Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  101  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33150590--33150690
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0
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1.74
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20
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26
2.2
26
93
0
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5
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1.79
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2.0
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100
0
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2.2
177
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2.1
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0
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1.10
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1.37
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2.0
20
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1.19
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106
62
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2
22
1.11
33195973--33196045
29
2.5
28
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10
83
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2
21
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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45
100
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2.0
27
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10
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7
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1.49
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19
2.4
19
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58
56
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2
41
1.11
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21
4.4
20
75
10
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47
18
20
13
1.81
33220944--33221080
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3.3
42
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150
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18
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2.0
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28
7
0
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1.22
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2.0
29
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1.73
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2.0
37
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1.9
180
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30
20
22
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1.98
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2.6
137
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2
546
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20
23
26
1.99
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13
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33
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0
27
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.96
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1.10
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15
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0
0
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0
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2.5
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0
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0
0
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0.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
33273708--33273739
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0
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0
0
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5.1
15
89
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95
35
0
10
53
1.35
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36
0
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52
1.37
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21
2.3
21
89
6
73
14
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26
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1.94
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21
2.0
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29
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4
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1.45
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18
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2.7
21
88
0
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25
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16
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25
18
31
1.98
33299027--33299149
63
2.0
63
86
0
174
26
12
25
36
1.91
33308598--33308652
19
2.9
19
84
12
62
54
5
0
40
1.23
33308652--33308707
19
2.7
21
84
15
64
51
3
3
41
1.36
33308652--33308707
21
2.7
21
84
15
64
51
3
3
41
1.36
33311068--33311134
28
2.3
30
82
10
77
62
2
29
4
1.29
33315050--33315119
21
3.2
22
78
6
81
14
32
28
24
1.94
33323437--33323466
15
2.1
15
93
6
53
63
0
0
36
0.95
33330137--33330225
29
3.1
29
88
1
117
33
3
7
55
1.46
33330421--33330460
21
2.0
20
85
5
53
10
37
0
52
1.35
33330672--33330697
13
2.0
13
100
0
52
38
30
7
23
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33333725--33333758
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
33336560--33336600
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
33338505--33338538
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
33342415--33342462
15
3.1
16
82
8
55
62
0
4
33
1.14
33349838--33349899
31
2.0
31
100
0
124
51
3
25
19
1.62
33351716--33351762
25
1.9
24
87
12
69
38
2
4
55
1.31
33354812--33354862
20
2.5
21
77
6
59
49
0
1
49
1.12
33354853--33354900
19
2.5
19
83
6
53
62
0
6
31
1.20
33354876--33354951
31
2.4
30
77
12
73
61
1
6
30
1.29
33355199--33355252
28
1.9
28
81
7
65
33
1
5
59
1.31
33355241--33355272
9
3.8
9
84
16
50
31
0
0
68
0.90
33356631--33357007
126
3.0
126
90
3
582
36
17
17
28
1.93
33359174--33359198
12
2.1
12
100
0
50
28
16
16
40
1.89
33360559--33360603
18
2.5
18
85
7
56
46
8
24
20
1.78
33371215--33371239
11
2.3
11
100
0
50
72
0
0
28
0.86
33371510--33371568
31
1.9
30
83
10
75
28
23
1
45
1.63
33376053--33376278
40
5.7
40
84
4
253
24
22
28
25
1.99
33387723--33387752
15
2.0
15
93
0
51
60
10
0
30
1.30
33389176--33389211
15
2.4
15
95
0
63
33
13
13
38
1.85
33393612--33393649
20
1.9
20
88
0
58
26
7
21
44
1.79
33402535--33402593
20
3.0
20
74
0
64
37
22
27
13
1.91
33409058--33409106
14
3.3
15
85
8
64
63
2
10
24
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33414108--33414139
17
1.9
16
93
6
55
37
15
12
34
1.85
33416138--33416185
25
2.0
24
87
4
69
14
29
25
31
1.95
33431221--33431275
10
5.6
10
70
12
51
61
1
1
34
1.17
33438216--33438244
15
2.0
15
93
6
51
34
6
10
48
1.64
33438340--33438370
11
2.8
11
95
0
53
19
25
35
19
1.95
33438374--33438550
50
3.5
50
91
0
291
35
15
23
26
1.94
33439912--33440142
40
5.8
40
82
6
240
24
27
22
25
2.00
33439912--33440142
79
2.9
78
81
8
234
24
27
22
25
2.00
33447751--33447974
40
5.7
40
83
6
244
25
27
21
25
1.99
33447751--33447967
79
2.7
79
80
7
226
25
27
21
26
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284