genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92394316--92394444	50	2.5	51	88	2	197	35	16	22	25	1.94
92394420--92394537	31	3.8	31	90	0	191	27	19	27	26	1.99
92394606--92394711	46	2.2	49	86	8	148	32	15	24	28	1.95
92394606--92394721	49	2.5	46	84	7	135	32	14	23	29	1.94
92400888--92400961	38	2.0	36	86	2	94	47	13	27	10	1.76
92405402--92405769	44	8.3	44	85	3	445	33	14	24	27	1.95
92405402--92405952	88	6.2	88	82	5	439	32	15	25	26	1.96
92405683--92405942	85	3.0	85	82	5	306	30	17	26	26	1.97
92405685--92405942	44	5.9	44	77	6	256	29	17	26	25	1.97
92405898--92406101	80	2.6	79	80	1	230	30	18	25	25	1.98
92406854--92406972	59	2.1	58	86	7	172	23	10	5	59	1.51
92407590--92407650	23	2.6	22	87	10	77	31	1	0	67	1.01
92407677--92407793	33	3.7	30	75	19	96	29	3	5	62	1.33
92411455--92411522	27	2.5	27	82	0	82	22	20	20	36	1.95
92412758--92413920	54	21.5	54	88	3	1572	27	21	9	40	1.84
92412758--92413920	162	7.2	162	97	0	2005	27	21	9	40	1.84
92413930--92414125	27	7.3	27	84	0	239	35	17	19	27	1.95
92414328--92414386	27	2.2	27	90	6	93	18	18	25	37	1.94
92414339--92414406	27	2.5	26	83	6	82	23	23	16	36	1.94
92414494--92414552	22	2.7	22	83	0	73	22	25	20	32	1.98
92414717--92414783	27	2.5	27	85	4	82	19	25	19	35	1.95
92414908--92414995	6	14.5	6	71	19	67	20	14	14	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92414908--92414980	31	2.4	30	88	6	103	20	15	15	49	1.79
92414936--92414995	24	2.5	24	81	10	86	20	13	15	51	1.75
92418774--92418847	37	2.0	37	82	15	91	41	24	8	25	1.82
92440288--92440475	40	4.8	40	80	5	195	20	30	15	33	1.94
92440288--92440348	20	3.0	20	65	9	52	19	31	16	32	1.94
92440397--92440462	20	3.3	20	70	8	62	22	30	16	30	1.96
92440500--92440550	24	2.3	21	75	18	57	43	3	15	37	1.66
92440511--92440559	24	2.0	24	100	0	98	46	0	16	36	1.47
92441294--92441477	65	2.8	65	89	2	253	26	26	25	21	2.00
92464141--92464194	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
92473329--92473411	43	1.9	43	87	0	121	27	30	18	24	1.98
92480866--92480907	15	2.9	15	80	13	52	16	7	28	47	1.73
92499068--92499185	59	2.0	59	98	0	227	33	7	15	44	1.75
92505822--92506081	46	5.6	46	74	12	262	26	26	22	23	2.00
92505868--92506129	47	5.6	47	75	12	279	27	26	21	24	1.99
92505820--92506128	93	3.3	93	99	0	609	27	27	21	23	1.99
92516887--92517064	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
92516908--92517063	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
92524943--92525015	21	3.5	20	70	18	58	61	0	4	34	1.15
92526745--92527328	205	2.8	205	92	1	967	28	21	18	31	1.97
92548160--92548335	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
92548156--92548327	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92550116--92550158	12	3.6	12	75	12	52	16	23	18	41	1.89
92550116--92550174	24	2.5	24	97	0	109	16	22	16	44	1.87
92553927--92553960	18	1.9	17	88	5	50	58	5	2	32	1.37
92554395--92554460	10	6.0	10	77	18	60	62	0	4	33	1.16
92554489--92554558	26	2.8	25	73	14	63	47	0	4	48	1.21
92554498--92554552	27	2.1	27	82	3	67	47	0	5	47	1.25
92558784--92559134	47	7.4	47	95	1	603	32	7	29	29	1.86
92561096--92561187	28	3.3	28	80	8	89	2	30	7	59	1.37
92564020--92566005	992	2.0	992	100	0	3972	35	19	10	34	1.86
92568966--92569047	28	2.9	27	76	7	92	2	24	7	65	1.30
92569281--92569331	15	3.5	15	76	10	61	5	29	1	62	1.29
92569282--92569335	28	1.9	28	92	0	90	5	31	1	61	1.30
92570480--92570563	28	3.0	28	79	10	100	5	27	4	61	1.39
92602017--92602054	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
92602283--92602453	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
92602278--92602450	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
92602873--92602932	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
