genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70418979--70419037	11	5.7	11	80	9	54	32	0	0	67	0.91
70418981--70419037	13	4.6	13	74	12	57	33	0	0	66	0.92
70419004--70419039	19	1.9	18	94	5	63	41	0	0	58	0.98
70425559--70425787	115	2.0	115	94	0	404	37	14	14	33	1.87
70427368--70427425	29	2.0	29	100	0	116	37	10	13	37	1.79
70433330--70433362	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
70436343--70436376	17	1.9	18	88	5	52	44	14	11	29	1.81
70437547--70437600	26	2.1	26	100	0	108	40	3	14	40	1.64
70450220--70450488	46	5.8	46	78	15	304	21	20	28	29	1.98
70450217--70450480	93	2.8	93	97	1	494	21	20	29	28	1.98
70463846--70463893	22	2.1	23	85	14	64	8	8	8	75	1.21
70482055--70482130	38	2.0	38	82	5	91	34	26	6	32	1.82
70483631--70483655	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
70484678--70484708	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
70485482--70485519	20	1.9	20	88	0	58	44	10	15	28	1.80
70486869--70486931	29	2.2	29	97	0	117	28	11	15	44	1.81
70487124--70487175	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
70487331--70487404	31	2.4	32	73	15	75	45	0	2	51	1.15
70490235--70490296	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
70490343--70490372	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
70490320--70490372	21	2.5	21	84	6	63	71	1	1	24	1.06
70490863--70490908	18	2.5	20	79	13	53	65	0	6	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70492565--70493525	206	4.7	206	89	3	1483	29	22	17	30	1.97
70498845--70498887	21	2.0	21	100	0	86	48	23	4	23	1.69
70503367--70503422	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
70510421--70510528	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
70514584--70514636	21	2.5	21	81	6	54	69	1	1	26	1.09
70514607--70514636	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
70516127--70517496	683	2.0	683	99	0	2715	38	18	17	25	1.92
70519706--70519733	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
70536806--70536951	56	2.6	55	85	4	193	32	3	17	46	1.64
70537083--70537131	24	2.0	24	100	0	98	32	4	18	44	1.68
70537086--70537142	24	2.5	22	88	8	80	31	1	17	49	1.57
70546997--70547044	16	3.0	16	84	6	62	60	14	6	18	1.55
70559888--70559937	24	2.1	24	100	0	100	32	20	0	48	1.50
70560422--70560448	12	2.2	12	100	0	54	0	14	7	77	0.97
70565014--70565050	17	2.2	17	95	0	65	43	5	43	8	1.57
70573309--70573409	50	2.0	50	100	0	202	39	17	18	23	1.92
70573488--70573821	49	6.8	49	70	5	226	33	24	19	21	1.97
70573488--70573870	99	3.9	99	87	0	543	33	25	19	21	1.97
70573493--70573870	49	7.7	49	67	9	203	33	25	19	21	1.97
70574382--70574408	12	2.2	12	100	0	54	0	14	7	77	0.97
70576860--70576903	17	2.5	18	81	7	63	25	0	2	72	0.96
70576845--70576887	21	2.0	22	86	9	61	27	2	0	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70577716--70577751	16	2.1	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
70579164--70579196	16	2.0	17	94	5	59	63	6	6	24	1.40
70582281--70582447	82	2.0	82	100	0	334	20	20	9	49	1.77
70582898--70582941	16	2.8	16	76	13	54	52	11	20	15	1.74
70583159--70583245	28	3.1	28	77	6	86	27	12	31	28	1.93
70583167--70583244	29	2.7	29	82	5	88	29	14	29	26	1.95
70587207--70587284	28	2.7	30	70	7	72	24	15	29	30	1.95
70591240--70591323	28	3.0	28	81	6	98	27	14	32	26	1.95
70594317--70594366	25	2.0	24	92	3	82	14	30	18	38	1.89
70594325--70594382	25	2.3	25	85	11	75	18	29	18	32	1.96
70596189--70596243	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
70596305--70596372	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
70596830--70596868	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
70597016--70597113	30	3.3	30	92	0	160	20	6	48	24	1.72
70597760--70598317	91	6.2	88	78	10	440	37	17	16	28	1.91
70598141--70598173	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
70598250--70598854	73	8.2	74	84	6	710	33	19	16	30	1.94
70598244--70598921	148	4.5	148	87	4	785	33	20	16	30	1.94
