genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65592527--65592632	53	2.0	52	83	1	131	9	25	17	47	1.78
65594311--65594572	125	2.1	127	84	6	336	37	15	12	34	1.86
65594590--65594624	15	2.2	16	90	5	54	68	0	8	22	1.16
65594817--65594879	25	2.4	26	78	10	74	60	4	7	26	1.45
65594989--65595037	23	2.2	22	81	3	53	59	2	8	30	1.38
65594733--65595025	3	97.0	3	64	16	54	60	3	7	27	1.42
65595200--65596221	213	4.8	213	98	0	1900	32	24	16	26	1.96
65596293--65596344	25	2.1	25	86	10	72	11	19	11	57	1.63
65612450--65612491	19	2.2	19	86	0	57	76	7	11	4	1.15
65612672--65612722	16	3.4	16	92	7	81	9	3	15	70	1.29
65613312--65613822	75	6.7	75	85	5	645	32	18	16	32	1.93
65616984--65617254	40	6.7	40	78	8	242	25	20	24	29	1.99
65616965--65617254	82	3.5	82	84	3	345	24	19	24	31	1.98
65616981--65617261	122	2.3	121	82	6	318	24	20	24	30	1.98
65617425--65617934	44	11.6	44	77	5	458	29	25	16	28	1.97
65617433--65617920	132	3.7	132	90	0	744	29	25	17	28	1.97
65617906--65618200	136	2.2	134	93	3	495	30	23	20	25	1.98
65617906--65618089	46	4.0	46	68	12	128	30	25	19	24	1.98
65618223--65618357	42	3.2	42	61	19	98	22	22	27	26	2.00
65618148--65618583	86	5.1	86	95	0	719	26	24	23	26	2.00
65622699--65622742	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
65625004--65625034	12	2.6	12	100	0	62	51	6	0	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65625588--65625883	75	3.7	81	83	10	314	31	20	17	30	1.96
65625659--65625883	75	3.0	75	87	5	346	32	20	17	29	1.96
65625659--65625890	73	3.1	73	84	3	320	33	20	17	28	1.95
65638781--65638926	79	1.8	79	94	2	258	50	2	15	30	1.58
65638781--65638934	39	3.9	40	93	0	249	48	3	18	29	1.63
65639648--65639686	18	2.0	20	90	9	64	30	5	10	53	1.56
65642266--65642302	8	4.6	8	93	0	65	51	21	24	2	1.61
65642718--65642830	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
65642716--65642830	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
65647688--65647742	25	2.2	25	87	6	76	25	30	14	29	1.95
65647906--65648106	40	5.0	40	90	0	312	26	29	22	20	1.99
65651530--65651601	35	2.1	35	97	0	135	36	15	5	43	1.70
65662247--65663223	205	4.8	205	93	1	1534	30	17	22	30	1.96
65663321--65663714	44	9.0	44	75	8	374	31	18	24	25	1.97
65663291--65663671	131	2.9	132	92	1	638	32	17	24	25	1.97
65663365--65663531	87	1.9	86	81	6	203	31	17	25	25	1.97
65663697--65663721	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
65664016--65664062	23	2.0	23	95	0	85	23	12	6	57	1.58
65664429--65664552	61	2.0	63	92	4	207	29	16	16	37	1.92
65664657--65665185	133	4.0	133	86	3	688	28	19	22	29	1.98
65664657--65665162	267	1.9	264	86	3	658	28	19	21	30	1.98
65665039--65665823	178	4.4	177	87	2	954	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65665602--65665696	45	2.2	45	82	3	113	25	22	22	30	1.99
65670915--65670939	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
65671020--65671048	14	2.0	15	93	6	51	44	0	6	48	1.29
65671072--65671124	17	3.1	17	81	8	54	69	7	1	20	1.22
65671432--65671472	13	3.1	14	75	13	50	24	0	14	60	1.34
65671527--65671564	15	2.4	17	86	8	53	34	2	2	60	1.24
65676462--65676501	14	2.6	14	85	14	53	42	2	0	55	1.13
65679920--65679990	23	3.2	23	76	6	65	35	1	0	63	1.03
65682514--65682560	24	2.0	24	87	4	69	55	2	2	40	1.24
65684530--65684589	23	2.7	20	76	20	57	46	3	1	48	1.28
65684530--65684589	21	2.6	23	75	19	63	46	3	1	48	1.28
65693910--65693956	24	2.0	24	83	8	60	29	17	12	40	1.86
65695570--65695606	18	2.2	18	85	9	51	43	0	2	54	1.14
65700171--65700208	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
65700227--65700270	20	2.3	19	84	11	54	20	2	2	75	1.03
65706641--65706701	16	3.7	16	79	14	61	21	3	0	75	0.94
65706659--65706717	21	2.9	19	88	11	75	25	1	0	72	0.93