92609853--92609999	46	3.2	46	75	14	142	29	29	19	21	1.97
92613932--92613994	27	2.3	26	86	10	83	33	25	25	15	1.95
92620572--92620604	5	6.6	5	92	0	57	78	0	3	18	0.87
92626645--92626907	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
92626645--92626907	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92626839--92626916	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
92636016--92636051	13	2.6	14	91	8	56	80	0	2	16	0.83
92638675--92638799	61	2.0	62	95	3	225	36	17	12	34	1.87
92641934--92642099	33	5.0	33	82	0	197	30	20	19	29	1.97
92641936--92642105	66	2.6	66	87	0	223	29	20	19	30	1.97
92647530--92647565	17	2.1	17	100	0	72	63	0	11	25	1.27
92648822--92648849	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
92650470--92650517	16	2.8	17	84	9	62	14	0	6	79	0.92
92650477--92650515	18	2.1	19	90	4	62	15	0	7	76	0.99
92656914--92657005	34	2.7	34	81	8	107	28	22	25	23	2.00
92660371--92660400	14	2.1	14	100	0	60	46	13	0	40	1.43
92663298--92663348	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
92663308--92663350	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
92667382--92667720	44	7.7	44	74	10	214	31	17	23	27	1.97
92667379--92667702	88	3.7	88	79	8	374	29	17	24	29	1.97
92667682--92668563	206	4.3	206	90	3	1354	30	18	21	29	1.97
92668684--92668785	41	2.5	41	85	1	143	33	20	21	24	1.97
92669203--92669251	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
92669371--92669421	26	2.0	26	96	0	93	43	15	1	39	1.58
92669859--92669897	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
92673273--92673306	15	2.3	15	94	0	59	14	11	20	52	1.73
92675206--92675248	19	2.1	21	91	8	72	34	11	18	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92682632--92682787	42	3.7	42	72	11	129	25	20	23	30	1.98
92685336--92685585	41	6.1	40	83	6	286	33	20	24	21	1.97
92685343--92685584	123	2.0	122	85	4	326	32	20	25	21	1.98
92685743--92685775	14	2.4	14	94	0	57	24	0	24	51	1.48
92686060--92686091	14	2.3	14	94	0	55	9	0	43	46	1.35
92686502--92686794	83	3.5	83	79	6	299	37	13	20	27	1.91
92689627--92689958	183	1.8	183	98	0	646	27	16	14	42	1.86
92689873--92690111	111	2.2	111	100	0	478	30	12	14	41	1.84
92690479--92690514	18	2.0	18	88	0	54	44	25	2	27	1.68
92696431--92696594	43	3.8	44	91	1	242	38	18	15	26	1.92
92696420--92696609	87	2.2	87	85	0	256	34	18	17	28	1.95
92696462--92696725	87	3.0	85	80	3	226	29	19	17	34	1.94
92696603--92696725	43	2.9	43	88	0	192	21	19	18	40	1.91
92698694--92698950	129	2.0	129	86	4	356	27	18	17	36	1.94
92706590--92706657	21	3.2	20	80	12	66	76	4	17	1	1.03
92706601--92706657	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
92706601--92706657	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
92706738--92706819	30	2.7	31	81	5	96	65	1	21	10	1.30
92706743--92706812	24	2.9	24	74	6	61	62	1	24	11	1.36
92708913--92709019	30	3.6	31	75	6	105	28	28	16	25	1.97
92716423--92716484	12	5.1	12	73	11	54	74	1	19	4	1.09
92726808--92727170	182	2.0	182	96	0	663	32	26	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92726997--92727254	129	2.0	129	97	0	489	33	25	17	23	1.96
92733060--92733243	40	4.6	41	80	12	190	26	21	26	25	2.00
92733112--92733276	79	2.1	79	80	8	176	27	20	26	24	1.99
92736478--92736527	25	2.0	25	92	0	82	20	10	26	44	1.82
92739387--92739451	34	1.9	33	87	9	96	29	21	24	24	1.99
92739644--92739697	28	1.9	28	96	0	99	37	9	7	46	1.64
92751536--92751749	43	5.0	43	83	4	263	27	17	27	28	1.97
92752654--92752709	12	4.7	12	73	8	51	32	12	12	42	1.80
92752638--92752710	36	2.0	36	100	0	146	32	10	10	45	1.74
92763456--92763525	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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