genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89480699--89480871	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
89480696--89480866	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
89483353--89483495	39	3.7	38	84	6	164	25	27	21	24	1.99
89484027--89484053	12	2.2	12	100	0	54	18	14	0	66	1.25
89487447--89487490	17	2.6	18	85	7	56	11	15	43	29	1.82
89487728--89487809	27	3.0	27	87	3	94	37	24	9	28	1.87
89487764--89487850	27	3.2	27	86	3	113	39	18	13	28	1.89
89488285--89488351	27	2.5	27	80	0	71	20	17	17	43	1.88
89489213--89489238	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
89492205--89492264	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
89492226--89492289	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
89492305--89492356	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
89493850--89494100	127	2.0	127	98	0	484	29	26	15	28	1.96
89497544--89497577	18	1.9	18	88	5	52	14	23	11	50	1.76
89506690--89506913	27	8.6	27	76	14	175	38	20	10	30	1.86
89506757--89506910	81	1.9	81	86	2	220	38	19	10	31	1.85
89506754--89506913	54	3.0	53	87	1	221	38	20	10	31	1.86
89506895--89506953	27	2.2	26	85	8	75	42	11	13	32	1.81
89506699--89506932	54	4.5	52	78	11	212	37	19	11	31	1.88
89509100--89509137	20	1.9	20	100	0	76	42	7	15	34	1.76
89514981--89515013	16	2.1	16	94	0	57	6	33	6	54	1.50
89516020--89516095	28	2.7	29	82	8	86	32	18	13	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89516165--89516276	27	4.2	26	83	7	134	16	23	23	37	1.93
89516165--89516276	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
89517247--89517277	16	2.0	16	93	6	55	58	12	3	25	1.50
89523834--89523909	28	2.7	29	91	4	104	34	18	13	34	1.89
89524015--89524126	27	4.2	26	79	7	98	17	24	21	36	1.95
89527248--89527394	43	3.4	43	72	19	135	23	19	28	28	1.98
89533353--89533391	18	2.1	19	85	4	53	58	0	2	38	1.12
89534294--89534428	43	3.1	42	77	14	150	24	19	27	28	1.98
89535672--89535696	9	2.8	9	100	0	50	8	0	32	60	1.26
89545125--89545213	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
89545125--89545204	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
89545136--89545213	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
89548136--89548306	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
89548128--89548303	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
89552753--89552851	37	2.8	34	83	8	126	33	6	14	46	1.69
89554206--89554386	40	4.6	40	90	2	278	22	27	23	26	1.99
89562262--89562442	40	4.6	40	93	2	287	22	27	23	25	2.00
89564210--89564268	9	6.4	9	82	3	64	22	5	20	52	1.65
89569429--89569489	30	2.0	30	84	6	79	31	24	6	37	1.81
89570884--89570927	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
89572935--89572959	9	2.8	9	100	0	50	60	28	0	12	1.32
89577045--89577100	25	2.3	23	77	17	60	66	0	32	1	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89580642--89580797	43	3.7	42	72	10	138	31	25	19	23	1.98
89580648--89580802	85	1.8	84	83	6	206	32	24	20	23	1.98
89580633--89580823	43	4.4	43	71	15	126	33	25	17	23	1.96
89594929--89595092	43	3.9	42	82	4	186	28	15	23	32	1.95
89594929--89595091	86	1.9	85	84	3	220	28	15	23	32	1.95
89600624--89600736	41	2.8	41	89	6	160	26	26	18	28	1.98
89602461--89602538	31	2.5	31	89	0	120	24	32	29	14	1.94
89604778--89604862	33	2.6	33	82	0	98	28	20	22	29	1.98
89605509--89605599	27	3.4	27	80	3	105	36	20	21	20	1.95
89605727--89605814	27	3.3	27	85	0	113	26	14	22	36	1.93
89605807--89605876	27	2.6	25	82	13	77	31	12	20	35	1.90
89606755--89606893	39	3.6	39	93	0	233	30	26	20	23	1.98
89614672--89614893	40	5.6	40	94	1	358	25	22	26	24	2.00
89627966--89628023	30	2.0	30	93	3	100	31	22	18	27	1.97
89634658--89634715	30	2.0	29	93	3	98	31	22	18	27	1.97
