genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83907018--83907056	18	2.2	18	95	0	69	23	23	0	53	1.46
83907766--83907804	16	2.5	15	87	4	51	0	28	0	71	0.86
83907766--83907804	20	1.9	21	89	5	62	0	28	0	71	0.86
83908024--83908064	21	2.0	21	85	0	55	46	4	0	48	1.23
83914095--83914133	6	6.5	6	90	0	51	46	0	30	23	1.53
83914091--83914129	18	2.2	18	90	0	60	51	0	25	23	1.49
83914091--83914129	12	3.2	12	81	0	51	51	0	25	23	1.49
83917242--83917320	37	2.1	37	92	0	131	25	30	18	25	1.98
83917514--83917636	23	5.3	22	63	30	60	23	31	14	30	1.94
83917536--83917613	23	3.2	25	64	29	69	26	32	12	28	1.93
83917439--83917712	47	5.7	47	89	2	327	26	30	10	32	1.89
83931250--83931280	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
83931384--83931446	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
83932615--83932695	27	3.0	26	89	8	94	41	23	2	32	1.67
83932631--83932695	27	2.4	27	100	0	130	41	23	3	32	1.70
83933180--83933243	24	2.6	24	87	5	83	45	15	20	18	1.86
83934240--83934341	50	2.1	50	94	1	179	41	4	3	50	1.42
83937127--83937153	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
83938367--83938409	19	2.1	21	87	8	63	65	0	4	30	1.13
83938548--83938600	27	2.0	27	81	3	63	73	1	3	20	1.08
83938725--83938763	20	1.9	21	84	5	53	30	2	2	64	1.21
83938695--83938790	48	1.9	50	85	10	135	32	1	2	64	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83939533--83939559	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
83949963--83950045	42	2.0	42	97	0	157	42	10	8	38	1.70
83952210--83952239	15	2.0	15	100	0	60	20	26	13	40	1.89
83960337--83960407	38	1.9	38	83	8	94	47	1	5	45	1.35
83973768--83973801	18	1.9	18	88	5	52	20	11	20	47	1.81
83984348--83984459	48	2.3	48	84	0	134	25	21	24	28	1.99
83984390--83984482	48	1.9	48	91	0	150	22	22	26	27	1.99
83997953--83998277	48	6.8	48	81	1	382	26	29	18	26	1.98
83997953--83998277	96	3.4	96	94	0	578	26	29	18	26	1.98
84000169--84000232	30	2.2	29	91	2	101	35	23	15	25	1.94
84004724--84004787	30	2.2	29	91	2	101	35	23	15	25	1.94
84007088--84007167	41	2.0	41	85	14	112	13	37	25	23	1.92
84008107--84008378	46	5.8	48	78	10	219	24	28	17	29	1.97
84017792--84017832	21	1.9	22	85	14	59	75	7	0	17	1.02
84019807--84019900	48	2.0	48	100	0	188	29	25	8	36	1.86
84030012--84030070	28	2.1	28	96	0	109	23	13	20	42	1.88
84034747--84034805	28	2.1	28	96	0	109	23	13	20	42	1.88
84037396--84037445	23	2.0	25	88	11	77	56	0	0	44	0.99
84043897--84043934	12	3.1	13	77	14	53	65	0	34	0	0.93
84047895--84047936	20	2.1	21	86	8	61	28	35	16	19	1.93
84075149--84075182	18	1.9	18	88	5	52	17	26	41	14	1.88
84086861--84086950	20	4.5	20	76	8	60	37	17	11	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84086920--84086958	20	2.1	19	85	9	53	41	15	7	35	1.76
84087186--84087247	22	2.7	24	70	12	67	32	14	24	29	1.94
84087409--84087482	36	2.1	36	97	0	139	44	18	4	32	1.69
84093466--84093511	20	2.3	20	84	0	56	34	21	8	34	1.84
84093768--84093821	23	2.4	22	84	3	63	35	20	18	25	1.95
84093768--84093831	22	2.9	22	79	11	60	35	18	20	25	1.95
84095948--84095982	18	1.9	18	88	0	52	37	2	31	28	1.72
84096128--84096195	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
84096128--84096195	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
84096325--84096634	157	2.0	157	94	0	539	44	3	4	47	1.41
84096388--84096637	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
84096371--84096692	157	2.0	155	81	5	349	46	4	4	44	1.44
84105345--84105390	6	7.8	6	83	11	60	50	0	15	34	1.44
84105755--84105801	5	9.2	5	92	2	67	38	0	23	38	1.55
84106208--84106340	45	3.0	45	89	0	194	19	18	21	39	1.92
84107861--84107928	30	2.3	30	84	5	84	45	4	19	30	1.70
