genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  236  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78858811--78858842	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
78860719--78860865	40	3.7	40	88	1	188	25	29	21	23	1.99
78866771--78866929	43	3.7	43	77	5	169	29	25	16	28	1.97
78869221--78869315	50	1.9	50	97	2	183	53	9	1	35	1.40
78872682--78872772	45	2.0	45	93	0	155	24	12	26	37	1.90
78875150--78875357	55	3.8	53	76	7	204	21	25	17	35	1.95
78881850--78881880	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
78881847--78881886	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
78882070--78882218	49	2.9	50	79	10	174	20	26	16	36	1.94
78890007--78890066	30	2.0	30	90	6	95	26	21	16	35	1.95
78898849--78898915	26	2.5	26	78	7	73	31	8	8	50	1.64
78900549--78900574	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78906803--78906844	12	3.6	12	74	6	50	40	21	14	23	1.90
78906798--78906861	23	2.7	23	90	2	101	40	17	12	29	1.86
78912589--78912622	17	2.0	17	94	0	59	23	14	2	58	1.50
78924453--78924785	48	6.9	48	73	10	232	29	19	27	23	1.98
78924504--78924783	96	2.9	96	78	7	300	29	18	28	23	1.98
78924454--78924785	144	2.3	144	84	6	424	29	19	27	23	1.98
78925395--78925452	30	1.9	30	82	6	73	10	6	29	53	1.61
78934066--78934114	20	2.5	20	80	3	55	38	4	16	40	1.67
78941404--78941481	40	2.0	40	85	10	106	26	15	21	35	1.93
78951666--78951771	37	2.9	37	95	0	185	26	32	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78951921--78952074	48	3.2	48	89	4	238	31	25	6	36	1.82
78951924--78952073	50	3.0	50	91	3	225	31	26	6	36	1.82
78952898--78953026	47	2.8	47	92	1	206	20	21	28	29	1.98
78954354--78954694	34	10.0	34	100	0	682	35	26	0	38	1.57
78956960--78956986	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
78959408--78959639	49	4.7	49	79	8	229	31	27	17	24	1.97
78959457--78959637	100	1.8	101	88	1	283	30	27	18	24	1.98
78962276--78962429	81	1.9	81	93	0	263	29	20	9	40	1.83
78963071--78963276	38	4.9	38	72	16	133	29	25	15	29	1.96
78963111--78963242	48	2.8	47	81	2	165	28	22	16	31	1.96
78966067--78966235	43	4.0	42	75	9	137	34	23	13	27	1.93
78982180--78982362	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
78982216--78982397	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
78987107--78987386	43	6.6	43	82	2	298	31	26	15	26	1.95
78987093--78987385	129	2.3	126	83	2	372	32	27	14	25	1.94
79003522--79003785	47	5.6	49	81	7	250	22	29	19	28	1.98
79008782--79008908	42	2.9	42	77	7	128	30	28	14	25	1.95
79008789--79008957	48	3.6	48	75	14	149	30	29	14	24	1.95
79008879--79009015	48	2.9	48	86	0	175	26	31	15	27	1.96
79015087--79015147	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
79016356--79016432	37	2.1	37	95	0	136	31	12	16	38	1.87
79016408--79016493	40	2.2	40	91	0	136	20	13	17	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79020756--79020793	6	6.0	6	90	9	58	81	0	0	18	0.69
79020759--79020806	12	3.8	12	77	22	53	81	0	0	18	0.70
79021035--79021062	14	2.0	14	100	0	56	14	28	0	57	1.38
79025653--79025774	44	2.8	44	87	0	154	31	23	14	29	1.95
79025753--79026512	46	16.5	46	99	0	1511	26	17	21	34	1.95
79026581--79027131	263	2.1	259	87	4	788	27	23	19	29	1.98
79026524--79027129	219	2.8	216	84	5	631	27	22	18	30	1.98
79026849--79027177	170	1.9	173	86	4	477	27	22	20	29	1.98
79026575--79027129	44	12.8	43	73	10	321	27	23	19	29	1.98
79038753--79038790	11	3.2	12	88	11	60	47	0	52	0	1.00
79039282--79039306	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
79044815--79044874	24	2.5	24	83	0	66	53	6	3	36	1.44
79061282--79061365	40	2.1	40	93	0	141	36	29	17	15	1.91
79061289--79061375	40	2.2	40	87	0	120	37	29	18	13	1.89
79063762--79063821	30	2.0	30	93	0	102	35	15	15	35	1.88
79070688--79070758	35	2.0	35	97	0	133	35	21	22	21	1.96
