genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9359614--9359945	81	4.1	82	81	6	390	36	16	15	31	1.89
9362209--9362378	40	4.3	40	84	1	198	23	21	30	25	1.99
9362231--9362413	79	2.3	80	80	1	199	25	20	29	24	1.99
9370132--9370301	40	4.3	40	84	1	198	23	21	30	24	1.99
9370144--9370299	79	2.0	79	84	1	204	24	21	31	23	1.98
9370154--9370336	79	2.3	80	80	1	199	25	21	30	23	1.99
9371961--9371994	17	2.0	17	88	11	52	23	41	0	35	1.55
9372419--9372473	21	2.6	21	97	0	101	65	0	9	25	1.22
9373499--9373552	6	9.0	6	87	0	81	0	61	0	38	0.96
9373499--9373552	18	3.0	18	100	0	108	0	61	0	38	0.96
9373615--9373664	25	2.0	25	88	0	73	4	34	4	58	1.36
9376554--9376608	21	2.6	21	85	8	76	27	36	9	27	1.87
9376854--9376880	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
9377926--9377962	20	1.9	19	89	10	58	13	10	5	70	1.32
9388195--9388269	29	2.6	29	84	0	96	30	22	13	33	1.92
9390447--9390573	61	2.1	58	82	7	148	48	4	5	41	1.47
9390532--9390625	17	5.5	17	71	18	61	52	2	5	40	1.36
9393798--9393963	68	2.4	68	82	5	185	35	15	24	24	1.94
9398381--9398435	17	3.5	17	71	16	55	74	3	5	16	1.15
9406236--9406278	21	2.0	21	95	0	77	11	9	32	46	1.72
9408833--9408876	22	2.0	22	95	0	79	31	20	15	31	1.94
9411003--9411028	10	2.6	10	100	0	52	26	0	7	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9411044--9411099	19	3.0	19	80	17	64	37	0	3	58	1.15
9411179--9411213	18	1.9	18	88	0	52	40	0	11	48	1.39
9415229--9415316	45	2.0	45	93	0	149	34	21	17	27	1.95
9415327--9415513	51	3.7	50	78	7	198	31	26	17	25	1.97
9415325--9415509	101	1.8	101	87	3	273	31	25	17	24	1.97
9418542--9418566	9	2.8	9	100	0	50	72	0	16	12	1.13
9418570--9418596	10	2.7	10	100	0	54	29	0	11	59	1.32
9419749--9419773	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
9431611--9431683	32	2.2	32	80	7	85	43	27	17	10	1.83
9432338--9432380	21	2.0	21	81	4	50	16	2	13	67	1.33
9445289--9445657	84	4.3	84	77	10	388	28	19	23	28	1.98
9445327--9445471	40	3.5	40	74	13	132	26	20	22	30	1.98
9445587--9445742	44	3.6	44	79	5	149	29	22	21	26	1.99
9445373--9445798	173	2.5	173	83	7	510	30	19	22	27	1.98
9453085--9453118	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
9453618--9453671	25	2.1	26	86	10	76	33	3	0	62	1.12
9455682--9455745	32	2.0	32	96	0	119	25	20	7	46	1.77
9468269--9468301	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
9470026--9470147	45	2.7	45	84	13	171	25	23	20	30	1.99
9481947--9481979	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
9482249--9482304	28	2.0	28	100	0	112	53	3	10	32	1.53
9487035--9487097	31	2.0	31	100	0	126	36	19	9	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9487694--9489040	445	3.0	445	99	0	2676	33	18	15	32	1.92
9491099--9491130	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
9492593--9492692	47	2.1	47	81	3	112	27	14	25	34	1.94
9510564--9510686	42	3.0	42	81	9	153	45	24	17	13	1.83
9510564--9510688	20	6.0	20	69	11	81	45	24	16	12	1.83
9511640--9512004	115	3.2	115	98	0	687	34	16	10	37	1.84
9516876--9516916	21	2.0	21	81	18	50	43	0	2	53	1.13
9518273--9518575	27	11.3	27	86	0	401	19	18	21	41	1.91
9535141--9535206	29	2.3	29	94	0	114	30	21	18	30	1.97
9538502--9538564	23	2.7	23	87	0	90	34	15	12	36	1.86
9543551--9543608	28	2.0	29	80	9	66	44	1	24	29	1.63
9543944--9544142	50	3.8	51	78	14	196	26	20	30	22	1.98
9562814--9562908	23	4.1	23	83	0	127	10	17	25	46	1.80
9562814--9562908	46	2.1	46	89	0	145	10	17	25	46	1.80
9565478--9565505	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
9574731--9574758	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
