genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70071005--70071055	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
70076212--70076267	25	2.3	25	96	3	105	28	17	26	26	1.98
70077398--70077510	59	1.9	59	94	0	199	35	10	22	31	1.88
70081401--70081430	15	1.9	16	93	6	53	46	0	26	26	1.53
70088165--70088348	42	4.4	42	75	5	174	33	28	16	21	1.95
70091737--70091775	21	1.9	20	89	5	60	28	5	38	28	1.78
70092804--70092832	15	1.9	15	100	0	58	34	51	0	13	1.42
70092776--70092853	36	2.2	36	86	4	104	37	38	0	24	1.56
70093081--70093109	15	1.9	15	100	0	58	34	51	0	13	1.42
70093089--70093141	21	2.5	22	81	9	65	39	39	0	20	1.53
70093108--70093157	14	3.6	14	74	15	50	38	40	0	22	1.54
70093105--70093171	28	2.4	27	82	5	80	44	35	0	19	1.51
70093444--70093597	41	3.8	41	97	0	290	29	27	24	18	1.98
70093637--70093773	40	3.4	41	84	6	149	20	17	22	39	1.92
70094691--70094862	86	2.0	86	94	0	299	40	9	19	30	1.84
70115198--70115231	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
70115934--70115963	14	2.2	13	94	5	51	40	6	13	40	1.71
70116068--70116110	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
70116729--70116836	54	2.0	54	100	0	216	18	25	12	42	1.86
70117424--70117503	32	2.5	32	79	4	90	52	16	5	26	1.64
70119788--70119824	2	18.5	2	88	0	56	48	45	0	5	1.25
70128636--70128756	57	2.1	58	86	7	167	26	19	6	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70134892--70134925	17	2.0	17	100	0	68	29	11	0	58	1.33
70135358--70135385	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
70140351--70140434	39	2.2	39	82	4	107	29	21	25	23	1.99
70140312--70140495	40	4.7	40	76	8	171	25	22	26	25	2.00
70153168--70153195	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
70158723--70158760	19	2.0	20	89	5	60	68	5	0	26	1.11
70160242--70160266	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
70163797--70163868	20	3.7	20	83	1	92	25	27	15	31	1.95
70164184--70164377	45	4.3	45	91	0	289	41	15	18	24	1.89
70164996--70165203	67	3.1	67	96	3	386	47	15	20	15	1.82
70167523--70167577	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
70167916--70168103	45	4.2	45	93	0	313	38	15	20	25	1.92
70172731--70172777	6	7.8	6	92	0	67	76	4	2	17	1.04
70174514--70174555	15	2.9	15	85	3	59	73	2	2	21	1.06
70174544--70174579	9	4.0	9	86	13	56	77	0	11	11	0.99
70175127--70175280	71	2.2	71	90	0	236	11	30	25	32	1.91
70175923--70175991	27	2.6	27	78	0	75	18	30	15	34	1.93
70178774--70178798	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
70179051--70179151	45	2.2	45	82	3	123	20	22	11	44	1.84
70192021--70192078	25	2.3	25	82	8	73	18	27	18	34	1.95
70192178--70192225	25	1.9	25	83	8	62	18	20	25	35	1.95
70192177--70192231	25	2.2	24	77	6	56	23	18	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70198442--70198499	30	1.9	30	89	0	89	22	36	27	13	1.92
70203130--70203172	3	14.7	3	81	13	54	34	0	2	62	1.08
70209486--70209510	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
70213664--70213697	13	2.6	13	100	0	68	8	26	26	38	1.85
70215386--70215481	49	2.0	49	97	0	183	37	16	26	19	1.93
70232841--70232890	17	2.9	16	81	18	57	28	6	0	66	1.15
70240834--70240874	17	2.5	17	80	11	50	36	4	0	58	1.20
70241143--70241188	17	2.7	18	80	6	60	50	0	0	50	1.00
70241703--70241733	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
70241871--70241905	12	2.8	12	91	8	52	48	2	2	45	1.32
70246020--70246063	19	2.4	18	84	3	52	38	4	0	56	1.20
70246019--70246061	18	2.4	17	81	11	50	37	4	0	58	1.19
70247614--70247659	14	3.2	14	90	3	74	82	2	0	15	0.76
70257033--70257221	95	2.0	95	96	0	351	29	12	19	39	1.87
70261931--70261971	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
