genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13329669--13329797	47	2.7	48	84	8	172	31	20	18	29	1.97
13329655--13329797	24	6.0	24	85	4	173	30	20	19	28	1.97
13329847--13329912	20	3.3	20	85	2	89	31	19	15	33	1.93
13331834--13332819	57	17.3	57	97	0	1774	15	18	36	29	1.92
13336596--13336641	23	2.0	23	100	0	92	56	8	13	21	1.63
13337783--13337861	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
13340295--13340327	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
13346466--13346571	29	3.7	29	79	10	110	27	28	16	27	1.97
13348077--13348146	16	4.6	16	74	13	76	12	5	30	51	1.63
13348072--13348144	36	2.0	36	86	5	103	12	5	26	56	1.57
13349526--13349579	20	2.7	20	94	0	90	12	29	37	20	1.90
13351015--13351126	43	2.6	42	87	5	172	26	25	18	28	1.98
13359519--13359703	40	4.6	40	76	13	175	24	22	27	25	2.00
13359519--13359703	80	2.3	81	83	6	234	24	22	27	25	2.00
13364788--13364871	41	2.1	40	82	10	100	46	1	3	48	1.27
13365054--13365086	15	2.1	17	88	11	52	66	0	33	0	0.92
13369081--13369185	41	2.5	41	77	11	106	26	28	18	26	1.98
13369807--13369836	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
13376007--13376054	20	2.3	21	89	3	71	37	18	10	33	1.85
13383284--13383332	25	2.0	25	87	0	71	26	18	22	32	1.97
13387745--13387805	27	2.3	27	82	5	79	31	13	24	31	1.93
13390074--13390257	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13390074--13390254	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
13394563--13394594	16	2.0	16	93	0	55	21	25	6	46	1.74
13395123--13395235	43	2.6	44	76	5	115	30	24	17	26	1.97
13409514--13409664	49	3.0	50	83	3	187	27	29	17	25	1.98
13411406--13411610	43	4.8	42	78	8	209	29	16	24	29	1.97
13411413--13411610	85	2.3	86	83	5	233	29	16	24	29	1.97
13427084--13427139	29	1.9	29	96	0	103	21	21	23	33	1.97
13428512--13428609	24	4.0	24	93	1	160	35	5	38	20	1.75
13433659--13433713	25	2.2	26	96	3	103	34	14	21	29	1.93
13434133--13434402	46	5.7	46	76	9	190	28	18	29	22	1.98
13436811--13437125	39	8.1	39	92	0	522	23	29	26	20	1.99
13439426--13439464	21	1.9	21	89	5	62	15	35	23	25	1.94
13442042--13442219	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
13442043--13442193	82	1.9	81	88	4	232	27	15	27	29	1.96
13449419--13449685	46	5.7	47	77	11	248	29	18	29	23	1.98
13449518--13449688	94	1.9	90	84	9	229	28	18	30	22	1.97
13449420--13449685	140	1.9	140	84	7	362	29	18	28	23	1.98
13457996--13458125	66	2.0	66	90	0	206	18	30	8	43	1.80
13462892--13462966	36	2.1	36	97	0	141	28	30	18	22	1.97
13466581--13466665	34	2.5	34	80	0	98	30	23	20	25	1.98
13477397--13477622	113	2.0	113	99	0	443	26	17	13	42	1.87
13477784--13478020	119	2.0	119	97	0	447	32	21	15	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13478871--13479048	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
13478892--13479047	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13480837--13480876	13	3.1	13	88	0	53	25	30	27	17	1.97
13489238--13489285	13	3.5	15	75	16	50	56	2	0	41	1.11
13490134--13490160	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
13490169--13490257	44	2.0	44	91	4	144	33	19	17	29	1.95
13494929--13494998	30	2.3	31	97	2	133	40	21	5	32	1.77
13495224--13495278	26	2.2	26	96	3	103	23	3	9	63	1.40
13496661--13496698	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
13497640--13497702	28	2.2	28	88	0	90	31	4	30	33	1.78
13498095--13498386	147	2.0	147	98	0	566	26	18	19	36	1.94
13499128--13499198	33	2.2	33	100	0	142	33	12	19	33	1.90
13509320--13509389	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
13512766--13512828	28	2.2	28	88	0	90	31	4	30	33	1.78
13513988--13514053	20	3.3	20	81	8	82	42	1	4	51	1.31
13513974--13514058	20	4.2	20	76	11	77	40	1	3	55	1.25
13515881--13516056	49	3.5	50	83	3	228	25	18	27	28	1.98