89639486--89639619	55	2.5	55	87	1	180	27	28	21	22	1.99
89640177--89640274	48	2.0	48	98	0	187	35	23	6	34	1.80
89640546--89640675	48	2.8	46	82	6	154	21	31	20	26	1.98
89641003--89641060	30	1.9	30	89	0	89	25	25	15	32	1.95
89642276--89642423	43	3.4	43	78	7	158	32	25	14	27	1.95
89646154--89646299	6	23.8	6	75	14	120	47	15	16	19	1.82
89646154--89646314	31	5.0	31	82	12	175	49	15	16	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89646168--89646299	37	3.7	37	79	11	159	47	15	16	19	1.82
89646254--89646311	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
89646462--89646525	27	2.4	26	86	2	83	35	17	25	21	1.95
89646691--89646755	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
89647181--89647618	27	16.3	27	84	3	481	26	19	19	35	1.95
89647549--89648103	27	20.7	26	76	5	142	31	9	21	37	1.85
89647548--89648103	81	6.9	81	73	7	337	31	9	21	37	1.85
89647546--89648103	54	10.4	54	75	5	234	31	9	21	37	1.85
89650798--89651027	47	4.8	47	77	9	198	23	28	20	28	1.99
89650806--89650983	49	3.7	47	78	10	164	24	30	19	26	1.98
89650806--89650982	99	1.8	96	87	6	266	24	29	19	26	1.98
89651550--89651624	30	2.5	30	95	0	132	32	28	10	29	1.90
89653316--89653398	33	2.5	32	75	11	87	26	22	18	32	1.97
89657582--89657639	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
89657618--89657689	17	3.9	19	83	10	105	37	13	9	38	1.78
89658069--89658328	45	5.8	45	77	7	249	26	27	15	30	1.96
89658069--89658238	89	1.9	89	91	2	279	27	28	13	30	1.94
89658067--89658328	134	1.9	136	81	5	316	26	27	15	30	1.96
89658268--89658561	78	3.8	78	88	2	457	24	23	18	33	1.97
89658503--89658918	222	1.9	219	84	5	552	28	22	17	31	1.96
89658787--89659451	87	7.6	87	80	7	672	29	26	15	28	1.96
89659138--89659436	44	6.8	44	76	8	270	27	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89658875--89659451	175	3.3	174	87	3	754	29	27	15	28	1.96
89665634--89665667	17	2.0	17	88	0	50	38	14	8	38	1.78
89665651--89665692	19	2.2	19	95	0	75	35	19	9	35	1.84
89666457--89666582	55	2.2	58	84	4	168	53	3	0	42	1.19
89666457--89666613	58	2.8	55	75	15	142	54	3	0	41	1.23
89668166--89668199	15	2.2	16	89	5	52	73	8	5	11	1.24
89674971--89675079	37	2.9	37	90	2	166	27	30	18	23	1.98
89675225--89675411	48	3.8	48	85	8	252	31	26	6	35	1.82
89675425--89675500	23	3.2	25	65	30	65	26	34	10	28	1.90
89675381--89675573	47	4.1	47	87	0	253	27	29	10	33	1.90
89675429--89675545	24	5.0	22	67	27	73	24	30	12	31	1.93
89675334--89675573	94	2.5	93	82	5	259	28	28	9	33	1.88
89678263--89678295	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
89682182--89682340	45	3.6	45	91	3	234	22	22	28	25	1.99
89682882--89682914	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
89685633--89685658	6	4.3	6	100	0	52	34	15	15	34	1.89
89685627--89685674	18	2.6	18	80	9	53	27	16	18	37	1.92
89692087--89692154	33	2.1	33	88	0	100	47	16	7	29	1.73
89692443--89692475	11	3.1	11	86	8	50	42	30	0	27	1.56
89692686--89692814	24	5.5	23	77	10	111	31	19	21	27	1.97
89697878--89698029	68	2.2	68	87	5	207	21	27	17	32	1.96
89697878--89698073	68	2.8	67	81	8	198	23	27	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89701481--89701598	60	2.0	60	98	0	227	27	11	26	35	1.90
89701887--89702005	6	19.3	6	66	17	57	21	19	11	47	1.80
89701927--89701973	13	3.7	13	72	16	53	21	25	10	42	1.85
89701918--89701984	25	2.7	25	95	0	125	22	22	8	46	1.79
89701887--89701960	31	2.4	31	86	0	103	20	18	13	47	1.82
89703760--89704049	50	5.7	51	79	2	273	32	25	15	25	1.96
89703758--89704002	101	2.4	101	82	4	298	30	25	17	26	1.97
89704019--89704051	14	2.5	13	90	9	50	42	27	9	21	1.83
89703764--89704050	151	1.9	149	84	3	378	32	25	16	25	1.96
89710458--89710642	40	4.7	40	80	7	191	24	23	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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