genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30305006--30305032	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
30306408--30306526	16	6.7	18	71	21	74	31	2	2	63	1.20
30306477--30306531	21	2.5	23	80	11	62	30	3	1	63	1.22
30306415--30306525	58	2.0	55	85	5	150	30	2	2	63	1.22
30307397--30307609	107	2.0	107	97	0	399	30	16	14	37	1.89
30319294--30319658	44	8.3	44	86	4	488	30	15	26	28	1.96
30319283--30319658	88	4.2	88	89	3	551	30	15	26	27	1.96
30319283--30319700	132	3.2	131	79	9	474	30	14	25	28	1.95
30319283--30319700	88	4.7	89	79	13	411	30	14	25	28	1.95
30321297--30321443	55	2.8	52	79	19	137	31	4	2	61	1.31
30321319--30321403	19	4.6	19	68	21	63	30	3	2	63	1.24
30321315--30321424	58	1.9	56	85	9	150	30	4	1	62	1.25
30321344--30321441	21	4.9	22	67	25	65	30	4	1	64	1.19
30321394--30321437	16	2.7	16	82	3	52	29	4	0	65	1.12
30322082--30322181	24	4.1	25	72	20	104	59	3	10	28	1.45
30322116--30322285	27	6.8	26	68	18	85	62	1	11	23	1.38
30322095--30322265	48	3.6	47	81	10	195	60	2	11	25	1.43
30322127--30322264	21	6.0	22	68	20	70	61	2	10	25	1.40
30322504--30322573	16	4.3	16	77	13	54	58	1	10	30	1.39
30322564--30322602	12	3.2	12	92	0	60	56	0	23	20	1.42
30325091--30325208	9	13.3	9	69	19	63	28	1	0	68	1.05
30325092--30325202	43	2.5	44	78	10	136	28	1	0	68	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30325150--30325438	26	11.4	24	73	14	192	28	4	5	62	1.35
30325167--30325420	56	4.9	52	75	8	178	29	4	5	60	1.41
30325193--30325401	108	2.0	105	82	8	253	29	5	6	59	1.44
30325196--30325401	82	2.6	79	78	8	213	29	5	6	59	1.44
30325399--30325448	22	2.2	23	78	3	57	20	2	8	70	1.23
30325483--30325546	25	2.5	26	89	2	94	29	6	3	60	1.36
30329490--30329550	31	2.0	31	96	0	113	36	11	27	24	1.90
30330207--30330252	13	3.7	13	80	5	51	84	10	2	2	0.79
30331368--30331648	99	2.8	98	83	1	348	30	17	22	29	1.97
30331736--30331822	45	2.0	45	83	2	113	32	26	19	21	1.97
30331470--30332225	143	5.3	143	84	2	971	31	19	21	27	1.97
30331470--30332233	287	2.7	287	90	1	1147	31	19	21	27	1.97
30333866--30333910	19	2.5	17	89	7	63	31	2	0	66	1.04
30333885--30334149	26	10.4	24	70	15	167	29	4	6	60	1.40
30333841--30333930	43	2.1	44	87	2	128	31	3	3	62	1.28
30333826--30333971	69	2.2	66	77	10	152	29	2	3	64	1.24
30333885--30334101	52	4.2	52	78	9	203	30	4	5	59	1.39
30333885--30334101	78	2.8	78	78	10	221	30	4	5	59	1.39
30334134--30334163	7	4.3	7	100	0	60	26	0	0	73	0.84
30334200--30334263	25	2.5	26	84	2	85	31	6	3	59	1.38
30336112--30336157	23	1.9	24	82	8	58	56	6	4	32	1.45
30339775--30339841	30	2.2	29	80	12	73	35	2	1	59	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30349462--30349654	65	3.0	65	98	0	368	41	7	17	32	1.78
30356527--30356586	26	2.3	27	83	13	72	28	5	1	65	1.23
30360077--30360103	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
30363530--30363565	18	1.9	19	88	5	56	22	8	11	58	1.59
30364369--30364418	24	2.1	24	100	0	100	54	6	16	24	1.64
30371160--30371216	28	2.0	28	93	0	96	35	1	1	61	1.17
30371170--30371213	18	2.4	17	85	11	52	31	2	2	63	1.19
30371212--30371290	27	2.7	30	78	9	74	41	1	1	55	1.16
30371223--30371311	31	3.0	31	79	12	105	37	0	2	60	1.09
30372127--30372258	69	1.9	67	84	6	176	28	12	17	41	1.86
30375209--30375237	14	2.0	15	93	6	51	10	13	6	68	1.37
30391706--30392768	177	6.0	177	100	0	2126	37	7	18	36	1.80
30400702--30400740	19	2.1	19	85	0	51	23	2	28	46	1.65
30402203--30402380	64	2.8	64	82	4	191	26	26	21	24	1.99
30405406--30405443	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
30430018--30430047	15	2.0	15	93	0	51	40	3	0	56	1.16
30431526--30431577	24	2.2	24	89	6	79	36	3	3	55	1.36
