genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20014012--20014097	43	2.0	43	84	4	111	24	23	2	50	1.61
20014044--20014263	114	1.9	114	93	1	379	30	20	5	42	1.75
20015736--20015802	31	2.2	30	94	2	116	2	8	7	80	0.99
20015749--20015794	24	1.9	24	86	8	67	2	8	6	82	0.91
20025685--20025733	21	2.3	21	89	0	71	67	2	0	30	1.02
20037693--20037768	23	3.3	23	80	9	75	27	23	15	32	1.95
20037668--20037768	23	4.4	23	72	8	71	27	22	15	33	1.95
20041216--20041250	17	2.0	18	88	5	54	25	28	31	14	1.95
20041679--20041722	13	3.3	12	82	17	52	20	18	15	45	1.85
20046242--20046390	27	5.5	27	79	3	90	36	20	10	32	1.86
20046327--20046414	27	3.3	27	82	3	79	40	20	6	31	1.79
20052801--20052982	27	6.8	27	86	5	217	38	21	9	30	1.86
20052939--20053038	27	3.7	27	70	5	85	39	22	8	31	1.83
20053022--20053084	27	2.3	27	86	5	83	36	14	20	28	1.92
20053022--20053101	27	3.0	27	81	3	81	33	16	21	28	1.95
20053731--20053782	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
20054966--20055058	38	2.4	38	87	0	132	33	33	19	13	1.91
20058002--20058151	67	2.2	67	82	8	171	32	17	28	22	1.96
20062367--20062405	20	1.9	21	89	5	62	35	23	12	28	1.91
20066129--20066333	44	4.4	44	69	16	153	28	22	19	28	1.98
20066067--20066341	142	1.9	142	90	2	437	28	23	18	29	1.98
20079391--20079422	8	4.0	8	100	0	64	62	12	12	12	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20079550--20079585	11	3.2	12	85	14	51	0	8	22	69	1.15
20084605--20084635	14	2.1	15	94	5	55	54	9	0	35	1.33
20085100--20085911	3	270.7	3	100	0	1624	33	33	0	33	1.58
20103669--20103694	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
20104389--20104461	29	2.5	29	100	0	146	35	34	6	23	1.81
20121469--20121515	17	2.8	17	87	9	62	46	0	0	53	1.00
20132038--20132300	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
20132038--20132300	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
20132232--20132309	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
20140028--20140210	40	4.6	39	82	4	188	27	27	20	25	1.99
20143629--20143697	34	2.0	34	97	0	129	40	20	13	26	1.88
20153144--20153182	17	2.3	17	82	8	53	66	2	2	28	1.18
20158340--20158529	96	2.0	96	85	2	256	31	13	23	32	1.93
20159093--20159126	17	2.0	17	88	11	52	8	8	17	64	1.47
20169084--20169127	19	2.4	18	85	7	54	61	2	2	34	1.21
20171948--20172129	96	1.9	96	86	0	256	14	32	18	34	1.91
20182236--20182285	20	2.5	19	80	6	55	38	2	8	52	1.43
20182231--20182287	19	2.9	19	79	7	53	35	3	8	52	1.50
20186664--20186710	20	2.3	21	75	10	53	38	19	8	34	1.82
20186870--20186995	23	5.4	23	80	6	121	33	19	22	24	1.97
20186893--20186995	44	2.3	46	84	8	147	36	18	21	23	1.95
20186870--20187029	23	6.9	23	74	12	98	31	20	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20186897--20187019	46	2.7	44	83	6	140	33	18	22	25	1.97
20187802--20187851	21	2.4	21	76	3	57	48	16	2	34	1.57
20197289--20197327	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
20206615--20206679	18	3.6	18	87	2	85	30	9	41	18	1.82
20211691--20211762	35	2.1	35	97	0	135	22	9	25	43	1.83
20214828--20214852	10	2.5	10	100	0	50	64	8	0	28	1.22
20214891--20214951	30	2.1	29	84	9	79	60	4	0	34	1.18
20216839--20216868	16	1.9	15	93	6	51	70	3	0	26	1.03
20218217--20218252	18	1.9	19	94	5	65	30	22	22	25	1.99
20218224--20218262	18	2.2	18	86	9	53	33	23	20	23	1.97
20218539--20218593	21	2.6	21	97	0	101	38	20	14	27	1.91
20220639--20220683	16	2.9	15	83	9	54	11	2	6	80	0.99
20220630--20220688	26	2.3	26	88	5	86	11	3	5	79	1.01
20231395--20231420	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
20231462--20231499	19	1.9	20	89	10	60	57	13	5	23	1.56
20231979--20232012	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
20232298--20232355	29	2.0	30	82	3	73	48	13	5	32	1.65
