genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94734920--94735142	48	4.6	48	90	1	331	26	30	18	23	1.98
94741413--94741463	16	3.2	15	83	5	57	3	23	13	58	1.52
94748537--94748605	34	2.0	34	100	0	138	39	17	17	26	1.91
94749212--94749243	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
94749255--94749391	51	2.7	50	87	1	184	24	18	27	29	1.98
94749255--94749441	50	3.7	49	84	3	205	25	18	25	30	1.98
94751177--94751219	20	2.2	20	100	0	86	18	32	30	18	1.95
94754004--94754113	31	3.5	31	93	0	193	28	26	17	28	1.97
94754319--94754426	25	4.4	24	89	4	101	25	23	23	27	2.00
94754332--94754425	25	3.8	25	94	1	154	25	23	25	25	2.00
94755233--94755316	27	3.1	27	86	3	98	21	25	22	30	1.98
94755378--94755458	29	2.9	28	81	7	85	35	8	14	40	1.77
94755355--94755673	27	11.8	27	77	6	245	31	8	19	40	1.82
94755665--94755768	27	3.9	27	85	0	136	40	6	23	29	1.80
94755639--94755795	54	2.9	54	81	0	170	37	7	21	33	1.82
94755467--94755714	134	1.9	134	79	3	284	32	8	20	38	1.83
94758629--94758832	40	5.1	40	82	7	245	25	21	26	26	1.99
94758629--94758824	79	2.5	80	82	7	245	24	21	27	26	1.99
94758633--94758850	79	2.7	79	81	6	210	24	21	27	26	1.99
94765887--94766090	40	5.1	40	82	7	245	25	21	26	26	1.99
94765887--94766082	79	2.5	80	82	7	245	24	21	27	26	1.99
94765891--94766108	79	2.7	79	81	6	210	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94773140--94773347	40	5.2	40	82	7	244	25	22	26	25	2.00
94773140--94773326	79	2.3	81	82	8	238	24	22	26	26	2.00
94773197--94773361	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
94776228--94776322	40	2.4	40	94	3	165	27	30	18	23	1.98
94780502--94780694	55	3.6	53	77	5	183	20	22	18	38	1.93
94791519--94791619	52	1.9	52	97	0	193	25	30	11	31	1.92
94791933--94791992	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
94796901--94797701	399	2.0	399	99	0	1593	28	21	16	32	1.96
94799386--94799543	46	3.4	46	76	13	198	31	28	18	22	1.97
94799326--94799549	92	2.4	92	99	0	439	30	27	19	22	1.98
94799326--94799549	46	4.9	43	70	19	168	30	27	19	22	1.98
94799972--94800031	30	2.0	30	86	0	84	30	25	8	36	1.85
94804265--94804418	40	3.7	41	77	9	123	26	17	24	31	1.97
94806234--94806317	41	2.0	41	93	0	141	28	13	27	30	1.94
94817018--94817202	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
94816999--94817202	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
94825147--94825243	27	3.6	27	90	2	140	29	28	13	27	1.94
94835573--94835766	49	3.9	49	79	6	194	27	27	18	26	1.98
94835582--94835766	50	3.7	49	79	7	176	28	28	17	25	1.97
94835586--94835770	101	1.8	99	85	4	255	28	29	16	25	1.97
94837966--94838231	47	5.7	46	77	8	243	23	30	18	27	1.98
94840879--94840943	34	1.9	34	87	6	96	29	24	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94843656--94843730	25	3.0	24	83	7	105	28	22	21	28	1.99
94850607--94850666	27	2.2	28	87	3	86	55	13	3	28	1.54
94856194--94856510	47	6.7	45	74	12	203	27	19	29	23	1.98
94856194--94856367	94	1.9	93	85	6	244	26	20	30	22	1.98
94864360--94864528	93	1.8	93	93	0	293	27	29	20	22	1.99
94864349--94864524	46	3.8	46	76	12	189	28	28	20	22	1.98
94864949--94865009	30	2.0	30	87	0	86	31	22	9	36	1.87
94876479--94876604	44	2.7	45	82	10	148	25	20	30	23	1.99
94885854--94885904	21	2.4	22	84	15	72	33	3	3	58	1.35
94885860--94885904	20	2.2	20	88	11	74	35	2	4	57	1.31
94886583--94886650	29	2.3	29	73	14	68	50	7	11	30	1.66
94886828--94886922	44	2.1	44	96	1	172	53	0	3	43	1.16
94886858--94886925	13	4.8	13	70	22	57	50	0	2	47	1.16
94886837--94886930	16	6.2	16	62	25	53	51	0	2	46	1.13
94886960--94887030	36	2.0	35	81	8	81	45	0	2	52	1.15
94889283--94889524	50	4.8	50	79	4	247	30	26	17	24	1.97
94889337--94889524	101	1.9	101	88	2	288	30	26	18	25	1.98
