genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89710511--89710675	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	25	2.00
89720088--89720120	11	3.1	11	86	8	50	42	30	0	27	1.56
89720362--89720457	23	4.2	23	72	16	83	30	19	21	28	1.98
89726370--89726408	17	2.3	17	91	8	62	23	35	20	20	1.96
89748391--89748521	66	2.0	66	96	0	244	27	9	35	27	1.89
89750077--89750151	26	2.9	26	76	4	80	22	17	20	40	1.92
89752790--89752885	26	3.7	26	85	0	111	30	21	27	20	1.98
89769872--89770007	48	2.8	48	82	0	155	30	22	16	30	1.96
89770362--89771027	331	2.0	332	96	1	1239	32	7	16	44	1.75
89775201--89775270	24	2.9	24	95	2	122	32	2	37	27	1.72
89777561--89777738	40	4.5	40	87	2	243	25	26	22	24	2.00
89779430--89779459	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
89779876--89779953	27	2.9	27	81	7	70	19	23	20	37	1.95
89779893--89779987	27	3.5	26	76	8	82	17	20	20	42	1.90
89786238--89786308	24	3.0	24	89	0	106	38	1	35	25	1.65
89787716--89787826	27	4.2	26	82	10	125	16	22	23	37	1.93
89795264--89795392	46	2.8	46	85	0	168	31	27	19	21	1.97
89795273--89795411	46	3.0	46	73	17	128	29	28	19	23	1.98
89795493--89795562	35	2.0	35	97	0	131	21	22	17	38	1.93
89802309--89802394	43	2.0	43	82	13	106	24	18	29	27	1.98
89806256--89806364	25	4.4	25	88	5	141	27	20	23	28	1.99
89806269--89806364	25	3.8	25	90	4	149	28	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89806269--89806364	51	1.9	50	91	2	156	28	19	26	26	1.99
89806412--89806458	20	2.3	20	100	0	94	34	19	10	36	1.86
89812005--89812180	46	3.8	46	77	14	200	19	19	30	30	1.97
89812001--89812172	93	1.8	93	92	2	292	19	19	30	29	1.97
89817653--89817836	24	7.5	24	76	5	145	31	30	13	24	1.94
89827866--89827898	15	2.2	15	94	0	57	27	0	18	54	1.44
89836934--89837078	70	2.1	71	94	1	256	25	12	30	31	1.92
89844863--89844893	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
89844860--89844899	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
89845132--89845330	108	1.8	110	88	4	305	24	25	17	33	1.96
89845086--89845340	55	4.8	53	79	8	252	22	25	17	34	1.95
89848640--89848675	9	4.1	9	89	7	56	55	11	2	30	1.49
89851593--89851646	18	3.0	18	75	0	54	68	0	7	24	1.15
89855569--89855604	9	4.1	9	92	7	65	55	11	0	33	1.35
89860928--89860958	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
89861154--89861295	53	2.8	50	82	6	153	21	26	18	34	1.96
89862520--89862689	47	3.7	47	85	10	217	32	20	25	22	1.98
89865033--89865059	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
89870995--89871030	17	2.1	17	100	0	72	22	11	0	66	1.22
89874577--89874632	26	2.0	29	86	10	82	25	5	7	62	1.42
89893223--89893274	19	2.7	20	78	6	70	67	0	5	26	1.13
89893465--89893536	19	3.8	19	75	3	56	36	4	1	58	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89893502--89893576	39	1.9	39	83	5	98	41	1	2	54	1.23
89893503--89893587	29	2.9	29	78	5	82	40	2	1	56	1.20
89893711--89893869	85	1.9	86	80	4	187	34	8	19	37	1.83
89905150--89905327	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
89905171--89905326	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89907780--89908085	27	11.4	26	73	11	147	30	9	18	41	1.83
89907784--89908093	54	5.8	53	72	11	186	30	9	18	42	1.81
89908082--89908158	27	2.9	27	86	0	100	29	16	15	37	1.90
89911055--89911110	22	2.6	20	78	21	60	32	14	26	26	1.95
89911242--89911321	41	2.0	41	97	0	151	27	31	21	20	1.98
89912836--89913098	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
89912836--89913098	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
89913030--89913107	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
89919191--89919258	29	2.3	29	85	5	93	27	13	30	27	1.94
89924856--89925162	27	11.4	27	76	8	205	30	9	20	39	1.84
