genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8619805--8620080	40	6.9	40	92	0	435	25	29	21	22	1.99
8624804--8624844	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
8628162--8628214	27	2.0	27	88	0	79	22	15	20	41	1.89
8628431--8628475	23	1.9	24	90	4	74	22	2	51	24	1.60
8629466--8629730	50	5.5	49	84	6	283	23	30	19	26	1.98
8629466--8629737	98	2.8	97	85	7	324	23	30	19	26	1.98
8639958--8640019	30	2.1	30	90	0	97	30	24	8	37	1.84
8641474--8641740	48	5.6	48	81	4	306	28	29	17	24	1.97
8647254--8647291	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
8653735--8654001	48	5.6	47	81	11	271	24	29	19	25	1.98
8653735--8654001	96	2.8	95	83	7	312	24	29	19	25	1.98
8655758--8655860	51	2.0	51	90	0	161	31	18	27	23	1.97
8657164--8657203	21	2.0	21	85	5	55	12	45	25	17	1.83
8667303--8667424	27	4.5	27	83	0	136	27	15	28	28	1.96
8667302--8667424	54	2.3	54	84	4	158	27	15	28	28	1.96
8678746--8678786	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
8683521--8683666	40	3.7	40	86	3	188	25	26	22	26	2.00
8689549--8689723	27	6.4	27	84	3	199	30	27	14	27	1.95
8689567--8689722	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
8690205--8690231	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
8694496--8694625	40	3.2	40	87	2	172	25	26	23	23	2.00
8696141--8696184	19	2.3	19	85	14	56	22	6	0	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8697373--8697663	27	10.8	27	82	6	288	26	14	16	42	1.87
8699661--8699859	27	7.3	27	88	2	256	27	14	21	37	1.91
8699687--8699874	82	2.3	82	87	2	272	27	15	21	35	1.93
8701616--8701656	21	1.9	22	85	5	57	19	2	19	58	1.50
8718448--8718488	21	1.9	22	85	5	57	19	2	21	56	1.54
8719922--8719997	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
8720133--8720615	47	10.2	47	97	0	849	29	32	8	30	1.86
8724320--8724439	43	2.8	44	85	7	149	25	16	23	34	1.95
8730937--8731079	72	2.0	72	94	0	250	39	11	13	36	1.80
8731895--8732170	91	3.0	92	69	12	294	28	27	21	22	1.99
8731895--8732263	184	2.0	184	100	0	738	28	27	20	22	1.99
8731931--8732286	93	3.8	92	75	10	375	28	28	21	22	1.99
8731924--8732283	46	7.8	46	65	19	178	28	28	20	22	1.99
8736014--8736217	40	5.1	39	81	8	216	24	21	27	26	1.99
8736015--8736196	79	2.3	81	82	7	221	24	21	28	26	1.99
8736048--8736231	79	2.3	77	79	10	192	26	20	26	26	1.99
8737955--8738043	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
8737955--8738037	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
8737966--8738043	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
8741746--8741842	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
8742790--8742961	93	1.8	93	85	2	238	28	27	20	23	1.99
8749434--8749566	29	4.7	29	85	5	164	27	15	29	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8751690--8751840	28	5.4	28	92	1	232	27	10	27	34	1.90
8758924--8759044	43	2.8	42	87	5	154	27	16	22	33	1.95
8770779--8770964	41	4.6	41	89	3	261	24	24	26	24	2.00
8770781--8770934	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
8778094--8778220	47	2.7	48	78	14	149	29	28	18	22	1.98
8778097--8778242	46	3.2	46	73	13	122	30	26	19	23	1.98
8782535--8782587	25	2.1	25	82	6	63	26	18	26	28	1.98
8782569--8782652	25	3.4	25	78	6	89	30	21	19	28	1.97
8785396--8785465	28	2.5	28	86	4	97	32	25	14	27	1.94
8793063--8793239	40	4.4	40	84	4	225	26	27	22	23	2.00
8793063--8793239	80	2.2	79	89	5	259	26	27	22	23	2.00
8796130--8796307	40	4.5	40	89	3	236	22	24	29	24	1.99
8803962--8804858	40	22.5	40	96	1	1640	25	29	22	22	1.99
8806605--8806781	40	4.4	40	83	4	225	25	27	22	24	2.00
8820817--8820874	24	2.3	26	79	5	66	37	1	46	13	1.54