30437888--30438043	69	2.3	69	95	2	278	39	11	22	26	1.88
30445494--30445549	25	2.2	25	100	0	112	25	26	10	37	1.88
30447794--30447827	13	2.6	13	85	0	50	41	2	0	55	1.15
30452748--30452806	8	7.2	8	74	14	50	57	1	0	40	1.09
30453469--30453503	18	1.9	18	88	0	52	25	5	2	65	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30453548--30453589	15	2.6	16	85	10	59	26	2	0	71	0.98
30453534--30453589	18	3.1	19	80	14	57	26	1	1	69	1.08
30453548--30453589	17	2.6	16	88	7	59	26	2	0	71	0.98
30454504--30454611	55	2.0	55	90	1	173	34	16	7	41	1.76
30455474--30455541	30	2.3	30	82	5	75	48	5	17	27	1.70
30457970--30458974	46	21.8	46	98	0	1922	37	15	23	23	1.93
30462812--30462849	10	3.7	10	86	13	51	55	7	0	36	1.29
30463350--30463396	21	2.3	21	85	3	60	57	12	0	29	1.36
30463476--30463513	14	2.4	17	83	16	55	34	0	2	63	1.09
30475671--30475817	43	3.4	43	83	3	181	32	24	14	27	1.95
30479764--30479813	25	2.0	25	96	0	91	34	8	0	58	1.28
30479768--30479828	25	2.5	24	84	7	77	32	11	0	55	1.36
30483261--30483308	17	2.8	16	78	12	51	45	18	0	35	1.50
30484202--30484235	17	2.0	17	100	0	68	35	29	11	23	1.90
30488973--30489008	15	2.4	15	85	0	54	88	0	11	0	0.50
30489566--30489668	51	2.0	51	94	0	179	27	15	18	38	1.91
30491183--30491612	140	3.1	140	88	0	646	25	20	22	31	1.98
30491475--30491738	126	2.1	126	84	1	350	26	19	21	32	1.97
30491338--30491856	266	2.0	266	86	0	725	26	20	22	30	1.98
30493129--30493177	14	3.3	14	75	13	53	14	0	26	59	1.36
30493194--30493254	27	2.3	28	86	8	83	13	0	34	52	1.40
30493209--30493260	27	1.9	27	84	7	70	13	0	34	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30514808--30514929	61	2.0	61	100	0	244	29	26	16	27	1.97
30515092--30515118	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
30516983--30517053	20	3.5	20	86	5	90	29	12	15	42	1.84
30520797--30520863	34	2.0	34	96	0	125	31	8	23	35	1.86
30522237--30522358	34	3.5	33	77	16	122	45	0	12	41	1.47
30522436--30523066	118	5.1	125	87	4	765	39	16	15	28	1.89
30526596--30526637	18	2.4	18	77	18	52	47	9	21	21	1.79
30529835--30529859	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
30535140--30535175	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
30537907--30537957	27	1.9	26	88	4	75	21	27	17	33	1.96
30539350--30539410	28	2.2	28	96	0	113	26	21	16	36	1.94
30541037--30541074	19	2.0	20	89	5	60	26	0	26	47	1.52
30541170--30541295	65	1.9	65	80	6	148	53	8	11	26	1.65
30545605--30545643	20	2.0	20	94	0	69	20	30	20	28	1.98
30550162--30550485	46	6.8	48	73	11	204	23	30	18	27	1.98
30553515--30553692	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30553536--30553691	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30556231--30556387	78	2.0	78	100	0	314	29	28	20	21	1.98
30565694--30565800	43	2.5	43	80	4	117	28	18	23	28	1.98
30572832--30572869	17	2.2	17	86	9	51	42	23	0	34	1.55
30576042--30576566	266	2.0	267	86	1	732	25	22	19	32	1.97
30577941--30578053	43	2.7	42	78	12	115	22	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30583125--30583151	14	1.9	14	100	0	54	66	11	0	22	1.22
30586618--30586691	36	2.0	37	89	2	114	64	17	4	13	1.42
30587151--30587224	26	2.9	25	82	9	87	32	18	9	39	1.83
30597772--30597805	16	2.1	16	88	0	50	55	2	0	41	1.15
30600715--30600847	54	2.5	54	94	0	230	24	20	26	28	1.99
30608007--30608034	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
30608883--30608945	22	2.8	23	76	9	67	61	12	9	15	1.55
30616329--30616394	31	2.1	31	97	0	123	21	22	7	48	1.75
30616602--30616641	20	2.0	20	100	0	80	30	20	15	35	1.93
30616735--30616795	14	4.5	14	77	8	72	1	26	0	72	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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