genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  284  of  284  ( 34012 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95325468--95325583	47	2.5	47	92	0	187	35	12	25	26	1.92
95325562--95325758	54	3.6	54	80	6	202	38	16	22	22	1.93
95332201--95332343	55	2.5	57	83	5	193	29	17	19	33	1.95
95332928--95332971	22	2.0	22	90	0	70	38	2	4	54	1.33
95350608--95350655	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
95356293--95356327	13	2.7	13	90	0	61	11	34	34	20	1.88
95362952--95363123	44	3.8	43	79	11	182	23	30	19	25	1.98
95362850--95363120	49	5.7	46	72	11	165	22	30	19	27	1.98
95364659--95364828	67	2.5	67	86	2	243	22	24	17	35	1.95
95374923--95375009	42	2.1	42	85	8	115	24	27	20	27	1.99
95375630--95375951	40	8.1	40	83	0	392	32	15	30	21	1.94
95375645--95375749	20	5.2	20	65	17	65	25	17	36	20	1.94
95378094--95378214	39	3.1	40	78	3	129	17	14	23	45	1.84
95378797--95378853	16	3.3	16	70	25	53	33	0	10	56	1.34
95378786--95378857	36	2.0	36	97	0	135	33	0	12	54	1.38
95382744--95382821	37	2.1	37	92	0	129	24	30	21	23	1.99
95382944--95383361	47	8.9	47	97	0	773	29	30	8	31	1.87
95385818--95385901	40	2.1	40	95	0	150	11	15	27	45	1.81
95387459--95387521	28	2.2	29	86	8	85	23	22	22	31	1.98
95387469--95387532	28	2.2	28	83	2	74	26	25	17	31	1.97
95399035--95399088	24	2.2	24	86	0	81	25	1	22	50	1.59
95403199--95403264	24	2.8	24	90	0	96	21	13	24	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95404007--95404206	100	2.0	100	100	0	400	41	5	24	30	1.76
95405085--95405162	37	2.1	37	85	0	102	28	32	15	24	1.95
95405281--95405421	47	3.0	48	89	4	214	28	28	9	34	1.88
95406989--95407066	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
95407168--95407235	29	2.3	29	87	5	102	27	11	30	29	1.92
95407019--95407346	174	1.9	174	96	0	602	29	13	24	31	1.94
95408772--95409228	237	1.9	237	99	0	905	33	22	11	32	1.90
95409371--95409506	68	2.0	68	92	0	227	32	24	9	33	1.88
95412852--95412963	42	2.6	42	78	1	116	36	24	15	24	1.93
95414644--95414676	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
95415160--95415311	41	3.6	43	79	9	136	23	28	21	26	1.99
95415201--95415373	44	3.9	45	84	5	212	26	28	21	23	1.99
95425083--95425113	15	2.1	15	100	0	62	29	25	0	45	1.54
95425672--95425731	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
95425686--95425748	28	2.2	28	91	0	99	28	28	11	31	1.91
95430142--95430199	30	1.9	31	85	3	82	22	20	13	43	1.87
95439569--95439627	29	2.0	28	87	12	84	61	6	10	22	1.51
95445010--95445058	24	2.0	24	92	0	80	32	38	4	24	1.74
95449327--95449361	17	2.1	17	100	0	70	17	11	17	54	1.71
95451653--95451684	16	2.0	16	100	0	64	50	37	6	6	1.53
95452341--95452468	63	2.0	63	96	0	238	22	21	15	39	1.91
95453552--95453657	53	2.0	52	98	1	203	27	18	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95469605--95469703	49	2.0	49	84	0	126	27	13	21	38	1.90
95474995--95475035	6	6.8	6	97	0	64	0	9	34	56	1.32
95475340--95475384	17	2.5	18	82	7	56	22	24	35	17	1.95
95475340--95475375	18	1.9	19	88	5	56	25	22	36	16	1.94
95475442--95475502	29	2.1	28	84	3	77	26	13	29	31	1.93
95475455--95475530	29	2.6	29	79	4	82	25	15	28	30	1.96
95478358--95478413	27	2.1	27	86	0	76	23	25	3	48	1.67
95479558--95479582	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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