84110389--84110546	70	2.3	70	82	0	181	24	22	20	33	1.97
84110564--84110612	23	2.1	23	92	0	80	16	26	20	36	1.93
84112778--84113307	269	2.0	269	96	0	988	28	12	21	37	1.89
84115105--84115159	28	2.0	28	88	0	83	32	29	10	27	1.91
84115145--84115279	40	3.4	41	77	7	134	30	23	19	26	1.98
84122612--84122706	40	2.4	40	83	0	127	33	23	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84125265--84125324	30	2.0	30	96	0	111	30	18	20	31	1.96
84132199--84132434	28	8.5	28	94	1	388	25	13	28	32	1.93
84132199--84132434	83	2.8	83	93	1	393	25	13	28	32	1.93
84132199--84132434	111	2.1	110	95	0	418	25	13	28	32	1.93
84134986--84135078	40	2.4	40	85	3	118	40	36	9	12	1.77
84136093--84136134	21	2.0	22	90	4	68	69	2	28	0	1.01
84150882--84150933	26	2.1	24	86	13	70	73	1	3	21	1.10
84150890--84150933	21	2.0	22	86	4	63	75	2	2	20	1.03
84153521--84153710	38	4.9	38	82	2	218	33	25	20	20	1.97
84156441--84156513	37	2.0	37	100	0	146	56	0	10	32	1.34
84163070--84163234	48	3.5	47	86	4	199	29	18	27	24	1.98
84163257--84163384	49	2.6	49	80	7	152	26	21	29	22	1.99
84163106--84163425	48	6.7	49	74	10	218	26	19	29	25	1.98
84172578--84172675	48	2.0	48	100	0	196	29	8	16	45	1.76
84173556--84176028	905	2.7	905	95	1	4402	29	22	15	32	1.94
84176710--84176932	79	2.8	79	83	9	260	25	27	21	25	2.00
84176710--84176932	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
84194603--84194818	46	4.6	46	82	7	231	29	18	28	23	1.98
84194603--84194818	94	2.3	92	85	7	276	29	18	28	23	1.98
84194836--84194961	49	2.6	48	79	9	132	27	21	29	21	1.98
84204718--84204769	25	2.0	26	85	3	70	34	13	15	36	1.87
84208742--84208776	13	2.7	13	95	0	61	45	20	2	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84208991--84209041	14	3.8	14	85	12	63	0	27	1	70	0.98
84208991--84209047	25	2.1	25	81	12	60	3	28	1	66	1.18
84209038--84209076	19	2.1	19	85	0	51	7	20	5	66	1.36
84209105--84209142	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
84209099--84209148	15	3.1	16	86	13	68	38	0	0	62	0.96
84215711--84215744	12	2.8	12	90	4	50	47	8	0	44	1.34
84221766--84221809	6	7.2	6	82	14	54	36	13	13	36	1.85
84222755--84222851	51	1.9	51	95	0	176	36	17	8	38	1.80
84229958--84229982	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
84232698--84232722	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
84236207--84237027	2	409.5	2	98	0	1561	0	0	49	50	1.06
84238097--84238189	46	2.0	45	97	2	177	43	10	25	19	1.83
84241765--84241878	43	2.7	43	91	2	176	22	14	27	35	1.94
84243972--84244096	46	2.7	46	86	0	160	21	20	28	29	1.98
84245634--84245668	17	2.1	17	100	0	70	11	22	40	25	1.88
84249212--84249473	47	5.6	47	77	15	310	29	27	19	23	1.98
84249165--84249522	93	3.8	93	97	0	664	29	28	19	22	1.98
84249158--84249519	46	7.8	46	75	16	336	29	28	19	22	1.98
84265398--84265459	26	2.4	26	91	0	97	40	6	16	37	1.74
84270495--84270533	20	1.9	21	84	5	53	33	10	28	28	1.90
84274178--84274294	58	2.0	58	100	0	234	53	3	8	34	1.48
84278359--84278439	40	2.0	40	97	0	153	29	20	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84284663--84285730	443	2.4	443	100	0	2136	41	8	5	44	1.57
84296145--84296566	210	2.0	210	96	0	781	41	6	14	37	1.72
84299072--84299324	48	5.3	45	76	14	167	24	30	19	25	1.98
84322197--84322272	40	1.9	40	94	0	134	27	22	25	25	2.00
84338485--84338536	22	2.4	22	78	12	54	44	25	1	28	1.65
84339177--84339346	43	4.0	42	77	9	137	34	28	14	22	1.94
84341908--84342315	37	11.2	37	70	10	214	34	13	21	29	1.92
84341908--84342296	75	5.3	72	72	9	263	34	13	22	29	1.92
84341908--84342411	35	13.9	36	70	11	219	35	13	21	29	1.92
84355156--84355229	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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