genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67247281--67247361	40	2.0	40	100	0	162	39	7	17	35	1.78
67256703--67256786	41	2.0	41	100	0	168	45	9	14	30	1.77
67262232--67262266	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
67262597--67262659	32	2.0	32	84	12	85	55	4	9	30	1.52
67266614--67266680	33	2.0	33	94	0	116	31	10	10	47	1.71
67268196--67268290	37	2.6	37	81	1	129	40	30	11	17	1.86
67272150--67272216	27	2.5	27	97	0	125	41	10	25	22	1.85
67272418--67272488	33	2.2	33	100	0	142	29	5	21	43	1.75
67273608--67273659	25	2.2	23	86	6	68	36	0	0	63	0.95
67273608--67273681	26	2.9	25	78	13	62	39	1	0	59	1.06
67273597--67273658	25	2.7	22	77	15	63	38	0	0	61	0.96
67273608--67273681	24	3.0	25	80	7	71	39	1	0	59	1.06
67273755--67273786	16	2.0	16	93	0	55	62	3	0	34	1.11
67277929--67277978	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
67278641--67278825	96	1.9	96	86	4	266	34	24	12	28	1.93
67279624--67279671	15	3.1	15	83	13	62	77	0	2	20	0.88
67283353--67283395	10	4.3	10	82	11	61	69	2	6	20	1.23
67290253--67290297	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
67293080--67293394	157	2.0	157	99	0	621	29	14	20	35	1.92
67312443--67312483	20	2.1	20	86	4	57	70	0	29	0	0.87
67313469--67313508	6	6.7	6	88	0	53	22	20	10	47	1.79
67313463--67313508	18	2.6	18	78	0	56	21	23	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67313639--67313698	18	3.3	18	80	0	75	38	10	16	35	1.82
67320130--67320755	208	3.0	208	96	0	1171	37	15	14	33	1.88
67325919--67326049	65	2.0	65	96	0	244	54	6	14	23	1.64
67327464--67327516	8	6.6	8	77	0	52	79	3	1	15	0.96
67327464--67327515	16	3.3	16	82	10	63	78	3	1	15	0.98
67330180--67330351	87	2.0	87	98	0	335	33	13	19	33	1.91
67330638--67330689	27	1.9	27	100	0	104	34	11	21	32	1.89
67333324--67333359	13	2.8	13	91	0	54	25	0	2	72	0.98
67342526--67342586	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67345881--67345913	13	2.4	14	95	5	59	42	0	0	57	0.98
67348422--67348483	30	2.0	31	87	3	90	35	0	41	22	1.54
67348769--67348803	8	4.1	9	96	3	56	65	0	0	34	0.93
67348756--67348803	17	2.8	17	81	18	55	62	2	2	33	1.18
67359948--67360082	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
67361646--67361681	5	7.0	5	93	6	63	61	0	0	38	0.96
67368285--67368327	22	2.0	22	100	0	86	4	18	25	51	1.66
67374515--67374555	21	2.0	21	90	0	64	39	19	21	19	1.93
67380000--67380092	47	2.0	47	89	0	141	26	40	9	22	1.85
67380635--67380673	13	2.8	14	80	11	53	69	0	0	30	0.89
67382920--67382968	22	2.2	23	81	3	55	36	6	4	53	1.45
67384221--67384332	58	2.0	58	81	11	135	41	0	5	51	1.30
67384293--67384381	47	1.9	46	86	6	126	43	2	2	51	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67384474--67384500	13	2.1	13	100	0	54	40	22	0	37	1.54
67385745--67385827	25	3.2	25	68	15	60	42	16	2	38	1.62
67396409--67396454	23	2.0	23	100	0	92	26	8	17	47	1.76
67398124--67398169	20	2.3	20	96	0	83	32	13	10	43	1.78
67399619--67399689	9	7.4	10	74	15	60	54	1	4	39	1.28
67399624--67399663	19	2.0	19	85	9	53	62	0	2	35	1.09
67409878--67409909	12	2.6	13	85	14	50	50	34	0	15	1.45
67410326--67410379	27	2.0	28	82	10	67	37	7	42	12	1.72
67413857--67413899	13	3.5	13	75	12	54	23	46	20	9	1.79
67413847--67413904	24	2.4	24	97	0	107	20	51	20	6	1.70
67420024--67420072	25	2.0	25	87	0	71	38	16	20	24	1.92
67427506--67427557	17	2.8	20	77	17	74	40	21	15	23	1.91
67446267--67446316	24	2.0	24	84	3	64	50	4	4	42	1.40
67449299--67449323	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
67449947--67449983	15	2.5	15	90	0	56	10	35	0	54	1.36
67449915--67449970	3	18.7	3	94	0	94	1	35	0	62	1.06