94890081--94890290	105	2.0	105	100	0	420	40	19	9	30	1.83
94891437--94891499	30	2.1	31	84	3	83	53	11	3	31	1.52
94894657--94894749	39	2.4	39	90	0	141	31	22	17	29	1.96
94900741--94900819	3	26.3	3	100	0	158	67	0	0	32	0.91
94906976--94907013	20	1.9	20	100	0	76	42	18	0	39	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94908025--94908061	19	1.9	19	100	0	74	21	5	5	67	1.31
94910443--94910502	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
94911621--94911727	37	2.9	37	90	0	160	26	28	18	26	1.98
94911933--94912126	47	4.1	47	89	0	280	26	29	11	32	1.91
94912026--94912097	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
94917024--94917215	40	4.8	40	80	9	212	26	28	21	24	1.99
94917059--94917216	79	2.0	81	85	5	214	27	27	20	24	1.99
94924547--94924632	40	2.2	40	87	4	120	26	29	19	24	1.99
94926644--94926693	24	2.0	25	88	3	75	30	36	8	26	1.85
94926858--94926976	40	3.0	40	86	0	157	26	29	21	22	1.99
94927043--94927156	39	2.9	40	96	1	203	22	25	22	28	1.99
94926870--94927222	175	2.0	177	92	1	593	28	24	16	30	1.97
94927103--94927552	224	2.0	224	98	0	864	34	26	9	29	1.88
94928650--94928759	37	3.0	37	86	5	159	29	28	20	22	1.98
94928962--94929155	47	4.1	47	89	0	280	26	29	11	32	1.91
94929055--94929126	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
94932074--94932149	22	3.3	22	66	28	59	35	11	27	25	1.91
94932040--94932152	47	2.4	47	92	0	190	37	12	26	23	1.91
94932166--94932256	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
94937694--94937861	47	3.6	46	86	1	219	27	29	7	34	1.85
94945656--94946231	288	2.0	288	99	0	1143	26	19	24	29	1.98
94952866--94952972	55	2.0	55	96	1	198	21	26	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94954742--94955057	40	7.8	40	73	14	204	29	27	17	26	1.97
94954801--94955125	164	2.0	164	96	0	605	32	25	13	28	1.94
94959170--94959242	26	2.8	26	82	0	92	41	27	15	16	1.88
94966853--94967005	75	2.0	75	97	0	288	45	11	28	13	1.79
94970413--94970840	220	1.9	220	94	0	757	45	17	21	14	1.84
94971977--94972265	150	1.9	150	95	0	524	26	29	15	28	1.96
94978180--94978263	37	2.3	37	87	6	118	33	21	11	33	1.90
94978386--94978492	37	2.9	37	92	0	169	28	31	16	23	1.96
94978644--94979248	52	11.9	52	92	4	926	31	24	6	36	1.81
94991305--94991590	43	6.6	43	83	3	288	30	22	18	28	1.97
94991350--94991586	86	2.7	86	83	4	325	31	21	17	29	1.97
94991314--94991591	129	2.2	130	82	5	332	31	22	17	28	1.97
94991888--94991935	21	2.3	21	96	0	87	0	56	18	25	1.42
94993818--94994028	40	5.3	40	86	2	230	27	27	21	23	1.99
94995817--94995854	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
95003055--95003306	133	1.9	133	99	0	495	51	18	10	19	1.75
95006683--95006733	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
95006722--95006753	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
95007783--95007999	40	5.4	40	87	4	305	18	22	23	34	1.96
95007783--95007999	79	2.7	79	87	5	294	18	22	23	34	1.96
95008529--95008608	26	3.0	26	69	7	61	40	15	15	30	1.87
95010945--95011036	42	2.2	42	88	3	132	35	19	14	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95011181--95011303	26	4.8	26	82	1	133	30	21	21	26	1.98
95011181--95011303	52	2.4	51	84	2	167	30	21	21	26	1.98
95012106--95012185	27	3.0	27	90	3	108	21	25	21	32	1.98
95012118--95012189	27	2.7	27	93	4	110	20	26	23	29	1.99
95012241--95012293	27	2.0	27	84	0	70	35	13	15	35	1.86
95012250--95012587	27	12.5	27	75	9	107	31	10	19	39	1.85
95012341--95012573	54	4.3	53	78	4	216	28	9	20	41	1.84
95012339--95012573	81	2.9	81	86	4	323	28	9	20	40	1.84
95012230--95012587	54	6.6	53	72	10	186	30	9	20	39	1.85
95012565--95012668	27	3.9	26	87	2	136	42	6	21	29	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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