genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90074128--90074158	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
90076005--90076212	46	4.5	45	75	10	152	28	18	28	25	1.98
90076146--90076273	47	2.7	48	83	5	156	32	18	25	23	1.97
90077417--90077456	21	1.9	21	84	0	53	12	42	25	20	1.86
90084282--90084611	48	6.8	50	77	5	196	26	26	18	29	1.98
90084281--90084611	96	3.4	94	79	5	295	26	26	18	29	1.98
90093065--90093094	11	2.7	11	94	0	51	30	0	36	33	1.58
90098328--90098453	29	4.4	28	85	3	162	32	25	12	29	1.93
90098328--90098453	57	2.2	57	87	2	173	32	25	12	29	1.93
90103573--90103723	40	3.8	40	80	6	146	23	29	24	23	1.99
90105630--90106101	235	2.0	235	97	0	890	26	25	15	32	1.95
90107395--90107447	22	2.3	23	84	9	65	47	30	1	20	1.61
90108218--90108384	43	3.9	43	73	8	135	33	22	14	29	1.94
90119841--90120062	40	5.6	40	87	1	295	23	20	25	30	1.98
90121709--90121901	39	4.9	39	83	0	224	16	31	18	34	1.93
90121775--90121869	19	4.8	20	69	10	79	15	30	17	35	1.92
90123930--90123979	26	1.9	26	91	0	82	38	22	22	18	1.94
90129729--90129823	40	2.4	39	82	7	111	29	20	17	32	1.96
90132305--90132381	39	2.0	39	92	0	127	42	7	22	27	1.80
90133238--90133426	67	2.9	64	76	8	186	32	16	28	22	1.96
90167911--90168023	43	2.6	43	83	12	133	36	15	20	27	1.93
90167943--90168056	43	2.6	44	83	4	142	35	14	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90174277--90174396	43	2.8	42	87	8	127	33	15	20	30	1.94
90174305--90174396	43	2.1	43	96	4	168	29	17	21	31	1.96
90174326--90174460	72	1.9	72	92	3	227	28	14	22	34	1.94
90174398--90174491	43	2.2	43	90	0	152	29	14	22	32	1.94
90176279--90176357	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
90178676--90178743	24	2.8	24	93	0	118	32	2	39	25	1.71
90180375--90180452	6	12.7	6	72	10	59	78	2	3	15	1.01
90180360--90180452	28	3.0	30	80	15	102	76	2	5	16	1.07
90186229--90186408	28	6.6	27	91	3	279	30	28	12	27	1.93
90186229--90186408	55	3.3	55	94	1	299	30	28	12	27	1.93
90186229--90186408	83	2.2	82	92	1	297	30	28	12	27	1.93
90188159--90188217	31	1.9	31	100	0	118	28	15	20	35	1.93
90188473--90188522	21	2.4	20	80	9	55	66	2	8	24	1.29
90194286--90194535	45	5.3	46	75	12	199	28	17	29	24	1.97
90195789--90195828	21	2.0	20	85	5	53	15	40	25	20	1.90
90198134--90198177	18	2.4	18	96	0	79	31	4	20	43	1.72
90201559--90201649	42	2.1	43	87	2	130	30	12	26	30	1.92
90201569--90201680	43	2.6	42	81	2	116	30	14	25	30	1.95
90201954--90201983	15	1.9	16	93	6	53	30	3	6	60	1.39
90208266--90208299	7	4.9	7	92	0	59	0	29	0	70	0.87
90214602--90214865	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
90230978--90231195	54	4.1	54	83	8	279	35	17	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90230976--90231185	103	2.0	103	88	1	314	35	18	19	27	1.94
90230978--90231195	27	8.3	27	84	5	250	35	17	20	27	1.95
90231851--90231902	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
90248269--90248708	27	16.3	27	91	0	664	23	22	21	31	1.98
90248704--90248776	27	2.7	27	76	4	76	36	9	23	30	1.87
90250826--90250864	12	3.2	12	92	7	62	15	7	0	76	0.99
90251531--90251567	19	1.9	19	100	0	74	40	5	16	37	1.71
90256756--90256854	49	2.0	49	100	0	198	37	20	14	28	1.91
90257051--90257322	48	5.7	47	74	12	189	26	27	19	26	1.99
90257053--90257322	95	2.8	95	80	4	267	26	27	19	26	1.99
90257311--90257342	11	2.9	11	95	0	55	21	28	12	37	1.90
90257362--90257596	48	4.9	48	80	7	226	30	28	15	25	1.96
90257168--90257488	166	1.9	165	90	1	509	27	27	18	26	1.98
90257334--90257537	96	2.1	96	88	1	302	28	28	16	25	1.97
90257472--90257616	50	2.9	50	88	6	208	31	27	15	25	1.96
90257913--90257953	17	2.4	17	100	0	82	31	17	17	34	1.93
