genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14105909--14105965	27	2.1	27	83	0	69	21	21	19	38	1.93
14106576--14106626	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
14113277--14113422	27	5.4	27	81	1	150	36	18	19	25	1.94
14113277--14113393	54	2.2	53	90	1	189	38	17	17	25	1.92
14113277--14113421	54	2.7	54	86	1	184	36	18	19	25	1.94
14115718--14116042	96	3.4	96	83	1	373	24	27	19	28	1.98
14115769--14116033	144	1.8	144	85	3	372	25	26	19	28	1.98
14115718--14116045	48	6.8	48	82	4	338	24	27	18	28	1.98
14120845--14120958	57	2.0	57	92	0	192	30	21	26	21	1.98
14122582--14122757	46	3.8	45	74	10	149	22	21	27	28	1.99
14127115--14127266	27	5.6	27	91	3	223	27	13	28	29	1.94
14127115--14127266	55	2.8	55	91	0	232	27	13	28	29	1.94
14133777--14134107	48	6.9	48	81	2	360	24	28	18	28	1.98
14135517--14135664	42	3.5	42	80	0	134	32	25	15	26	1.95
14137352--14137377	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
14137858--14138035	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
14137855--14138035	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
14148938--14149159	40	5.6	40	90	1	340	26	26	23	23	2.00
14162819--14163018	46	4.3	46	78	8	199	29	26	22	22	1.99
14170601--14170657	18	3.2	18	80	7	71	3	29	0	66	1.08
14171717--14171774	26	2.2	27	81	12	75	36	27	10	25	1.89
14171728--14171777	26	1.9	26	95	0	91	36	26	12	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14171878--14171958	28	2.9	28	82	8	103	18	24	19	37	1.94
14175870--14175979	28	4.0	28	87	1	159	18	24	20	36	1.95
14183960--14184262	47	6.4	47	84	7	389	32	9	29	28	1.89
14183960--14184209	96	2.7	90	88	9	383	32	8	28	30	1.87
14184381--14184459	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14186113--14186171	31	1.9	31	100	0	118	47	10	16	25	1.78
14188613--14188759	39	3.8	39	91	0	231	24	19	27	29	1.98
14194625--14194819	40	4.8	40	83	8	250	27	27	22	23	1.99
14194596--14194819	83	2.8	80	83	6	256	26	26	22	24	2.00
14205346--14205375	14	2.1	14	93	0	51	50	10	0	40	1.36
14205824--14206089	28	9.5	28	95	0	453	27	11	26	34	1.91
14207254--14207288	18	1.9	18	94	0	61	48	14	17	20	1.81
14207613--14207878	27	9.9	27	84	4	295	42	19	13	25	1.87
14207613--14207879	80	3.3	80	84	4	324	42	19	13	25	1.87
14210216--14210383	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
14210239--14210383	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
14223091--14223298	67	3.2	64	76	10	188	31	17	29	22	1.96
14231026--14231058	18	1.9	17	88	11	50	27	15	12	45	1.81
14236534--14236576	8	5.4	8	77	0	50	9	20	20	48	1.77
14236525--14236576	16	3.2	16	94	0	86	11	21	19	48	1.80
14238060--14238149	45	2.0	44	95	2	162	34	13	28	22	1.92
14239236--14239454	40	5.5	39	84	5	246	25	22	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14259405--14259468	18	3.6	18	80	0	74	40	14	10	34	1.80
14259398--14259484	36	2.4	36	86	0	120	37	12	12	36	1.82
14259393--14259480	18	4.9	18	70	13	56	37	12	12	37	1.81
14262746--14262901	43	3.6	42	77	7	120	33	25	14	27	1.94
14265834--14265874	17	2.5	17	84	11	50	41	9	2	46	1.50
14279535--14279562	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
14290957--14290999	14	2.9	14	89	6	59	41	11	9	37	1.74
14290982--14291027	19	2.4	19	88	3	65	23	10	15	50	1.75
14297159--14297250	44	2.1	44	86	8	125	33	23	21	20	1.97
14298107--14298149	21	2.0	21	90	0	68	9	4	9	76	1.14
14298359--14298403	23	2.0	22	82	4	54	51	11	4	33	1.58
14298580--14298638	29	2.0	29	87	6	84	50	3	0	45	1.18
14298592--14298647	29	1.9	29	82	7	69	58	1	0	39	1.08
14298592--14298662	37	1.9	37	82	5	90	56	1	0	42	1.08
14299903--14299934	6	5.3	6	96	0	55	34	0	65	0	0.93
14299903--14299947	18	2.5	18	85	0	54	40	0	60	0	0.97
14303899--14304019	49	2.5	49	77	8	129	27	20	29	22	1.98