8829562--8829601	18	2.3	17	86	4	53	7	20	45	27	1.78
8830034--8830113	26	3.1	26	79	0	97	17	15	27	40	1.89
8830631--8830665	17	2.1	17	89	10	54	40	5	17	37	1.73
8832108--8832196	27	3.3	27	90	0	142	32	22	6	38	1.80
8832148--8832402	27	9.4	26	84	4	188	40	22	7	30	1.81
8832076--8832277	54	3.7	54	75	7	151	36	22	7	34	1.82
8832189--8832436	54	4.6	54	84	6	263	41	20	8	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8832189--8832397	81	2.6	82	86	3	280	42	22	7	28	1.79
8832189--8832397	27	7.7	27	83	8	221	42	22	7	28	1.79
8832189--8832448	27	9.7	27	81	9	214	41	21	8	28	1.82
8832189--8832436	81	3.1	80	81	9	263	41	20	8	29	1.82
8832439--8832572	27	5.0	27	88	0	196	35	17	20	25	1.95
8832430--8832599	81	2.1	81	86	3	245	37	16	20	26	1.93
8832441--8832587	54	2.7	54	90	2	215	35	18	19	26	1.95
8836183--8836414	40	5.8	40	92	1	340	24	21	28	25	1.99
8843366--8843486	47	2.6	48	83	6	160	29	20	25	23	1.99
8847530--8847556	13	2.1	13	100	0	54	22	14	7	55	1.64
8854853--8855180	166	2.0	166	95	0	593	26	17	17	37	1.93
8855785--8855899	58	2.0	58	92	0	194	51	8	13	26	1.70
8869830--8869999	46	3.7	46	77	16	188	21	21	28	28	1.99
8869827--8869997	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
8875663--8875853	95	2.0	95	98	0	373	37	8	19	34	1.83
8875847--8876055	105	2.0	105	97	0	391	42	9	22	25	1.83
8877395--8877455	29	2.1	29	96	0	113	40	6	13	39	1.70
8884107--8884282	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
8884104--8884275	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
8893682--8893796	29	4.0	29	84	6	137	27	29	15	26	1.96
8900580--8900688	47	2.3	47	82	6	114	48	18	10	22	1.78
8914055--8914114	27	2.4	23	73	19	66	41	11	11	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8915180--8915350	93	1.8	93	84	2	236	45	5	11	37	1.63
8915302--8915432	49	2.7	48	83	5	156	48	2	9	39	1.47
8917778--8917995	40	5.5	40	90	2	307	22	23	28	25	1.99
8922560--8922605	24	1.9	24	91	8	76	30	15	19	34	1.93
8925783--8926101	48	6.6	48	83	1	397	28	28	17	24	1.97
8929112--8929214	37	2.8	37	80	0	116	31	27	15	26	1.96
8937467--8937499	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
8939968--8940045	39	2.0	39	94	0	138	35	19	29	15	1.92
8949851--8949881	16	1.9	16	93	0	53	25	3	16	54	1.56
8949886--8950332	221	2.0	222	97	0	842	30	6	20	42	1.78
8951724--8951887	42	3.9	42	78	7	179	31	23	14	30	1.95
8957095--8957239	37	3.9	37	90	3	211	25	31	20	22	1.98
8957101--8957239	74	1.9	74	92	0	233	25	31	18	23	1.97
8957358--8957814	47	9.6	47	94	1	779	29	29	8	32	1.86
8957358--8957814	237	1.9	237	95	0	833	29	29	8	32	1.86
8960061--8960919	85	10.1	85	99	0	1700	25	27	8	38	1.84
8976499--8976642	7	21.0	7	68	14	59	22	0	34	43	1.53
8976547--8976639	35	2.6	36	78	11	86	22	0	34	43	1.54
8976583--8976659	35	2.2	34	90	2	118	15	1	37	45	1.55
8976857--8977126	123	2.2	122	87	2	373	36	10	26	26	1.89
8976889--8977171	123	2.3	123	84	4	349	31	11	28	28	1.92
8976889--8977220	123	2.7	123	81	6	298	32	12	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8978517--8978547	5	6.2	5	100	0	62	38	19	0	41	1.51
8979884--8980242	104	3.4	104	93	1	585	34	5	3	56	1.39
8980500--8980660	47	3.4	47	99	0	313	48	14	0	36	1.45
8980514--8980676	9	18.0	9	68	18	63	47	15	0	36	1.46
8986493--8986542	16	2.9	17	78	21	59	40	0	0	60	0.97
8987433--8987497	27	2.4	27	92	0	112	38	20	10	30	1.86
8987410--8987507	27	3.6	26	78	10	90	39	22	10	27	1.86
8987546--8987928	27	14.3	27	81	4	366	36	18	19	25	1.94
8987546--8987927	54	7.1	54	84	2	446	36	18	19	25	1.94
8987560--8987924	161	2.3	161	89	0	561	36	18	20	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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