89924859--89925135	80	3.4	79	74	14	228	29	8	21	40	1.83
89924885--89925162	53	5.2	54	73	14	166	30	8	20	40	1.82
89924859--89925170	80	3.9	80	74	12	214	30	8	20	39	1.84
89925153--89925230	25	3.0	27	84	7	115	29	19	16	34	1.94
89925468--89925604	70	2.0	70	94	0	238	33	24	21	21	1.97
89926971--89927019	23	2.1	23	96	0	89	32	6	16	44	1.72
89928276--89928388	42	2.6	44	79	5	124	27	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89936406--89936588	79	2.3	81	83	9	225	24	27	23	24	2.00
89936385--89936588	40	5.1	40	81	8	229	24	27	23	24	2.00
89941135--89941294	30	5.4	30	77	7	132	20	26	14	38	1.91
89941283--89941352	29	2.4	29	80	0	86	25	25	10	38	1.87
89942822--89943216	27	14.6	27	86	0	475	40	19	8	31	1.82
89942822--89943277	27	16.9	27	81	5	413	39	19	9	32	1.83
89943266--89943336	27	2.7	26	93	4	115	28	25	8	38	1.85
89943200--89943352	27	5.7	26	79	4	90	34	23	9	32	1.86
89942979--89943352	54	6.9	54	77	7	129	37	20	8	32	1.84
89943336--89943638	27	11.3	27	86	0	410	33	19	21	24	1.97
89944065--89944129	22	3.0	22	84	8	87	20	21	23	35	1.96
89944294--89944387	27	3.5	27	85	1	127	23	25	15	35	1.95
89944527--89944659	6	21.7	6	71	15	85	20	14	15	49	1.79
89944503--89944642	31	4.5	31	93	0	226	20	14	14	50	1.77
89945896--89946260	29	12.7	29	76	6	242	39	17	18	24	1.92
89945896--89946263	59	6.4	57	77	4	283	39	17	18	23	1.92
89946005--89946244	28	8.4	28	78	6	187	38	19	17	24	1.93
89945896--89946263	58	6.4	57	78	6	278	39	17	18	23	1.92
89946844--89946869	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
89948406--89948525	46	2.6	46	85	2	159	25	23	15	35	1.94
89948406--89948519	48	2.4	47	86	2	158	27	22	14	35	1.94
89951981--89952359	56	6.7	57	75	11	235	38	19	18	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89952044--89952091	13	3.5	14	78	13	55	29	20	22	27	1.99
89952049--89952154	55	1.9	56	86	5	153	35	19	16	28	1.93
89952114--89952496	200	1.9	200	81	3	466	37	19	19	23	1.94
89952039--89952496	29	16.1	29	77	6	287	37	19	19	24	1.94
89952210--89952496	56	5.1	56	77	6	263	37	17	21	22	1.94
89954556--89954717	43	3.8	43	76	5	150	28	18	23	29	1.98
89958977--89959310	29	11.6	29	76	2	217	36	17	20	24	1.95
89958953--89959403	57	7.9	57	71	4	300	37	18	20	23	1.94
89959185--89959261	28	2.7	28	85	2	91	40	20	19	19	1.92
89958954--89959397	29	15.7	27	73	8	210	37	18	20	23	1.94
89965526--89965688	43	3.8	43	79	5	161	28	15	25	30	1.96
89965526--89965688	86	1.9	85	81	3	193	28	15	25	30	1.96
89966710--89966871	87	1.9	87	92	0	270	21	24	23	30	1.99
89972003--89972109	29	3.8	28	73	3	99	25	28	16	28	1.97
89976768--89976819	16	3.3	15	78	7	50	9	13	19	57	1.63
89979848--89979933	26	3.3	26	83	8	111	19	23	22	34	1.96
89984400--89984556	83	1.9	84	85	6	221	20	21	17	40	1.92
89987707--89987762	15	3.7	15	83	7	78	14	16	10	58	1.62
89990160--89990285	46	2.7	46	86	0	171	22	22	27	27	1.99
89995195--89995274	26	3.0	26	80	8	90	21	22	21	35	1.96
89995899--89995995	49	2.0	49	89	0	149	44	22	13	19	1.86
90021267--90021388	47	2.6	47	86	0	163	23	16	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90036465--90036649	40	4.7	40	78	7	182	24	22	27	25	2.00
90045285--90045367	43	1.9	43	87	0	121	31	28	19	20	1.97
90045344--90045451	43	2.5	42	76	7	110	32	24	16	26	1.96
90050255--90050343	46	1.9	46	95	0	160	29	5	38	26	1.79
90052790--90052820	16	1.9	16	93	0	53	48	16	29	6	1.70
90052783--90052832	24	2.1	24	84	0	64	52	12	24	12	1.72
90053557--90053631	34	2.2	33	86	6	98	28	22	22	26	1.99
90055693--90055744	26	2.0	26	96	0	95	61	5	3	28	1.37
90059532--90059562	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
90062313--90062380	32	2.1	32	97	0	127	11	27	16	44	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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