genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62255768--62255875	25	4.4	25	85	6	132	28	22	22	26	1.99
62255923--62255969	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
62263847--62263887	22	1.9	22	95	5	75	21	29	39	9	1.86
62264866--62264891	9	2.9	9	100	0	52	57	23	0	19	1.40
62274542--62274658	46	2.5	46	84	6	148	23	31	17	27	1.97
62279734--62279766	14	2.4	14	85	5	50	57	0	9	33	1.30
62290119--62290186	32	2.1	32	94	0	118	32	19	8	39	1.82
62290638--62290695	30	1.9	30	92	0	98	55	15	3	25	1.56
62292387--62292424	16	2.4	16	86	8	51	21	2	2	73	1.07
62292681--62292738	19	3.2	19	61	14	50	39	27	3	29	1.73
62292680--62292747	35	1.9	35	100	0	136	41	26	4	27	1.75
62298003--62298043	16	2.6	16	100	0	82	31	12	4	51	1.60
62299729--62299769	20	2.0	21	85	4	57	70	9	7	12	1.33
62299897--62299943	22	2.2	21	85	11	60	44	0	8	46	1.33
62299897--62299940	23	2.0	22	86	4	61	45	0	9	45	1.35
62301317--62301371	26	2.1	26	93	0	92	18	3	5	72	1.18
62303253--62303301	26	1.9	25	84	12	64	36	0	4	59	1.17
62305599--62305642	5	8.8	5	100	0	88	81	0	0	18	0.68
62312926--62313084	43	3.7	43	77	13	148	33	21	14	30	1.93
62315077--62315221	42	3.4	43	82	5	170	24	15	24	35	1.94
62316477--62316522	23	2.0	23	95	0	83	45	2	26	26	1.65
62320701--62320738	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62327417--62327612	48	4.0	48	87	4	286	27	20	26	26	1.99
62328567--62328606	20	2.0	20	95	0	71	10	17	40	32	1.83
62329370--62329426	6	9.8	6	82	3	64	19	0	3	77	0.92
62333374--62333417	15	2.9	15	84	15	56	25	2	0	72	0.96
62342148--62342173	12	2.2	12	100	0	52	23	38	26	11	1.89
62347338--62347398	6	11.6	5	76	20	54	19	1	1	77	0.95
62347338--62347380	9	4.3	9	78	21	50	20	2	0	76	0.89
62347345--62347397	22	2.4	22	87	6	72	20	1	1	75	0.99
62347338--62347391	16	3.5	15	80	14	65	20	1	1	75	0.98
62349975--62350129	42	3.6	43	80	6	127	30	25	18	26	1.98
62353555--62353599	23	1.9	24	86	4	65	24	48	2	24	1.62
62360171--62360346	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
62360167--62360338	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
62362717--62363010	147	2.0	147	100	0	588	42	6	18	31	1.76
62363406--62363563	43	3.7	42	77	12	142	25	18	25	31	1.98
62364292--62364334	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
62371280--62371308	6	5.0	6	91	8	51	34	17	17	31	1.93
62373133--62373160	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
62378186--62378282	41	2.4	41	94	0	167	26	26	22	23	2.00
62382000--62382037	17	2.4	17	86	8	53	23	5	5	65	1.34
62385812--62385936	40	3.2	40	72	13	118	32	22	20	24	1.98
62385824--62385980	76	2.1	76	85	2	208	34	19	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62390095--62390138	16	2.7	15	80	13	52	75	4	11	9	1.19
62390104--62390138	16	2.1	17	89	5	54	77	5	11	5	1.12
62396105--62396521	177	2.4	176	87	2	593	29	21	19	29	1.98
62396457--62396564	43	2.5	43	81	3	117	30	22	18	28	1.97
62396634--62396760	64	2.0	64	95	0	227	36	15	18	29	1.92
62400779--62401195	177	2.4	176	87	2	593	29	21	19	29	1.98
62401131--62401238	43	2.5	43	81	3	117	30	22	18	28	1.97
62401308--62401434	64	2.0	64	95	0	227	36	15	18	29	1.92
62413286--62413329	17	2.5	17	81	3	52	65	2	2	29	1.16
62418487--62418530	17	2.5	17	81	3	52	65	2	2	29	1.16
62417956--62418910	477	2.0	477	96	0	1779	53	7	10	29	1.61
62423979--62424024	19	2.4	19	85	3	56	41	2	13	43	1.55
62427620--62427687	30	2.3	31	80	12	79	22	32	25	20	1.98
62437757--62437797	17	2.4	17	100	0	82	43	12	12	31	1.79
62437757--62437807	17	3.0	17	91	5	68	47	11	11	29	1.76
62442075--62442101	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