13533504--13533629	49	2.6	47	79	3	135	24	23	21	30	1.99
13546498--13547114	47	13.1	47	97	0	1144	31	8	30	29	1.87
13549838--13549898	32	1.9	32	89	0	95	31	32	11	24	1.91
13551894--13551933	21	2.0	20	85	5	53	22	22	40	15	1.91
13568519--13569446	47	19.7	47	98	0	1759	32	6	29	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13569571--13569642	37	1.9	37	88	0	108	22	15	33	29	1.94
13570610--13570640	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
13570607--13570646	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
13570716--13570763	23	2.0	24	88	4	71	20	25	10	43	1.83
13570879--13571086	55	3.8	53	81	6	222	22	25	16	36	1.94
13570879--13571079	108	1.8	110	86	4	291	22	24	16	35	1.95
13579660--13579731	36	2.0	36	100	0	144	52	11	5	30	1.59
13589353--13589530	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
13589354--13589509	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	28	1.96
13589350--13589530	82	2.2	81	82	2	220	27	15	28	29	1.96
13594308--13594532	40	5.7	40	84	5	251	25	27	22	24	2.00
13595664--13595783	56	2.1	56	98	0	231	22	25	9	43	1.82
13606721--13606865	40	3.6	40	87	4	202	25	24	26	24	2.00
13608471--13608520	20	2.5	20	90	3	73	54	0	10	36	1.34
13619569--13619723	42	3.7	42	80	3	159	29	23	15	30	1.95
13622222--13622580	180	2.0	180	85	5	494	35	17	8	38	1.80
13623137--13623383	50	4.9	50	78	3	262	29	25	18	27	1.98
13623198--13623379	101	1.8	101	86	0	265	29	24	18	27	1.98
13645178--13645226	15	3.3	15	85	5	64	6	22	0	71	1.08
13645185--13645233	14	3.4	14	88	2	71	4	22	0	73	1.00
13650787--13650942	43	3.6	42	76	12	174	32	26	17	23	1.96
13652769--13652924	43	3.6	42	76	12	174	32	26	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13658193--13658313	27	4.5	27	82	2	136	28	25	11	33	1.91
13672554--13672586	17	1.9	17	100	0	66	39	12	0	48	1.40
13672913--13673189	50	5.6	50	79	6	285	31	27	16	23	1.96
13672905--13673182	147	1.9	146	90	1	439	31	26	17	24	1.97
13676937--13676980	21	2.1	21	95	0	79	27	25	18	29	1.98
13683360--13683653	50	5.8	50	77	2	266	32	25	16	25	1.96
13683347--13683649	151	2.0	151	85	2	392	33	25	16	24	1.96
13686432--13686479	25	1.9	25	82	0	60	35	25	14	25	1.94
13686527--13686582	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
13686516--13686582	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
13686631--13686753	25	4.9	26	87	8	152	30	21	21	26	1.98
13694595--13694661	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
13694713--13694904	25	7.9	24	88	4	253	28	21	22	27	1.99
13694713--13694903	49	3.9	49	90	4	280	28	21	22	27	1.99
13695263--13695317	26	2.1	26	96	0	101	14	10	40	34	1.81
13708572--13708601	15	2.0	15	93	0	51	30	20	6	43	1.77
13708837--13708891	25	2.2	25	87	6	76	32	25	23	18	1.97
13718595--13719416	93	8.8	93	99	0	1581	29	27	19	23	1.98
13727474--13727998	263	2.0	263	98	0	1005	32	22	10	34	1.88
13732036--13732096	32	1.9	32	96	3	115	24	26	3	45	1.68
13733444--13733595	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
13733444--13733620	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13734071--13734096	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
13736399--13736436	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13736666--13736836	93	1.8	93	91	0	279	29	27	20	22	1.99
13736661--13736833	46	3.7	46	76	10	181	30	26	20	23	1.98
13737255--13737314	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
13739389--13739510	43	2.9	41	81	7	145	31	17	23	27	1.97
13758989--13759383	47	8.4	47	93	0	646	32	8	30	28	1.88
13759506--13759580	37	2.0	37	87	5	107	22	20	30	26	1.98
13764437--13764637	101	2.0	99	87	1	285	28	26	19	25	1.99
13764611--13764782	68	2.6	63	74	13	166	27	26	15	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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