90267625--90267676	21	2.5	21	87	0	77	55	17	17	9	1.67
90282269--90282300	11	2.9	11	100	0	64	43	0	18	37	1.51
90285197--90285460	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
90290306--90290356	18	2.7	19	79	11	61	47	17	1	33	1.59
90290881--90290915	15	2.3	15	90	0	52	42	14	17	25	1.86
90297289--90297360	33	2.2	33	97	0	135	8	31	13	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90297301--90297371	33	2.2	33	84	5	90	12	30	15	40	1.85
90297611--90297667	28	2.0	28	96	0	105	38	3	5	52	1.41
90299057--90299107	20	2.5	20	80	0	57	11	25	21	41	1.87
90303820--90303856	12	3.1	12	96	0	65	27	16	45	10	1.80
90307333--90307433	32	3.2	32	77	2	96	31	22	20	24	1.98
90307502--90307566	22	3.0	22	76	0	67	30	20	26	23	1.98
90307945--90307996	27	1.9	27	92	0	86	25	25	21	28	1.99
90307981--90308220	27	9.0	26	77	11	184	30	9	22	38	1.85
90307982--90308231	54	4.6	54	79	6	249	30	8	22	39	1.84
90308007--90308246	80	3.0	80	81	7	274	30	7	22	39	1.82
90308009--90308232	27	8.3	27	79	11	187	30	8	20	39	1.83
90311363--90311833	238	2.0	238	94	0	834	31	11	21	35	1.89
90317826--90317919	41	2.3	41	96	0	170	25	43	19	11	1.84
90320850--90321027	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
90320876--90321026	82	1.9	81	88	4	232	29	28	15	26	1.96
90322624--90322788	82	2.0	82	98	0	321	27	20	17	33	1.95
90329942--90330329	40	9.8	40	81	11	469	25	28	21	24	1.99
90329944--90330310	79	4.6	79	98	1	691	25	28	21	23	1.99
90330408--90330513	40	2.6	41	88	5	155	27	27	22	22	1.99
90337422--90337603	79	2.3	80	84	8	230	25	28	22	23	1.99
90337401--90337603	39	5.1	40	81	9	238	25	28	22	24	1.99
90339438--90339662	40	5.7	40	84	5	278	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90339445--90339695	119	2.1	119	80	7	269	26	20	26	25	1.99
90344061--90344208	40	3.7	40	87	3	190	29	27	18	25	1.98
90344061--90344208	80	1.9	80	91	0	242	29	27	18	25	1.98
90347064--90347109	10	4.5	10	81	5	56	13	21	21	43	1.86
90347054--90347099	20	2.2	21	84	3	58	15	21	21	41	1.90
90347061--90347109	21	2.4	20	86	3	71	12	20	22	44	1.84
90347087--90347384	148	2.0	148	99	0	587	25	19	14	40	1.89
90349128--90349243	47	2.5	47	92	0	196	31	31	16	20	1.95
90351927--90352104	70	2.6	67	77	13	168	22	28	14	34	1.93
90357193--90357308	47	2.5	47	92	0	196	31	31	16	20	1.95
90358268--90358380	60	1.9	60	98	0	217	35	16	5	42	1.71
90365845--90366204	184	2.0	184	93	0	621	40	18	16	25	1.90
90370323--90370375	20	2.8	20	82	5	65	77	5	13	3	1.09
90373419--90373471	21	2.6	20	85	5	79	15	18	18	47	1.83
90375413--90375452	20	2.0	21	85	5	55	22	25	17	35	1.95
90377946--90378317	50	7.4	51	80	1	385	29	25	19	25	1.98
90377948--90378319	151	2.5	150	86	0	510	29	25	19	25	1.99
90377956--90378317	101	3.6	100	84	2	388	29	25	19	25	1.98
90380332--90380373	18	2.3	18	87	0	57	28	14	19	38	1.90
90381618--90381708	6	14.8	6	72	17	71	48	15	16	19	1.81
90381627--90381737	31	3.5	31	88	1	132	48	14	17	19	1.81
90381874--90381975	27	3.8	26	81	5	96	38	21	21	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90382625--90382813	81	2.3	81	88	0	290	24	21	20	33	1.97
90382625--90382812	27	7.0	27	86	0	243	24	21	20	33	1.97
90382827--90382967	27	5.2	27	86	2	176	39	7	25	27	1.83
90382829--90382987	81	2.0	81	82	2	194	38	7	23	29	1.82
90383019--90383082	28	2.3	28	91	0	101	26	32	21	18	1.97
90385272--90385322	26	2.0	26	100	0	102	43	15	25	15	1.86
90387210--90387269	15	4.0	15	77	0	57	56	11	16	15	1.67
90394168--90394323	78	2.0	78	97	0	294	39	14	28	17	1.89
90394534--90394717	40	4.6	41	80	12	199	26	22	26	25	2.00
90394534--90394717	79	2.3	81	81	11	213	26	22	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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