genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91646856--91647006	28	5.3	27	75	13	126	31	29	17	21	1.97
91647044--91648290	40	31.2	40	97	0	2174	27	31	18	22	1.97
91656489--91656769	141	2.0	141	97	0	535	26	23	19	30	1.98
91656785--91657056	136	2.0	136	97	0	517	27	22	14	35	1.93
91657114--91657228	57	2.0	57	96	0	212	19	28	13	39	1.89
91657944--91658522	79	7.3	79	96	2	999	25	27	21	25	1.99
91660407--91660584	27	6.6	26	80	6	169	26	15	28	29	1.96
91660408--91660563	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
91660404--91660584	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
91660489--91660595	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
91663579--91663704	65	1.9	65	85	3	173	34	20	20	23	1.96
91668150--91668418	47	5.7	46	74	9	188	24	28	18	27	1.98
91668150--91668419	94	2.9	92	76	10	271	25	28	18	27	1.98
91676481--91676622	74	1.9	74	95	0	257	26	32	16	24	1.96
91682008--91682042	18	2.0	17	94	0	52	8	34	17	37	1.80
91691056--91691090	19	1.9	17	88	11	52	20	2	2	74	1.08
91692865--91692908	21	2.1	21	86	0	61	38	18	15	27	1.91
91709061--91709285	40	5.7	40	84	4	258	24	20	27	27	1.99
91709061--91709318	80	3.2	80	82	5	204	25	20	27	26	1.99
91717413--91717442	14	2.1	14	93	0	51	33	0	46	20	1.51
91726460--91726550	28	3.2	28	89	7	132	32	24	23	19	1.97
91726659--91726720	28	2.2	28	94	0	106	30	8	27	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91728296--91728374	39	2.0	39	100	0	158	40	21	7	30	1.81
91734297--91734387	28	3.2	28	86	7	123	32	25	21	19	1.97
91735594--91735626	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
91737170--91737305	43	3.2	43	78	5	150	34	25	15	25	1.95
91737183--91737326	44	3.4	42	78	8	139	32	25	17	25	1.97
91743510--91743545	19	1.9	18	88	5	54	44	16	0	38	1.48
91743841--91743901	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
91773229--91773465	49	4.8	48	78	8	242	29	27	18	25	1.98
91773241--91773466	101	2.3	98	83	3	265	29	27	17	25	1.98
91783765--91783797	14	2.4	14	95	5	59	51	6	9	33	1.58
91785606--91785696	27	3.4	27	80	3	105	19	20	21	37	1.95
91785650--91785702	26	2.0	26	81	0	61	18	24	20	35	1.95
91788150--91788223	34	2.2	34	95	0	130	28	17	22	31	1.97
91791060--91791171	28	4.1	26	86	6	118	35	22	22	19	1.96
91791060--91791171	55	2.1	54	84	1	143	35	22	22	19	1.96
91792527--91792577	23	2.3	22	93	3	84	27	41	7	21	1.80
91796778--91796970	50	3.8	50	78	5	210	25	19	25	29	1.98
91796778--91796961	101	1.8	101	89	2	289	25	19	25	29	1.99
91804317--91804441	49	2.5	49	88	1	169	26	17	24	31	1.97
91804337--91804572	131	1.8	130	83	3	312	25	19	25	30	1.98
91804185--91804934	181	4.1	181	100	0	1500	25	19	24	29	1.98
91804498--91804622	49	2.5	49	88	1	169	26	17	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91804518--91804753	131	1.8	130	83	3	312	25	19	25	30	1.98
91804679--91804803	49	2.5	49	88	1	169	26	17	24	31	1.97
91804699--91804940	131	1.8	130	84	3	324	24	19	25	30	1.98
91806933--91807042	11	9.0	12	71	21	61	60	0	2	35	1.17
91806933--91806984	21	2.3	23	87	9	72	65	0	1	32	1.04
91807000--91807041	17	2.4	18	81	14	52	61	0	2	35	1.09
91806947--91807023	21	3.7	20	72	14	66	62	1	1	35	1.12
91814392--91814583	47	4.1	45	85	4	213	32	9	29	28	1.89
91814392--91814583	93	2.1	94	84	1	251	32	9	29	28	1.89
91814553--91814881	48	6.8	48	90	2	534	35	6	27	31	1.82
91815027--91815132	37	2.9	37	94	0	176	24	19	31	24	1.98
91822110--91822995	44	20.3	44	82	2	1005	31	14	25	28	1.95
91822091--91822995	262	3.5	261	85	3	1167	32	14	24	28	1.95
91824126--91824306	93	2.0	92	92	3	301	21	19	29	29	1.97
91824428--91824984	279	2.0	279	99	0	1105	28	12	10	49	1.73
91824899--91825121	95	2.3	94	93	3	374	33	4	1	60	1.27
91825064--91825099	13	2.9	12	84	8	54	36	5	0	58	1.22