67456132--67456174	15	3.0	14	78	18	52	34	18	9	37	1.83
67456474--67456503	7	4.3	7	95	0	51	13	10	13	63	1.52
67458191--67458242	22	2.5	20	78	12	59	30	0	1	67	1.02
67465081--67465125	19	2.4	19	80	0	63	26	8	0	64	1.23
67465078--67465245	10	16.9	10	70	11	71	29	6	1	62	1.28
67465082--67465145	19	3.1	21	78	10	55	25	9	1	64	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67465082--67465133	19	2.6	20	78	6	61	26	7	0	65	1.20
67465150--67465317	9	17.8	9	68	17	58	29	4	1	65	1.19
67465123--67465252	30	4.4	30	76	11	117	29	5	1	63	1.25
67465181--67465319	29	4.9	28	71	12	81	28	3	1	66	1.17
67465383--67465589	90	2.3	90	80	5	222	39	11	14	34	1.82
67467604--67467642	13	3.0	13	80	0	51	66	10	0	23	1.22
67469807--67469953	31	4.7	31	86	3	215	27	17	27	27	1.98
67469931--67469997	29	2.3	29	84	5	82	34	11	28	25	1.91
67470000--67470152	33	4.6	33	88	0	189	32	7	21	37	1.82
67474176--67474234	7	8.0	7	74	10	55	50	38	0	10	1.36
67474147--67474244	38	2.6	38	75	13	94	47	38	0	13	1.42
67475327--67476008	137	4.9	137	87	7	952	30	3	5	60	1.36
67475599--67475633	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
67475321--67476049	146	5.2	146	80	10	822	30	3	5	60	1.37
67475750--67475985	70	3.2	77	70	21	209	33	2	4	58	1.32
67475832--67475911	29	2.6	30	75	13	74	33	2	1	62	1.16
67475830--67475913	3	30.0	3	68	13	54	33	2	1	63	1.15
67475321--67476008	283	2.5	281	91	4	1085	30	3	5	60	1.36
67475745--67476048	142	2.1	143	82	7	328	31	3	4	59	1.36
67488049--67489188	152	7.4	152	84	5	1326	31	17	18	32	1.94
67488049--67489188	77	14.8	76	81	6	1172	31	17	18	32	1.94
67489785--67489866	24	3.5	24	72	21	68	46	36	0	17	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67490968--67490997	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
67490972--67491904	137	6.9	137	77	14	876	30	3	5	60	1.35
67491126--67491701	193	3.0	193	92	5	1033	30	2	6	60	1.34
67491109--67491690	188	3.1	187	91	6	1006	30	2	5	60	1.34
67491478--67491904	149	2.9	147	90	5	658	30	3	4	60	1.34
67491246--67491810	3	189.7	3	66	22	161	31	2	4	61	1.32
67491118--67491893	381	2.0	381	85	8	1064	31	3	5	60	1.34
67494746--67494918	31	5.6	31	80	4	183	28	16	26	28	1.97
67494867--67494933	29	2.3	29	86	0	89	31	11	29	26	1.92
67494923--67495085	33	4.9	33	90	0	245	35	6	19	38	1.78
67497894--67497967	33	2.2	33	90	0	121	36	9	22	31	1.86
67503727--67503764	16	2.4	16	82	8	51	44	0	2	52	1.14
67503832--67503895	30	2.1	30	83	11	78	43	6	0	50	1.27
67504255--67504301	16	2.9	16	81	9	51	55	2	2	40	1.24
67506303--67506334	6	5.3	6	100	0	64	50	0	0	50	1.00
67506294--67506333	18	2.2	19	82	13	57	47	0	0	52	1.00
67507298--67507346	18	2.7	18	81	9	55	63	4	2	30	1.24
67509049--67509138	29	3.1	28	78	10	92	60	1	3	35	1.21
67509592--67509624	17	2.0	17	88	5	50	60	3	0	36	1.12
67509852--67509895	20	2.3	18	80	7	52	36	0	2	61	1.09
67509858--67509905	21	2.3	20	82	3	51	37	0	4	58	1.18
67510305--67510352	25	1.9	25	84	16	64	33	18	10	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67510436--67510472	19	1.9	19	89	10	58	29	0	2	67	1.04
67511125--67511174	23	2.1	25	88	7	77	60	0	0	40	0.97
67511137--67511181	23	2.0	23	86	0	63	66	2	0	31	1.04
67520828--67520913	40	2.2	40	84	0	109	65	9	2	23	1.34
67520897--67520964	27	2.4	27	82	4	82	64	0	1	33	1.02
67520929--67520973	23	2.0	23	86	0	63	64	0	2	33	1.06
67524211--67524401	76	2.5	76	84	0	238	32	23	20	23	1.98
67542578--67542807	46	5.0	45	87	4	289	38	14	25	21	1.91
67542584--67542807	93	2.4	92	85	3	297	39	14	25	20	1.91
67545525--67545557	6	5.5	6	96	0	57	21	27	36	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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