genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15591264--15591319	13	4.2	13	76	15	51	25	8	1	64	1.32
15601280--15601660	50	7.7	50	77	5	297	29	24	18	26	1.98
15601378--15601595	51	4.4	49	76	8	181	30	25	18	25	1.98
15601328--15601509	101	1.8	101	88	0	283	29	25	18	26	1.98
15601270--15601661	151	2.6	150	86	2	506	29	24	18	26	1.98
15610369--15610798	101	4.2	100	73	8	278	30	26	16	26	1.97
15610369--15610752	152	2.5	151	88	1	545	29	26	17	27	1.97
15610369--15610756	50	7.7	50	73	8	293	29	26	17	27	1.97
15620642--15620971	99	3.3	100	81	6	294	29	26	17	26	1.98
15620579--15620972	151	2.6	150	90	0	592	29	26	17	26	1.98
15620576--15620972	50	7.9	50	77	3	386	29	26	17	26	1.97
15622116--15622148	13	2.4	14	85	10	50	63	0	0	36	0.95
15622577--15622746	47	3.6	47	82	8	197	26	29	17	26	1.98
15622577--15622794	47	4.7	46	80	9	185	26	28	18	26	1.98
15626095--15626250	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
15632383--15632644	47	5.6	46	81	6	278	24	30	17	27	1.97
15632402--15632644	93	2.6	91	84	7	283	23	30	17	27	1.97
15632386--15632644	140	1.8	139	84	4	351	23	31	17	27	1.97
15633585--15633625	21	1.9	22	85	5	57	31	14	7	46	1.72
15639972--15640285	46	6.7	46	74	8	233	24	30	18	27	1.98
15639972--15640286	94	3.4	92	79	6	271	24	30	18	27	1.97
15647989--15648246	40	6.5	40	86	3	326	25	29	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15651088--15651297	46	4.5	46	80	8	228	24	28	19	27	1.99
15651088--15651349	93	2.8	93	83	5	280	24	29	19	27	1.99
15652854--15652947	43	2.2	43	100	0	188	36	23	11	28	1.90
15652940--15653006	27	2.4	28	90	7	102	31	29	10	28	1.90
15660511--15660689	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
15660511--15660689	55	3.3	54	82	5	207	29	27	15	27	1.96
15676869--15676908	19	2.1	19	100	0	80	40	12	10	37	1.77
15692100--15692256	43	3.7	42	75	10	149	26	18	23	31	1.97
15719694--15719741	20	2.4	20	100	0	96	37	31	16	14	1.89
15721147--15721173	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
15722377--15722577	55	3.7	53	79	9	210	21	24	16	36	1.94
15728766--15728812	17	2.7	17	96	3	85	21	31	36	10	1.88
15733909--15734080	46	3.7	46	73	11	145	22	19	27	30	1.98
15733899--15734071	93	1.9	93	87	2	258	23	20	27	28	1.99
15737404--15737483	39	2.1	39	100	0	160	32	17	25	25	1.97
15751581--15751842	39	6.7	40	88	7	319	25	27	21	25	1.99
15756900--15756959	31	1.9	31	89	0	93	26	16	16	40	1.90
15757153--15757270	23	5.0	24	88	5	161	29	22	19	28	1.98
15757320--15757386	20	3.3	20	87	0	98	32	22	13	31	1.92
15759250--15759274	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
15760332--15760457	44	2.9	43	80	6	146	26	17	25	30	1.97
15764731--15764832	42	2.4	44	80	3	109	22	14	27	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15772151--15772225	28	2.8	28	84	10	102	17	21	21	40	1.92
15772347--15772410	33	1.9	33	81	6	76	23	23	29	23	1.99
15778255--15778411	46	3.4	47	77	9	171	28	18	27	26	1.98
15778263--15778518	46	5.5	45	73	11	157	29	17	27	25	1.98
15778814--15778848	11	3.2	11	95	0	61	0	34	0	65	0.93
15779303--15779421	55	2.2	55	84	0	166	20	20	32	26	1.97
15786807--15786987	100	1.8	100	91	0	299	31	22	18	27	1.97
15786808--15786988	49	3.7	48	83	5	227	30	23	18	27	1.98
15788932--15789202	47	5.8	46	79	7	228	27	19	29	23	1.98
15797007--15797064	27	2.1	27	87	0	80	36	17	15	31	1.91
15814274--15814405	27	4.9	27	82	3	149	19	18	21	40	1.91
15815584--15815616	17	1.9	17	88	11	50	30	36	9	24	1.86
15815682--15815734	24	2.2	24	80	6	63	22	45	0	32	1.53
15816176--15816356	27	6.7	27	82	3	213	42	17	13	26	1.86
15816160--15816356	55	3.7	55	78	8	199	42	18	12	26	1.86
15820081--15820241	27	6.0	27	80	4	164	43	18	13	25	1.85