79076792--79076843	23	2.3	23	83	9	63	21	11	3	63	1.43
79078850--79078876	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
79080228--79080443	46	4.7	44	74	14	150	27	18	30	24	1.98
79102165--79102435	48	5.6	48	81	3	301	28	16	27	26	1.97
79105862--79105960	50	2.0	50	85	0	135	24	22	19	34	1.96
79105825--79105962	25	5.5	25	76	3	98	23	21	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79106117--79106178	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
79107743--79107804	30	2.1	30	84	0	79	35	12	24	27	1.92
79109452--79109493	22	2.0	22	90	4	68	9	38	26	26	1.87
79110777--79111094	46	6.7	46	74	11	209	28	20	29	22	1.98
79113650--79113833	40	4.6	40	83	6	221	25	23	26	24	2.00
79113650--79113833	80	2.3	80	86	3	246	25	23	26	24	2.00
79118243--79118449	40	5.2	39	89	5	267	24	24	26	24	2.00
79121910--79122028	59	2.0	59	96	0	220	31	18	20	30	1.96
79122085--79122259	86	2.0	86	97	0	332	22	13	26	37	1.91
79129716--79129899	40	4.6	40	79	9	196	25	22	26	26	2.00
79129718--79129935	80	2.7	79	83	4	235	24	22	26	26	2.00
79133306--79133489	40	4.6	40	84	2	235	25	22	26	25	2.00
79133306--79133511	80	2.6	79	84	3	245	24	22	26	26	2.00
79139077--79139150	37	2.0	37	100	0	148	24	13	13	48	1.78
79166406--79166858	122	3.6	123	81	9	547	25	28	21	24	1.99
79166406--79166855	40	10.8	41	79	10	421	25	28	21	24	1.99
79166484--79166818	176	1.9	175	92	3	566	25	27	21	25	1.99
79166446--79166858	216	1.9	216	98	0	799	25	27	21	24	1.99
79177705--79177755	25	2.0	25	100	0	102	37	19	19	23	1.94
79177724--79177802	39	2.0	39	100	0	158	30	15	22	31	1.95
79183314--79183503	47	4.0	47	97	0	344	33	8	28	28	1.86
79183377--79183499	22	5.3	22	63	18	70	33	9	30	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79183503--79183547	21	2.1	21	100	0	90	33	0	31	35	1.58
79183550--79183672	22	5.3	22	67	18	88	33	7	30	29	1.84
79183525--79183843	47	6.7	47	93	1	503	33	7	30	28	1.84
79183352--79183676	173	1.9	173	98	0	623	34	6	29	29	1.83
79183314--79183723	220	1.9	220	95	0	748	33	7	29	29	1.84
79183527--79183843	143	2.2	141	91	1	499	33	7	30	28	1.84
79186235--79186296	32	1.9	32	96	0	115	22	20	27	29	1.99
79186280--79186318	17	2.3	17	100	0	78	23	17	35	23	1.95
79188680--79188717	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79188946--79189113	46	3.6	45	76	12	162	29	27	19	22	1.98
79188947--79189117	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
79191884--79191910	14	1.9	14	100	0	54	7	0	14	77	0.97
79196940--79197165	40	5.7	40	87	4	271	26	22	26	25	2.00
79196993--79197198	80	2.6	79	81	9	206	28	20	26	24	1.99
79198983--79199166	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
79198983--79199163	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
79203709--79203787	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
79203906--79204275	47	7.7	47	89	4	528	29	29	8	32	1.88
79203906--79204254	96	3.6	96	91	3	542	29	29	8	32	1.87
79207855--79207948	38	2.5	38	85	3	118	23	21	27	27	1.99
79207952--79208872	43	21.4	43	97	0	1743	9	25	33	30	1.88
79208837--79208899	27	2.3	27	94	0	108	7	25	34	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79211585--79211761	48	3.7	48	81	6	223	28	20	29	22	1.98
79211585--79211760	96	1.8	96	93	0	307	28	19	29	22	1.98
79219439--79219540	51	2.0	51	100	0	204	43	17	17	21	1.88
79222577--79222752	45	3.8	44	74	15	135	27	20	27	23	1.99
79231514--79231682	46	3.7	45	82	9	182	28	20	28	22	1.98
79236467--79236524	29	2.0	29	86	10	82	20	39	1	37	1.63
79237786--79238006	48	4.6	48	81	4	239	27	18	30	23	1.98
79243490--79243624	55	2.5	54	81	1	162	39	19	20	20	1.93
79243484--79243692	53	3.9	53	78	3	202	38	16	22	22	1.93
79246192--79246293	27	3.8	27	83	5	125	17	23	21	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284