25169458--25169587	19	6.7	21	81	12	77	40	16	7	36	1.77
25169458--25169515	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25169494--25169638	19	7.9	19	89	9	239	37	15	9	37	1.80
25169494--25169650	54	2.9	54	93	2	264	38	14	10	37	1.79
25169487--25169639	73	2.1	71	89	8	238	37	15	9	37	1.80
25172601--25172832	50	4.7	50	90	1	342	30	29	16	24	1.96
25172589--25172832	99	2.5	100	88	1	348	29	29	16	24	1.97
25173479--25173538	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
25176673--25176731	29	2.0	30	83	9	77	28	27	6	37	1.82
25177979--25178212	46	5.1	46	85	3	301	43	14	22	19	1.87
25177979--25178194	93	2.3	92	88	2	308	42	14	23	19	1.88
25178475--25178507	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
25180925--25180954	15	1.9	16	93	6	53	30	20	10	40	1.85
25183453--25183508	29	2.0	29	86	13	82	57	0	3	39	1.16
25197167--25197225	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
25197196--25197245	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
25204962--25205043	43	1.9	43	87	0	119	25	28	18	28	1.98
25209554--25211093	779	2.0	779	98	0	2990	27	25	15	30	1.96
25213969--25214144	46	3.8	46	80	12	225	20	20	29	29	1.98
25213966--25214137	93	1.8	93	97	0	326	20	20	29	28	1.98
25216527--25216594	33	2.1	33	91	0	109	30	20	25	23	1.98
25221392--25221839	233	1.9	233	99	0	887	30	14	23	31	1.94
25223534--25223604	34	2.1	34	97	0	133	35	19	14	30	1.91
25225594--25225754	89	1.8	87	81	7	200	30	16	23	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25225788--25226060	78	3.5	77	90	2	404	32	19	24	24	1.97
25226059--25226258	45	4.5	45	79	3	206	33	14	27	25	1.94
25226597--25226639	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
25226605--25226641	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
25226605--25226664	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
25226931--25226965	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
25227702--25227752	20	2.5	21	84	6	61	41	5	0	52	1.25
25227713--25227753	21	2.0	21	90	4	66	43	9	0	46	1.36
25227850--25227921	29	2.5	27	72	18	65	45	4	0	50	1.21
25228942--25229100	27	5.9	27	81	11	184	34	22	25	18	1.96
25228942--25229100	54	3.0	54	87	4	234	34	22	25	18	1.96
25229206--25229268	26	2.3	26	83	5	72	30	9	25	34	1.88
25234524--25234682	27	5.9	27	80	11	175	34	21	24	19	1.96
25234542--25234682	54	2.6	54	90	2	230	34	22	24	18	1.96
25234788--25234850	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
25236270--25236378	26	4.2	26	89	2	173	34	24	8	32	1.85
25236270--25236378	53	2.1	53	92	1	184	34	24	8	32	1.85
25238034--25238105	37	1.9	37	100	0	144	50	13	5	30	1.65
25240719--25240763	21	2.1	21	83	0	54	53	6	2	37	1.40
25248759--25248792	6	5.7	6	96	0	59	17	26	0	55	1.42
25248753--25248795	18	2.4	18	80	0	59	18	20	0	60	1.36
25252209--25252302	29	3.2	29	72	6	82	47	3	6	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25255235--25255300	11	6.3	11	72	19	52	46	1	1	50	1.20
25256772--25256829	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
25256808--25256844	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
25256811--25256852	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
25256963--25257001	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
25257193--25257478	44	6.4	45	78	7	303	25	27	16	31	1.96
25257277--25257572	137	2.2	132	82	5	357	26	25	16	31	1.96
25257376--25257781	220	1.9	217	86	4	591	27	22	17	32	1.96
25269477--25269534	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
25269513--25269549	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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