15820074--15820245	54	3.2	52	81	6	200	44	17	13	25	1.85
15823445--15823540	24	4.0	24	75	0	93	30	28	19	21	1.98
15823973--15824025	26	2.0	26	82	7	63	35	11	7	45	1.69
15827341--15827594	55	4.8	54	77	10	251	36	16	24	21	1.94
15827348--15827547	107	1.8	110	86	5	291	35	17	25	22	1.95
15827785--15827815	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15831568--15831594	14	1.9	14	100	0	54	44	0	29	25	1.54
15833145--15833189	22	2.0	22	91	0	72	53	2	2	42	1.25
15836799--15836857	30	2.0	30	83	6	75	47	13	6	32	1.69
15843219--15843288	34	2.1	34	100	0	140	32	18	0	48	1.48
15845061--15845469	102	4.0	102	98	0	784	26	19	14	39	1.90
15849024--15849090	33	2.0	33	97	0	125	38	7	11	41	1.70
15852903--15853021	42	2.8	43	74	13	111	31	26	18	22	1.97
15857669--15857711	22	2.0	21	90	4	68	53	2	0	44	1.13
15859444--15859513	36	1.9	36	94	0	122	27	34	17	21	1.95
15860036--15860099	34	1.9	34	90	3	103	31	26	23	18	1.98
15861130--15861159	12	2.5	12	88	0	51	20	20	50	10	1.76
15869557--15869617	20	2.9	21	85	9	79	39	14	19	26	1.90
15883869--15884211	40	8.6	40	91	2	467	24	20	28	27	1.99
15887676--15887730	24	2.1	27	84	15	73	3	27	0	69	1.05
15887707--15887745	15	2.8	14	88	7	53	10	28	0	61	1.28
15894193--15894367	6	28.8	6	78	15	182	50	14	16	18	1.78
15894172--15894330	30	5.3	29	84	8	194	50	14	16	18	1.78
15894193--15894333	30	4.7	30	91	5	230	50	14	16	18	1.78
15894485--15894550	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
15894503--15894558	27	2.1	27	86	6	78	35	21	25	17	1.95
15894509--15894566	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
15894724--15894781	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15894869--15894951	27	3.1	26	84	5	103	37	20	22	19	1.94
15895178--15895345	27	6.2	27	83	5	214	27	19	17	36	1.94
15895154--15895345	54	3.6	54	84	4	212	26	19	17	36	1.94
15895152--15895337	81	2.3	81	87	1	257	26	19	17	36	1.94
15895350--15895888	27	20.2	27	80	6	571	42	10	20	26	1.84
15895338--15895878	108	5.1	108	88	5	744	42	10	20	26	1.84
15904899--15904923	13	1.9	13	100	0	50	32	40	8	20	1.81
15908182--15908293	56	2.0	56	100	0	224	41	16	14	28	1.87
15911003--15911100	34	3.0	33	79	10	110	22	23	22	31	1.98
15920690--15920860	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
15920685--15920857	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
15927775--15927827	22	2.5	22	81	3	63	20	30	30	18	1.97
15927743--15927827	43	2.0	43	86	4	118	21	29	30	18	1.97
15933310--15933347	19	2.0	19	94	0	67	21	23	15	39	1.92
15938005--15938109	28	3.8	28	93	0	165	36	10	23	29	1.88
15947672--15947797	46	2.8	44	83	7	173	23	31	21	23	1.98
15947672--15947889	46	4.7	47	76	9	166	21	30	22	26	1.99
15955641--15955740	51	2.0	51	82	4	121	36	28	14	22	1.92
15955702--15955789	43	2.1	42	84	2	113	34	32	11	21	1.89
15963518--15963547	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
15963747--15963986	50	4.8	50	86	1	300	31	27	15	24	1.96
15963745--15963988	100	2.4	101	89	1	364	31	28	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15972882--15973126	49	4.9	50	81	2	278	25	17	26	29	1.97
15972986--15973069	28	3.2	28	64	25	74	25	15	29	29	1.96
15972881--15973159	150	1.9	150	87	3	418	26	17	27	29	1.97
15977581--15977770	99	1.9	100	81	6	233	27	19	24	27	1.99
15977581--15977772	50	3.8	50	77	9	194	28	19	25	27	1.99
16005638--16005735	5	18.2	5	75	19	65	16	6	1	76	1.04
16005638--16005735	11	9.0	11	73	15	80	16	6	1	76	1.04
16005640--16005735	17	5.9	16	70	14	72	15	6	1	77	1.03
16005650--16005735	6	14.3	6	78	9	59	15	6	1	76	1.05
16013032--16013201	47	3.6	47	73	13	161	28	24	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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