91824899--91825161	95	2.8	94	88	5	302	32	5	1	60	1.30
91825196--91825238	22	2.0	22	86	9	61	48	4	2	44	1.36
91827597--91827635	18	2.2	18	86	4	53	43	5	15	35	1.69
91827920--91828036	43	2.8	42	75	7	119	32	14	23	29	1.94
91829656--91829733	3	26.3	3	75	12	54	61	5	5	28	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91829654--91829705	12	4.1	13	80	14	63	61	0	7	30	1.24
91829655--91829705	26	2.0	26	88	7	77	60	0	7	31	1.25
91829778--91829829	17	2.8	18	72	11	52	76	1	7	13	1.07
91838727--91838778	25	2.1	25	100	0	104	44	3	5	46	1.45
91842639--91842663	12	2.1	12	100	0	50	8	12	32	48	1.69
91843258--91843284	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
91844389--91844582	41	4.5	44	77	10	179	24	17	26	31	1.97
91844390--91844582	86	2.3	86	88	2	282	24	17	25	32	1.97
91850817--91850913	49	2.0	49	97	0	185	30	9	16	43	1.79
91851176--91851273	47	2.1	47	92	0	160	36	8	29	25	1.85
91853172--91853276	38	2.8	38	82	0	129	31	18	22	27	1.97
91853304--91853659	40	8.9	40	90	0	541	22	22	29	26	1.99
91856986--91857088	51	2.0	51	98	0	197	36	12	29	21	1.90
91858119--91858223	47	2.2	47	93	0	174	34	7	30	27	1.85
91864079--91864224	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
91868436--91868460	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
91875004--91875032	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
91876615--91876790	46	3.8	46	74	12	171	23	19	26	30	1.98
91876612--91876782	93	1.8	93	89	0	270	23	20	26	29	1.99
91877558--91877674	62	1.9	61	100	0	225	43	5	13	36	1.67
91880196--91880226	6	5.2	6	100	0	62	32	0	16	51	1.44
91881361--91881442	43	1.9	43	82	5	103	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91885443--91885472	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
91885891--91886001	27	4.1	26	85	7	132	17	22	22	37	1.94
91885891--91886001	54	2.1	54	86	3	152	17	22	22	37	1.94
91886031--91886110	39	2.1	39	97	0	151	18	18	38	23	1.93
91893529--91893644	43	2.7	43	82	6	121	22	21	27	28	1.99
91900480--91900683	53	3.8	53	73	9	162	37	18	24	20	1.94
91901090--91902318	619	2.0	620	87	3	1807	40	15	12	31	1.84
91902654--91902752	33	3.0	33	92	2	164	30	17	15	37	1.90
91904116--91904293	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
91904137--91904292	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
91910307--91910412	48	2.2	48	91	0	176	33	28	5	33	1.81
91919966--91920272	47	6.7	47	77	14	320	27	31	20	19	1.97
91919966--91920270	92	3.3	92	100	0	610	27	31	20	20	1.97
91924934--91925062	23	5.7	23	76	1	116	31	19	24	24	1.98
91924933--91925059	45	2.8	46	82	1	157	32	19	22	25	1.98
91933442--91933503	31	2.0	31	96	0	115	35	24	12	27	1.92
91937876--91938098	40	5.6	40	85	3	227	23	20	28	27	1.99
91937951--91938133	79	2.3	80	80	1	208	24	20	28	26	1.99
91946379--91946642	56	4.7	56	84	3	343	32	22	15	29	1.95
91946379--91946642	112	2.4	112	89	0	411	32	22	15	29	1.95
91957091--91957160	24	2.9	24	89	0	104	45	21	24	8	1.79
91957070--91957152	8	10.4	8	87	5	89	49	20	21	8	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91957263--91957302	9	4.3	9	84	6	53	30	20	35	15	1.93
91957384--91957553	29	5.9	29	84	0	225	25	15	31	27	1.95
91957376--91957546	58	3.0	58	97	0	317	27	14	30	26	1.95
91961504--91961584	26	3.1	25	82	7	99	40	16	16	27	1.89
91961838--91961972	25	5.4	25	85	0	144	17	16	28	38	1.91
91961903--91961986	25	3.3	25	83	1	87	19	14	25	41	1.88
91974108--91974165	30	1.9	30	82	0	71	31	10	27	31	1.90
91975023--91975172	74	2.0	74	98	0	291	29	28	24	18	1.98
91981407--91981635	60	3.8	60	99	0	449	25	31	22	20	1.98
91983080--91983132	27	2.0	27	84	0	70	32	20	24	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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