70598244--70598921	221	3.0	222	88	5	909	33	20	16	30	1.94
70599024--70599068	13	3.4	13	84	6	63	71	4	11	13	1.29
70598852--70599141	100	2.9	101	86	6	394	39	18	17	24	1.92
70599037--70599212	90	2.0	87	87	5	255	36	20	18	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70609880--70609904	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
70609907--70609961	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
70610017--70610091	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
70610023--70610085	25	2.5	24	84	7	72	58	6	4	30	1.43
70610108--70610239	23	5.6	24	75	8	110	55	3	6	35	1.40
70610036--70610145	29	4.0	28	73	15	97	58	4	6	30	1.43
70610036--70610169	29	5.1	27	71	18	81	56	4	6	32	1.45
70610188--70610239	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
70610523--70610561	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
70615921--70615957	18	2.1	18	89	0	56	35	5	10	48	1.61
70620194--70620245	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
70620300--70620335	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
70620326--70620381	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
70622647--70622681	17	2.1	17	94	0	61	54	8	0	37	1.31
70623060--70623090	12	2.6	12	94	0	53	70	6	0	22	1.09
70623602--70623641	17	2.3	18	86	4	55	10	50	30	10	1.69
70623662--70623688	12	2.2	12	100	0	54	7	0	7	85	0.75
70624606--70624662	3	20.0	3	76	16	59	36	0	1	61	1.07
70624778--70624817	16	2.5	16	91	0	62	37	0	2	60	1.11
70626342--70626375	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
70626342--70626419	27	3.0	27	89	9	110	43	0	7	48	1.31
70626468--70626509	18	2.3	18	83	4	57	61	0	38	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70627749--70627880	18	7.4	17	73	10	95	37	15	14	33	1.87
70627748--70627884	54	2.6	53	78	2	150	37	16	13	32	1.88
70628876--70628921	20	2.3	20	96	3	85	23	17	32	26	1.97
70633290--70633323	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
70634055--70634094	17	2.3	19	79	16	50	47	0	15	37	1.45
70634704--70634824	18	6.8	18	81	4	120	38	14	14	32	1.87
70634704--70634852	36	4.2	36	78	8	153	36	14	15	33	1.88
70634720--70634856	54	2.6	54	81	2	170	36	14	14	34	1.87
70636159--70636200	21	2.0	21	90	0	66	21	26	21	30	1.98
70641858--70642060	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
70641792--70642060	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
70642024--70642169	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
70643424--70643567	49	2.9	49	92	1	225	23	13	29	32	1.94
70646759--70646961	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
70646693--70646961	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
70646925--70647070	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
70650034--70650059	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
70655027--70655307	41	6.9	41	88	0	357	33	24	16	26	1.96
70655622--70655671	21	2.4	21	75	0	55	52	22	0	26	1.48
70655847--70655932	41	2.1	42	83	10	108	27	4	25	41	1.75
70656202--70656240	13	3.0	13	96	0	69	43	7	2	46	1.46
70657106--70657188	40	2.0	41	81	6	98	43	16	18	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70661423--70661550	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
70661440--70661517	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
70661436--70661548	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
70665268--70665493	113	2.0	113	97	0	425	41	17	16	24	1.89
70667244--70667294	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
70667550--70667616	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
70667694--70667810	43	2.7	42	93	1	189	23	32	18	25	1.97
70669248--70669309	3	22.0	3	75	15	53	67	0	29	3	1.06
70669248--70669309	17	3.5	17	85	8	88	67	0	29	3	1.06
70670368--70670422	23	2.5	22	94	5	94	30	27	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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