70263877--70263910	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
70266711--70266751	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
70268657--70268690	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
70275693--70275855	71	2.3	71	77	4	168	29	14	21	34	1.92
70282693--70282753	30	2.0	30	90	0	95	13	29	36	21	1.91
70284532--70284609	10	7.5	11	68	21	53	80	3	1	14	0.91
70284568--70284612	14	3.1	15	81	9	58	82	0	0	17	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70284532--70284613	9	8.3	9	74	19	67	80	3	1	14	0.91
70284714--70284761	16	3.0	16	87	6	62	68	0	2	29	1.01
70284706--70284768	16	4.4	14	74	18	58	71	0	1	26	0.95
70284723--70284767	16	2.8	16	90	6	65	71	0	2	26	0.98
70284811--70284862	22	2.5	20	85	11	77	75	1	0	23	0.91
70287588--70287650	31	2.0	31	96	0	117	46	12	23	17	1.83
70288875--70288934	30	2.1	30	85	11	83	31	1	21	45	1.62
70292331--70292393	31	2.0	31	96	0	117	46	12	23	17	1.83
70293618--70293677	30	2.1	30	85	11	83	31	1	21	45	1.62
70298122--70298178	26	2.2	26	90	6	89	38	26	24	10	1.88
70299378--70299438	30	2.0	30	84	6	79	19	18	0	62	1.33
70300391--70300422	12	2.5	13	90	10	57	6	21	0	71	1.07
70304588--70304653	27	2.5	26	77	18	73	25	13	22	37	1.91
70304752--70304788	18	2.1	19	90	10	60	18	43	27	10	1.83
70310751--70310788	20	1.9	20	94	0	67	23	2	2	71	1.12
70310772--70310821	8	6.4	8	80	13	59	38	0	0	62	0.96
70310750--70310814	23	2.7	24	83	4	69	30	1	1	66	1.10
70310781--70310821	5	8.0	5	84	15	57	41	0	0	58	0.98
70311897--70312111	109	2.0	109	97	0	403	31	10	14	43	1.80
70312459--70313100	317	2.0	319	91	2	1047	29	21	14	34	1.93
70314551--70314584	18	1.9	17	88	5	50	14	5	0	79	0.91
70322744--70322768	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70326630--70326672	19	2.3	19	84	8	52	51	2	9	37	1.47
70327838--70327896	22	2.7	22	78	2	75	47	3	0	49	1.18
70329338--70329409	16	4.3	17	67	19	53	43	0	0	56	0.99
70329332--70329430	50	2.0	50	92	4	164	43	2	0	54	1.11
70329343--70329429	24	3.5	23	73	18	77	40	2	0	57	1.11
70344260--70344294	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
70350506--70350545	20	2.0	20	100	0	80	25	0	20	55	1.44
70352918--70352960	17	2.5	17	80	3	50	58	2	2	37	1.24
70353425--70353462	19	2.0	19	100	0	76	26	5	21	47	1.71
70354053--70354121	23	2.9	24	84	14	90	36	0	2	60	1.11
70354810--70354871	29	2.1	31	87	6	92	35	3	6	54	1.42
70357176--70357328	46	3.4	43	83	8	162	33	22	18	24	1.97
70368083--70368168	43	1.9	44	84	11	113	10	11	8	69	1.36
70368884--70368941	29	2.0	29	100	0	116	37	17	10	34	1.84
70370282--70370347	26	2.6	25	77	15	80	57	4	7	30	1.47
70370946--70371011	34	1.9	34	85	11	91	46	1	0	51	1.10
70372401--70372444	23	1.9	23	100	0	88	61	4	4	29	1.36
70372745--70372791	21	2.2	21	81	11	51	40	4	0	55	1.19
70392380--70392405	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
70394316--70394389	37	2.0	37	94	2	132	54	12	5	28	1.59
70399679--70399741	18	3.5	18	77	0	72	36	14	12	36	1.84
70399679--70399758	18	4.4	19	75	9	62	35	15	13	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70399677--70399758	36	2.3	36	80	4	94	34	15	13	36	1.87
70399933--70400022	44	2.0	44	85	8	121	35	23	20	21	1.96
70401420--70401470	25	2.0	25	82	14	61	43	11	3	41	1.60
70401846--70401893	20	2.4	20	74	22	55	39	18	4	37	1.70
70415363--70415477	43	2.7	42	80	7	126	26	18	27	26	1.98
70415363--70415525	85	1.9	85	82	9	208	27	18	26	27	1.98
70416285--70416309	13	1.9	13	100	0	50	16	32	44	8	1.76
70416679--70416707	15	2.0	15	93	6	51	55	6	0	37	1.27
70418976--70419041	22	3.0	22	80	10	71	30	0	0	69	0.88
70418986--70419037	8	6.4	8	81	2	50	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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