62442585--62442762	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62442586--62442741	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62442582--62442762	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62450693--62450956	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
62450693--62450989	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
62485127--62485295	42	4.0	42	75	7	144	30	24	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62491355--62491393	18	2.2	18	95	0	69	28	23	5	43	1.75
62493003--62493148	60	2.4	61	85	3	190	21	18	13	45	1.84
62493560--62493729	60	2.9	58	82	5	207	47	12	15	24	1.80
62498583--62498610	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
62503159--62503203	15	3.2	15	69	18	51	31	15	6	46	1.72
62504500--62504533	11	3.1	11	91	0	59	44	0	2	52	1.16
62504599--62504661	27	2.3	27	86	5	83	63	30	4	1	1.24
62508127--62508219	31	3.2	31	64	24	85	47	9	12	30	1.74
62508126--62508235	54	2.0	54	98	0	211	47	9	11	31	1.72
62539731--62539816	43	2.0	43	100	0	172	37	11	11	39	1.78
62545377--62545419	22	2.0	22	90	0	68	46	23	6	23	1.76
62547099--62547204	43	2.5	43	85	3	142	25	15	24	34	1.94
62557181--62557289	42	2.6	42	75	8	114	32	28	13	25	1.94
62559438--62559733	50	5.9	50	75	6	231	25	18	25	31	1.98
62559445--62559765	150	2.1	153	80	2	344	24	17	26	30	1.97
62562191--62562237	15	3.2	14	82	8	58	14	17	12	55	1.70
62564499--62564624	46	2.8	44	80	15	132	26	18	28	26	1.98
62564595--62564724	49	2.6	50	81	6	158	26	16	30	27	1.96
62565034--62565370	171	2.0	171	96	0	629	34	9	19	36	1.84
62568678--62568858	100	1.8	101	87	6	278	24	18	25	31	1.98
62568780--62568863	25	3.2	28	66	27	76	23	15	28	32	1.95
62568627--62568918	49	5.8	50	78	6	206	23	17	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62571779--62571931	46	3.3	46	77	12	177	22	21	28	28	1.99
62575031--62575087	29	2.0	29	96	0	105	36	12	22	28	1.90
62577395--62577437	22	2.0	22	95	0	77	25	51	11	11	1.72
62577391--62577446	22	2.5	22	85	0	67	30	48	12	8	1.72
62581176--62581313	35	3.9	35	80	2	123	27	12	18	41	1.87
62588109--62588192	37	2.3	37	89	0	123	33	10	15	40	1.82
62588176--62588312	35	3.9	35	78	0	112	30	11	17	40	1.85
62591233--62591266	15	2.3	15	100	0	68	17	23	23	35	1.95
62598741--62598817	39	2.0	39	94	0	136	28	6	28	36	1.82
62605362--62605431	35	2.0	35	97	0	131	28	2	18	50	1.61
62609232--62609260	15	1.9	15	100	0	58	55	17	0	27	1.42
62611040--62611109	31	2.3	32	80	14	85	35	1	4	58	1.26
62623117--62625254	712	3.0	710	88	2	3097	30	14	22	32	1.94
62626918--62626981	25	2.6	26	85	7	89	39	25	15	20	1.92
62637977--62638034	28	2.0	30	83	6	75	31	22	18	27	1.97
62637992--62638087	29	3.3	29	77	7	79	34	18	18	28	1.95
62638019--62638120	28	3.6	28	78	4	87	38	18	15	27	1.91
62638111--62638164	28	1.9	28	88	0	81	38	24	11	25	1.88
62641195--62641252	29	2.0	30	82	3	73	48	13	17	20	1.81
62643908--62643957	25	2.0	25	100	0	100	28	8	0	64	1.22
62643908--62643950	15	3.2	15	69	30	51	27	6	0	65	1.18
62643903--62643965	25	2.7	23	81	13	67	31	7	0	60	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62644186--62644284	49	2.0	49	94	0	171	18	30	26	25	1.98
62645724--62645824	52	2.0	52	98	2	195	44	12	11	30	1.79
62650582--62650625	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
62650716--62650772	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
62650998--62651030	4	8.5	4	93	6	59	51	0	0	48	1.00
62653354--62653501	57	2.6	57	88	2	217	40	13	13	32	1.84
62653788--62653874	23	3.8	23	79	0	93	48	14	17	19	1.81
62655083--62655140	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
62658942--62659000	30	2.0	29	86	0	73	25	15	28	28	1.95
62660299--62660382	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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