65706658--65706702	17	2.7	16	83	10	54	24	0	0	75	0.80
65706654--65706718	12	5.6	12	76	20	59	24	1	0	73	0.91
65706667--65706717	21	2.4	21	96	0	93	27	1	0	70	0.98
65709290--65709469	96	1.9	97	90	1	290	27	15	25	31	1.96
65710080--65710117	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65710131--65710172	10	4.1	10	84	3	57	23	4	0	71	1.05
65710131--65710170	20	2.0	20	95	0	71	22	5	0	72	1.04
65711495--65712151	336	2.0	333	82	4	795	33	12	20	33	1.90
65712523--65712566	22	1.9	24	90	9	74	4	13	11	70	1.31
65716823--65716855	12	2.8	12	95	0	57	18	27	39	15	1.90
65723529--65723572	7	6.3	7	100	0	88	40	43	15	0	1.47
65738870--65739151	35	8.1	35	84	3	343	37	20	12	30	1.89
65738870--65739151	105	2.7	105	86	2	379	37	20	12	30	1.89
65738965--65739172	70	3.0	67	77	13	215	36	21	11	31	1.88
65748995--65749102	26	4.2	26	87	0	162	34	23	9	33	1.86
65752008--65752094	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
65753530--65753565	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
65753594--65753640	21	2.2	22	85	11	71	10	14	2	72	1.21
65759860--65759946	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
65760363--65760398	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
65764517--65764798	35	8.1	35	87	1	350	35	19	13	31	1.91
65773700--65773826	44	3.0	41	79	15	150	31	30	16	21	1.95
65774147--65774204	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
65787764--65787974	63	3.3	64	76	3	158	26	23	23	27	2.00
65797609--65797650	19	2.2	19	83	12	50	28	2	7	61	1.35
65798332--65798384	22	2.4	22	90	6	81	30	50	3	15	1.61
65811632--65811930	88	3.4	86	80	6	278	27	16	22	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65811954--65812423	75	6.1	75	92	6	809	30	17	19	32	1.95
65812316--65812546	123	1.9	125	96	1	430	30	17	16	35	1.92
65812446--65814132	73	22.7	73	83	8	1074	28	17	20	33	1.95
65812098--65814132	348	5.6	356	78	14	1412	29	17	20	33	1.95
65812839--65813245	217	1.9	217	93	2	703	25	16	23	33	1.96
65813206--65814133	74	12.7	73	95	1	1250	29	17	20	32	1.95
65813203--65814133	146	6.3	146	93	1	1265	29	17	20	32	1.95
65814866--65814918	22	2.4	22	90	0	79	32	52	3	11	1.55
65816905--65817224	130	2.5	130	90	3	479	29	16	18	35	1.93
65827827--65827905	40	2.0	40	87	0	113	35	16	32	15	1.90
65828782--65828920	44	3.2	42	67	16	111	31	20	25	21	1.98
65828748--65828941	88	2.2	88	90	0	307	30	21	23	24	1.99
65828803--65828942	44	3.2	43	69	15	124	30	20	24	25	1.99
65831699--65832018	130	2.5	129	88	5	477	30	17	17	35	1.93
65833371--65833425	17	3.2	17	80	10	58	14	25	29	30	1.95
65835380--65835443	31	2.1	31	100	0	128	29	12	15	42	1.84
65835380--65835456	31	2.5	30	89	6	93	28	11	14	45	1.80
65838305--65838350	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
65843872--65843919	20	2.3	20	82	10	62	25	2	10	62	1.38
65844163--65844217	27	2.0	27	82	6	67	32	7	0	60	1.24
65849506--65849563	29	2.0	29	83	6	73	20	32	25	20	1.97
65850056--65850098	19	2.3	19	80	11	52	69	0	27	2	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65856209--65856296	44	2.0	44	90	0	140	32	19	15	31	1.93
65865284--65865418	67	2.0	67	91	0	216	25	13	21	40	1.89
65885190--65885257	34	2.0	34	94	0	118	29	17	14	38	1.90
65891479--65891503	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65894205--65894260	25	2.2	25	93	3	94	51	3	0	44	1.18
65899013--65899051	7	5.6	7	84	0	51	2	0	46	51	1.14
65899013--65899054	14	3.0	14	89	0	57	4	0	45	50	1.23
65901627--65901678	26	2.0	26	85	3	70	30	1	5	61	1.30
65902127--65902516	99	3.8	99	76	14	408	36	6	2	53	1.42
65902127--65902358	118	2.0	117	89	2	358	37	6	2	54	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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