9576683--9576713	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
9578762--9578792	16	1.9	16	93	0	53	64	19	6	9	1.45
9582706--9582734	7	4.1	7	100	0	58	0	27	0	72	0.85
9585551--9585740	28	6.7	28	74	6	136	26	15	22	35	1.94
9585656--9585766	57	1.9	56	82	7	134	26	19	25	28	1.99
9587217--9587254	14	2.6	15	88	12	53	36	2	26	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9587532--9587593	7	8.7	7	76	3	52	20	1	43	33	1.62
9588389--9588454	33	2.0	33	100	0	132	54	12	6	27	1.60
9589245--9589301	3	19.0	3	96	0	96	33	3	33	29	1.75
9598450--9598496	22	2.1	22	84	7	60	55	2	8	34	1.42
9607740--9607970	42	5.5	42	80	4	220	30	18	22	28	1.97
9607758--9607916	84	1.9	83	89	1	246	32	16	19	30	1.94
9608722--9609755	344	3.0	344	96	0	1908	31	9	16	41	1.81
9621865--9621925	29	2.1	29	96	0	113	49	11	11	27	1.73
9622028--9622099	36	2.0	36	100	0	144	27	19	5	47	1.72
9626759--9626787	15	1.9	15	100	0	58	62	6	6	24	1.45
9634290--9634358	26	2.7	26	93	0	120	33	24	23	18	1.97
9638453--9638491	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
9638717--9638792	23	3.3	23	86	0	116	21	19	27	31	1.97
9644140--9644220	26	3.1	26	85	0	126	35	20	20	22	1.96
9645151--9645193	18	2.4	18	96	0	77	41	23	13	20	1.88
9647561--9647636	33	2.3	33	84	4	100	43	13	38	5	1.66
9654731--9654761	16	1.9	16	93	0	53	38	12	0	48	1.42
9655527--9655569	5	9.0	5	87	7	63	39	16	0	44	1.48
9665914--9665974	27	2.3	27	82	5	70	1	3	31	63	1.20
9667760--9667837	30	2.5	31	85	2	95	28	15	10	46	1.78
9668312--9668538	60	3.8	60	89	4	314	45	13	18	22	1.84
9668444--9668545	31	3.4	31	67	24	90	43	13	21	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9668311--9668538	122	1.9	120	86	3	323	45	13	18	22	1.84
9668409--9668515	29	3.6	28	68	24	76	41	14	21	22	1.90
9674525--9674588	26	2.5	26	89	0	101	35	12	12	39	1.81
9681449--9681515	34	1.9	35	84	3	91	32	19	26	20	1.97
9690323--9690354	9	3.4	9	95	4	55	46	9	43	0	1.35
9695346--9695749	215	1.9	214	91	2	659	28	18	26	25	1.98
9698500--9698693	40	4.9	40	91	0	300	27	22	27	22	1.99
9698500--9698720	80	2.8	80	86	2	304	28	23	26	21	1.99
9705797--9705828	16	2.0	16	93	0	55	25	21	18	34	1.96
9720685--9721137	234	1.9	234	97	0	861	30	19	17	32	1.95
9726432--9726588	43	3.7	42	77	9	165	32	23	17	26	1.97
9728469--9728549	40	2.0	40	97	0	153	35	14	16	33	1.89
9734068--9734241	43	4.1	42	77	13	167	33	25	17	23	1.96
9734069--9734235	86	2.0	85	82	8	205	34	25	17	23	1.96
9735510--9735540	13	2.4	13	94	0	53	22	25	32	19	1.97
9739004--9739463	231	2.0	231	99	0	902	28	20	18	33	1.96
9740636--9740736	27	3.7	27	96	2	184	29	28	14	26	1.95
9742905--9742961	28	2.0	28	100	0	114	61	3	21	14	1.47
9742977--9743018	21	2.0	21	100	0	84	38	0	23	38	1.55
9742977--9743028	21	2.5	21	90	6	70	40	0	21	38	1.53
9748551--9748575	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
9756284--9756393	43	2.6	43	82	5	116	26	15	22	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9766849--9767035	40	4.7	40	86	3	236	26	29	19	24	1.99
9777795--9777852	20	2.9	21	84	5	66	22	29	0	48	1.51
9794458--9794501	22	2.0	23	90	4	72	40	0	2	56	1.11
9803439--9803647	46	4.4	46	79	8	188	29	19	27	23	1.98
9803432--9803647	94	2.3	94	82	2	245	29	18	27	24	1.98
9804799--9804838	21	2.0	20	90	5	62	12	35	27	25	1.92
9805724--9805777	26	2.1	26	96	0	99	38	11	20	29	1.87
9809156--9809190	16	2.3	15	90	5	52	42	0	0	57	0.99
9810845--9810882	3	12.7	3	88	0	58	71	0	28	0	0.87
9813730--9813770	20	2.0	22	85	9	59	41	7	7	43	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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