20239510--20239540	14	2.2	14	94	0	53	9	25	32	32	1.88
20247085--20247163	38	2.0	40	83	9	101	37	2	3	55	1.31
20247104--20247167	20	3.3	19	71	18	60	39	1	3	56	1.25
20247297--20247329	9	3.7	9	91	0	57	39	12	6	42	1.67
20247297--20247332	18	2.0	18	100	0	72	38	11	5	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20254305--20254376	31	2.4	31	83	6	85	48	19	9	22	1.77
20254504--20254549	3	15.3	3	82	8	58	67	4	28	0	1.10
20255409--20255449	21	2.0	21	95	0	73	29	29	17	24	1.97
20255698--20255737	20	2.1	19	85	4	53	52	17	2	27	1.57
20256744--20256806	31	2.1	31	87	3	92	23	1	12	61	1.39
20258484--20258668	85	2.2	85	87	3	257	27	15	16	41	1.88
20264240--20264265	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
20266320--20266377	21	2.8	20	79	12	55	36	1	3	58	1.25
20271478--20271569	47	2.0	47	97	0	175	34	8	15	41	1.78
20277535--20277580	21	2.2	21	92	0	74	26	28	26	19	1.99
20286975--20287450	47	10.1	47	95	0	826	31	9	30	28	1.88
20286975--20287450	190	2.5	188	95	0	826	31	9	30	28	1.88
20296526--20296577	26	2.0	26	88	7	79	46	15	1	36	1.57
20298574--20298600	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
20311730--20312166	220	2.0	219	90	2	698	31	15	23	29	1.95
20312136--20312257	44	2.8	44	89	0	190	31	15	27	25	1.96
20314210--20314385	46	3.8	46	78	10	205	21	19	29	28	1.98
20314207--20314377	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	28	1.98
20316605--20316692	28	3.5	26	72	18	80	32	4	1	61	1.24
20316646--20316688	15	3.0	15	80	19	56	25	6	0	67	1.15
20322248--20322401	77	2.0	77	100	0	308	40	23	16	19	1.91
20322402--20322516	57	2.0	57	96	0	212	26	21	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20327538--20327576	18	2.2	18	85	0	51	20	35	30	12	1.90
20353886--20353927	20	2.1	20	90	0	66	42	4	16	35	1.69
20360246--20360270	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
20365589--20365618	16	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
20366541--20366566	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
20366642--20366679	19	2.0	19	94	0	67	31	10	23	34	1.89
20367844--20367886	15	2.6	17	89	7	63	9	6	0	83	0.80
20368177--20368894	44	16.5	44	90	2	1083	22	31	16	29	1.96
20368198--20368894	216	3.2	216	91	1	1124	21	31	16	29	1.96
20369840--20369941	53	1.9	52	90	5	161	8	26	20	44	1.81
20377435--20377483	24	2.0	24	96	0	89	12	32	28	26	1.92
20380708--20380974	134	2.0	134	97	0	507	34	22	19	23	1.97
20381009--20381472	232	2.0	232	98	0	892	39	16	14	29	1.88
20381553--20381772	110	2.0	110	98	0	422	39	19	13	27	1.89
20381768--20381793	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
20381869--20381906	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
20390599--20391204	132	4.6	132	82	3	623	25	23	20	31	1.98
20390599--20391160	263	2.1	263	83	2	700	24	23	20	30	1.99
20391151--20391248	44	2.2	44	85	1	124	29	17	21	31	1.96
20391175--20391271	44	2.2	44	83	3	124	25	21	20	31	1.98
20391020--20391336	88	3.6	88	71	8	257	24	20	21	33	1.97
20391107--20391338	44	5.3	43	68	15	116	25	19	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20391696--20391786	46	2.0	46	84	0	119	27	18	17	36	1.94
20396094--20396513	229	1.8	228	90	2	673	36	20	12	30	1.90
20398242--20398302	3	20.0	3	80	9	70	60	0	4	34	1.18
20399022--20399051	15	2.0	15	100	0	60	20	20	20	40	1.92
20400100--20400501	101	4.0	101	96	1	724	33	19	15	32	1.92
20408178--20408305	63	2.0	62	97	2	247	38	14	15	30	1.88
20409698--20409868	46	3.7	48	84	5	185	22	30	19	26	1.98
20409698--20409868	47	3.7	47	82	6	199	22	30	19	26	1.98
20415572--20415748	47	3.8	47	78	10	184	23	29	17	29	1.97
20415570--20415795	94	2.4	93	83	5	267	23	28	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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