14305874--14306068	29	6.8	28	72	12	130	25	11	5	57	1.55
14305874--14306032	58	2.8	56	75	12	151	26	10	5	57	1.53
14306192--14306346	84	1.8	84	88	0	238	32	18	18	30	1.95
14306729--14306761	17	2.0	16	94	5	57	36	27	0	36	1.57
14311395--14311439	22	2.0	22	100	0	90	17	8	4	68	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14314240--14314307	31	2.2	31	82	10	77	50	8	1	39	1.43
14328018--14328927	44	20.6	44	98	0	1739	27	13	29	29	1.95
14333218--14333249	12	2.7	12	100	0	64	31	15	9	43	1.78
14333337--14333438	41	2.4	41	77	9	100	28	24	18	28	1.98
14338232--14338334	37	2.8	37	89	0	152	26	30	18	25	1.98
14338475--14338992	48	11.0	48	83	6	598	30	27	5	35	1.81
14338691--14338749	28	2.1	28	93	0	100	28	28	5	37	1.78
14338643--14338792	76	2.0	76	93	0	255	30	26	6	36	1.81
14338595--14338853	124	2.0	125	88	5	385	30	27	5	36	1.80
14338547--14338901	180	2.0	172	91	4	566	30	27	5	36	1.81
14338475--14338992	276	1.9	268	94	3	901	30	27	5	35	1.81
14340936--14341092	29	5.5	28	90	2	215	28	12	26	33	1.92
14340936--14341091	57	2.7	58	89	3	219	28	12	25	33	1.92
14348402--14348626	40	5.7	39	84	6	249	24	22	28	25	2.00
14348403--14348776	80	4.8	80	73	13	264	24	22	27	25	2.00
14348402--14348659	119	2.2	120	82	6	303	25	22	27	25	2.00
14348402--14348645	80	3.1	80	80	8	275	24	22	27	25	2.00
14348672--14348776	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
14348521--14348818	150	2.0	150	91	2	483	25	20	26	27	1.99
14352309--14352424	38	3.0	38	83	8	146	48	11	9	31	1.71
14356004--14356135	65	2.0	66	97	1	248	34	9	18	37	1.83
14357012--14357405	47	8.4	47	90	0	574	31	9	31	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14357068--14357142	22	3.3	22	65	17	62	29	10	33	26	1.90
14357524--14357603	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
14357769--14358000	115	2.0	115	94	1	403	28	12	26	32	1.93
14361242--14361574	66	5.0	66	100	0	666	27	22	21	29	1.99
14365552--14365584	17	1.9	17	100	0	66	24	9	12	54	1.66
14378208--14378349	40	3.6	40	91	2	225	23	23	26	26	2.00
14385856--14385934	40	2.0	39	97	0	140	36	27	18	15	1.91
14386792--14386826	11	3.3	11	84	8	54	17	0	2	80	0.84
14386792--14386833	21	2.0	21	90	0	66	19	0	4	76	0.96
14386829--14386861	17	1.9	17	100	0	66	24	9	12	54	1.66
14388853--14389144	50	5.8	50	80	2	307	30	27	16	25	1.97
14389426--14389475	22	2.2	22	82	13	57	34	20	4	42	1.70
14392609--14392776	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
14392644--14392829	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
14392646--14392829	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
14396386--14396526	40	3.5	40	81	3	167	31	19	29	19	1.96
14396364--14396526	80	2.1	79	81	3	184	31	18	28	20	1.96
14400386--14400428	22	2.0	22	86	4	61	41	16	11	30	1.83
14405016--14405071	17	3.0	18	72	15	51	19	1	1	76	0.96
14405108--14405155	23	2.1	23	96	0	87	33	25	8	33	1.86
14405616--14405739	66	1.9	65	91	1	203	46	8	15	29	1.74
14408994--14409031	20	2.0	20	89	5	60	52	28	7	10	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14414391--14414691	24	12.6	23	70	12	162	36	25	11	25	1.91
14414391--14414692	48	6.3	48	78	3	313	36	25	11	25	1.90
14414391--14414691	96	3.1	96	96	0	532	36	25	11	25	1.91
14415119--14415150	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
14417236--14417295	23	2.6	23	86	0	84	16	31	28	23	1.96
14419824--14419989	27	6.1	27	74	2	145	36	22	12	28	1.90
14419825--14419989	54	3.1	52	80	6	177	36	21	12	29	1.90
14419845--14420015	81	2.1	81	80	4	202	37	20	14	28	1.91
14420013--14420083	26	2.7	26	75	12	74	32	16	18	32	1.94
14420811--14420875	32	2.0	33	85	5	89	13	16	27	41	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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